共查询到20条相似文献，搜索用时 125 毫秒
1.
测定了天津地区养殖的彭泽鲫、黄金鲫、乌克兰鳞鲤、鲤鱼4种共13尾鱼长度为814 bp的COI部分基因序列,以白鲢、罗非鱼作为外群.利用Mega4.1软件进行序列组成统计分析、种内及种间遗传距离分析,并用邻接法构建系统发育树（NJ树）,在NJ树上共发现由不同物种组成的5个分支,这与传统的分类学结果一致.该研究结果显示,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在鲤科鱼类的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性. 相似文献
2.
为准确鉴定矩镰荚苜蓿(Medicago archiducis-nicolai)及其近缘种花苜蓿(M.ruthenica )、阔荚苜蓿(M.platycarpos )和毛荚苜蓿(M.edgeworthii )，利用DNA条形码技术对4个物种的ITS2序列进行注释、比对、检验，计算种内种间遗传距离，邻接法(neighbor-joining，NJ)构建系统发育树，通过RNAfold web server预测4个近缘种的ITS2二级结构。结果显示，矩镰荚苜蓿及其近缘种的ITS2序列长度为220~221 bp，稳定性好；种间遗传距离(0.004 55~0.022 73)明显大于种内遗传距离(均为0)，存在明显的“Barcoding Gap”区域；NJ系统发育树显示，毛荚苜蓿聚为一支，矩镰荚苜蓿、花苜蓿和阔荚苜蓿聚为另一支，然后矩镰荚苜蓿与阔荚苜蓿又各自形成单系；在二级结构中，矩镰荚苜蓿与阔荚苜蓿、毛荚苜蓿存在明显差异，但与花苜蓿极为相似，难以区分。分析表明：除花苜蓿外，以ITS2序列作为条形码并辅以二级结构，可以达到对矩镰荚苜蓿、阔荚苜蓿和毛荚苜蓿准确、快速鉴定的目的。 相似文献
3.
对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开. 相似文献
4.
本研究利用叶绿体基因matK分析了婆婆纳属16种植物的系统发育关系。直接测序或下载共获得16个种的共36条序列,通过BioEdit和Mega6. 0等软件分析后共获得长度为733bp的序列矩阵,种间距离的范围为0. 002-0. 101之间,系统发育树聚类结果表明睫毛婆婆纳为在这16个物种中最原始,其余物种形成两个独立的并系。本研究表明matK序列可用于分析婆婆纳属植物的系统发育关系。 相似文献
5.
【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属（Longpotamon）代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树（BI）和最大似然树（ML）,探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%（T）、16.4%~20.2%（C）、26.8%~28.9%（A）和14.7%~17.2%（G）,呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹（Longpotamon changanense）与龙溪蟹未定种（Longpotamon sp.）的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属（Longpotamon）的小龙溪蟹（L.parvum）并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属（Sinolapotamon）、近溪蟹属（Potamiscus）和小石蟹属（Tenuilapotamon）物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。 相似文献
6.
《江苏农业科学》2014,(5)
采用改良CTAB法提取2份江西省盘龙参总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,克隆后测序,应用MEGA 5.2软件进行序列分析和构建系统发育树,以研究盘龙参ITS片段遗传多样性,分析该片段在盘龙参DNA分子鉴别和绶草属植物系统学研究中的意义。结果表明,盘龙参样本的rDNA ITS长度为766~767 bp;该样本与GenBank中绶草属的rDNA ITS对比分析,ITS1、ITS2长度分别为214~245、256~367 bp,变异位点分别为16.17%、3.50%,ITS总变异位点为9.27%;基于ITS序列,用p-distances法计算遗传距离和NJ法建立系统发育树,2段序列在绶草属种内保守,中间有较大变异,可作为盘龙参分子鉴定标记,而绶草属的系统发生关系尚须进一步研究。 相似文献
7.
人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。 相似文献
8.
基于ITS2序列的12种苔藓植物亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以尖叶薄鳞苔为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对12种苔藓植物的ITS2序列进行比对和分析,构建分子系统树.结果表明,12种苔藓植物的ITS2序列长度在432-493bp之间,排序后总长度为540 bp,其中变异位点305个,信息位点200个.12种苔藓植物的遗传距离在0.016～0.472之间,平均遗传距离为0.309.利用MP法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中7个丛藓科物种聚为一组,3个青藓科物种聚为一组,2种灰藓科植物聚为一组,序列分析结果与形态学分类结果一致,表明ITS2可用于苔藓植物的亲缘关系分析. 相似文献
9.
10.
11.
12.
