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1.
为了揭示贵州水稻地方品种Pita基因序列变异类型和地理分布特点,以贵州省收集到的91份地方水稻品种为供试材料,设计抗稻瘟病Pita基因特异引物对Pita基因第二编码区功能位点区段进行PCR扩增及测序分析。研究表明,91份贵州地方水稻均持有抗稻瘟病Pita基因,DNA序列存在6个变异位点,氨基酸序列存在4个变异位点,归为7种DNA单倍型和5种蛋白型,其中Pita-H1(63.74%)、Pita-H2(18.68%)的频率较高,是贵州的优势单倍型,其他单倍型频率较低。携带Pita抗性基因(编码区第2 752位功能位点碱基为G)的品种仅6个,占供试材料的6.59%,且与越南抗性品种Tetep序列一致。Pita抗性基因在贵州省广泛分布不平衡,且频率较低。本研究为挖掘和利用贵州地方稻种的抗稻瘟病基因资源提供了参考。 相似文献
2.
稻瘟病新抗性基因Pi39候选基因CRISPR/Cas9敲除载体的构建 总被引：2，自引：0，他引：2
Pi39是位于水稻第12染色体上的稻瘟病新抗性基因,为了明确其功能,本研究利用CRISPR/Cas9系统构建候选基因的敲除载体。通过对候选基因序列分析,将合成的靶位点序列插入入门载体pENTR-sgRNA,再与表达载体Cas9发生重组。本研究首先在候选基因的第一个外显子区域找到了2个带有PAM序列的靶位点,将2个目的小片段依次克隆到pENTR-sgRNA载体上。通过菌落PCR检测及测序,结果表明目的小片段插入位置正确。将入门载体与表达载体进行重组反应后,阳性克隆经菌落PCR和质粒DNA酶切鉴定并测序,结果表明重组载体构建成功。本研究利用CRISPR/Cas9系统构建敲除载体操作简单,耗时短,为进一步开展Pi39候选基因的功能研究奠定了基础。 相似文献
3.
《分子植物育种》2017,(3)
为明确Pi9、Pita和Piz-t 3个抗稻瘟病主效基因在河南水稻新品系的分布状况。本研究对2015年河南省沿黄粳稻品种筛选试验的21份水稻新品系进行Pi9、Pita和Piz-t 3个抗稻瘟病基因的分子鉴定。结果表明,21个检测品系中有9个含有Pi9抗性等位基因,5个含有Pita抗性等位基因,11个含有Piz-t抗性等位基因;只有一个品系汴粳3号携带3个基因的抗性等位基因,菡科18、新丰1768、豫农粳13号、圣稻070、信粳1787、郑稻23和光灿8号7个材料携带两个基因的抗性等位基因。Pi9和Piz-t基因在河南水稻稻瘟病育种中利用较为广泛,Pita利用较少,今后河南水稻育种应加强广谱稻瘟病抗性基因的聚合育种和综合利用。 相似文献
4.
稻瘟病是水稻重要病害之一,严重影响水稻的产量与品质。培育抗性品种是防治稻瘟病最经济、环保的方式。稻瘟病抗性基因的鉴定与挖掘是开展抗病育种的基础与前提。本课题组前期对419份广西水稻地方品种核心种质进行简化基因组测序,获得208,993个高质量SNP标记。本研究采用苗期喷雾接种方法,研究了该419份核心种质对7个稻瘟病生理小种的抗性,并根据表型和基因型数据,利用一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析。2种模型下共检测到20个位点,其中GLM检测到20个位点,MLM检测到1个位点,Chr12_10803913位点在2种模型下都检测到。17个位点与前人定位的基因/QTLs重叠,其余3个是新位点,分别为Chr3_18302718、Chr3_18302744及Chr5_10379127位点。在20个显著关联位点上下游各150 kb的基因组区域中共筛选出候选基因323个,初步确定8个候选基因与抗病相关,其中LOC_Os12g18360(Pita)、LOC_Os12g18729(Ptr)为已知克隆的基因,LOC_Os03g32100、LOC_Os03g32180和LOC_Os05g18090为新位点附近筛选到的候选基因。本研究结果为稻瘟病抗性位点挖掘与稻瘟病相关基因克隆提供了科学依据。 相似文献
5.
