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相似文献
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1.
The study was aimed to research the structure and function of Mx gene in Beijing duck.Full-length sequence of Beijing duck Mx gene was amplified by RT-PCR from the total RNA extracted from duck embryo fibroblast(DEF) induced by Poly(I:C).Furthermore, the expression of Mx gene in DEF infected with DRV was described.Sequence analysis indicated that the duck Mx gene contained an open reading frame(ORF) of 2166 bp encoding a protein of 721 amino acids.A phylogenetic tree based on Mx gene sequence was constructed.The results showed that Beijing duck Mx gene had the lowest distance with the gene from wild duck available in GenBank.Homology analysis showed that Beijing duck Mx gene nucleotides and deduced amino acids shared 47.8% to 99.8% and 47.9% to 99.4% homologies with those from other animals available in GenBank, respectively.Fluctuation expression of Beijing duck Mx gene was found with DEF incubated with duck reovirus.Duck Mx gene was successfully cloned and predicted with characteristic of typical structure of Mx family.Gaining Beijing duck Mx gene laid a foundation for further researching Mx protein antiviral activity, molecular mechanism and interferon monitoring of poultry.  相似文献   

2.
本试验旨在研究北京鸭Mx基因的结构及功能。利用干扰素诱导剂Poly(I:C)诱导鸭胚成纤维细胞(DEF),提取细胞总RNA,采用RT-PCR方法扩增北京鸭Mx基因全长编码区序列,并观察其在感染了鸭呼肠孤病毒(DRV)的DEF中的动态表达情况。北京鸭Mx基因序列分析结果显示,该基因编码区全长2166 bp,编码721个氨基酸残基。通过与GenBank中已登录的脊椎动物Mx基因进行核苷酸系统进化树分析,结果显示北京鸭Mx基因与野鸭Mx基因关系最近。北京鸭Mx序列与其他动物基因序列的比对结果显示,核苷酸同源性为47.8%~99.8%,氨基酸同源性为47.9%~99.4%。DRV孵育DEF后,Mx呈波动性表达。结果表明,本试验成功克隆了北京鸭Mx基因,预测分析证实其编码的蛋白具有脊椎动物Mx蛋白共有的结构特征,北京鸭Mx蛋白全基因的获得为下一步研究禽类Mx蛋白的抗病毒活性、作用机制及干扰素的监测奠定了基础。  相似文献   

3.
2014年11月河北某规模化鸡场一批4周龄左右的肉鸡发病死亡,临床表现为精神沉郁、呼吸困难、关节肿大、跛行等症状,为对此疫病进行确诊,通过病理组织学观察、细菌分离、PCR检测、药敏试验、动物致病性试验等实验室诊断方法进行系统分析。病理组织学观察结果显示肺脏出血,心脏、肝脏水肿,并伴有异嗜性粒细胞浸润;镜检可见两极深染的短杆菌;用多杀性巴氏杆菌KMT-1基因和禽呼肠孤病毒(ARV) σB基因特异性引物的扩增结果均为阳性;该巴氏杆菌分离菌可致死小鼠,且对头孢曲松、头孢哌酮等药物高度敏感。根据上述实验室检测结果并结合临床症状进行综合分析,最终确诊该病为ARV和巴氏杆菌混合感染。  相似文献   

4.
In December 2014,a group of 4 weeks old broilers died in a large-scale chicken farm in Hebei province.The clinical symptoms of the ill and diseased chicken were depression,dyspnea,joint swelling and claudication.In order to diagnose the disease,a systematic analysis was conducted by laboratory diagnostic methods that included histopathological observation,bacterial isolation,PCR detection,drug sensitive test and animal pathogenicity experiment.The histopathological observation results showed that hemorrhage in the lung,the edema of heart and liver,a large number of heterophil granulocyte infiltration.Bipolar stained brevibacterium was observed under the microscopy.The PCR amplification results of Pasteurella multocida KMT-1 gene and avian reovirus σB gene were positive by using specific primers.The isolated Pasteurella could be lethal to mice and the isolate was highly sensitive to ceftriaxone and cefoperazone.Combination with the above laboratory test results and the clinical symptoms,we confirmed that the cases were mixed infection of avian reovirus and Pasteurella.  相似文献   

