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1.
本研究利用有丝分裂雌核发育建立牙鲆(Paralichthys olivaceus)双单倍体(Doubled Haploids,DH)群体,对牙鲆体重、全长、背鳍长、腹鳍长、体高、尾柄高、头高和躯干长共8组表型性状标准化处理后,进行主成分分析,得到可解释全部性状90.4%的表型主成分性状。然后,基于JoinMap 4、MapDisto、JoinMap 4-DistortedMap、MapDisto-DistortedMap构建4个连锁图谱,用偏分离标记矫正数量性状位点(Quantitative Trait Locus,QTL)基因型条件概率,采用Bayesian模型选择方法定位牙鲆表型主成分性状的加性QTL和上位性QTL。结果表明,用不同方法构建的遗传图谱和表型主成分性状QTL定位结果均有所不同。在图谱构建中,与基于JoinMap 4构建的图谱相比,基于MapDisto构建的图谱中偏分离标记的相对位置和遗传距离都发生了变化,甚至有5个偏分离标记没有被定位到相应的连锁群上;相对于基于JoinMap 4和MapDisto构建的图谱,经DistortedMap校正后的图谱中偏分离标记的相对位置没有发生变化,但是偏分离标记间遗传距离发生了变化。另外,在4个图谱中都检测到3个加性QTL,分别位于6号连锁群上,可解释表型变异的12.95%、14.85%、11.56%和11.76%,9号、22号连锁群上,具有负向加性效应;9号连锁群上,可解释表型变异的13.86%、13.27%、11.17%和11.25%,具有负向加性效应;22号连锁群上,可解释表型变异的5.68%、4.36%、4.97%和3.58%,具有正向加性效应。同时,分别检测到28对、19对、29对和20对上位性QTL,主要分布在6号、7号、9号、17号、20号和22号连锁群上,可解释表型主成分性状变异的2.19%~17.62%、2.40%~22.26%、2.08%~26.0%、3.16%~22.05%。研究结果表明,基于MapDisto软件构建、经DistortedMap软件包矫正后的图谱,定位结果更加准确,但仍需进一步验证。  相似文献   

2.
为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因组总长度为2 244.66 cM,标记间平均距离为4.63 cM。利用MapQTL 5.0(interval mapping,IM)区间作图法进行QTL检测。结果显示,共得到2个与头长相关的QTL区间,分别分布在LG21和LG42,可解释型变异分别为28.2%、32.6%;6个与头长体长比性状相关的QTL位于LG8、LG15、LG18、LG21、LG39、LG40,可解释表型变异范围是16.4%~49.3%。全部QTL区间中贡献率大于20%的主效QTL有7个,HL-21和HL-42是头长性状的主效区间;HBR-8、HBR-15、HBR-21、HBR-39和HBR-40是头长体长比性状的主效QTL区间。利用SPSS的一般线性模型(GLM)针对另一群体进行验证,结果表明HLJ692与镜鲤头长体长比显著相关。  相似文献   

3.
黄颡鱼遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位   总被引：2，自引：0，他引：2  
以野生(♂)和人工养殖(♀)黄颡鱼杂交的100个F1个体为作图群体,用SSR、SRAP和TRAP3种DNA分子标记技术构建黄颡鱼的遗传连锁图谱。图谱整合了13个SSR标记,89个SRAP标记,26个TRAP标记。其中雌性框架图谱包括16个连锁群,图谱的长度为585.5cM;雄性框架图谱包括15个连锁群,图谱的长度为752.3cM;共享框架图谱包括5个连锁群,图谱的长度为231.3cM。用该连锁图谱对黄颡鱼的5个生长相关性状进行QTL扫描,在雌性图谱上检测到1个头宽的QTL,定位于第七连锁群上,LOD值为3.2,可解释的表型变异为13%。在雄性图谱上分别检测到1个体高和体长的QTL,均定位于第一连锁群上。体高QTL的LOD值为2.4,可解释的表型变异为12%。全长QTL的LOD值为2.1,可解释的表型变异为11%。3个QTL均可用于黄颡鱼的生长性状的标记辅助育种。  相似文献   

