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1.
《江苏农业科学》2016,(4)
为了探讨中国境内红毛菜的物种关系及亲缘关系,对红毛菜核糖体基因的28S rDNA、IGS序列进行了研究。28S rDNA序列分析结果显示:江苏(LYG、NT)、福建(NRD1、NRD2)、广东(NA1、NA2、NA3)的7个海水红毛菜遗传距离为0~0.004;而威海(WH)的海水红毛菜与其他海水红毛菜的遗传距离为0.144~0.147;山西娘子关(NZG)、甘肃兴隆山(XLS)的2个淡水红毛菜之间的关系极近,遗传距离为0.001;淡水红毛菜与威海的海水红毛菜的遗传距离(0.125)小于淡水红毛菜与其他7个海水红毛菜的遗传距离(0.210~0.213)。对江苏、福建、广东的7个海水红毛菜的IGS序列进行分析显示,7个海水红毛菜亲缘关系极近。基于28S rDNA序列的系统进化树显示,中国境内采集到的红毛菜分为3个进化分支:2个淡水红毛菜形成独立1支,而海水红毛菜则分为2个进化分支,其中威海的海水红毛菜单独为1个分支,其他7个海水红毛菜归为另1个分支。由此推测,目前为止中国境内至少存在3种红毛菜。 相似文献
2.
以进口荷兰黄水仙、多花水仙和中国水仙为研究对象,进行DNA提取、PCR扩增和数据分析,来评估mat K基因、rbc L基因、trn H-psb A片段和ITS片段4个候选DNA条形码的鉴定能力.建树法分析结果显示:叶绿体基因片段具有鉴定黄水仙品种的能力,但中国水仙与黄水仙聚为一支;核基因片段ITS序列可以准确区分出中国水仙和黄水仙,但在区分黄水仙品种时支持率较低;4种基因片段的组合条形码具有较强的鉴定能力,能准确鉴定出中国水仙和黄水仙,也能识别出不同黄水仙品种间的亲缘关系.距离分析法的结果显示,ITS+mat K、ITS+trn H-psb A、ITS+rbc L和ITS+mat K+trn H-psb A+rbc L 4种组合条形码鉴定的成功率较高,适用于黄水仙品种的鉴定. 相似文献
3.
以大豆基因组DNA为模板,利用聚合酶链式反应(PCR)技术克隆了大豆胰蛋白酶抑制剂基因SKTI3的全长DNA片段,并将其构建到pMD18-T vector上。核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长654 bp,与已发表的SKTI3基因序列同源性达99%。将目的基因片段插入到pB I121 35S启动子下,构建重组质粒pB ISKTI3,采用冻融法将该重组质粒转入农杆菌EHA105中,获得了植物表达载体。 相似文献
4.
以牛基因组DNA为模板,在一对特异性引物的引导下,利用PCR技术成功地扩增了牛SRY基因。纯化回收目的片段,克隆到pMD 18-T载体上,筛选阳性克隆测序,得到SRY基因两端的序列(5′端641 bp,3′端786bp)。与网上公布的牛SRY基因序列进行同源性比较,结果显示,牛SRY基因长度为2 713 bp,克隆的5′和3′端2个片段与网上公布的牛SRY基因序列对应片断的同源性分别为98.7%和98.1%。 相似文献
5.
以大豆基因组DNA为模板,利用聚合酶链式反应(PCR)技术克隆了大豆胰蛋白酶抑制剂基因KSTI3的全长DNA片段,并将其构建到pMD18-T vector上。核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长654 bp,与已发表的KSTI3基因序列同源性达99%。将反义 正义基因片段插入到pBI121 35S启动子下,构建重组质粒pBIKSTI3。通过冻融法将该重组质粒转入根癌农杆菌EHA105中,获得了植物表达载体。 相似文献
6.