5.
Snail家族基因编码具有锌指结构的转录因子,通过结合下游基因参与了多个生理水平的调控,在上皮-间质转化、胚胎发育、免疫调节、癌细胞迁移等方面具有广泛的生物学功能。Snail家族基因参与了脂肪的生成和脂代谢过程,同时也是肌生成决定因子(MyoD)的下游靶基因,也可能参与了肌肉发育调控。因此,Snail家族基因在脂肪生成、肌肉发育及脂代谢等方面发挥了重要作用,是影响哺乳动物特别是农业动物产肉性能和肉品质的一类重要候选功能基因。作者介绍了Snail家族基因及其蛋白结构和基本生物学功能,简述了Snail家族参与Wnt/β-catenin、Notch 等信号通路的调控作用方式,总结了Snail家族基因在哺乳动物脂肪生成和肌肉发育中的作用和调控方式。然而,目前关于Snail家族基因在协同参与哺乳动物脂肪生成和肌肉发育中扮演的角色仍待深入研究。另一方面,一般认为发挥转录抑制作用的Snail家族近年来也被发现具有转录激活作用,这种作用是如何实现的仍未知。因此,Snail家族基因在调控动物脂肪生成和肌肉发育过程中的协同作用、脂肪生成和脂肪水解过程的动态调控及其转录激活作用的发挥是今后研究的方向,为解析Snail家族基因在肉质性状形成过程中的遗传调控机理奠定基础。  相似文献   

6.
寄生原虫是一类单细胞真核生物,是人和动物疾病的重要病原之一,给人类健康和畜牧业发展造成了严重的危害。DNA解旋酶是一类参与几乎所有生物DNA代谢的重要解旋酶,目前原虫DNA解旋酶的研究主要集中在恶性疟原虫,且被报道的DNA解旋酶多为人类或酵母的同源物,其保守基序与人类、酵母等都存在差异,是研究抗原虫药物的重要潜在靶标。笔者主要综述了经典解旋酶的保守结构域及其功能特点,介绍了各个解旋酶的极性与偏好底物等生化特性,汇总了已报道原虫DNA解旋酶的种类。目前报道的DNA解旋酶大多集中在恶性疟原虫,其中疟原虫含18种,利士曼原虫含3种,布氏锥虫和兔脑原虫均含2种,弓形虫含1种。同时介绍了目前原虫中较为引人关注DNA解旋酶:RecQ家族、DEAD-box家族、UvrD解旋酶家族和RuvB家族的功能研究进展,其中DEAD-box家族中有3种疟原虫特异性解旋酶PfPSH1/H2/H3并未在宿主人类中发现相似物,另一种解旋酶UvrD则与人类、小鼠、秀丽隐杆线虫等无同源性,而与细菌、真菌等同源性较高。笔者对原虫DNA解旋酶的基本特性和功能进行综述,阐述了目前原虫DNA解旋酶的研究进展及其作为药物靶标的可能...  相似文献   

7.
DMP家族成员是植物特有的膜蛋白,在植物生殖发育及衰老过程中发挥重要作用。亚麻是我国重要的油料及经济作物,目前关于DMP基因家族在亚麻中的分布及功能研究尚未有报道。本研究利用生物信息学方法对亚麻DMP基因家族进行鉴定,对其序列特征、系统进化、复制事件进行了分析,并利用转录组数据和qRT-PCR分析其在不同组织器官及胁迫处理下的表达模式。本研究以陇亚10号基因组为参照,利用同源性分析共鉴定到17个LuDMP成员,命名为LuDMP-1~LuDMP-17,不均匀分布在9条染色体上。序列特征分析结果表明,除LuDMP-9、LuDMP-16和LuDMP-17外,其余成员均不含内含子;基因启动子区含有大量激素与逆境胁迫相关响应元件;编码的蛋白氨基酸长度为195~240 aa,分子量为20946~25830 Da,等电点为4.76~9.71;所有蛋白均为疏水性蛋白,含有2~5个跨膜结构域及4~8个motif,其中有4个motif存在于所有LuDMP蛋白;绝大多数蛋白定位于细胞膜。LuDMP家族共有3对串联复制事件和8对片段复制事件,进化过程中经历了强烈的纯化选择。转录组分析结果表明,大多数LuDMP...  相似文献   