《分子植物育种》2017,(10)
沾叶独枝来源于广东陆丰籼型地方稻种,它对华南稻区稻瘟病菌具有广谱抗性。为了挖掘和鉴定沾叶独枝含有的稻瘟病抗性基因,利用对五丰B(WB)致病、对沾叶独枝非致病的稻瘟病菌代表菌株GD08-T19接种以沾叶独枝为抗性供体、WB为感病亲本获得的F2群体。菌株GD08-T19在F2后代群体的抗感比率为15R:1S,其抗性由两个显性基因控制。利用已开发的Pi1,Pi2,Pi9,Pii,Pish,Pita等抗稻瘟病基因功能标记分别检测了沾叶独枝,研究表明沾叶独枝含有Pita基因。为了鉴定沾叶独枝另一抗性基因,选用300个平均分布于水稻12条染色体上的SSR标记对由GD08-T19接种的F2代群体构建的抗病池和感病池进行筛选和连锁分析。发现位于第6染色体上的2个SSR标记RM19769和RM19959与抗性基因连锁。进一步的定位区域扩充标记连锁分析表明,有6个标记RM19792、RM19804、GDAP41、RM19818、ESR6、RM19844与目的抗性基因连锁。目的基因被初步定位于Pi2/Pi9/Pi50区域。目标区域的Pi50等位基因测序表明沾叶独枝的另一目的抗稻瘟病基因为Pi50本身。 相似文献
6.
稻瘟病是由稻瘟病菌引起的具有广泛性和毁灭性的水稻病害。目前通过抗病亲本杂交聚合培育持久广谱的稻瘟病抗性品种是水稻稻瘟病防治最经济环保的途径,而利用分子标记辅助选择技术对水稻育种亲本抗性基因分布的研究是分子辅助聚合育种的基础。本研究以36个育种亲本为实验材料,进行苗瘟和穗颈瘟鉴定,结合特异性分子标记Pid3、Pita、Pikm、Pib、Piz,研究这些育种亲本的稻瘟病抗性基因的分布情况。同时,对恢复系材料蜀恢498的抗稻瘟病基因Pita和Pikm扩增测序并进行同源序列比对分析,初步在分子水平分析抗病基因与抗病表型的关系。 相似文献
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《分子植物育种》2017,(2)
Pita是一个对稻瘟病生理小种具有广谱抗性的基因,通过对Pita抗病等位基因与感病等位基因编码区进行PCR扩增、测序与序列比对,在编码区的+2 001 bp即内含子中鉴定到一处特异性编码序列(抗、感病等位基因分别为GCC和CTAT),针对该目标位点,本研究利用两对交叉引物PCR(PCR with confronting two-pair primers,PCR-CTPP)方法开发出一套鉴定该目标位点的共显性标记用于鉴定Pita等位基因类型,结果表明该标记特异性强、稳定、结果准确、耗时少、成本低廉,可广泛应用于分子标记辅助选择育种或水稻资源中对Pita基因型鉴定、筛选的应用。 相似文献
9.
