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非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测技术的研究与评价 总被引：1，自引：0，他引：1
根据非洲猪瘟病毒（African swine fever virus,ASFV）K205R基因序列设计合成引物及TaqMan探针,通过优化引物浓度、退火温度和Mg2+浓度,建立基于K205R基因的ASFV实时荧光定量PCR（real-time quantitative PCR,qPCR）检测方法。对在猪肝脏组织DNA中掺入重组质粒制备的模拟样品进行扩增来确定所建方法的实际检测效率,并将OIE推荐的基于p72的qPCR调整后作为评价该方法检测效果的对照。试验结果表明,基于K205R基因的检测方法在检测模拟样品时扩增效率要优于基于p72的方法,而且敏感性和特异性强,适用于非洲猪瘟的快速检测、监测。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2020,(5)
试验旨在建立一种高灵敏性的马疱疹病毒1(EHV-1) 3D数字PCR(3D-dPCR)检测方法,对EHV-1病毒含量较低的样品能准确定量检出,实现马鼻肺炎早期诊断及预防。根据EHV-1糖蛋白B基因保守区域设计特异性引物和探针,优化3D-dPCR反应体系中引物探针浓度和退火温度,对该方法进行灵敏性、特异性、重复性分析,建立了EHV-1的3D-dPCR方法。本研究建立的3D-dPCR方法,引物和探针最佳浓度分别为0.4和0.4μmol/L,最佳退火温度为60℃,该方法绝对定量曲线的R~2=0.998,线性关系良好,与实时荧光定量PCR方法相比灵敏度高10倍左右,最低检出限为5.83拷贝/μL;批内和批间重复性试验变异系数均3.2%;与EHV-4、马泰勒虫、马病毒性动脉炎的核酸无交叉反应;通过对123份临床样品进行3D-dPCR检测,结果显示,3D-dPCR方法阳性检出率为66.7%,高于世界动物卫生组织(OIE)中EHV-1的实时荧光定量PCR方法阳性检出率64.2%。3D-dPCR方法对病毒含量较高的样品与实时荧光定量PCR结果一致,对病毒含量较低的样品敏感性更高,能有效检出可疑样品。本试验结果表明,建立的3D-dPCR方法检测低拷贝数的临床样品时灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于EHV-1的准确定量检测。 相似文献
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非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用 总被引：4，自引：1，他引：3
本研究为了建立一套检测非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的实时荧光定量PCR检测方法,根据GenBank公布的23株编码ASFV结构蛋白p72的基因序列,设计引物和探针,优化退火温度、Mg2＋浓度和引物、探针浓度,生成标准曲线,进行重复性、敏感性、特异性试验,并检测样品。结果显示,优化的退火温度为60 ℃,Mg2＋终浓度为4 mmol/L,引物、探针终浓度分别为0.8、0.3 μmol/L。重复性试验变异系数均小于1.3%,敏感性试验最低能够检测到10拷贝/μL的质粒,以其他5种猪病病毒和ASFV质粒为模板进行特异性试验,只有ASFV质粒出现扩增曲线。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法是快速、灵敏、特异的检测ASFV的方法。 相似文献
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为实现牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)精准的定量检测，以IBRV gB基因为靶基因，建立IBRV微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法，进行了ddPCR退火温度、引物和探针浓度的优化、特异性和灵敏性试验。结果显示，建立的ddPCR方法最佳退火温度为56.5℃;反应体系中最佳引物、探针浓度分别为900和250 nmol/L;能够实现IBRV的特异性检测，与其他常见的牛呼吸系统疫病病原无交叉反应；以重组质粒pMD19-T-gB为模板，ddPCR方法的检出限为1.8 copies/μL,是实时荧光PCR方法敏感性的10倍。对119份具有呼吸道症状的牛鼻拭子样本分别进行ddPCR方法和实时荧光PCR方法进行检测，结果显示，ddPCR方法和实时荧光PCR方法的检出率分别为(15.13%,18/119)和(12.60%,15/119)。本研究建立的ddPCR方法特异性强、灵敏度高，可作为牛呼吸道临床样品中IBRV精准定量检测的有效手段。 相似文献
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为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示：ddPCR方法的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃;ddPCR方法的标准曲线相关系数(R2)为0.999,呈现良好的线性关系;灵敏度高,最低可检测到3.37 copies/μL;特异性良好,与常见犬病原无交叉反应;重复性好,检测结果稳定。临床样品的检测结果显示,本试验建立的狂犬病病毒ddPCR方法与实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法的符合率为100%。结果表明,本试验建立的狂犬病病毒微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于狂犬病病毒的绝对定量检测。 相似文献
