猪流行性腹泻病毒E和M基因的克隆及变异分析     

《福建农业学报》2015,(6)

为了解2012-2014年福建省流行PEDV毒株E和M基因的变异情况,对19株PEDV的E基因和18株PEDV的M基因进行克隆和序列分析。结果表明:与CV777标准毒株相比较,福建流行PEDV毒株的E和M基因存在编码的部分氨基酸变异。19株PEDV E基因的核苷酸之间的同源性为97.4%~100.0%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株同源性分别为97.4%~100.0%和97.0%~99.6%。18株PEDV M基因的核苷酸之间的同源性为97.4%~100.0%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株同源性分别为97.2%~99.6%和97.5%~98.4%。核苷酸遗传进化树表明福建流行PEDV毒株的E基因与CV777亲缘关系较近,而M基因与2008年泰国流行的KU05CB08毒株亲缘关系较近,是个新的基因型,可能源于泰国。  相似文献   

福建省猪流行性腹泻病毒检测与S基因遗传变异分析     

《福建农业学报》2015,(7)

为了解猪流行性腹泻(PED)在福建省的流行和流行毒株S基因的变异情况,对2011-2014年采自117个规模猪场的295份疑似PED的病料进行检测,对14株具有代表性的PEDV毒株进行S基因序列分析。结果显示,2011-2014年病料阳性率分别为87.30%、75.00%、40.91%和34.15%,总阳性率为69.49%,虽然PED阳性率在福建省有下降趋势,但仍较高。基因序列分析表明福建省14株PEDV分离株S基因核苷酸之间的同源性分别为98.5%~100.0%,与国内其他毒株之间的同源性为93.3%~99.5%,其中与国内2009年以前流行的PEDV毒株的同源性较低;与2008年泰国NPPED2008_2株的同源性分别为95.8%~96.1%;与CV777标准株的同源性为93.8%~94.1%。分离毒株的S基因片段氨基酸存在多个位点突变、插入和缺失现象。遗传进化树表明14株PEDV分离株与2008年泰国NPPED2008_2毒株和2009年韩国毒株亲缘关系较近,与attenuated DR13弱毒株及CV777标准株亲缘关系比较远。14株PEDV的S基因序列已登陆Genbank。  相似文献   

15株猪流行性腹泻病毒河南株ORF3全基因的克隆与序列分析     

朱前磊  侯华琳  韩昊莹  郑慧华  李新生  陈红英 《安徽农业大学学报》2019,46(6):936-941

为调查近年来河南省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,从2015—2017年河南部分地区猪场患腹泻仔猪的小肠组织及内容物中克隆了15株PEDV ORF3基因,并对其进行了序列测定及分析。结果显示,15株PEDV河南株 ORF3 基因序列长度均为675 bp。15株PEDV分离株之间核苷酸同源性为94.4％～99.9％,与经典毒株CV777、弱毒株attenuated DR13核苷酸同源性分别为95.7％～97.0％和96.6％～98.1％。遗传进化分析显示,PEDV分为两大群,3株分离株属于G1群,单独成一个小的分支。其余12株分离株与往年河南流行株、大部分国内分离株、韩国、日本、美国及法国毒株位于G2群,亲缘关系较近,而与经典毒株CV777亲缘关系较远。表明河南省PEDV有变异和进化趋势,为河南省PED的防控和疫苗的研制提供技术支持。  相似文献   

猪流行性腹泻病毒5株安徽流行株M基因的克隆与序列分析     

潘孝成  沈学怀  赵瑞宏  戴银  胡晓苗  侯宏艳  周学利  张丹俊 《安徽农业科学》2019,47(16):116-118

为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,对5株PEDV安徽流行株M基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果表明,5株PEDV安徽流行毒株M基因的全长均为681 bp,编码226个氨基酸,核苷酸同源性为99.1%～99.9%,其与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性为96.9%～100%。进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株的亲缘关系较近。  相似文献   