稻瘟病是对水稻生产具有严重威胁的真菌病害,选育并推广聚合多个抗稻瘟病基因的抗病品种是防控该病最为经济有效的途径。本研究以携带不同抗稻瘟病基因的‘吉粳105’(Pita)和‘T639’(Pi5)为亲本杂交衍生的后代群体为试材,利用分子标记辅助育种技术,筛选到3个聚合抗稻瘟病基因Pita和Pi5的后代。并以其中一个株系‘吉2011TK50’为试验材料,利用人工接种鉴定、显微观察及定量PCR等技术研究‘吉2011TK50’的抗病表型及抗性分子机制。结果表明,抗稻瘟病基因的聚合能够增强该品系对稻瘟病的抗性。显微观察和抗稻瘟病基因表达分析发现,基因聚合株系在接种稻瘟病菌后24 h PR基因表达量显著升高,被稻瘟病菌侵染的细胞开始出现过敏性死亡等抗病反应,抑制了稻瘟病菌的进一步侵染。研究结果证实聚合Pita和Pi5可提高水稻品种对抗稻瘟病的抗性,这可为抗病基因聚合育种提供参考。 相似文献
10.
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利用可视化标记建立Cre-loxP介导的抗生素删除载体系统并应用于玉米转基因研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究通过Cre-loxP系统,构建了Kan基因的删除载体系统,利用花青素合成途径中转录因子的表达指示删除的效果。首先,利用两次PCR方法对pGreen载体进行改造,在卡那霉素抗性(Kan)基因的两侧加入两个同向的loxP位点,在多克隆位点前插入5-烯醇式丙酮酸莽草酸-3-磷酸(EPSP)合酶的表达框作为筛选标记基因,命名为pBAC823。在此载体基础上,构建了两个植物表达载体,组成一个抗生素可删除的载体系统。其一是在pBAC823载体Kan基因的一侧加入花青素合成途径中两个转录因子bi基因和cl基因的表达框,命名为pBAC9008。该载体可以作为基础植物表达载体,用于表达目的基因。其二是含Cre酶基因表达框的植物表达载体。将hsp70启动子驱动的cre基因的表达框插入pBAC823载体Kan基因的一侧,并将玉米花青素基因合成途径中转录因子bi和cl的表达框插入多克隆位点,命名为pBAC9009,此载体作为一个删除载体,单独转化植物,之后可以通过杂交方法删除目的基因表达载体中两个loxP位点之间的Kan基因片段。将上述载体转化玉米幼胚,得到T0代转基因玉米的种子,其中部分籽粒为紫色,分子检测结果表明紫色籽粒有花青素基因的插入,验证了花青素合成基因作为可视化标记的可靠性。本研究采用了可视化标记跟踪外源基因的表达和抗生素抗性基因的删除,不仅大大降低了外源基因的检测成本,为转基因食品安全提供技术保证,在转基因研究中具有重要的意义。 相似文献
12.
CRISPR/Cas9系统可对植物的内源基因进行定点编辑,为获得基因缺失突变体提供了新的工具。HD-ZipⅢ家族成员REVOLUTA(REV)是植物发育过程中的关键转录因子。本研究利用CRISPR/Cas9基因编辑技术对拟南芥REV进行特异性定点编辑,构建REV基因编辑表达载体,并利用农杆菌介导的花序浸染法将其转入拟南芥。经潮霉素抗性平板筛选和PCR扩增及测序鉴定,获得7棵转基因株系。对转基因植株REV基因的测序结果显示,有3株均成功在靶点1处产生编辑,且其中1株在靶点2处也成功编辑。该基因编辑突变体的获得为后续深入研究REV基因在拟南芥形态发育过程中的作用提供了新的遗传材料。 相似文献
13.
在菜油品质上黄籽相较于褐籽更为优良,且更易于合成高质量的生物柴油。已有研究表明TT1(TRANSPARENT TESTA 1)基因是类黄酮代谢途径中的关键基因,为了通过CRISPR/Cas9基因编辑载体验证TT1基因在白菜型油菜中的功能,本研究先在拟南芥中进行了TT1基因的编辑。构建了CRISPR/Cas9 TT1基因编辑载体,通过农杆菌介导侵染拟南芥花序的遗传转化方式将编辑载体引入拟南芥Columbia生态型,通过表型观察发现T1代12株阳性苗中产生了11株表型株,其中1株表现为褐籽,2株表现为黄籽,9株表现为黄籽和褐籽的嵌合。测序检测分析其突变型结果发现,TT1靶位点处有单碱基缺失、单碱基插入、多个碱基缺失、碱基缺失后插入以及两个靶位点之间多个碱基缺失的多种突变类型。T2代获得一株纯合突变体,TT1两个靶位点之间产生79 bp的碱基缺失,且全株表现为黄籽。本研究为CRISPR/Cas9载体在白菜型油菜中TT1基因功能验证提供借鉴,并为其它作物TT1同源基因的功能验证提供了新的突变体材料。 相似文献
14.