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《中国家禽》2021,(8)
为建立一种特异性强、灵敏度高、重复性好的鸭坦布苏病毒(DTMUV)数字RT-PCR定量检测方法,采用鸭坦布苏病毒E基因为靶基因,在前期实时荧光定量RT-PCR方法的基础上,建立了可对其准确定量的微滴式数字RT-PCR方法。通过对反应体系中引物、探针浓度以及反应条件中反转录温度、时间、退火温度进行优化,确定最佳引物浓度为700 nmol/L,最佳探针浓度为350 nmol/L。该方法线性关系良好,在模板浓度为10~0～10~4拷贝/μL范围内其有良好的线性关系(R~2=0.993 4);最低检测限为6.4拷贝/反应,比相同引物探针建立的实时荧光定量RT-PCR方法敏感一个数量级;同时,与其他禽源病毒无交叉反应,且重复性良好,对于10~3数量级的模板进行重复性检测,变异系数仅1.22%。通过对临床样品进行检测,结果显示该方法与实时荧光定量RT-PCR结果一致,表明该微滴式数字RT-PCR方法特异性强、敏感性高,可用于鸭坦布苏病毒的定量检测。 相似文献
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实时荧光定量PCR检测伪狂犬病病毒方法的建立与初步应用 总被引：3，自引：0，他引：3
根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪伪狂犬病病毒(PRV)感染的细胞中提取DNA,进行PCR扩增.将鉴定正确的gE基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒.以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线.对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序.经临床应用表明,该荧光定量PCR方法的建立为猪伪狂犬病病毒的早期诊断并定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础. 相似文献
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为了快速检测无临床症状的山羊是否感染山羊伪结核棒状杆菌(Corynebacterium pseudotuberculosis),根据Gen Bank中伪结核棒状杆菌磷脂酶D(phospholipase D,PLD)基因序列,分别设计1对特异性引物和Taq Man探针,经过反应条件和体系优化,测定特异性、敏感性和稳定性,建立山羊伪结核病Taq Man荧光定量PCR检测方法,并对54份临床样品进行检测。结果显示:建立的山羊伪结核棒状杆菌方法具有很好的特异性,在20μL扩增体系中,引物浓度为0.20μmol/m L,探针浓度为0.45μmol/m L,退火温度59℃时最佳;最低可检测出4.6×102个拷贝数的细菌DNA,标准曲线相关系数是0.996。同时,对Taq Man荧光定量PCR和常规PCR进行了比较,前者的敏感性是后者的1 000倍;对54份临床样品进行检测,Taq Man荧光定量PCR检出的阳性率为68.5%(37/54),常规PCR检出的阳性率为53.7%(29/54)。研究表明:Taq Man荧光定量PCR法检出率较高,有特异、敏感且快速的特点,适用于临床样品的检测。 相似文献
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新孢子虫荧光PCR检测方法的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
根据已知的犬新孢子虫种属特异性基因片段Nc-5基因序列,设计荧光定量PCR引物和荧光探针,经反应条件的优化,建立了检测新孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法的检测灵敏度为10拷贝/反应。通过对系列稀释的重组质粒进行重复性检测,Ct值的变异系数为0.50%~1.18%。应用该方法对50份牛全血和8份流产胎儿样本进行检测,有5份全血和1份流产胎儿样本为阳性,阳性检出率均为10.3%,比普通PCR方法阳性检出率（7%）高。且具有较好的特异性和可重复性,可用来对新孢子虫病快速准确检测。 相似文献
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本研究旨在通过正交优化得出灰色家鸽的ISSR-PCR反应的最佳体系。以灰色家鸽为试验材料,使用引物ISSR807,采用正交优化方法对影响PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板进行了体系优化,同时对引物的最佳退火温度进行了选择,建立了适合灰色家鸽的ISSR-PCR分析的最佳体系。结果表明,灰色家鸽ISSR-PCR反应的最优体系为:25 μL总体积中包括10×PCR Buffer 2.5 μL, Mg2+ 2.6 mmol/L, dNTPs 0.2 mmol/L, 引物0.4 μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U,DNA 模板1.2 ng/μL,最佳退火温度为56.2 ℃。通过对ISSR-PCR反应体系的优化,能为利用该技术进行灰色家鸽遗传多样性评价、不同种源鉴定及亲缘关系分析奠定基础。 相似文献
