甜樱桃SSR标记的选择性扩增微卫星( SAM) 法筛选   总被引：1，自引：1，他引：1  

艾呈祥  余贤美  张力思  魏海蓉  辛力  苑克俊  金松南  孙清荣  刘庆忠 《园艺学报》2007,34(2):311-315

 以甜樱桃‘红灯’为试材, 应用选择性扩增微卫星( SAM) 法分离、克隆了100个SSR序列, 其中81个非重复, 可用。加上搜索数据库所获得的1个SSR序列, 一共82个序列用于特异引物的设计。仅从69个序列的77个基因座设计出特异引物。合成38对特异引物, 对其中的36个基因座进行检测。其中19对引物扩增出相应大小的片段, 另外8对引物扩增出非预期片段。最后, 以27个甜樱桃种质的基因组DNA为模板, 从27对可扩增出带的引物中, 筛选出多态性引物24对, 获得了24个甜樱桃基因座特异性SSR标记。  相似文献   

磁珠富集法分离菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)微卫星标记及系列分析     

《果树学报》2010,(6)

利用磁珠富集法分离出菠萝蜜微卫星位点,并成功设计出菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus Lam.)SSR(简单序列重复,Simple sequence repeat)分子标记引物。基因组DNA经MseI酶切后,用生物素标记的简单重复序列做探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链霉亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,含有SSR的酶切片段被吸附到磁珠表面。这些片段经洗脱下来后,先用对应的引物扩增,再进行克隆和测序。实验共挑出83个阳性克隆进行测序,成功设计合成SSR引物19对。并通过这19对SSR引物对20份菠萝蜜种质资源进行分析,全部能扩增出特异性条带,其中18对引物扩增的条带具有多态性,可以作为菠萝蜜分子标记使用。  相似文献   

ISSR-PCR和链亲和素磁珠吸附法开发白菜SSR引物   总被引：4，自引：0，他引：4  

崔秀敏  侯喜林  董玉秀 《园艺学报》2006,33(1):155-157

  分别利用ISSR-PCR和链亲和素磁珠吸附法分离白菜基因组微卫星, 共得到41对SSR引物。ISSR-PCR法运用巢式PCR, 分别设计微卫星两侧引物IP₂ 和IP₃ , SSR引物得率为12%。磁珠吸附法首先利用生物素标记的SSR探针与文库杂交, 链亲和素磁珠吸附富集含SSR的片段。然后用接头引物扩增, 克隆。根据测序结果, 设计SSR两侧引物PL 和PR, 引物得率为9.6%。  相似文献   

基于RAPD和EST-SSR标记的秀珍菇菌株聚类分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

忻雅  阮松林  王世恒  马华升  王伟科  王淑珍 《食用菌学报》2008,15(4)

本研究利用RAPD标记和EST-SSR标记对10个不同来源的秀珍菇菌株进行聚类分析。200条RAPD引物中127条有扩增产物,引物可用率为63．5％。从NCBI数据库中下载秀珍菇及相近侧耳属食用菌EST序列2167条,聚类比对后得到全长为713．541kb的非冗余EST1442条,搜寻后得到的29个EST-SSR全部设计引物,其中26对引物（89．7％）显示多态性。根据17条RAPD核心引物和10对EST-SSR核心引物的扩增结果,对10个秀珍菇菌株进行了RAPD标记、EST-SSR标记及二者相结合的聚类分析。3种分析结果相近,且与菌丝、子实体生长特性分析结果相统一——10个供试菌株区分为5组：1～4号菌株为一组,6号和7号菌株为一组,8号和9号菌株为一组,5号和10号菌株各自为一组。  相似文献   

与枣核性状相关联的RAPD标记的筛选   总被引：8，自引：3，他引：5  

彭建营  束怀瑞  彭士琪  孙仲序 《果树学报》2001,18(5):288-290

用 ３４０个随机引物，对枣有核池和无核池进行了扩增，共扩增出 ３ ３４８条 ＤＮＡ带，选出 １１个多态性引物，进一步用这１１个引物进行个体验证，发现只有引物 Ｓ１５４在金丝小枣的 １６个类型中（占供试有核类型 ８８．２１％）扩增出一条８２０ ｂｐ的特异带，而无核小枣的６个类型中（占供试无核类型８５．７１％）无此特异带。综合分析初步认为，Ｓ１５４８２０是与枣有核性状相关的分子标记，该标记需进一步验证。  相似文献   