安徽省猪流行性腹泻病毒的ORF3基因序列分析     

顾超逸  孙裴  施雷 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2015,43(2):1-6

【目的】研究安徽地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因序列特征。【方法】于2012-2013年,从安徽省合肥、肥东、肥西、滁州、亳州、阜阳、马鞍山、蚌埠、宿州、巢湖、六安、淮南、宣城和淮北地区的19个不同猪场采集93份病料,采用RT-PCR方法对PEDV ORF3基因进行扩增,测序后进行序列分析,并与韩国、欧洲及中国其他省份PEDV毒株进行同源性比较,并构建遗传进化树。【结果】在93份病料中,自20份病料中获得的PEDVORF3基因开放阅读框全长为810bp,编码224个氨基酸,较多的基因位点发生了突变,没有缺失和插入。安徽省PEDV毒株之间的同源性为96.7%~100.0%,与欧洲株同源性为94.9%~97.0%,与韩国株同源性分别为96.3%~98.7%,与中国其他省份分离株的同源性为95.9%~100.0%。【结论】安徽地区PEDV ORF3基因与韩国株亲缘关系较近,而与欧洲株亲缘关系较远。  相似文献   

犬瘟热病毒甘肃株的分离和N蛋白基因遗传进化分析     

王旭荣  王小辉  韩富杰  李世宏  李建喜  孟嘉仁 《西北农业学报》2011,20(3):15-19

采用Vero细胞从甘肃2008-2009年疑似犬瘟热感染病犬体内分离到8株病毒,通过RT-PCR方法扩增M蛋白基因初步鉴定所获得毒株均为犬瘟热病毒(CDV)。进一步通过RT-PCR方法扩增分离株的N蛋白基因,并进行序列分析。结果表明,8株分离株均为CDV,它们之间N蛋白基因的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为98.4%~99.7%、98.3%~99.6%;8株CDV分离株的N蛋白基因和TN、A75/17相应序列的核苷酸同源性分别为98.5%~99.5%、97.0%~98.0%,推定的氨基酸同源性分别为98.3%~99.2%、98.7%~99.8%;8株CDV分离株N蛋白基因和疫苗株(Onderstepoort和Snyder Hill)的相应序列的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为93.0%~94.0%、96.8%~98.3%。根据N蛋白基因所建立的遗传系统发育树可知这8株CDV分离株与TN的亲缘关系较近,而与疫苗株处于不同的分支上。说明从甘肃分离的CDV野毒株和TN由同一毒株演化而来,与疫苗株亲缘关系较远。  相似文献   

羊口疮病毒的分离鉴定及其遗传进化分析     

《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2017,(2)

为确定安徽肥东某山羊场发生的疑似羊口疮(ORF)的病原,利用MDBK细胞从送检的病羊唇部痂皮中分离获得病毒,通过PCR鉴定确定病原为羊口疮病毒(ORFV),并将其命名为ORFV/AH-FD/2016/China株。然后对分离株的B2L基因和F1L基因进行克隆、测序,并与其他ORFV序列进行遗传进化分析。结果表明:ORFV/AH-FD/2016/China株的B2L基因长1 137bp,编码279个氨基酸,F1L基因长1 023bp,编码341个氨基酸。与GenBank中收录的其他ORFV流行株相比,B2L基因的核苷酸同源性为96.9%~99.5%,推导的氨基酸同源性为95.5%~98.9%;F1L基因的核苷酸同源性为95.3%~98.3%,推导的氨基酸同源性为94.9%~99.1%。利用软件构建系统进化树,根据B2L基因遗传进化分析结果表明,该分离株与甘肃分离株的亲缘关系最近;根据F1L基因遗传进化分析结果表明,该分离株与福建分离株亲缘关系最近。基于B2L基因和F1L基因的遗传进化分析,其分离得到的病毒株与国内不同地区分离毒株的遗传差异不大。该研究为ORFV的后续研究提供了临床试验材料和流行病学依据。  相似文献   

PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析     

何小兵  贾怀杰  孙晓林  郭晓青  景志忠 《甘肃农业大学学报》2012,47(1):1-7

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.  相似文献   

猪流行性腹泻病毒流行株M基因的克隆与序列分析     

丁卫星  王荣谈  李春华  夏叶  郭佳宏  倪建平  缪德年  赵敏 《上海农业学报》2018,(1)