Shen Chen Jing Su Jingluan Han Wenjuan Wang Congying Wang Jianyuan Yang Liexian Zeng Xiaojing Wang Xiaoyuan Zhu Chengwei Yang 《Euphytica》2014,195(2):209-216
In the present study, we performed the resistance assessment by rice blast inoculation on IRBLta2-Re and IRBLta-CP1, the experimental lines supposed to carry rice blast resistance genes Pita2 and Pita, respectively. The analysis by using 196 rice blast isolates derived from China indicated that the resistance spectrum of IRBLta2-Re was broader than that of IRBLta-CP1. Both IRBLta2-Re and IRBLta-CP1 have the Pita gene by analyzing the functional single amino acid difference of Pita/pita locus. To identify the additional gene in IRBLta2-Re, 1250 F2 individuals from the cross between CO39 and IRBLta2-Re were used as the mapping population. The F2 population was inoculated with the blast isolate 08-T4 which was incompatible to IRBLta2-Re, but compatible to CO39 and IRBLta-CP1. In the phenotypic data analysis, the F2 population segregated in a 3:1 ratio for resistant and susceptible plants, respectively, suggesting that IRBLta2-Re has an additional resistance gene other than Pita, which was tentatively designated Pita3(t) (supposed to be Pita2). To identify the Pita3(t), a total of 50 microsatellite and 12 position specific microsatellite markers distributed by two sides of the Pita gene were selected in the parent polymorphism screening. The results showed that PT4 and PT5 were co-segregated with the target gene. A contig map corresponding to the resistance gene and Pita genes was constructed based on the fine mapping and bioinformatics assay. The resistance gene, Pita3(t), was, thus, assumed to be in an interval of approximately 178 kb which containing a total of 5 NBS–LRR genes, and was about 500 kb away from the Pita gene. 相似文献
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Jahangir Imam Shamshad Alam Nimai P. Mandal Mukund Variar Pratyoosh Shukla 《Euphytica》2014,196(2):199-211
Molecular screening and genetic diversity of major rice blast resistance (R) genes were determined in 32 accessions of rice germplasm from North East and Eastern India with ten gene based single nucleotide polymorphisms and sequence tagged sites (STS) markers, namely z56592, zt56591, k39512, k3957, candidate gene marker, Pita3, YL155/YL87, YL183/YL87, Pb28, 195R-1 which showed close-set linkage to nine major rice blast resistance (R) genes, Piz, Piz-t, Pik, Pik-p, Pik-h, Pita/Pita-2, Pib and Pi9 and one susceptible pita gene. Among the 32 accessions, 13 were positive for Piz gene and six for Piz-t gene. Six accessions were positive for Pik gene, seven for Pik-p and 16 for Pik-h gene. One accession, Atte thima, was positive for three of Pik multiple genes. Out of 32, only two germplasm, Dudhraj and Nepali dhan, were detected with both Pita3 and YL155/YL87 marker for Pita/Pita-2 gene. The Pib gene appeared to be omnipresent and was detected in 31 of 32 germplasm with marker Pb28. The gene specific STS marker, 195R-1, for Pi9 gene produced positive bands in only two germplasm, Kalchatti and Bachi thima. The Uniform Blast Nursery (UBN) analysis showed that out of 32, six germplasm was resistant, ten moderately resistant and 16 germplasm were susceptible. Presence of Piz-t, Pita/Pita-2 and Pi9 gene ensured a resistant reaction in outdoor blast nursery whereas germplasm carrying Pib was susceptible when present alone. Presence of multiple genes, however, contributed to slow blasting resistance in the field. These results are useful in identification and incorporation of resistant genes from the germplasm into elite cultivars through marker assisted selection in rice breeding programs. 相似文献
16.