8.
试验旨在探究猴头菇多糖(HEP)预处理RAW264.7细胞对番鸭呼肠孤病毒(MDRV)复制的影响及其机制,从Toll样受体3/β干扰素TIR结构域衔接蛋白(TLR3/TRIF)信号通路解析HEP在调节MDRV所致的雏番鸭机体免疫抑制中的作用机制并提供体外试验参考。试验设空白对照组(BCG)、病毒感染对照组(VCG)、HEP对照组(HCG)和HEP预防病毒感染组(HPG),RAW264.7细胞在MDRV感染12和24 h后,通过Western blotting检测各组细胞中TLR3、TRIF和肿瘤坏死因子受体相关因子6(TRAF6)的蛋白表达量;病毒感染24 h后,用ELISA法检测各组细胞培养液中肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-10(IL-10)、IL-6、IL-1β、干扰素-β(IFN-β)的含量。TCID50检测结果表明,MDRV病毒的TCID50为103.46。病毒感染后12 h,细胞未出现明显变化;病毒感染后24 h,细胞变圆;病毒感染后36 h,细胞大量死亡。MDRV在RAW264.7细胞中的复制结果显示,在感染病毒12~24 h内,σNS的表达量呈现上升趋势;在24~36 h,σNS的表达量维持在较高水平。Western blotting结果显示,与空白对照组相比,VCG组细胞TLR3、TRIF和TRAF6蛋白的表达量在感染后12和24 h均显著升高(P<0.05),HCG组TRIF蛋白的表达量均显著升高(P<0.05);与感染组相比,HPG组的σNS、TLR3、TRIF和TRAF6蛋白表达量在病毒感染12和24 h均显著降低(P<0.05)。ELISA检测结果显示,与空白对照组相比,VCG组细胞培养液中TNF-α、IL-6、IL-1β和IFN-β的含量均显著升高(P<0.05);与感染组相比,HPG组细胞培养液中TNF-α、IL-6、IL-1β含量均显著降低(P<0.05),IFN-β的含量显著升高(P<0.05)。结果表明,HEP可调节MDRV感染诱导RAW264.7细胞TLR3信号转导通路活化,抑制TLR3信号转导通路下游产物TNF-α、IL-10、IL-6和IL-1β的过度表达,同时上调IFN-β的表达,从而抑制MDRV在RAW264.7细胞中的复制。  相似文献   

9.
TCP是一类与植物生长发育密切相关的转录因子.基于最新发布的千穗谷(Amaranthus hypochondriacus)基因组,本研究鉴定出16个TCP家族基因,并根据序列特征和结构域特点将其分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚类,其中ClassⅡ亚类又可分为CIN/TB1和CYC两个分支.染色体定位结果显示,千穗谷...  相似文献   

10.
【目的】 扩增猪血清和糖皮质激素诱导型激酶(SGK)家族基因并进行生物信息学分析,探索其在猪脂肪组织和细胞中的表达模式。【方法】 以藏猪脂肪细胞cDNA为模板PCR扩增SGK家族基因,通过在线工具预测其编码蛋白的理化性质及亚细胞定位;用Mega X软件构建系统进化树;采集30日龄巴马猪心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、背肌、腿肌、颈部脂肪、背部脂肪、腹股沟脂肪、肾周脂肪等组织及7日龄和4月龄猪腹股沟脂肪组织,通过实时荧光定量PCR检测SGK家族基因在猪不同部位组织中的表达;采集30日龄巴马猪腹股沟脂肪组织并分离基质血管成分(SVF)细胞,诱导SVF细胞向白色脂肪细胞分化,通过实时荧光定量PCR检测SGK家族基因及脂肪分化标记基因CCAAT增强子结合蛋白α(C/EBPα)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARγ)在脂肪细胞中的表达。【结果】 SGK1、SGK2和SGK3基因CDS区序列长度分别为1 296、1 104和1 473 bp,分别编码431、367和490个氨基酸;SGK1和SGK2定位于细胞质,SGK3定位于细胞核,三者均为亲水性蛋白,3个蛋白均含有相同基序,保守性高;系统进化树结果表明,猪与牛的亲缘关系最近;SGK1和SGK3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、多种肌肉及脂肪组织广泛表达,SGK2基因在颈部、背部、腹股沟、肾周脂肪组织中均有较高表达;SGK1和SGK2基因在7日龄猪脂肪组织中表达量极显著高于4月龄猪脂肪组织(P<0.01),SGK3基因在4月龄和7日龄的猪脂肪组织中表达量无显著差异(P>0.05),且SGK3基因的表达量低于SGK1和SGK2基因;与未分化脂肪细胞相比,在分化后的脂肪细胞中SGK1和SGK2基因的表达量极显著上调(P<0.01),且SGK1基因的表达量远高于SGK2基因,而SGK3基因的表达量无显著变化(P>0.05)。【结论】 SGK家族蛋白具有保守结构域,可能发挥着相似的功能,SGK1和SGK2可能参与调控猪脂肪细胞的分化过程,结果可为探究猪脂肪沉积的分子机制提供一定的理论基础。  相似文献   

