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1.
2009年4月下旬～6月上旬,青岛部分内湾发生漂浮绿藻暴发性生长.本文系统调查了绿潮藻华发生的区域,以青岛湾为观测点估测了生物量,其高峰期生物量可达138 t.通过对漂浮绿藻的外观形态和显微结构观察,鉴定漂浮绿藻的样本为长石莼Ulva linza,但飘浮绿藻样本与固着生长的长石莼在形态结构上有明显的不同,主要表现为叶片宽大、细胞壁加厚.为确定其物种,作者克隆了漂浮绿藻的18S-28S rDNA转录间隔区序列(Internal Transcribed Spacer,ITS)和5S rDNA串联重复间隔区序列(5S rDNA Spacer Region,5SS),采用分子系统学方法确定漂浮绿藻样品为长石莼.本文首次报道了发生在青岛内湾的长石莼藻华,同时观察到了长石莼为适应漂浮生活在形态结构上发生的适应性变化,从而为阐释其发生机制提供依据. 相似文献
2.
核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18S,5.8S,28S)和两个间隔区ITS1(internal transcribed spacer 1)和ITS2(internal transcribed spacer 2)。目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用,GC含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标,而鲜有报道。为了探讨鱼类的核糖体基因GC含量特征以及间隔区是否也存在GC平衡现象,本研究选择了鲈形目(Perciformes)5科11种鱼类5个片段的核糖体基因进行研究,包括尖吻鲈科(Latidae)、射水鱼科(Toxotidae)、军曹鱼科(Rachycentridae)、剑鱼科(Xiphiidae)、鲹科(Carangidae)。获得了1651个单克隆序列,通过分析并比较已有的其他硬骨鱼序列片段的GC含量变化特征,结果发现:本研究鱼类的18S的GC含量为52.6%~57.1%(平均54.6%),5.8S为55.6%~58.9%(平均57.4%),28S为64.2%~65.8%(平均64.6%),ITS1为56.5%~73.0%(平均65.0%),ITS2为62.3%~77.5%(平均69.1%)。编码区的GC含量相对较保守,变异范围较小,18S和5.8S变化范围明显小于间隔区,28S则位于间隔区的最低值和最高值之间。因此,我们发现硬骨鱼核糖体ITS高于60%的GC含量是该类群的一个特征,并且高GC含量的ITS1和ITS2序列中不存在明显的高GC富集区,其含量高低的变化与序列长度也没有相关性。本研究11种鱼类的ITS1和ITS2的GC含量在种内的相似性既有大于也有小于种间相同片段的相似性,因此GC平衡现象只存在部分种类中。本研究结果可为鱼类核糖体基因序列特征的进一步研究及利用提供科学依据。 相似文献
3.
2008年6月初,黄海中南部海域出现罕见的大面积的绿潮现象,经初步鉴定,认为造成本次绿潮的种类为浒苔属(Enteromorpha)藻类,但是其种一级分类地位的确定成为自绿潮爆发以来最有争议的问题之一.本研究采用形态学观察与分子鉴定相结合的方法,对在黄海海域采集的22个浒苔样品及青岛栈桥海域的漂浮浒苔样品进行了鉴定.结果表明,不同站位的浒苔样品均具有主枝,且高度分枝,但丝状体的长度及宽度有较大差异;藻体色泽也有较大差异,有深绿色、鲜绿色和黄绿色之分;藻体细胞大小差异较大;切片观察表明所有样品都具有浒苔典型的管状结构,且细胞位于单层藻体的中央;ITS及5.8S rDNA序列分析表明23个浒苔样品序列完全一致,由此确定这些浒苔样品均属于同一种浒苔属浒苔(Enteromorpha prolifera). 相似文献
4.