马铃薯SSR标记在茄子上的通用性分析     

陈孟强  张娅  庄泽彬  张叶  牛玉  汪国平 《中国园艺文摘》2013,(10):28-30

目前有多种发展微卫星标记（SSR）的方法,对基因组未测序的物种利用近缘物种引物进行跨物种扩增是一种简便方法。本研究利用马铃薯的640对SSR引物对茄子进行扩增,并利用获得的多态引物进行了12份茄子材料的聚类分析。结果表明：192对引物能够在茄子基因组DNA上扩增出清晰、稳定条带,引物通用率为30．05％;10对引物在随机选择的4份材料上有多态性,聚类分析结果表明类群与材料的来源、果实形态、颜色及青枯病抗性间没有相关趋势。  相似文献   

大白菜和紫菜薹自交系染色体组DNA的RAPD分析   总被引：17，自引：1，他引：16  

漆小泉  朱德蔚 《园艺学报》1995,22(3):256-262

用８个随机引物（１０ｂｐ）对２个紫菜薹自交系的３个单株和４个大白菜自交系的４个单株的染色体组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，共有４０条带分离清晰、明亮，其中引条带在７个单株中表现出差异，可作为遗传标记（ＲＡＰＤ标记）。４个大白菜自交系之间的平均差异条带数为１２．３，２个紫菜薹自交系之间为９．５，大白菜与紫菜薹之间平均有１５．５条带的差异。用７个引物在９３Ｗ０５－７（紫菜薹）和９３Ｗ５８－５（大白菜）之间检测出对个ＲＡＰＤ标记。从同一自交系的不同单株抽提的染色体组ＤＮＡ扩增出较一致的ＤＮＡ谱带，而不同自交系间扩增出的ＤＮＡ谱带差异很大，这表明此方法也可以象ＲＦＬＰ一样，用于大白菜和紫菜薹的分子标记。  相似文献   

高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析     

李家丽  高雪  王秀华  石香雪  于鸿翔  赵岩 《园艺学报》2016,43(12):2401-2411

采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅（Festuca arundinacea L.）开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种（系）进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对（55.46%）。利用高羊茅EST数据库（GenBank/dbEST）中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高（43.33%）,次之为二核苷酸基序（33.57%）。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（16.90%）,三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高（10.63%）。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对（85.19%）在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对（其中5种作物的406对,高羊茅的92对）有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种（系）进行扩增。79个引物对显示出多态性（97.53%）。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量（PIC）值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类：第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。  相似文献   

葡萄SNP 标记的CAPS 和TSP 分析     

郭大龙  李猛  张国海  郭明晓 《园艺学报》2013,40(11):2307-2315

 为了建立起葡萄SNP 标记分析的一般方法和探索EST-SNP 标记在葡萄中的应用，对前期开 发的葡萄EST-SNP 位点进行了筛选，设计了28 对CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences，酶切 扩增多态性序列）标记引物和22 对TSP（Temperature-switch PCR，温度转变PCR）标记引物，并在31 份葡萄材料中进行了分析，其中20 对CAPS 引物和10 对TSP 引物电泳条带较清晰，多态性较好。基 因分型统计显示：所有的SNP 位点均含有2 个等位基因，平均多态性信息含量（PIC）为0.336，平均 Shannon’s 信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且 结果可靠。本方法简便、成本低，可作为SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性 分析等。  相似文献   

分子标记技术概述*(下)   总被引：5，自引：0，他引：5  

张海英  许勇  王永健 《长江蔬菜》2001,(3):15-16

２．５ ＳＴＳ技术 ＳＴＳ技术是基于ＲＦＬＰ发展起来的一类ＰＣＲ标记技术。Ｏｌｓｏｎ等（１９８９）首先在人类基因组的物理图谱研究中使用ＳＴＳ技术。ＳＴＳ技术的基本原理是通过对ＲＦＬＰ标记使用的cＤＮＡ克隆进行测序，然后根据其序列设计一对引物，利用这对引物对基因组ＤＮＡ进行特异扩增。由于在cＤＮＡ中内部存在着插入、缺失等非表达区域，从而使得与两引物配对的区域形成多个不同扩增子，并表现出扩增片段的多态性。ＳＴＳ技术是利用ＰＣＲ对ＲＦＬＰ标记的转化，具有ＲＦＬＰ标记无法比拟的实用上的可行性。但并不是所有Ｒ…  相似文献   

