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1.
雌核发育草鱼群体及两个普通草鱼群体的微卫星遗传分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体(YZ)为母本,以紫外线灭活的鲤鱼精子激活草鱼卵子,冷休克抑制第二极体排出的方法诱导获得异精雌核发育草鱼群体(CH)。利用12对微卫星引物对YZ群体、YS (扬州广陵长江系家鱼原种场引进草鱼群体)群体、CH群体进行PCR扩增并分析,共检测出194个等位基因,其中75.8个有效等位基因。YZ群体、YS群体、CH群体的平均等位基因数依次为13.0、12.6、4.7;平均有效等位基因数依次是7.7、6.6、2.3;平均期望杂合度依次为0.87、0.82、0.56;平均多态信息含量依次为0.84、0.79、0.49。从每个个体在微卫星位点的纯合率看,YZ群体中个体的纯合度在0.00～0.33, YS群体r中个体的纯合度在0.00～0.42, CH群体中个体的纯合度在0.42～0.92。这表明与YZ群体和YS群体相比,CH群体的遗传多样性显著下降,并且在每个位点的纯合率CH群体均高于普通草鱼群体,表明人工诱导减数雌核发育可加速草鱼大多数基因位点的纯合,是快速建立高纯品系的有效手段。同时,本研究筛选并利用微卫星位点组合建立了雌核发育草鱼子代不同家系及其母本亲缘关系的简易、高效鉴别技术,旨在为雌核发育草鱼标记辅助育种打下基础。 相似文献
2.
雌核发育草鱼的遗传结构分析和微卫星鉴别方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
采用微卫星标记检测草鱼群体的遗传多样性,并根据纯合度的变化建立了雌核发育草鱼的鉴别技术。结果显示,8个位点共扩增出33个等位基因;在普通草鱼中,平均纯合度和PIC分别为0.203 1和0.552 8;在雌核发育群体中,则为0.716 1和0.357 2;2个群体间遗传相似度为0.873 3。其中,5个位点在雌核发育草鱼中纯合度明显提高,雌核发育草鱼在这5个位点的扩增总条带数为5~7个,普通草鱼则为8~10个,由此可100%区分2个草鱼群体。通过概率计算,理论鉴别概率达到99.92%。研究表明,雌核发育技术对草鱼的群体遗传结构改变较大,是快速建立纯系、固定优良性状的有效手段;根据群体遗传纯合度的改变、扩增条带数目差异,应用多态性微卫星分子标记可以简单、有效地区分雌核发育群体(或与之相似的高度近交群体)与普通群体。 相似文献
3.
随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。 相似文献
4.
草鱼EST-SSRs标记的筛选及其与生长性状相关分析 总被引：2，自引：1，他引：1
利用草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST(expressed sequence tags)数据库开发的18个EST-SSR标记,对草鱼群体进行基因型与生长性状关联分析和群体遗传多样性分析,结果表明:关联分析得到6个微卫星位点(13118、13305、24017、25085、35939和40698)与体重,体长和体高显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01)。对其进行多重比较获得有利基因型分别为13118位点的BB、13305位点的AD、24017位点的AC、25085位点的BE、35939位点的BB和40698位点的BB。将6个微卫星位点上的EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,其中24017序列与鲤鱼自然杀伤细胞增强因子(NCEF)同源性水平高达86%,25085序列与草鱼反应元件结合蛋白(CREB)的基因同源性水平达到80%。应用这18个微卫星位点对草鱼养殖群体进行遗传多样性分析,共检测到82个等位基因,平均等位基因4.556个,每个位点检测到的等位基因数为2～9个,群体的平均观测杂合度为0.452 9,平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.457 1和0.401 7,表明该群体遗传多样性处于低水平。 相似文献
5.