4.
一种杂交鲤四种经济性状的QTL定位分析   总被引：1，自引：1，他引：0  
以柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系杂交F21个家系的92尾个体为材料,用300个微卫星(SSR)标记构建了遗传连锁图谱,其长度为2 471.7 cM,标记间平均间隔为10.75 cM,在此基础上对体长(SL)、体厚(BT)、体高(H)和体质量(W)进行QTL定位分析.共检测到17个QTL区间分布于6个连锁群.4个体长的QTL中,位于LG5、LG7和LG19的QTL为显著水平(P＜0.05),位于LG32的QTL为极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为5.14％～10.2％;4个体厚的QTL中,位于LG11(两个QTL)和LG32上的QTL为显著水平(P＜0.05),位于LG5的QTL达极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为6.42％～ 8.43％;6个体高的QTL中,LG5,LG10,LG11,LG19,LG32上的QTL为显著水平(P＜0.05),LG7上达极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为5.92％ ～ 8.95％;3个体质量的QTL中,位于LG5和LG7上的为显著水平(P＜0.05),可解释表型变异率为5.55％和8.36％,LG32上达极显著水平(P＜0.01),可解释表型变异率为6.44％.本研究采用了两个不同品系的杂交子代为作图群体,丰富了QTL研究群体的多样化,为今后不同鲤品系或品种间的QTL在全基因组水平上的比较和共性QTL的发掘等奠定基础,进而指导鲤分子育种.  相似文献   

5.
鲤头长、体厚、体高性状的QTL定位及遗传效应分析   总被引：2，自引：2，他引：0  
用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG25(SNP1041-HLJ594)、LG35(SNP1425-SNP0389)等6个连锁群上,解释表型变异范围为20.0%～43.3%。其中,SNP1339-SNP1490区间LOD值最大为3.64,解释表型变异35.4%。6个与头长相关的QTLs,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG12(HLJ071-HLJ336)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG24(SN...  相似文献   

6.
牙鲆身体纵轴生长相关性状QTL定位   总被引：1，自引：1，他引：0  
以经紫外线灭活的真鲷(Pagrosomus major)精子作为异源精子,诱导牙鲆(Paralichthys olivaceus)卵子进行有丝分裂雌核发育,通过静水压方法获得165个双单倍体作为实验材料.测量牙鲆身体纵轴6个生长相关性状(体长、头长、背鳍基长、腹鳍基长、尾柄长和尾长),并用SPSS 19.0对其进行正态分布及相关性分析.运用MapQTL4.0中多座位QTL 模型(MQM)对控制6个性状的QTL进行定位及遗传效应分析.结果表明,所检测6个性状均符合正态分布,并且相互之间呈极显著相关(P<0.01).在全部24个连锁群上检测到22个控制相关性状的QTL,分布在10个连锁群上.其中与体长相关的QTL有4个,头长相关的QTL为3个,控制背鳍基长的QTL为4个,与腹鳍基长相关的QTL为3个,与尾柄长相关QTL 7个,控制尾长的QTL仅有1个.各QTLs的LOD 值在2.01~3.68之间,可解释3.7%~12.6%的表型变异.控制体长和尾长的 QTL存在共定位,控制体长的 QTL 还与控制背鳍基长及腹鳍基长的QTL存在共定位.本研究结果可为今后进一步辅助育种和改良性状提供参考.  相似文献   

7.
牙鲆遗传作图及生长性状QTL定位   总被引：3，自引：1，他引：2  
采用牙鲆日本群体和韩国群体杂交的92个F1个体作为分离群体, 利用微卫星标记和Joinmap 4.0作图软件构建了牙鲆遗传连锁图谱。共有221个SSR标记用于连锁图谱构建, 雌性图谱中, 共178个微卫星标记定位到22个连锁群上, 观测总长度为(G oa )599.0 cM, 覆盖率(C oa )达76.27%。雄性图谱中, 共194个微卫星标记定位到23个连锁群上, G oa 为693.4 cM, C oa 为78.82%。对全长、体质量、体高3组数据进行主成分分析处理, 得到可解释3个性状的89.6%特征的一组数据, 命名为牙鲆生长性状GT。用WinQTLCart 2.5软件的复合区间作图,在已构建的遗传连锁图谱上对牙鲆生长性状GT进行QTL定位, 取LOD经验值2.5为QTL存在的阈值; 对微卫星标记进行性状—标记之间的回归分析。本研究共定位3个与牙鲆生长性状GT相关的QTLs, qGT-f4 qGT-m20 qGT-f20,可解释表型变异率分别为27.60%, 13.74%, 10.27%。在性状—标记之间的回归分析中, 得到22个与生长性状GT相关(P<0.05)的微卫星标记, 单个标记可解释表型变异率介于3.70%~10.42%, 其中6个微卫星标记scaffold558_51720、scaffold558_26183、scaffold903_69232、scaffold485_47120 、scaffold1262_77386、scaffold809_65154与生长性状GT之间呈极显著相关(P><0.01), 可解释表型变异率分别为10.42%、7.31%、10.07%、10.07%、8.39%和11.26%。  相似文献   