11.
吕珽  陈虹吟  汤承  岳华 《畜牧兽医学报》2021,52(8):2361-2368
旨在调查川西北牦牛哺乳动物正呼肠孤病毒(MRV)的感染情况并分离病毒。采用RT-PCR方法,对采自川西北15个牧场的72份牦牛腹泻粪便样本和其中5个牧场的15份腹泻牦牛血清样本进行MRV检测,阳性样本进一步用分型PCR确定其血清型。结果显示,粪便样本中MRV检出率为20.83%(15/72),血清2型的比例为60%(9/15);血清样本中MRV检出率为40%(6/15),血清2型的比例为83.33%(5/6);未检测到其他血清型。成功地从腹泻粪便中分离到1株MRV血清2型毒株(TCID50为4×10-8.56·mL-1),并获得长度为23 587 bp的分离株全基因组,该分离株与中国猪源毒株的遗传关系最近;与GenBank中所有的MRV S1基因相比,该分离株有4个独特的氨基酸突变。本研究从牦牛中检测到MRV,并分离到1株牛源MRV血清2型毒株,为进一步研究MRV血清2型生物学特性奠定了基础。  相似文献   

12.
为鉴定水牛ATP结合盒(ATP-binding cassette,ABC)转运蛋白D (ABCD)基因家族成员及其在水牛中的表达,本研究利用生物信息学对水牛ABCD基因家族的染色体定位、基因结构、保守结构域、蛋白理化性质进行分析,利用实时荧光定量PCR检测ABCD1基因在水牛各组织及不同泌乳期乳腺中的表达,并用3种激素处理水牛乳腺上皮细胞,检测激素对ABCD1基因表达的影响。结果显示,从水牛全基因组中共鉴定出9个ABCD家族基因,分别为ABCD1、ABCD2、ABCD3、ABCD4,其中ABCD4基因包含6个不同转录本(ABCD4X1-ABCD4X6),ABCD1~ABCD4 4个基因分别位于X、4、6、11号染色体;序列分析发现,ABCD家族基因包含9~22个内含子,编码444~741个氨基酸,分子质量为49.63~83.41 ku,等电点为6.43~9.64;共找到ABC_membrane_2、Endonuclease_5、ABC_tran 3个ABCD家族基因所共有的功能基序。ABCD基因家族可分为4个亚族,系统进化树显示,ABCD基因高度保守。共线性分析表明,水牛和奶牛之间存在7对直系同源的ABCD家族基因。不同组织定量表达结果表明,ABCD1基因在水牛15个组织中均有表达,其中在脂肪组织中表达量最高。不同泌乳时期的乳腺组织定量表达结果显示,ABCD1基因在50 d表达量达到最高,整个泌乳期呈现低-高-低表达模式。用不同浓度催乳素、雌二醇、孕酮分别处理水牛乳腺细胞,当催乳素、雌二醇和孕酮浓度分别达到2.0、0.3和4.5 μg/mL以上时,ABCD1基因表达量显著高于对照组。结果表明,水牛ABCD基因家族包含9个基因,其中ABCD1基因参与泌乳调控,本研究为进一步探讨ABCD家族基因在水牛乳腺中的功能提供了参考依据。  相似文献   

13.
Chlamydia/Chlamydophila are a family of intracellular gram-negative bacteria that infect their hosts primarily via mucosal epithelia. Chronic disease associated with bacterial persistence, inflammation and tissue damage are common sequelae of infection with these organisms. Human epithelial cell lines respond to infection by releasing pro-inflammatory cytokines and chemokines such as interleukin (IL)-6 and IL-8, and upregulating the expression of mRNA encoding Iκ-B, the endogenous inhibitor of NF-κB. However, Iκ-B is not upregulated in response to bacterial lipopolysaccharide (LPS). The failure of epithelial cells to respond to LPS is associated with the absence of surface expression of CD14. Identification of the components of Chlamydia/Chlamydophila that can induce pro-inflammatory mediators coupled with the mechanisms by which epithelial cells detect infection and respond accordingly will advance the development of preventative strategies.  相似文献   