为探索黑龙江省不同地点(桦南向阳、宝清三岔河、勃利种畜场、双鸭山岭东区和桦南林河村)嗜群血蜱的遗传变异情况,采用PCR方法扩增25只来自不同地区的嗜群血蜱的核糖体ITS2序列和线粒体16S r DNA、cox1基因,分析这些基因序列的遗传变异情况;结果,25只嗜群血蜱的ITS2、16S r DNA、cox1的长度分别1 130~1 330 bp、281~298 bp、805~842 bp。种内的变异率分别为0%~0.2%(ITS2)、0%~1.5%(16S r DNA)和0~1.6%(cox1)。分别以ITS2序列、16S r DNA+cox1基因为标记,采取贝叶斯法构建进化树,结果显示这25个样品均聚集在一起,但是来自同一地区的样品不总是聚在一起。研究表明不同个体的嗜群血蜱的基因之间存在一定的差异,但地理位置差异不明显。实验结果对嗜群血蜱的分子分类、流行病学和群体遗传学等研究提供了重要的基础资料。 相似文献
7.
利用特异引物,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,从家鸽(Columbalivia)肝脏组织的总DNA中扩增到目的片段,并将扩增产物克隆到pMD18-T载体中,经菌落PCR与酶切鉴定、序列测定及序列分析.结果表明:克隆得到了家鸽ATPase8-ATPase6基因842 bp及COII的部分序列共861 bp.用DNA分析软件对家鸽ATPase8和ATPase6基因与Genbank中的5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列进行比较分析,表明家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因具有较高的同源性(88.1%~75.0%),其中与山斑鸠(Streptopelia orientalis)的同源性最高,分别为88.1%和86.5%.家鸽ATPase8和ATPase6基因核苷酸序列的组成中,(A+T)含量分别为55.95%和54.68%,与其它5种鸟类的(A+T)含量(53.5%~60.12%)和(51.9%~54.24%)相近,说明鸟类ATPase8和ATPase6基因序列组成对A+T核苷酸的偏倚程度比较低;而且家鸽该片段的基因组织结构与其他鸟类的基本一致,显示鸟类线粒体基因排列的保守性.家鸽与其他5种鸟类的ATPase8和ATPase6基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明家鸽与山斑鸠亲缘关系最近. 相似文献
8.
马巴贝斯虫18S rRNA基因吉林省分离株的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为分析马巴贝斯虫吉林省分离株的18S rRNA基因序列，根据马巴贝斯虫18S rRNA基因序列设计1对引物，对吉林省的马匹血液基因组DNA进行PCR扩增，PCR产物进行克隆、测序，扩增出大小为435bp的马巴贝斯虫18S rRNA基因片段．序列分析显示，马巴贝斯虫吉林省分离株与南非株同源性最高，为98．4％． 相似文献
9.
参考Genbank番鸭呼肠孤病毒(muscovy duck reovirus,MDRV)中片段基因序列设计合成引物,对MDRV MW9710株中片段M基因RT-PCR扩增后,进行测序和特性分析。结果显示MW9710株M1基因全长2 283bp,与MDRV S14株同源性为99.9%,与ARV同源性小于74%。M1基因仅有1个编码框13～2 211bp,编码μA蛋白,含732个氨基酸。M2基因序列全长2 155bp,与MDRV S14株同源性为99.9%,与ARV同源性小于69%。M2基因仅有1个编码框28～2 058bp,编码外壳μB蛋白。M3基因序列全长1 997bp,而ARVM3基因全长1 996bp。M3基因仅有1个编码框25～1 683bp,编码μNS蛋白。MDRV MW9710株M3基因核苷酸序列与MDRV 89330株的同源性为87.2%,与ARV同源性小于74%。MDRV MW9710株5′末端序列不保守:M1为5′-ACUUUUU,M2为5′-UCUUUUU,M3为5′-GCUUUUU,MDRV MW9710株3′末端序列UCAUC-3′保守。 相似文献
10.
运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954bp的12S rRNA基因序列和535bp的16S rRNA基因序列各12条;(2)12尾巨魾的12S rRNA基因、16S rRNA基因以及12S rRNA基因和16S rRNA的合并基因序列的相似性分别为99.89%,99.95%,99.89%;(3)12尾巨魾的12S rRNA,16S rRNA均表现出A+T碱基含量高于G+C碱基含量;(4)12尾巨魾的平均遗传距离为0.002,转换比颠换的平均值为3.065;(5)利用Neighbor-Joining(NJ)法构建的系统进化树表明魾属单独成一支,支持率达到99%,这一结果与传统的形态学分类基本相似. 相似文献
11.