对近年来发生在厦门海域的裸甲藻(Gymnodinuum)和原甲藻(Prorocentrum)赤潮的发生情况进行了监测分析,采用了采样、分离、单种培养、显微镜和扫描电镜观察、rDNA序列分析等系列监测、分离培养和赤潮生物鉴定技术,重点观察并确证了厦门海域存在的赤潮原因种为微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、Takayama pulchellum、无纹环沟藻(Gyrodinium instriatum).光学显微镜观察表明,赤潮发生海域存在着许多原甲藻和裸甲藻种类,但不能进一步确认到种.利用电子显微镜观察,可根据微小原甲藻体表规则的花纹等特征,根据Takayama pulchellum具有明显的特异性反S形顶沟等特征分别对它们进行有效地分类鉴定.分子分类学分析表明,T.pulchellum(株名为TPXM)28S rDNA D1-D2区序列长度为721 bp,与基因库中同种相似株的同源性大于99%;微小原甲藻(株名PMDH)的ITS和28S rDNA序列与基因库中同种序列的同源性高达99%;无纹环沟藻(株名GIXM)的ITS与基因库中登记的分离自中国深圳海域的4株同种藻的同源性也高达99%.用ITS序列和28S rDNA序列建立的系统进化树也能很好地显示微小原甲藻、Takayama pulchellum、无纹环沟藻之间以及它们与其他藻之间的亲缘关系.将上述结果结合文献记录和环境条件进行了分析,证实这3种赤潮种类Takayama pulchellum、无纹环沟藻、微小原甲藻是厦门海域较为常见的赤潮原因种.对上述检测和鉴定方法的系统应用也表明,这些方法可应用于对现场赤潮生物进行有效监测. 相似文献
5.
中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS 2序列特征分析 总被引：10，自引：4，他引：10
对中国、日本和澳大利亚的珍珠贝核糖体DNA第二内部转录间隔子(ITS2)的序列特征进行了分析。PCR扩增产物包括5.8S基因部分序列、ITS2基因和28S基因部分序列。去除引物序列后5.8S基因片段长64bp,ITS2长230～237bp,28S基因片段长249bp。共分析了16个基因型的序列特征,结果表明,5.8S和28S基因片段高度保守,仅28S有1个碱基位点突变;而ITS2变异大,237个比对位点中有20个位点发生突变,其中12个位点为缺失/插入突变,4个简约信息位点。在碱基组成中,5.8S和28S的GC含量(58.1%～59.4%)高于AT含量,也高于ITS2的GC含量(51.3%～52.0%),ITS2的GC含量与AT含量相差不大。碱基组成中5.8S的A碱基含量较低,28S的T碱基含量较低,存在较大的碱基偏倚性。3个地理群体内和群体间的遗传距离都很小(0.010～0.013),且相互重叠。从基因型数据看,3个群体既有各自独立的基因型,也有共享基因型。但从序列的碱基变异数据看,3个群体没有各自独有的突变位点。上述结果表明,3个地理群体既具有丰富的遗传多样性,又具有高度的遗传一致性,即亲缘关系近,可能存在基因交流,或者分化时间不长。丰富的遗传多样性有利于合浦珠母贝的遗传选育。 相似文献
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小球藻核rDNA ITS与叶绿体rbcL基因序列分析及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
用核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)和叶绿体rbcL基因对小球藻属((Jhlorella)6株小球藻的种间和种内关系进行了分析.克隆序列与GenBank数据库检索到的相关小球藻序列(ITS和rbcL序列各为15条)一起进行比较分析.结果显示:ITS序列长度在小球藻种内高度保守,在种间变异较大;而rbcL序列长度在种间和种内水平都高度保守.15株小球藻ITS序列间遗传距离在0.000～0.663.之间;而15株小球藻rbcL序列间距离在0.000～0.216之间.6株实验藻中原始小球藻F-2与蛋白核小球藻F-5、F-9近似种内关系;蛋白核小球藻820与普通小球藻Cvq亲缘关系极近;椭圆小球藻Ce与其它5株小球藻亲缘关系最远.研究表明将变异程度较高的核ITS序列与相对保守的叶绿体rbcL基因相结合可以用于小球藻系统发生分析和分子鉴定. 相似文献
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珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究 总被引：6，自引：3，他引：6
对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600bp左右,测序结果表明,ITS2长211～254bp,两端的5.8S和28S分别长84bp和272bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。 相似文献
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2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象.实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对.结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔.18S rDNA序列分析结果也支持这个判断.根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01和RD-03),其中RD-01为浒苔属.浒苔主要漂浮种类与目前采集到的三地定生浒苔样本ITS全长序列比对存在一定差异,歧化度小于0.3%. 相似文献
9.
