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为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607～617bp,其中ITS1为224～230bp,ITS2为219～227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。 相似文献
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为绿萝叶腐病病原菌菌株LR12的分子鉴定和应用研究提供参考,利用PCR法克隆其16S序列,并借助生物信息学方法进行分析,明确其16S rDNA序列特征。结果表明:以YFUP/YFDN为PCR引物,扩增到大小约为1 700bp的条带;LR12的16S rDNA全长为1 551bp,GC为53.9%;LR12与胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种的16S rDNA相似性最高,达100%,与巴西亚种的相似性次之,为99.9%,两者存在2个碱基的差异;15种细菌在发育树上可分为5组,其中LR12与胡萝卜软腐果胶杆菌巴西亚种的关系最近,处于同一分支,支持率达100%,并与其他2种果胶杆菌属细菌聚在同一组。 相似文献
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