《福建农林大学学报(自然科学版)》2020,(4)
对北京地区重点林区开展松材线虫普查时从油松中分离到一个伞滑刃线虫属群体.通过形态特征观察发现其与东京伞滑刃线虫(Bursaphelenchus tokyoensis)基本相似;通过扩增核糖体DNA(rDNA)18S、28S、ITS基因片段及测序分析,发现该群体与东京伞滑刃线虫的rDNA 18S和28S基因序列的相似度高达99%,ITS基因序列的相似度高达98%,因此将该群体鉴定为东京伞滑刃线虫. 相似文献
12.
13.
《江苏农业科学》2016,(3)
根据Gen Bank已报道的枯草芽孢杆菌的基因序列,设计特异性引物,经PCR分别从B.subtilis L、B.subtilis K基因组中扩增得到3个纤维素酶基因序列,基因片段分别长约700、1 500、1 700 bp。连接到T载体上进行测序,获得该3个纤维素酶基因片段的DNA序列,在线比对分析表明3个基因的部分碱基序列与已报道的纤维素酶基因的序列同源性达99%。这3个基因的全序列在Gen Bank中未见报道,且通过软件对比,三者没有任何相似性。根据3个纤维素酶基因的来源分别命名为Lcen、Ken、Kkg。借助软件分析确定Lcen基因全长699 bp,基因序列为1个完整的阅读框,连续编码232个氨基酸。Ken基因全长1 500 bp,连续编码499个氨基酸。Kkg基因全长1 686 bp,基因序列为1个完整的阅读框,连续编码561个氨基酸。3个基因均属于纤维素酶家族大类。 相似文献
14.
《农业科技与信息》2016,(35)
对采自海南省万宁市的表现竹柏扁枝病的竹柏植株总DNA进行植原体16S r RNA基因和tuf基因克隆、测序,分别获得竹柏扁枝植原体16S r RNA基因(1 806 bp,Gen Bank登录号:KJ848639)和tuf基因(845 bp,Gen Bank登录号:KX645669)片段。对竹柏扁枝植原体16S r RNA基因序列进行虚拟RFLP分析,结果表明,竹柏扁枝植原体属于花生丛枝植原体组U亚组(16Sr II-U)成员(相似系数为1.00)。对tuf基因进行序列比对和系统进化分析,结果表明,竹柏扁枝植原体与同属16Sr II组的植原体亲缘关系最近,其次为16Sr I组植原体。本研究从亚组水平上确定了竹柏扁枝植原体的分类地位,并克隆分析了竹柏扁枝植原体的tuf基因,为竹柏扁枝植原体的系统分类和病害防控提供了基础信息。 相似文献
15.
水稻橙叶病植原体16S rDNA基因的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用植原体16S rDNA通用引物对水稻橙叶病发病植株的DNA进行了PCR扩增和基因克隆.序列测定表明,PCR扩增的片段全长为1 853 bp,包括1 527 bp的水稻橙叶病植原体(RYL)的16S rDNA基因全序列、234 bp的邻近间隔区的序列及部分(92 bp)23S rDNA基因序列.序列比较结果表明,RYL的16S rDNA全序列与其他植原体的相似性在88%～95%,其中与America aster yellows(AAY,GenBank登录号X68373)最高相似性为95%.利用最大简约法构建的16S rDNA系统演化树结果表明:RYL与AAY亲缘关系最近,同被聚类为翠菊黄化组(16Sr Ⅰ). 相似文献
16.
苏云金芽孢杆菌新菌株S249 cry2Ad2的克隆及特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中cry2Ad基因序列设计1对特异性引物,以苏云金芽孢杆菌新菌株S249质粒 DNA为模板,应用PCR扩增技术得到了1条大小约为2．0 kb的DNA片段(cry2Ad2)。通过引物步行法测定该片段长1919 bp,其中开放阅读框(ORF)长1902 bp,编码633个氨基酸;经DNASTAR软件分析,预测其蛋白分子量为70．72 ku,等电点pI=8．26。序列比较结果表明,该基因与cry2Ad类基因高度同源(同源性达99%)。该基因已在GenBank中登录,登录号为DQ219823,并被Bt δ-内毒素基因国际命名委员会正式命名为cry2Ad2。 相似文献
17.