14.
African horse sickness virus structure   总被引:4,自引:0,他引:4  
African horse sickness virus (AHSV), of which there are nine serotypes (AHSV-1, -2, etc.), is a member of Orbivirus genus within the Reoviridae family. Both in morphology and molecular constituents AHSV particles are comparable to those of bluetongue virus (BTV), the prototype virus of the genus. The two viruses have seven structural proteins (VP1–7) organized in two layered capsid. The outer capsid is composed of VP2 and VP5. The inner capsid, or core, is composed of two major proteins, VP3 and VP7, and three minor proteins, VP1, VP4 and VP6. Within the core is the virus genome. This genome consists of 10 double-stranded (ds)RNA segments of different sizes, three large, designated L1–L3, three medium, M4–M6, and four small, S7–S10. In addition to the seven stuctural proteins that are coded by seven of the RNA species, four non-structural proteins, NS1, NS2, NS3 and NS3A, are coded by three RNA segments, M5, S8 and S10. The two smallest proteins (NS3 and NS3A) are synthesized by the S10 RNA segment, probably from different in-frame translation initiation codons. Nucleotide sequences of eight RNA segments (L2, L3, M4, M5, M6, S7, S8 and S10) and the predicted amino acid sequences of the encoded gene products are also available, mainly representing one serotype, AHSV-4. In this review the properties of the AHSV genes and gene products are discussed. The sequence and hybridization analyses of the different AHSV dsRNA segments indicate that the segments that code for the core proteins, as well as those that code for NS1 and NS2 proteins, are highly conserved between the different virus serotypes. However, the RNA encoding NS3 and NS3A, and the two segments encoding the outer capsid proteins, are more variable between the AHSV serotypes. A close phylogenetic relationship between AHSV, BTV and epizootic haemorrhagic disease virus (EHDV), three Culicoides-transmitted orbiviruses, has been revealed when the equivalent sequences of genes and gene products are compared. Recently, the four major AHSV capsid proteins have been expressed using recombinant baculoviruses. Biochemically and antigenically these proteins are similar to the authentic proteins. Since the AHSV VP7 protein is highly conserved among the different serotypes, it has been utilized as a diagnostic reagent. The expressed VP7 protein has also been purified to homogeneity and crystallized for three-dimensional X-ray analysis. The expressed outer capsid proteins, VP2 and VP5, have been purified and used to raise antisera in rabbits. The VP2 antisera neutralize virus infections in vitro indicating the importance of this protein for vaccine development.  相似文献   

15.
Ca2+/H+反向转运蛋白(CAX)是一类重要的跨膜转运蛋白,在调控植物Ca2+平衡、抵抗非生物胁迫和转运重金属离子等方面具有重要作用。利用生物信息学方法在全基因组水平对紫花苜蓿CAX基因家族进行了鉴定,并对其理化性质、结构特征、系统进化关系、顺式作用元件、染色体定位等进行了分析。结果表明,在紫花苜蓿全基因组中共筛选鉴定出15个MsCAX基因,分布于紫花苜蓿15条染色体上,发生22对基因片段重复事件,编码367~460个氨基酸,等电点为5.2~6.5,且均表现为疏水性蛋白。系统进化关系分析结果表明,MsCAXs分为2个亚家族,同一亚家族成员具有相似的基因结构、保守基序和跨膜结构域数量。MsCAXs启动子区域存在光响应性、激素反应性和胁迫响应元件。利用qRT-PCR分析了6个MsCAXs基因在非生物胁迫下的表达模式,结果表明,在干旱和低温胁迫下,6个MsCAX基因均显著下调表达,在盐和盐碱胁迫下,3个MsCAX基因上调表达。说明在不同的非生物胁迫下,MsCAXs基因表现出不同的表达模式。研究结果为进一步探索紫花苜蓿CAX基因家族的功能提供了参考。  相似文献   

16.
WRKY转录因子参与调控植物生长发育和多种胁迫应答,是一类非常重要的植物转录因子。为解析藜麦WRKY基因的进化特征及挖掘响应胁迫的WRKY基因,本研究利用系统的生物信息学方法在全基因组水平对WRKY基因进行了鉴定,并对其染色体定位、分组、系统进化、共线性分析以及多胁迫条件下的表达模式进行了分析。藜麦基因组中鉴定得到90个WRKY基因;划分为3组:Ⅰ组(18个)、Ⅱ组(46个)和Ⅲ组(12个),其中Ⅱ组成员进一步被划分为5个亚组:Ⅱ-a(9个),Ⅱ-b(4个),Ⅱ-c(13个),Ⅱ-d(10个)和Ⅱ-e(10个)。另外,14个WRKY成员因为WRKYGQK短肽的缺失,以及锌指结构变异较大而未划分到任何分组。本研究分组与藜麦WRKY基因进化树中家族成员的聚类结果完全一致,进一步支持了成员分组的可靠性。此外,不同分组的WRKY成员的蛋白序列呈现出小组特异的氨基酸保守域组成。藜麦和祖先二倍体苍白茎藜、瑞典藜的同源基因组模块分析表明,藜麦WRKY基因数目的增加主要来自全基因组倍增。在干旱、高温、盐、低磷胁迫和花生褪绿扇形斑病毒(GCFSV)侵染下,大量WRKY基因的表达水平被显著性诱导或抑制,说...  相似文献   