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在16S rRNA基因上下游保守区域设计一对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹和鲹科其它物种的16S rRNA序列进行比,根据比对结果构建的鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。综上所述,16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析,又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。 相似文献
10.
《福建水产》2021,(5)
本文基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因和16S rRNA基因片段对采集于厦门海域的仔稚鱼样品进行种类鉴定,探究其在仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共获得64条COI基因序列和74条16S rRNA基因序列,通过序列比对,COI基因将仔稚鱼样品鉴定为26个种类,其中19个种类鉴定到种、6个鉴定到属、1个种类仅鉴定到科;16S rRNA基因将仔稚鱼样品鉴定为29个种类,其中23个种类鉴定到种、6个鉴定到属。COI基因的平均种内遗传距离为0.001 5,平均种间遗传距离为0.197 6,16S rRNA基因的平均种内遗传距离为0.000 3,平均种间遗传距离为0.089 2,COI和16S rRNA基因的平均种间遗传距离都为平均种内遗传距离的10倍以上,两者都可以进行有效的仔稚鱼种类鉴定。在基于COI和16S rRNA基因构建的系统进化树上,所有物种都分别单独聚为一支,同一个种类的不同个体都能聚在同一个分支,这些物种均能得到有效区分。以上结果表明,COI和16S rRNA基因均可以实现仔稚鱼的种类鉴定,两种基因结合使用可以提高仔稚鱼种类鉴定的准确性。 相似文献
11.
对有分枝长石莼(缘管浒苔)的研究 总被引：2，自引：2，他引：0
报道了有分枝的和气囊状的长石莼。在山东、江苏和浙江等地分别采集到了有分枝的长石莼,对有分枝的长石莼进行研究表明,分枝有两种情况:一种是真分枝,另一种是假分枝。同时研究了有分枝的长石莼的生活史,与无分枝长石莼的生活史相同,其生活史亦是单倍的配子体与二倍的孢子体相互交替的同形世代交替。在2008年度暴发的绿潮中采到了气囊状且具分枝的类似长石莼藻体,气囊状的结构可以使此类长石莼漂浮在海面生长。漂浮的绿潮藻成为生殖细胞的附着基质,大量的生殖细胞在囊状藻体上附着生长,可能成为黄海海域漂浮海藻泛滥的原因之一。 相似文献
12.