试验测定了雉科4属7种的81条COI序列,获得片段长度为690 bp,并从Genbank、BOLD中获取21属46种的相应序列,进行了序列和系统发生分析。通过计算属间遗传距离,并以中华秋沙鸭(Mergus squamatus)、马来闭壳龟(Cuora amboinensis)为外群,用NJ法、ME法和ML法对雉科46种鸟类构建系统发育树,来探讨雉科内存在争议属的分类问题。结果表明:血雉与鹑类关系更近;雪鸡属与石鸡属关系很近;山鹑属始终与鹌鹑属聚在一起;勺鸡属与雉鹑属相邻而自成一个支;原鸡属与竹鸡属和鹧鸪属始终聚在一起;山鹧鸪属最先分化出来,在整个雉科类群的基部。 相似文献
13.
【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54.3%,该序列的平均进化距离为0.016,但进化距离总体较小。trnL-F序列对位后长度为867bp,有94个简约信息位点,G+C平均含量为33.7%,该序列的平均进化距离为0.018,总体进化距离较ITS序列大。ITS序列较叶绿体trnL-F序列含有较多的系统发育信息。在基于2个序列构建的系统发育树中,大花棘豆亚属除少数居群外均形成单系分支,说明以心皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类系统可以较好地获得分子系统学的支持;但在其他亚属及组水平上,并不构成单系。【结论】棘豆属各类群间系统发育信息含量明显较低,说明棘豆属物种分化发生较晚,尤其是在青藏高原这样一个始于第三纪造山运动的年轻区域,其棘豆属物种的新近起源和形态的快速分化还难以在遗传水平上固定下来。 相似文献
14.
几个中国大麦属物种核rDNA ITS区序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对8份来源于中国和7份国外的不同大麦属物种核rDNAITS区进行了序列分析,并采用邻接法构建了其系统发育树状图。结果表明,大麦属物种的ITS区序列长度为596～600bp,其中ITS1、5.8S和ITS2分别有43、4和54个变异位点。ITS区揭示的遗传分化距离变化范围为0～0.1121,平均值为0.0561。以雀麦属为外类群,采用邻接法进行系统发育关系分析发现,大麦属不同物种间聚类关系与其地理来源无关;各物种或亚种按照其亲缘关系与染色体组的划分进行聚类,其中具有H和I染色体组的物种各聚为一个分支。 相似文献
15.
《山地农业生物学报》2018,(6)
本文对贵州省19科26属30种林木树种植物ITS序列进行PCR扩增及测序,用MEGA 5. 0软件对序列进行比对分析序列信息,用最近距离法计算种内及种间遗传距离,通过邻接法构建系统发育树。结果表明,供试树种的DNA总长度为506～684 bp,其中平均G+C含量为64%,种内平均遗传距离为0. 013,种间平均遗传距离为0. 236;基于ITS序列构建的聚类树显示,对30种林木树种的鉴定成功率为83%,因此,推荐ITS序列作为林木树种DNA条形码的候选序列。 相似文献
16.
为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607～617bp,其中ITS1为224～230bp,ITS2为219～227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。 相似文献
17.
对紫薇属植物细胞核核糖体DNA转录间隔区（nrDNA ITS）序列进行分析,为紫薇植物的鉴定提供分子依据。通过提取紫薇幼苗总DNA,对nrDNA ITS序列进行PCR扩增测序,应用软件BioEdit、DNAMAN 进行序列分析, MEGA计算遗传距离,构建基于K2P模型的NJ系统发育树。测序得到2条nrDNA ITS序列,长度均为615 bp。序列分析结果显示,序列1与紫薇ITS序列相似性达99．03％,遗传距离为0．003,聚类分析归为一支;序列2与毛紫薇ITS序列相似性达98．55％,遗传距离0．007,聚类分析归为一支。试验结果说明,基于nrDNA ITS序列分析法,能够对紫薇属植物进行准确的分子鉴定,从而为紫薇属的种类鉴定和种间亲缘关系提供分子生物学理论依据。 相似文献
18.
2021年9月在贵州省都匀市甲登村一池塘内发现一种仙女虾，采用PCR扩增技术和DNA测序技术对该仙女虾进行鉴定。结果显示，都匀仙女虾COI、16S rRNA基因序列与鹄沼枝额虫(Branchinella kugenumaensis)相似度分别为98.71%、98.96%。结合GenBank中无背甲目部分科物种的同源序列，开展遗传距离和系统发育关系分析，基于COI、16S rRNA基因遗传距离显示，都匀仙女虾与鹄沼枝额虫的遗传距离分别为0.017、0.000。系统发育树显示，都匀仙女虾与鹄沼枝额虫聚在一起形成单支系，COI-based树和16S rRNA-based树的支持率分别为100%和99%。鉴定结果表明，贵州省都匀市甲登村的仙女虾是钗额虫科(Thamnocephalidae)枝额虫属(Branchinella)的鹄沼枝额虫。 相似文献
19.
基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。 相似文献