鲤雌核发育子代基因的杂合度分析 总被引：2，自引：2，他引：0
通过热休克法抑制第一次有丝分裂(抑制第一次卵裂)和减数分裂(抑制第二极体排除),分别获得鲤(Cyprinus carpio L.)的2个雌核发育家系.利用13对具有高多态性的微卫星分子标记,分别对2个雌核发育家系的观测杂合度(Ho、期望杂合度(He)、等位基因频率(P)和有效等位基因数(Ne等进行遗传背景调查.结果表明,抑制第一次有丝分裂家系的等位基因频率为0.063～1.000,平均观测杂合度为0.22,平均期望杂合度为0.24,平均有效等位基因数为1.41,该家系在6个微卫星座位上表现为纯合子,在7个微卫星座位上表现为杂合子,其中位点MFW4完全表现为杂合子;抑制减数分裂的等位基因频率为0.056～0.889,观测杂合度的平均值为0.37,期望杂合度的平均值为0.47,平均有效等位基因数为1.93,该家系中没有得到完全纯合的个体,其中在2个位点上全部表现为杂合子.在所分析的鲤雌核发育群体中,有3个基因座位(HLJ034、HLJ044和HLJ071)有重组现象,重组率为20.00%.综合上述结果推断,鲤2个雌核发育家系在个体和群体上都具有一定的基因杂合性.[中国水产科学,2009,16(1):47-53] 相似文献
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利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类. 相似文献
7.
团头鲂耐低氧新品系雌核发育群体遗传结构的微卫星分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了指导团头鲂耐低氧群体的后续选育工作开展,利用筛选出的20对微卫星引物,比较分析了团头鲂耐低氧群体(TN)及其减数分裂(TNM)、有丝分裂(TNDH)雌核发育后代群体的遗传结构;结果显示,团头鲂TN、TNM、TNDH及团头鲂"浦江1号"(TPJ1)对照的平均等位基因数(N_a)分别为3.90、3.55、3.45、4.25,平均观测杂合度(H_o)分别为0.7853、0.3934、0.2768、0.8075,平均期望杂合度(H_e)分别为0.6491、0.5563、0.4870、0.6855,平均多态信息含量(PIC)分别为0.5695、0.4796、0.4181、0.6105,TPJ1对照群体的遗传多样性最高,TN群体较TPJ1群体的遗传多样性有所降低,但不存在显著差异,仍保持了较高的遗传杂合度,而2个雌核发育群体(TNM和TNDH)的遗传多样性显著低于TPJ1和TN群体,TNDH群体的遗传多样性显著低于TNM群体。Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数也表明团头鲂TPJ1和TN群体出现杂合子过剩现象,而TNM、TNDH雌核发育群体则出现了杂合子缺失现象,纯合子比例高。聚类分析表明,TPJ1和TN群体聚类成一个分支,而TNM、TNDH雌核发育群体聚类成另一分支,产生了一定程度的遗传分化。在TN群体中实施雌核发育可加速遗传物质的纯合,可用于团头鲂进一步耐低氧性状基因的纯化。 相似文献
8.
为了研究纯合度和遗传相似度在牙鲆(Paralichthys olivaceus)连续四代减数分裂雌核发育家系中的变化规律,本研究利用分布在不同连锁群上的24个高重组率微卫星标记对牙鲆连续减数分裂雌核发育二代(G2)、三代(G3)、四代(G4)家系及普通家系对照组进行了遗传分析。结果显示,24个微卫星位点在对照组、G2、G3、G4家系中,分别检测到96、42、32和32个等位基因,平均等位基因数分别为4.00、1.98、1.33和1.33;期望杂合度分别为0.6416、0.3472、0.1694和0.1492;纯合度分别为0.3503、0.6528、0.8306和0.8508;遗传相似系数分别为0.5822、0.9238、0.9890和0.9988。24个位点中已有17个纯合,但尚有7个保持杂合状态。同时,将上述结果和已发表的减数分裂雌核发育一代(G1)家系的数据进行分析,结果表明,诱导连续减数分裂雌核发育不仅能提高个体的纯合度,同时也可提高子代个体间的遗传相似度;纯合度和遗传相似度在G1、G2和G3家系中能够得到逐步提高,代际之间差异显著(P<0.05);但在G4家系中趋于稳定,与G3家系差异不显著。G4家系的遗传相似性(0.9988)已高于连续20代全同胞交配所获得的理论值(0.9860),连续诱导减数分裂雌核发育是快速建立鱼类近交系的良好方法。 相似文献
9.