采用RT-PCR方法对收集的2株猪流行性腹泻病毒(PEDV)临床毒株(D1、D3)的M基因进行克隆,并对其核苷酸和推导的氨基酸序列进行分析。结果表明:2株PEDV流行毒株M基因间核苷酸序列同源性为98.1%,氨基酸序列同源性为97.8%。流行毒株D1与参考株EAS1、SM98、CHM2013分离株亲缘性较近,流行毒株D3与参考株PEDV-LY、PEDV-WS、CH22分离株亲缘性较近。与参考株CV777相比,D1株M蛋白有4个抗原决定簇的位置和序列组成发生了变化。  相似文献   

2019—2022年天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传演化分析     

李文军  王欢欢  邵笑  刘野  李文忠  孙英峰 《天津农学院学报》2024,(1):71-77

为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗传进化结果显示,20株毒株有11株属于谱系1.8,3株属于谱系1.5,5株属于谱系8,1株为谱系5,表明该地区PRRSV毒株流行呈现多样性。ORF5基因及推导氨基酸同源性和位点进行分析,其中11株谱系1.8毒株与NADC30毒株核苷酸同源性为91.2%～93.0%,氨基酸同源性为89.6%～93.5%;3株1.5谱系毒株与NADC34毒株核苷酸同源性为93.4%～96.5%,氨基酸同源性为92.5%～95.5%;4株分离株与HP-PRRSV毒株同源性最高,核苷酸同源性为90.0%～95.5%,氨基酸同源性为86.6%～91.0%;1株分离株与经典毒株CH-1a同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.0%和89.1%,1株谱系5毒株与VR2332毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%和96....  相似文献   

猪流行性腹泻病毒的RT-PCR鉴定及其 M、N和E基因的序列分析     

张红垒  董洁  梁亚冰  许信刚  童德文 《西北农业学报》2012,21(9):24-28

对引起仔猪严重腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)进行RT-PCR检测,并对PEDV部分基因进行克隆和序列分析。从陕西省某发生严重仔猪腹泻的养猪场采集肠道内容物,利用RT-PCR技术成功检测到PEDV感染。克隆检测到的PEDV M、N和E基因片段,并将该基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他不同来源的PEDV毒株进行比较分析。结果表明,克隆的M、N和E基因与其他已经发表的PEDV毒株核苷酸的同源性分别为96.3%～99.9%、95.2%～99.5%和96.1%～96.9%,氨基酸同源性分别为95.6%～99.6%、96.1%～99.5%和96.1%～98.7%;系统进化树结果表明,试验检测的PEDV与国内分离株的PEDV株亲缘关系更近。可见:陕西省养殖场存在猪流行性腹泻病毒感染,其M、N和E基因变异不大。  相似文献   

猪流行性腹泻病毒陕西渭南株的遗传变异     

吴萌萌  许夏澎  张彦明  周宏超  郭抗抗 《西北农业学报》2017,26(9):1273-1280

从陕西省渭南某规模化猪场采集疑似猪流行性腹泻(PED)仔猪病料进行病毒检测,旨在从基因遗传变异方面分析疾病发生的可能原因。通过RT-PCR从疑似仔猪20份小肠样品中检测到9份PED病毒阳性样品,并扩增出PED病毒M、ORF3和S基因的部分序列。序列分析结果表明,与CV777疫苗株对比,样品渭南(WN)株PEDV M基因高度保守,同源性为98.2%;ORF3基因存在11处碱基突变,同源性为98.2%;S基因突变较大,存在4个插入区域,分别是164~166、177~179、181~186和416~418nt,内分核心中和表位区(COE,499~638位氨基酸)存在9个氨基酸突变位点。遗传分析显示,WN株M基因与中国近期分离毒株亲缘关系较近;ORF3基因与同处在G1群中的中国毒株亲缘关系较近,而与CV777疫苗株亲缘关系较远;S基因与中国早期分离毒株及CV777疫苗株亲缘性较远,与当前的流行株亲缘关系密切。这些结果表明,WN株与CV777疫苗株相比,有明显的遗传变异倾向,可能导致目前PEDV疫苗免疫效果下降,PED疫情大规模流行。  相似文献   