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为建立一种基于铜绿假单胞菌flgE基因的PCR检测方法,本试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌flgE基因序列,设计合成了1对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了目的基因。从退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度5个方面优化了反应条件,并检测了该方法的特异性和敏感性。结果成功扩增出了铜绿假单胞菌1 400 bp的flgE特异性基因片段,最佳退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度分别为56℃、30个循环、1.6 mmol/L、0.2 mmol/L和0.3μmol/L。特异性试验表明,仅铜绿假单胞菌中可扩增出目的片段,而多杀性巴氏杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌和金黄色葡萄球菌中均未扩增出相应片段。敏感性试验结果表明,本方法可检测到最低10 pg/μL的铜绿假单胞菌基因组DNA以及100 CFU/mL的病原菌。 相似文献
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Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus is the causative agent of a shrimp disease which causes economic losses on a global scale. A pair of primers, I2814F/I3516R, was designed from the IHHNV genomic sequence (GenBank) that encodes for structural protein corresponding to nucleotides 2814-3516, which amplifies a 703 base pair (bp) region from the virus genome. PCR amplification with the primers generated a product of the expected size from the purified IHHNV DNA of Litopenaeus vannamei and IHHNV-infected penaeid populations but not from the IHHNV-free shrimp, white spot syndrome virus (WSSV) and hepatopancreatic parvovirus (HPV). The PCR amplicon described above was labeled with digoxigenin (DIG)-11-dUTP as a probe used for dot blot hybridization and in situ hybridization test. Under the optimized PCR conditions, the primers were detected by as little as 20 fg of purified IHHNV DNA, which contained only 8.83 x 10(3) copies of IHHNV, a 1000-fold greater than using dot blot hybridization. Sections of histopathology showed eosinophilic intranuclear inclusions (Cowdry type A inclusions or CAIs) in infected tissues while in situ hybridization, cells displayed an intense reaction with the DIG-labeled probe. PCR assay was developed to detect IHHNV in penaeid shrimp and other crustaceans from the rearing ponds of China (March 2001-June 2004). The positive rate was 51.5% (154 out of 299) and 8.3% (2 out of 24) for penaeid shrimp and crab samples, respectively. The survey demonstrated the presence of IHHNV in China. 相似文献
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利用正交设计L16（45）对蜜蜂基因组DNARAPD-PCR反应体系的5个因素（Tag酶,引物,Mg2＋,dNTP,模板）在4个水平上进行优化试验,筛选出各个反应因素的最佳水平,建立蜜蜂模板DNARAPD-PCR反应的最佳体系（25L）：10×PCRbuffer3.0L,Tag酶0.5U,引物浓度0.4mol/L,Mg2＋浓度3.0mmol/L,dNTP浓度0.5mmol/L,模板40ng。对蜜蜂DNARAPD-PCR最佳反应体系的退火温度进行了梯度试验,最佳退火温度为54℃。 相似文献
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槲树DNA SSR-PCR反应体系的正交优化 总被引：1，自引：0，他引：1
利用正交设计L16(45)对槲树(Quercus dentata Thunb.)基因组DNASSR-PCR反应体系的5个因素(Tap酶,Mg2+,,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了槲树模板DNASSR-PCR反应的最佳体系(20μL):60ng模板DNA,2mmol/LMg2+,0.075U/μLTaq酶,0.4mmol/L dNTP,引物浓度0.1μmol/L。对槲树DNASSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行了梯度试验,最佳退火温度为51.3℃。 相似文献