8.
长牡蛎成体生长性状的遗传参数估计   总被引：17，自引：7，他引：10  
在长牡蛎(Crassostrea gigas)的选择育种工作中,于2009年和2010年分别获得24个和32个全同胞家系。根据长牡蛎360日龄的壳高、壳长、壳宽、总重、壳重、肉重和出肉率参数,利用ASREML软件的REML方法计算表型变量的方差组分,估算了长牡蛎成体阶段生长性状的遗传参数。结果表明,不同年份长牡蛎家系的生长存在显著差异,2009年家系的壳高、肉重和出肉率显著低于2010年家系(P<0.05),2009年家系的总重则显著高于2010家系(P<0.05)。除出肉率外,2009年和2010年家系的壳高与其他生长性状均存在显著的正相关性(P<0.05)。壳高和总重具有较高的遗传力,分别为0.35±0.15和0.27±0.13。长牡蛎成体阶段各生长性状间的遗传相关和表型相关均为正相关,但相关性的大小不同。本研究估测的长牡蛎成体阶段生长性状的遗传参数,可以为合理制定长牡蛎的育种方案和选择反应预测提供参考依据。  相似文献   

9.
分别以长牡蛎(Crassostrea gigas)‘海大1号’第8代和第9代选育群体中的个体为亲本,采用巢式设计的交配方法,于2016年和2017年分别获得41个和38个全同胞家系。根据各家系长牡蛎330日龄的壳高、壳长、壳宽和体重等表型参数,通过建立多性状动物模型,利用ASReml软件中的限制性极大似然法估算各表型变量的方差组分,对‘海大1号’连续两代选育群体生长性状的遗传参数进行评估。结果表明,两个选育世代的‘海大1号’生长性状均具有较高的变异水平,变异系数为20.74%~55.14%,各生长性状仍具有遗传改良潜力。‘海大1号’各生长性状间的表型相关均为正相关,相关系数大小存在差异。3个壳型性状与体重的遗传相关均为正相关,且处于较高水平(0.40~0.66)。除壳宽性状的遗传力较低外,壳高、壳长与体重的遗传力在0.16~0.37,均属中高等遗传力水平,表明‘海大1号’经过多代选育后,生长性状仍具有较大的加性遗传效应,可根据个体表型值大小,继续通过群体选育获得遗传进展。研究结果为长牡蛎‘海大1号’制种方案的制订和保种工作提供了参考依据。  相似文献   

10.
为了克服单个家系数量性状位点(QTL)检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星(SSR)标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长(SL)和体质量(BW)性状进行QTL分析。结果显示,基于父系的QTL分析,共检测到4个QTL区间,其中,3个体长的QTL中,1个为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG24,可解释表型变异率为20.3%;其余2个均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性,分别位于LG6和LG30,可解释表型变异率分别为11.9%和11.6%。1个体质量的QTL达到99%基因组水平,位于LG24,可解释表型变异率达到38.3%,且与体长QTL区间重叠。基于母系的QTL分析,共检测到8个QTL区间,其中,5个体长的QTL中,1个为99%染色体水平,位于LG8,可解释表型变异率为16.6%;其余4个均为95%染色体水平,分别位于LG24、LG30、LG31和LG45,可解释表型变异率为9.6%~14.2%,且位于LG24和LG30上的QTL为父母本共有;3个体质量的QTL均与体长QTL区间重叠,1个为95%染色体水平,位于LG24,其余2个均为99%染色体水平,位于LG30和LG45,可解释表型变异率分别为14.1%和13.6%。进一步分析发现,位于LG24上的体长和体质量QTL区间重叠且均为父母本共有,体质量的3个QTL均与体长QTL存在重叠区域且呈现成簇分布的特点。本研究结果不仅可以为鲤分子育种提供更可靠的标记,而且为家系和品种间QTL变异规律的探索提供基础数据。  相似文献   