猕猴桃ACC氧化酶cDNA克隆及全序列测定   总被引：17，自引：0，他引：17  

任小林  金志强 《园艺学报》1997,24(4):333-337

从‘秦美’猕猴桃（ＡｃｔｉｎｉｄｉａｄｅｌｉｃｉｏｓａＣ．Ｆ．ＬｉａｎｇｅｔＡ．Ｒ．Ｆｅｒｇｕｓｏｎ．ｃｖ．Ｑｉｎｍｅｉ）呼吸高峰跃变初期的果实中提取总ＲＮＡ，然后纯化得ｍＲＮＡ，用Ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）作为引物反转录合成ｃＤＮＡ第一链，以此为模板，用人工合成的寡聚核苷酸作为引物进行扩增，得到大小约０．９５Ｋｂ基因片段，并将其克隆到ｐＧＥＭ－５ｚｆ（＋）载体上。经限制性内切酶图谱分析，组建亚克隆并进行了全序列测定，在其开放读码框架内，由９５７个ｂｐ编码３１９个氨基酸组成，该ｃＤＮＡ与海沃德ＡＣＣ氧化酶ｃＤＮＡ的核苷酸和氨基酸残基同源率分别达９５．０１％和９５．６１％，证明己克隆到完整的秦美猕猴桃ＡＣＣ氧化酶基因编码区。  相似文献   

利用RAPD标记鉴定和区分梅花42个宫粉型品种   总被引：12，自引：0，他引：12  

张俊卫  柴玉荣  包满珠 《园艺学报》2004,31(4):487-490

 利用RAPD标记，对形态特征相似的42个宫粉型梅花品种的基因组DNA进行随机引物PCR扩增。从120个引物中筛选出21个引物，共扩增出96条谱带，其中多态性谱带68条，占扩增谱带数的70．8％ ，品种问相似系数范围为0．737～0．961。在21个引物中，7个引物扩增的谱带可区分27个品种，7个引物相互组合可区分其余的l5个品种。梅花品种RAPD指纹图谱的建立可以为品种知识产权保护提供依据。  相似文献   

SSR标记鉴定甜瓜品种‘红月亮’种子纯度   总被引：1，自引：0，他引：1  

周志成  王惠林  王贤磊  李冠 《中国西瓜甜瓜》2014,(1):21-24

为明确甜瓜品种‘红月亮’F1代的种子纯度,通过提取甜瓜‘红月亮’子叶DNA,利用SSR（SimpleSe—quenceRepeats）分子标记对甜瓜品种红月亮F。代种子DNA进行了PCR扩增、检测与分析。结果表明,在20个SSR引物组合对亲本及F。代筛选中,共有6对引物组合具有多态性,多态率30％。选择CMBR026用于‘红月亮’F1代种子纯度鉴定,使用该标记共检测118株,其中2株为自交株,种子纯度为98．3％;试验用的‘红月亮’种子田间鉴定纯度为99．5％,鉴定结果一致。SSR分子标记方法更能准确鉴别出‘红月亮’中的不纯株,且大大缩短纯度鉴定周期。  相似文献   

与梨黑星病抗性基因连锁的AFLP标记筛选及SCAR标记转化   总被引：1，自引：0，他引：1  

张树军  张绍铃  吴俊  王迎涛  李勇  李晓 《园艺学报》2010,37(7):1147-1154

以‘鸭梨’（Pyrus bretschneideri）ב雪青’梨（P. bretschneideri × P. pyrifolia）F1代群体（97株）为试材,采用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）技术和集群分类法（bulked segregant analysis,BSA）筛选与梨抗黑星病基因连锁的分子标记。通过64对AFLP标记引物在亲本和分离群体中的筛选和验证,获得与梨抗黑星病基因紧密连锁标记两个,即ACA/CAA-179和AAC/CAG-198。它们与抗黑星病基因的遗传距离分别为5.2和8.3 cM。对AFLP标记片段的克隆和测序结果显示其长度分别为179和198 bp。根据序列信息设计特异引物,在杂交后代群体上的PCR分析表明AFLPACA/CAA-179标记被成功转换成SCAR标记,命名为SCAR-117。本研究结果将有助于对抗黑星病梨品种资源的分子鉴定及杂种后代的早期辅助选择。  相似文献   

基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密     

肖桂林  徐竹清  曹红菊  李竟才  夏军辉  宋波涛 《园艺学报》2018,45(8):1551-1562

本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点。通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位。结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上。其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6%、45.0%和26.0%。根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体（chr05）上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体（chr06）上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM。研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记。  相似文献   