3株猪流行性腹泻病毒M基因克隆与序列分析     

贾超伟  柳迦鹏  张喜喜  刘芊麟  周双海  宋勤叶 《北京农学院学报》2018,33(3):53-56

【目的】了解近年来京津冀地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株M基因的变异情况。【方法】用RT-PCR技术从京津冀地区部分仔猪腹泻样品中扩增与克隆3株PEDV流行株M基因全长序列,并进行序列测定和分析。【结果】基因序列结果显示,3株PEDV的M基因全长均为681nt,其核苷酸同源性达99.7%以上,在系统发育进化方面属于同一簇。M基因系统发育进化关系显示,虽然这3株PEDV与中国以前PEDV流行毒株及疫苗株CV777属于不同的簇,但其与国内外其他PEDV参考毒株的核苷酸同源性均达96.5%以上。【结论】M基因仍然是检测PEDV的良好目的基因。  相似文献   

陕西省猪瘟流行毒株E0和E2全基因分子特征分析     

吴旭锦  朱小甫  徐德乾 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2012,40(7):25-31

【目的】分析目前陕西省猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的E0、E2全基因分子特征,为猪瘟防控提供参考。【方法】根据CSFV Shimen株及HCLV株全基因序列,设计并合成了4对引物,采用RT-PCR方法,从采自陕西不同地区的猪瘟病料中扩增E0、E2全基因并进行序列测定分析。【结果】从采集的病料中成功扩增了5株猪瘟流行毒株的E0、E2全基因,这5株流行毒株E0基因核苷酸同源性在94.4％～99.8％,与参考毒株ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、Paderborn、Rimes和Shimen的核苷酸同源性在80.4％～96.3％,氨基酸同源性在86.5％～99.3％。5株流行毒株E2基因核苷酸同源性在91.1％～98.0％,与参考毒株的核苷酸同源性在77.7％～94.6％,氨基酸同源性在85.2％～95.9％。5株流行毒株E0 Rnase活性区域氨基酸基序位点没有变异,但导致流行毒株发生免疫逃逸的E2蛋白关键位点中有3个发生了变异。【结论】测定的陕西省猪瘟流行毒株E0、E2基因序列变异明显,其中E2蛋白关键位点变异较大。  相似文献   

猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及N基因序列分析     

刘希红  孟庆玉  王建舫  张永红  崔德凤  李佳  刘凤华 《北京农学院学报》2016,31(4):46-51

[目的]了解引起仔猪腹泻的猪流行性腹泻病毒是否为变异株.[方法]从疑似猪流行性腹泻病毒感染的猪场采集死亡仔猪的肠黏膜及其内容物,将病料常规处理后接种VERO细胞,采用维持培养液加10 μg/mL的胰酶的方法分离培养.用RT-PCR、间接免疫荧光、动物回归实验以及部分序列分析等方法对分离株进行鉴定.[结果]病料在接入细胞第一代即出现病变,细胞肿胀变圆,形成合胞体,逐渐脱落,细胞病变明显.随着病毒传代次数的增加,细胞病变逐渐稳定,进行RT-PCR检测、间接免疫荧光检测以及动物回归实验,最终确定分离株符合PEDV特征,并命名为BJ2015,测定毒株的TCID50为10-6.4/0.1 mL.基因测序结果显示,N基因长1 329 bp,编码442个氨基酸.与参考株N基因核苷酸序列比对及遗传进化分析表明,BJ2015与传统株CV777亲缘关系较远;与流行变异株BJ-2011-1N基因在进化树的同一个分支上,二者的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.6％、99.5％,表明BJ2015与BJ-2011-1亲缘关系较近.[结论]结果表明BJ2015为PEDV流行性变异毒株.  相似文献   

2014-2017年中国部分地区PEDV流行株S基因遗传进化分析     

郑慧华  张鸿鑫  韩昊莹  乔涵  赵宇  陈红英 《安徽农业大学学报》2019,46(2):249-255

参考GenBank中PEDV经典CV777毒株基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法对临床采集的疑似PEDV样品进行S基因扩增、克隆和测序,拼接获得30条完整S基因序列,并进行遗传进化及同源性分析。结果显示,获得的30条PEDV S基因与25个参考株S基因的核苷酸相似性介于93.6%～99.8%;且各流行毒株与经典毒株比较,具有多处的点突变、插入和缺失。与其他参考株相比,S1区存在157个氨基酸突变位点,占总数的65.7%（157/239）,暗示PEDV的 S1区域比S2区域易发生变异;表明目前中国PEDV流行株已经发生了变异,在一定程度揭示了免疫猪群仍然发病的原因。  相似文献   