[Objective] The function of U3 and U6 promoters that were cloned from sea-island cotton were identified in order to provide more available U3 and U6 promoters for the construction of cotton CRISPR/Cas9 multi-sites gene editing system. [Method] Two CRISPR/Cas9 gene editing vectors were constructed, in which sgRNA were driven by GbU6-7P and GbU3-2P, respectively, and GGB, a negative regulator in drought tolerance, was used as target gene. The function of the vector were identified in cotton leaf protoplast of Xinhai 16. The core fragment of CRISPR/Cas9 gene editing vector were enriched by Polymerase chain reaction method and were delivered into protoplast through PEG transient transformation. Then genomic DNA were extracted from protoplast. Gene mutations were analyzed using Enzyme digest/Polymerase chain reaction and sequenced. Finaly the mutation efficiencies of the CRISPR/Cas9 system were calculated and the frequency distribution of the mutation in target site were drawn in order to confirm the authenticity of the mutation. [Result] All type of mutation in target loci were base substitution. [Conclusion]Both CRISPR/Cas9 gene editing systems based on GbU3-2P and GbU6-7P promoters could successfully edit the sequence of cotton GGB gene and cause gene mutation. 相似文献
17.
ABI4(Abscisicacid-insensitive4)是ABA响应途径中重要的转录因子。本研究以甘蓝型油菜全基因组数据库为基础,借助拟南芥ABI4蛋白的氨基酸序列,通过序列比对,获得了甘蓝型油菜的2个BnaABI4,分别命名为BnaABI4-A (GenBank登录号为BnaA03g18970D)和BnaABI4-C (GenBank登录号为BnaC03g725-10D)。在这两个基因的CDS序列上寻找一段长度为20 bp、序列相同的片段作为基因编辑的目标位点,构建CRISPR/Cas9基因编辑载体pCAMBIA1300-sg RNA/Cas9-BnaABI4;借助根癌农杆菌介导的油菜下胚轴遗传转化法,成功将BnaABI4的基因编辑表达框转入甘蓝型油菜‘湘油15’中,共获得转基因植株13株,这将为深入研究甘蓝型油菜BnaABI4的生物学功能提供科学依据。 相似文献
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基于棉花U6启动子的海岛棉CRISPR/Cas9基因组编辑体系的建立 总被引：3，自引：0，他引：3
CRISPR/Cas9基因组编辑技术是基因功能研究的一种强有力的工具, 目前已在许多生物体中成功实现内源靶向基因的突变。利用已克隆的海岛棉新海16的2个U6启动子, 分别构建带有新海16内源基因(GbGGB和GbERA1)靶位点DNA片段的CRISPR/Cas9基因编辑载体。以新海16的胚性愈伤组织为供试材料, 制备海岛棉的原生质体。通过PCR方法大量富集构建好的CRISPR/Cas9基因编辑载体的核心片段(包括GbU6::sgRNA和CAMV35S::Cas9两部分), 并利用PEG法转化海岛棉的原生质体。对原生质体基因组DNA进行酶切后PCR, 成功检测到内源靶基因的突变现象。对PCR产物进行克隆测序, 结果显示序列突变的类型主要以碱基替换为主, 少数为碱基缺失。结果表明基于海岛棉U6启动子的CRISPR/Cas9基因编辑系统能在海岛棉中实现靶向基因编辑的功能, 为棉花功能基因组学研究提供了重要的技术基础。 相似文献