利用24对微卫星分子标记对半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis的养殖群体和减数分裂雌核发育群体进行遗传多样性分析。结果表明,两个半滑舌鳎群体平均等位基因数分别为7.0和4.8,平均有效等位基因数分别为3.935和2.411,平均观测杂合度(HO)分别为0.713 5和0.586 5,养殖群体的遗传多样性明显高于减数分裂雌核发育群体。有1个位点在养殖群体中偏离哈代-温伯格平衡,13个位点在减数分裂雌核发育群体中偏离哈代-温伯格平衡。群体间基因分化系数(GST)为0.093 6,遗传距离为0.420 0,表明两群体间遗传分化显著。 相似文献
10.
长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。 相似文献
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为了解黄姑鱼（Nibea albiflora）异质雌核发育子代的基因纯合情况,利用微卫星标记（SSR）和扩增片段长度多态性标记（AFLP）对黄姑鱼异质雌核发育家系进行遗传鉴定和分析。结果显示：（1）雌核发育家系在4个SSR位点和5对AFLP引物组合扩增出的位点均未发现父本特异性等位条带,表明雌核发育体比率为100%。（2）用于遗传分析的7个SSR位点在雌核发育家系和正常交配家系中均未见完全纯合的情况,雌核发育家系7个SSR位点的平均纯合度为0.382,是正常交配家系（0.161）的2.37倍。雌核发育家系各个体的纯合位点数为0~6个,纯合位点所占比例为0~85.7%。（3）5对AFLP引物共扩增出182条清晰的扩增条带,其中有21条父本特异性条带和16条母本特异性条带。16条母本特异性条带中有7个条带在雌核发育家系中显著偏分离（P<0.05）。雌核发育家系和正常交配家系多态性条带比例分别为14.7%和20.3%。（4）雌核发育家系与母本的遗传相似度高于与正常交配家系的遗传相似度,正常交配家系同父本和母本的遗传距离大致相同。研究结果表明,黄姑鱼异质雌核发育二倍体家系的遗传纯合度显著高于正常交配家系,人工诱导雌核发育是促进基因纯合的一个有效途径,它不仅可以加速有利基因的纯合固定,还可以加速有害基因的淘汰,从而有效提高育种效率。 相似文献
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采用17对鲢微卫星引物,以野生鲢、养殖鲢、雄鲤作对照对人工雌核发育鲢近交F2及其亲本进行了微卫星分析。结果表明:人工雌核发育鲢近交F2、养殖鲢和野生鲢群体的平均等位基因数范围为2.1～4.0;平均观测杂合度范围为0.2762～0.9588;期望杂合度范围为0.2774～0.7360;遗传多样性指数范围为0.4500～1.2258,人工雌核鲢近交F2为0.4500,显著低于养殖鲢(1.0273)和野生鲢(1.2258),揭示人工雌核发育鲢近交F2遗传多样性水平较低,纯合度较高。从遗传距离来看,人工雌核发育鲢近交F2与对照群体之间的遗传距离都要大于野生鲢与养殖鲢群体之间遗传距离,表明人工雌核发育鲢近交F2发生了一定程度的遗传分化。 相似文献
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有丝分裂雌核发育牙鲆的微卫星鉴定 总被引：4，自引：1，他引：3
通过静水压抑制卵裂方法获得多个牙鲆(Paralichthys olivaceus)有丝分裂雌核发育家系,在仔鱼阶段经历大批死亡后,将各个家系残存的个体混合饲养,24个月后获得1批存活个体。利用11对微卫星分子标记,对173尾有丝分裂雌核发育牙鲆进行分析,结果表明,其中111尾在11位点全部纯合,62尾在部分位点杂合,平均杂合子比例为0.2338。11个位点的等位基因数为4～8,平均等位基因数为5.0336,有效等位基因数为2.0421～5.1268,平均有效等位基因数为3.2815。采用NJ法对111尾纯合牙鲆的亲缘关系进行聚类分析,可分为4群。微卫星标记鉴定结果表明,通过静水压抑制卵裂法可以获得完全纯合的牙鲆,但有部分杂合个体出现。分析其原因,可能是由于某些卵子发育不同步,静水压抑制其第二极体排出而非全部抑制卵裂,导致减数分裂雌核发育所致。 相似文献
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Gene–centromere mapping using half‐tetrad analysis is a powerful tool for understanding chromosomal behaviour and determining the position of centromeres in relation to genes or markers in fish. In this study, eight gynogenetic diploid families induced by inhibiting of the second meiotic division were genotyped at 66 microsatellite loci for microsatellite–centromere (M‐C) mapping in bighead carp ( Aristichthys nobilis). The absence of paternal alleles verified the success of gynogenetic development in