11.
Glycogen content and shell pigmentation are two important economic traits of the Pacific oyster Crassostrea gigas. The first set of quantitative trait loci (QTLs) controlling the two traits was determined in an F1 full-sib family based on a sex-averaged linkage map. The linkage map was constructed using 120 SSRs, and 66 expressed sequence tag-derived single nucleotide polymorphisms (EST–SNPs). Two QTLs were found to be associated with glycogen content, explaining 0.27–79.05 % of the phenotypic variation. One QTL on LG9 were found to be related to shell pigmentation, the paternal and maternal alleles explaining 6.75 and 17.44 % of the phenotypic variation. The relationship of glycogen content with left shell depth and QTL linkage group analysis suggests that left shell depth and volume might be used to assist in indirect selection for glycogen content. The constructed linkage map and determined QTLs can provide a tool for further genetic analysis of the traits and be potential for marker-assisted selection in C. gigas breeding.  相似文献   

12.
The locations and effects of quantitative trait loci (QTL) were estimated for nine characters for growth‐related traits in the Pacific abalone (Haliotis discus hannai Ino) using a randomly amplified polymorphic DNA (RAPD), amplification fragment length polymorphism (AFLP) and SSR genetic linkage map. Twenty‐eight putatively significant QTLs (LOD>2.4) were detected for nine traits (shell length, shell width, total weight, shell weight, weight of soft part, muscle weight, gonad and digestive gland weight, mantle weight and gill weight). The percentage of phenotypic variation explained by a single QTL ranged from 8.0% to 35.9%. The significant correlations (P<0.001) were found among all the growth‐related traits, and Pearson's correlation coefficients were more than 0.81. For the female map, the QTL for growth were concentrated on groups 1 and 4 linkage maps. On the male map, the QTL that influenced growth‐related traits gathered on the groups 1 and 9 linkage maps. Genetic linkage map construction and QTL analysis for growth‐related traits are the basis for the marker‐assisted selection and will eventually improve production and quality of the Pacific abalone.  相似文献   

13.
镜鲤体质量和体长的QTL定位研究   总被引：2，自引：1，他引：1  
以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系为材料,用940对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对体质量(BW)和体长(SL)进行QTL定位分析。QTL检测显示:基于父系的QTL分析,共检测到8个QTL区间。5个与体质量相关的QTL区间中,1个QTL为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG26连锁群,其他4个QTL均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性;3个与体长相关的QTL区间与体质量的QTL区间重叠,其中,1个QTL为99%基因组水平显著性,其余2个QTL均为95%染色体水平显著性。基于母系的QTL分析,共检测到11个QTL区间。6个与体质量相关的QTL区间中,1个QTL为99%基因组水平显著性,位于LG26,2个QTL为99%染色体水平显著性,其余3个QTL均为95%染色体水平显著性;5个与体长相关的QTL中有4个与体质量QTL区间重叠,其中,1个QTL为99%基因组水平显著性,1个QTL为99%染色体水平显著性,其余3个QTL均为95%显著性染色体水平。结果表明,在LG26上,存在着与体质量和体长都显著相关的QTL区间,且均达到基因组显著性水平,最小置信区间为3 cM。此QTL结果可以应用于鲤鱼分子标记辅助育种。  相似文献   