[目的]鉴定南疆扁桃品种自交不亲和S-RNase基因型,可为科学合理地配置授粉品种提供依据,有效提高南疆扁桃的产量.[方法]以南疆10个扁桃品种的叶片为试材,利用蔷薇科通用引物PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R、EM - PC2consFD+ EM - PC3consRD对叶片基因组DNA进行S-RNase特异性扩增,将克隆测序结果在GenBank上进行同源性比对.[结果]显示10个扁桃品种均获得2条带,共20条带,包含16种不同的S基因核苷酸序列,其中4个为GenBank上登录的已知S -RNase基因序列,分别为S1(1 370 bp)、S12(2 479bp)、S14(740bp)、S52(1 626bp),12个为新的S-RNase基因序列,暂时分别命名为SA(780bp)、SB(530bp)、SC(1261 bp)、SD(432 bp)、SE(1266bp)、5F(270 bp)、SG(1263 bp)、SH(272 bp)、SI(690 bp)、SJ(1 523bp)、SK(755bp)、SL(1 486bp).[结论]鉴定出10个品种的S- RNase基因型. 相似文献
18.
【目的】采用分子生物学方法鉴定1个五步蛇(Deinagkistrodon acutus)源隐孢子虫分离株,了解中国蛇隐孢子虫感染的种类分布。【方法】利用巢式PCR方法,扩增隐孢子虫18S rRNA基因特异性片段,对PCR产物进行限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和同源性分析,构建其种系发育进化树。【结果】成功扩增出18S rRNA基因目的片段,PCR产物经SspⅠ酶消化后获得的酶切结果和先前报道的蛇隐孢子虫(Cryptosporidium serpentis)一致。获得的840 bp 18S rRNA基因序列与C.serpentis同源性达到99.8%。种系发育进化树分析表明,该分离株与C.serpentis位于同一分支,节点支持值达100%。【结论】本研究获得的五步蛇源隐孢子虫分离株为C.serpentis,说明C.serpentis有更宽的感染宿主范围。 相似文献
19.
5种七彩神仙鱼5S rDNA序列的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
采集鳍条,设计引物,提取了5种(黑格尔、盖子红、鸽子红、天子蓝、红点绿)七彩神仙鱼(Symphysodon)的5S r DNA,分析了其序列。结果表明:5种七彩神仙鱼均具有201 bp和401 bp 5S r DNA结构单元,而黑格尔(野生)、盖子红和鸽子红分别具有300,299,338 bp 5S r DNA结构单元。其编码区高度保守,而非转录间隔区差异显著,特别是黑格尔(野生)300 bp、盖子红299 bp和鸽子红338 bp的非转录间隔区。5种七彩神仙鱼G+C碱基的含量很高。红点绿、盖子红、鸽子红和天子蓝4个人工品种与野生品种黑格尔的亲缘关系分别为97.53%、90.12%、88.89%和85.19%,其中红点绿与黑格尔的亲缘关系最近。 相似文献
20.
从马麝的全血中提取基因组总DNA,用所设计引物以聚合酶链式反应扩增出细胞型朊蛋白(PrPC)基因,并克隆到pMD18-T载体。序列分析表明所克隆的马麝PrP基因片段大约为771bp,包含了朊蛋白基因的完整编码区序列,即包含在单一外显子内的完整开放阅读框,与国外报道的同科动物PrP基因序列基本相同。马麝PrP基因含5个短而富含G-C的元件,可编码5个八肽(九肽)重复Pro-His-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln或Pro-Gln/His-Gly-Ala/Gly-Gly–Gly-Trp-Gly-Gln,其氨基酸序列含有24个氨基酸的N-端信号肽和23个氨基酸的C-端信号肽。与白尾鹿(Odocoileusvirginianus)和麋鹿(Cervuselaphus)的PrP基因相比,其核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性分别为97.4%、97.9%和98.1%、97.7%。共发生15个碱基替换,其中10个为同义码替换,5个为异义突变,即G57A、S100N、N173S、T177N和M208I。 相似文献