all gynogenetic families. All loci were consistent with Mendelian segregation in control families. The estimated recombination frequency (y) ranged from 0.057 to 0.875 with an average of 0.477 ± 0.222. Seventeen loci (25.76%) showed high M‐C recombination frequencies of over 0.667. M‐C distances ranged from 2.85 to 43.75 cM under the assumption of complete interference. Thus, these loci are distributed from the centromeres to the telomeres of their respective chromosomes, while mainly in the intermediate region. Information on centromere mapping could serve as a starting point to consolidate the genetic linkage groups in bighead carp. 相似文献
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基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响 总被引：3，自引：2，他引：1
利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。 相似文献
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金草鱼与中国4个草鱼群体的微卫星多态性比较分析 总被引：3，自引：0，他引：3
20世纪90年代,中国引进了一批体色呈金黄色的草鱼(Ctenopharyngodon idellus),生产上俗称金草鱼。为了解金草鱼群体的遗传结构和遗传多样性,利用15个微卫星DNA标记对金草鱼群体与中国草鱼群体(长江水系的沅江群体、宁乡群体、洪湖群体和珠江水系的西江群体)进行遗传结构和系统进化分析。结果表明15个微卫星位点均具有较高的多态性,多态信息含量(PIC)为0.763~0.939。金草鱼群体的遗传多样性水平[期望杂合度(HE)=0.662]低于中国草鱼群体[HE=0.852~0.885]。遗传分化指数(FST)分析显示,金草鱼群体与沅江群体之间的遗传分化属于高度分化(0.15FST0.25),与其他3个草鱼群体之间属于中度分化(0.05FST0.15)。遗传距离分析显示,金草鱼群体与西江群体遗传距离(DA)最小(0.476 3),与沅江群体最大(DA=0.810 7)。基于遗传距离构建的NJ系统进化树显示,4个中国草鱼群体聚为一支,金草鱼群体单独为另一支。研究结果显示金草鱼群体的遗传多样性低于中国的草鱼群体,亲缘关系也较远。 相似文献
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鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichys nobilis)是中国特有的四大家鱼中2个重要成员,主要分布于黑龙江、长江和珠江水系.传统人工养殖依靠天然鱼苗.但是,人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到破坏.人工育苗技术虽然解决了鱼苗供应问题,但由于遗传资源管理和使用方法的不完善,使两种鱼的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等都有明显的降低.另外,因洪水导致的养殖个体逃逸也使天然群体的遗传多样性受到干扰.近年来,比较大规模的人工鱼苗放流实践也加剧了对天然群体遗传多样性的扰动.对这些问题的深入研究迫切需要一套适用的分子标记.为评价鲢和鳙的遗传多样性、确定它们的遗传分化和地理分化、科学合理地管理和开发利用遗传资源,本研究构建了富集GT微卫星序列的基因组短片段文库.随机选择并测序的97个克隆中有87个含有微卫星序列.根据其中的21条序列,设计了22对微卫星标记引物并用来分析了在长江荆州段捕获的32尾野生鲢和7尾野生鳙的遗传多样性.所有标记引物在两种鱼中通用.在全部样品中共发现129个等位基因.每位点等位基因数在3～10个,平均5.9个.不同标记揭示的遗传多样性指数在0.33～2.00,平均1.22.由于使用的鱼个体数少,如鳙,只有7个个体,样品也只来源于长江荆州江段.本研究无法基于两种鱼的天然分布,对两种鱼的遗传分化、地理种群多样性比较、养殖群体和天然群体差异等问题进行深入分析.但是,这组标记的研制将有助于这2个中国特有经济鱼种的遗传多样性分析、遗传资源的管理及开发利用等相关研究.本研究中,微卫星DNA标记的研制使用了固定有微卫星核心序列的磁珠.这样的磁珠与两端接有已知序列的DNA片段杂交能富集出含有微卫星核心序列的片段.通过扩增和连接转化,可方便地获得大量含微卫星核心序列的片段.与已有的方法不同的是,本研究用AFLP方法的某些步骤使片段两端加上已知引物序列,方便易行.迄今,这两种鱼还没有微卫星标记连锁图谱.构建这样的图谱是本项目研究的长远目标. 相似文献