猕猴桃EPIC标记开发及其在猕猴桃属植物系统发育分析中的应用     

刘磊  姚小洪  黄宏文 《园艺学报》2013,40(6):1162

 采用生物信息学方法通过比较ESTs数据和基因组数据开发了猕猴桃的双亲遗传单拷贝的EPIC标记以用于猕猴桃属植物系统发育研究。通过比较中华猕猴桃（Actinidia chinensis）和美味猕猴桃（A. deliciosa）的ESTs数据和葡萄（Vitis vinifera）基因组数据,以一致性85%为标准共检测到129个EPIC标记,并从中设计96对引物。其中21对EPIC引物在中华猕猴桃和美味猕猴桃两个商业化栽培品种中呈现稳定扩增,核酸多态性（Pi）为0.003 ~ 0.069,变异位点为0.7% ~ 14.8%,简约性信息位点为0 ~ 9.4%。用其中的EPIC-1标记重建中华猕猴桃、美味猕猴桃、毛花猕猴桃（A. eriantha）、绵毛猕猴桃（A. fulvicoma var. lanata）和金花猕猴桃（A. chrysantha）的系统发育关系,显示其跨种间扩增的实用性并获得分辨率较高的系统发育树。本研究中开发的EPIC标记可以作为通用引物用于猕猴桃属植物系统发育分析。  相似文献   

番茄抗病基因Tm-2、Pto、Sw-5和Ve1的SNP标记检测     

苏晓梅  高建昌  王孝宣  国艳梅  杜永臣  胡鸿 《园艺学报》2014,41(10):2012-2020

针对番茄4个抗病基因Tm-2、Pto、Sw-5和Ve1,根据其序列的碱基差异设计引物,经过引物特异性检测和PCR产物克隆测序比对之后,采用高分辨率熔解曲线（High resolution melting,HRM）技术进行多态性检测,共开发了5个SNP标记。经过验证,所开发的标记均能将抗病基因型不同的番茄材料分型,并且分型结果与已知材料的抗病性状完全一致。这些标记可以作为功能标记在番茄抗病育种中应用。  相似文献   

南方红豆杉SSR 分布特征分析及分子标记的开发     

易官美  黎建辉  王冬梅  童再康  卢泳全 《园艺学报》2013,40(3):571-576

 利用基因组勘测序列（GSS 序列）探讨开发南方红豆杉（Taxus wallichiana var. mairei）SSR 标记的可行性。从1 923 条GSS 序列中搜寻到184 个SSR 位点。其中二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重 复所占比例分别为88.6%、10.3%和1.1%。不同核苷酸在重复序列中的频率分析表明,a 和t 所出现的频 率远远高于c 和g 的频率。对所获得的184 个SSR 位点设计引物,开发出90 个候选SSR 引物。在所获 得的获选标记中选取20 对引物在南方红豆杉中进行试验检验,结果19 对（95%）SSR 引物能够获得清晰 稳定的主带,表明GSS 序列可以高效地用于开发基因组SSR 标记,这些标记将为南方红豆杉的相关研究 奠定基础。  相似文献   

韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发   总被引：1，自引：0，他引：1  

李延龙  张华敏  崔蕴刚  陈建华  吕爱芹  李纪军  李艺潇 《园艺学报》2020,47(4):759-768

利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个，其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT（2.54%）、CA/TG（2.29%）、GAA/TTC（1.85%）和AAG/CTT（1.60%）。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间，其中小于20 bp的有11 128个（84.88%），大于20 bp的有1 983个（15.12%）。根据这些SSR位点，共设计出3 311对SSR引物，在随机选取的208对引物中有164对（78.85%）能进行有效扩增，其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41，鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明，基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。  相似文献   

葡萄 SNP 标记的 CAPS 和 TSP 分析     

郭大龙*  李猛  张国海*  郭明晓 《园艺学报》2013,(11)

为了建立起葡萄 SNP 标记分析的一般方法和探索 EST-SNP 标记在葡萄中的应用,对前期开发的葡萄 EST-SNP 位点进行了筛选,设计了 28 对 CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences,酶切扩增多态性序列）标记引物和 22 对 TSP（Temperature-switch PCR,温度转变 PCR）标记引物,并在 31份葡萄材料中进行了分析,其中 20 对 CAPS 引物和 10 对 TSP 引物电泳条带较清晰,多态性较好。基因分型统计显示：所有的 SNP 位点均含有 2 个等位基因,平均多态性信息含量（PIC）为 0.336,平均Shannon’s 信息指数为 0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且结果可靠。本方法简便、成本低,可作为 SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性分析等。  相似文献