17.
杜雨  刘筠  胡晓桐  贾西贝  柳迪  马彦军 《草地学报》2022,30(6):1403-1412
为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)GRF基因家族成员在盐胁迫下的耐盐分子机制,采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库进行分析,并对GRF家族成员的理化性质、保守结构域、进化树、基因家族表达谱进行分析。结果表明,通过转录组数据共筛选出14个GRF家族成员,这些蛋白编码氨基酸的个数为136~585 aa,等电点为5.58~9.33,分子量为14.566 97~62.986 65 kDa。保守基序表明,多数黑果枸杞GRF的N端具有QLQ和WRC保守结构域。系统进化分析发现,14个LrGRFs被分为7个亚族,位于同一亚族的GRF基序组成相似,部分黑果枸杞GRF与番茄GRF具有相对应的进化关系。表达谱表明,不同组织的LrGRFs在不同盐胁迫下均有响应,其中LrGRF6,LrGRF10和LrGRF12在根中高表达,而LrGRF2,LrGRF6和LrGRF10在叶中表现为高表达,这表明其可能在黑果枸杞中发挥着更加重要的调控作用。结果为进一步深入揭示LrGRFs在盐胁迫环境下的分子机制奠定了理论基础。  相似文献   

18.
疟疾是由顶复门寄生虫——疟原虫引起的一种人畜共患病。疟原虫不仅可以感染人,还能够感染家禽、鼠、食蟹猴等多种动物,其中,鸡疟原虫病、鼠疟原虫病对畜牧业影响较大。为完成其复杂的生命周期,疟原虫需要严格的基因调控,而转录因子对基因表达的调控作用十分关键。截至目前,ApiAP2 蛋白质家族是在所有顶复门原虫中作为候选转录因子出现的唯一蛋白质家族。论文在总结已有研究的基础上,预测恶性疟原虫ApiAP2 蛋白质家族中未知功能蛋白质的调控机制,并开展对ApiAP2 蛋白质家族发生蛋白质翻译后修饰功能的展望,为畜牧业研发原虫病疫苗提供借鉴与参考。  相似文献   

19.
20.
【目的】 探究猪DNA甲基转移酶(DNMT)基因家族的基因特性及表达模式。【方法】 利用生物信息学方法鉴定猪全基因组范围的DNMT基因家族,并对其染色体定位、理化性质、蛋白质结构、亚细胞定位、基因结构、保守基序、系统进化关系、共线性关系和基因表达模式进行分析。【结果】 共鉴定得到5个猪DNMT基因家族成员:PigDNMT1、PigDNMT2、PigDNMT3、PigDNMT4和PigDNMT5,分别位于2、3、13、14、17号染色体上。猪DNMT基因家族进化树分析发现,PigDNMT1和PigDNMT4、PigDNMT2和PigDNMT5的亲缘关系较近。PigDNMT2和PigDNMT5具有相同数量和排列顺序的保守基序,但在基因结构上差异较大。系统进化树结果揭示,猪、人、小鼠和牛的DNMT基因家族分为4个亚族,其中猪与牛的DNMT基因家族亲缘关系更近。基因共线性分析显示,猪与人、小鼠、牛之间都具有4对直系同源DNMT基因,表明4个物种的DNMT基因间存在较强的共线性关系。猪DNMT家族蛋白长度在228~1 706个氨基酸之间,分子质量在26 133.32~192 267.80 u之间,等电点在6.00~9.06之间。二级结构预测分析结果显示,猪DNMT蛋白主要由无规则卷曲组成。亚细胞定位分析发现,5个猪DNMT蛋白定位于细胞核。母猪性腺轴的转录组数据分析发现,PigDNMT1在下丘脑、垂体和卵巢组织中随着初情启动过程而展现出不同的表达模式。【结论】 本研究在猪基因组上共鉴定出5个DNMT基因,并发现性腺轴组织中的PigDNMT1在初情启动过程中呈现出不同的表达模式,为解析猪DNMT基因家族功能提供一些参考。  相似文献   

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