广西仔猪腹泻病毒病原流行病学调查     

郭旋陈静刘欢  侯韶毅  龙凤  李莹莹  曾娟  兰家暖  刘芳  黄伟坚 《南方农业学报》2012,44(1):155-160

【目的】了解引起广西仔猪腹泻的主要病毒病原及其分子流行病学特点,为其防控提供理论依据。【方法】采用RT-PCR对2011年至2012年7月从广西11个城市的养猪场采集的232份病料进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（PoRV）检测和流行病学调查;对部分PEDV阳性病料的M基因进行克隆,并与国内部分省（市）及国外的一些M基因序列进行比对和遗传进化分析。【结果】广西11个城市采集的232份病料中PEDV、PoRV的阳性率分别为37.50%和0.03%,而TGEV均为阴性。对部分PEDV阳性病料进行M基因扩增,获得14条M基因,其核苷酸同源性及推导氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.0%~100.0%。将扩增获得的14条PEDV M基因与GenBank上发表的40条国内外PEDV M基因进行比对分析,发现有13条同位于一大支上（G1）,其中9条与我国2011年分离获得的广东、四川、江苏参考株及泰国2008年分离获得的5条参考株、韩国2007年分离获得的两条参考株同位于G1-1上,4条与我国2011年分离获得的江西、江苏、广东、福建毒株及江苏2004年分离株JS-2004-2 同位于G1-2上。另外一条PEDV M基因（NNA-11）却与其余13条相距较远,位于G2上。【结论】从2011年至今致使广西仔猪腹泻的病毒主要是PEDV,各市均有不同程度感染,且感染全年存在;大部分广西流行毒株与2011年以来我国广东、福建、江苏、江西四省流行毒株的亲缘性较高,与2007年以来泰国、韩国的流行毒株亲缘关系也非常密切,但与我国2006年前分离获得的北方毒株、经典疫苗株、韩国疫苗株相距较远。  相似文献   

广西PRRSV、PCV、CSF的混合感染及PRRSV分子病原学研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

谢丽基  谢芝勋  庞耀珊  刘加波  邓显文  谢志勤  董建宝 《西南农业学报》2008,21(5)

为了弄清2007年发生于广西一些县市猪场的高致病性猪繁殖与呼吸综合征和其他疾病的混合感染情况,从广西7个县市发生高致病性猪繁殖与呼吸综合征的猪场采集病料,进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒(PCV)及猪瘟病毒(CSF)检测,并对检测的PRRSV进行分子病原学分析。结果显示,经PCR检测,86份样品中有60份为PRRSV阳性,36份为PCV阳性,2份为CSF阳性,说明发生于广西猪群的PRRSV与PCV共感染情况比较严重。通过PRRSVORF5基因序列比较分析发现,来自广西7个县市不同猪场的PRRSV高度同源,核苷酸序列同源性为98.5%~99.8%,推导编码的氨基酸序列同源性为98.0%~100.0%;与VR2332和LV株的核苷酸序列同源性分别为88.7%~89.7%和62.2%~63.1%,氨基酸序列同源性分别为88.6%~89.6%和60.5%~61.3%,表明7个县市不同毒株的ORF5基因区域变异不大,均属美洲型。  相似文献   

闽西地区猪流行性腹泻病毒M基因遗传进化及分子结构特征分析     

董波  安永帅  戴爱玲  李晓华  杨小燕 《浙江农业学报》2018,30(6):939

为了解2015—2017年闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传进化规律,本研究收集了闽西地区12份PEDV阳性样品,对其M基因进行RT-PCR扩增,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及遗传进化分析。结果表明,12株闽西毒株M基因氨基酸序列同源性为100.0%;遗传进化分析表明,12株闽西毒株与经典毒株CV777、2010年前中国分离毒株LCZ、以及韩国毒株SM98、virulent DR13的亲缘性较远,而与2010年后国内分离毒株以及2013年美国分离毒株亲缘关系最近,说明闽西PEDV毒株属于目前国内外流行毒株。分子结构特征分析表明,PEDV M基因具备高度保守的特性,可以作为设计疫苗的候选基因。  相似文献