本研究分别对2016和2017年中国近海10个铜藻(Sargassum horneri)漂浮地理种群以及 3个定生种群的51个采集样本进行了ITS和coxI序列分析及相似性比对。结果显示,51个样本的coxI序列完全一致,ITS序列存在2个变异位点,按基因型的异同可分为4个类型,其中大连龙王塘、烟台大钦岛和南隍城岛的漂浮铜藻基因型相同,青岛金沙滩漂浮型、烟台大钦岛和大连獐子岛的定生铜藻基因型相同,威海俚岛和温州洞头的漂浮铜藻基因型相同,青岛雕塑园、王哥庄、大珠山、威海乳山的漂浮型和枸杞岛定生铜藻基因型相同,而同一种群内部即便是不同年份的个体间基因型并没有差异。基于ITS序列构建的系统树显示,来自中国的所有铜藻样本聚为一支,与来自韩国的铜藻样本有一定的遗传距离。以上结果说明,我国近海漂浮和定生铜藻的不同地理株间ITS和coxI的遗传变异水平较低,漂浮铜藻可能具有不同的来源,为进一步探明中国近海海域铜藻的分子遗传背景提供依据。 相似文献
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Yuumi Kawashima Tetsuya Akasaki Yoshitsugu Matsumoto Yukihiko Yamazaki Satoshi Shimada 《Fisheries Science》2013,79(3):521-529
The identification of imported green algal products represents a critical challenge to the Japanese Customs Service in terms of ensuring effective control of imported quota items (species of genera Monostroma and Enteromorpha and their products). To assist officials in this difficult task, we tested the applicability of phylogenetic analyses using the nuclear-encoded ribosomal DNA internal transcribed spacer 2 (nrITS2) and 5S ribosomal DNA (rDNA) spacer regions to identify green algal products at the species level. Our nrITS2-based phylogenetic analysis was able to roughly separate the Ulva-related samples into three clades: the Ulva linza–procera–prolifera (LPP) complex and two other clades, and identified the Monostroma-related samples as M. nitidum. Subsequent detailed analysis within the LPP complex using the 5S rDNA spacer region divided the samples into two groupings (the U. linza clade and U. prolifera clade), while it detected possible hybrid samples of U. linza and U. prolifera from a number of commercial green algal products. 相似文献
14.
对青岛太平角(36°02′N,120°21′E)岩相潮间带大型海藻群落进行了为期1年(2010年5月-2011年4月)逐月的定性调查研究。结果表明:1.采集到大型海藻3门36种,其中红藻门16属19种,占52.8%;褐藻门7属10种,占27.8%;绿藻门5属7种,占19.4%。2.青岛太平角潮间带大型海藻群落的种类组成中红藻种类最多,褐藻其次,绿藻最少。3.青岛太平角潮间带群落中大型海藻的种类组成和藻总量(株)有明显的季节变化:春季海藻的种类和数量都非常大,秋冬季节其次,夏季海藻种类和数量最少。4.孔石莼、鼠尾藻和珊瑚藻为青岛太平角岩相潮间带大型海藻群落的最常见种。5.青岛夏季绿潮藻种浒苔是由其他海域漂流而来,且较其他藻种更适应夏季较高水温,使其短时间内迅速生长。 相似文献
15.
两种常见外来入侵赤潮藻的PCR鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
米氏凯伦藻与环状异帽藻为日本海域流入我国的两种外来入侵赤潮藻。利用核糖体ITS区分别设计出针对该两种藻的特异性PCR引物。通过prmier5.0软件设计多对引物,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测、以筛选目标藻的特异性引物,并以链状亚历山大藻、立玛原甲藻、牟氏角毛藻、赤潮异弯藻作为阴性对照,做进一步PCR验证。筛选到米氏凯伦藻最佳引物Ki1F3/Ki1B3和环状异帽藻最佳引物YiF3a/YiB3a。两对特异性引物成功鉴定了两种外来入侵藻,而对其它藻种则是阴性反应,可为赤潮的预测预报提供分子鉴定基础。 相似文献
16.
2010年绿潮藻营养成分分析及其食用安全性评价 总被引：2，自引：0，他引：2
近几年来,中国南黄海海域连续暴发的绿潮灾害引起了广泛关注,为综合利用绿潮藻,实验采用国标规定方法,对2010年采自江苏和山东的绿藻类海藻的基本营养成分、叶绿素、氨基酸、矿质元素及其重金属含量进行了测定与分析.结果显示,碳水化合物占绿潮藻组成成分的35.82％～52.43％;粗蛋白含量随采集时间的不同变化较大,为31.04％～12.11％;粗脂肪含量很低,不足藻体的1％;叶绿素含量差异较大,随采集时间的延后其含量显著下降;氨基酸含量较高,其中必需氨基酸占总氨基酸的含量可达37.45％,呈味氨基酸天门冬氨酸、谷氨酸、甘氨酸和丙氨酸含量较高;矿质元素含量丰富,其中Ca、Fe、Zn等含量都较高,重金属元素Pb、Hg、Cd等含量均低于国家标准中的限量要求.固着绿藻的成分变化不明显. 相似文献
17.