14.
Growth‐related traits are the main target of genetic breeding programmes in grouper aquaculture. We constructed genetic linkage maps for tiger grouper (Epinephelus fuscoguttatus) and giant grouper (E. lanceolatus) using 399 simple sequence repeat markers and performed a quantitative trait locus (QTL) analysis to identify the genomic regions responsible for growth‐related traits in F1 hybrid grouper (E. fuscoguttatus × E. lanceolatus). The tiger grouper (female) linkage map contained 330 markers assigned to 24 linkage groups (LGs) and spanned 1,202.0 cM. The giant grouper (male) linkage map contained 231 markers distributed in 24 LGs and spanned 953.7 cM. Six QTLs affecting growth‐related traits with 5% genome‐wide significance were detected on different LGs. Four QTLs were identified for total length and body weight on Efu_LG8, 10, 13 and 19 on the tiger grouper map, which explained 6.6%–12.0% of the phenotypic variance. An epistatic QTL with a reciprocal association was observed between Efu_LG8 and 10. Two QTLs were identified for body weight on Ela_LG3 and 10 on the giant grouper map, which explained 6.9% of the phenotypic variance. Two‐way analysis of variance indicated that the QTL on Efu_LG13 interacts with the QTLs on Ela_LG3 and 10 with large effects on body weight. Furthermore, these six QTLs showed different features among the winter, summer and rainy seasons, suggesting that environmental factors and fish age affected these QTLs. These findings will be useful to understand the genetic structure of growth and conduct genetic breeding in grouper species.  相似文献   

15.
  相似文献   

16.
香港牡蛎营养丰富,味道鲜美,在上市前会通过集中育肥提高风味口感和经济价值。为探明不同育肥方式对香港牡蛎的育肥效果,对经过池塘育肥和外海育肥后香港牡蛎的壳高、壳长、壳宽、体质量、软体质量、出肉率、糖原含量、甜菜碱含量、蛋白含量等指标进行检测,并与内海对照组牡蛎进行比较分析。检测结果显示,经过池塘育肥,香港牡蛎的壳高、体质量、糖原含量和蛋白含量均显著升高( P <0.01),甜菜碱含量显著降低( P <0.01),壳长、壳宽、软体质量、出肉率无显著变化;经过外海育肥的香港牡蛎糖原含量显著升高( P <0.01),壳高、壳长、体质量、软体质量( P <0.01)和甜菜碱( P < 0.05 )含量显著降低,壳宽、出肉率和蛋白含量无显著变化。试验结果表明,池塘育肥比外海育肥效果要好;不论哪种育肥方式,育肥后牡蛎的糖原含量均显著升高,甜菜碱含量均显著降低,出肉率均无显著变化。  相似文献   

17.
为了培育壳型和生长性状优良的深凹壳型香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)新品系,以广东台山镇海湾香港牡蛎野生群体为基础群体,以壳型和生长为主要选育目标,依据壳型指数D和巢式设计建立了30个全同胞家系和1个对照组,评估各家系和对照组在幼虫期和稚贝期的生长和存活性能。结果表明,整个生长阶段,各家系生长性状和存活率的平均值均高于对照组。幼虫期,所有家系壳高、生长速度以及存活率的平均值均高于对照组,所有家系壳高平均值比对照组提高3.78%～7.73%,生长速度提高7.86%,存活率提高2.85%～7.32%。稚贝期,所有家系壳高、壳长以及生长速度、存活率的平均值均高于对照组平均值,壳高提高5.23%～16.32%,壳长提高7.94%～10.69%,生长速度提高9.55%～20.16%,存活率提高3.45%～12.25%。不同家系在不同时期的生长性状和存活性能也表现出较大的差异,G1在整个稚贝期的生长性状、生长速度以及存活率的平均值均显著高于所有家系和对照组的平均值, 12月龄G1家系的壳高、壳长、壳宽、壳型指数D、总重、壳重、软体重、存活率比所有家系平均值提高9.83%～54.75%,相比对照组平均值提高23.34%～80.77%,同时G3、G10、G12、G15、G19、G23、G26在稚贝期也表现出较大的生长优势和存活优势。研究表明,深凹壳型香港牡蛎家系选育群体在生长性状和存活性能上均具有较大的优势, G1、G3、G10、G12、G15、G19、G23、G26可作为后期培育生长性能优良的深凹壳型香港牡蛎新品系的育种材料。本研究为中国华南地区培育出深凹壳型、生长性能良好的香港牡蛎优良品种提供了理论基础和数据材料。  相似文献   

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