根据2009年11月份大潮、小潮时期对奉贤附近海域进行的浮游生物生态调查资料,对大、小潮时期浮游动物的种类组成、密度与生物量分布、生物多样性及优势种的生态特征进行了比较分析。结果表明,大潮时浮游动物密度比小潮大,而浮游动物的种类数、生物量、生物多样性比小潮时低,大潮时优势种真刺唇角水蚤（Labidocera euchaeta）和火腿许水蚤（Schmackeria poplesia）的优势度（Y≥0．02）及其所占的数量比例高于小潮,优势种虫肢歪水蚤（Tortanus vermiculus）的优势度及其所占数量比例明显低于小潮。海洋浮游动物对潮汐变化的生态响应强烈。 相似文献
18.
利用鼠尾藻(Sargassun thumbergii)、菱形藻(Nitzschia)、石莼(Ulue pertusa)和绢丝藻(Callithamnion corymbosum)作为研究对象,通过白光、蓝光、红光照射,1%硝酸铵、1%柠檬酸、3%硫酸铵处理不同时间,淡水浸泡不同时间3种杂藻清除方法,系统研究光质、药物和淡水处理对鼠尾藻及杂藻光合生理的影响。结果显示,对于相对生长速率(RGR)、表观光合速率(Pn)及表观光合速率与呼吸耗氧速率(R)的比(Pn/R),鼠尾藻幼孢子体在蓝光下均明显大于在白光和红光下,而菱形藻则在红光下较大,且鼠尾藻幼孢子体与菱形藻在蓝光下的Pn比明显大于其在白光和红光下的Pn比。结果显示,鼠尾藻幼孢子体若与菱形藻进行竞争,在蓝光下相对于在白光和红光下更有优势。硝酸铵、硫酸铵、柠檬酸药物处理对鼠尾藻幼孢子体的生理状态有一定的影响,且这种伤害具有不可逆性;对鼠尾藻嫩芽的伤害较小,且可恢复正常;对石莼的清除效果不明显,对绢丝藻有伤害。淡水处理对鼠尾藻幼孢子体有伤害,对鼠尾藻嫩芽伤害较小,对石莼影响不大,对绢丝藻有伤害。研究表明,在鼠尾藻幼苗早期培育过程中,可增大蓝光的照射或减少红光的照射,在一定程度上能促进鼠尾藻的生长且抑制菱形藻的生长;在鼠尾藻早期幼苗的杂藻清除中,应避免使用1%硝酸铵、1%柠檬酸和3%硫酸铵处理,会对鼠尾藻幼孢子体产生伤害;鼠尾藻育苗早期不宜使用淡水浸泡除去杂藻,鼠尾藻嫩芽每次淡水浸泡30 min,可清除杂藻,且对藻体无伤害。 相似文献
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赤潮研究中圆海链藻实时荧光定量PCR检测方法的建立 总被引：3，自引：0，他引：3
为建立快速、准确的鉴定和定量检测赤潮生物的方法,以圆海链藻为例，以其18S rDNA序列为寻找种特异性引物的靶区域，通过分析18S rDNA序列，设计出适合用于RFQ-PCR的引物与探针，并通过引物PCR验证确定其特异性，进而以圆海链藻荧光定量PCR的引物和探针（Primer Thalassiosira rotula和Taqman Thalassiosira rotula），建立了定量检测圆海链藻的实时荧光定量PCR检测方法（RFQ-PCR）。与传统的显微镜计数方法比较，两者所获结果无显著性差异，证明了本方法的可行性，从而为我国沿海水域赤潮问题的研究提供了良好的技术检测途径。 相似文献