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1.
为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。 相似文献
2.
为掌握天津地区猪伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）的流行及遗传变异情况,本研究对2015－2020年天津地区分离的20个分离株的gB、gC和gE基因进行扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。相似性分析结果显示,分离株与2012年后中国变异株相比,3种基因核苷酸及编码氨基酸序列相似性分别为：gB基因均为99.9%~100%;gC基因为99.7%~100%和99.4%~100%;gE基因为99.7%~100%和99.6%~100%。遗传进化和序列比对分析结果显示,依据gB、gC、gE基因绘制遗传进化树均可将PRV毒株分为GⅠ型和GⅡ型,天津分离株属于GⅡ型;其中19个分离株与PRV变异株遗传关系较近,属于同一亚分支,并存在相同的氨基酸变异位点;另外1个分离株（TJBD6株）gB和gE基因与PRV变异株遗传关系较近,氨基酸变异位置与PRV变异株一致,但其gC基因与经典株Ea株遗传关系较近,且核苷酸和氨基酸序列相似性为100%。上述结果表明,2015年以来天津地区流行的PRV毒株存在经典株和变异株2种类型,其中变异株为主要流行株。本次研究初步调查了天津地区PRV分子流行特征,可为猪伪狂犬病防控提供依据。 相似文献
3.
《中国家禽》2019,(5)
试验对江苏常州某养殖场内发生的疑似CIAV感染病例通过PCR、病毒分离以及基因组测序等方法进行疾病诊断与病毒鉴定。结果显示:病料组织CIAV特异性PCR为阳性,接种MDCC-MSB1细胞分离到一株CIAV病毒,命名为CZC1602-CIAV。基因组序列测定发现其基因组大小为2 298 bp。CZC1602-CIAV与NCBI上检索到的16个CIAV毒株全基因组序列比对分析发现,核苷酸的同源性在96%～99%之间。进化树分析表明,CZC1602-CIAV分离株与广州株(KU050680)和韩国株(JF507715)处于一个分支,而与美国的Alabama分离株亲缘关系较远。CZC1602-CIAV的分离鉴定及全基因组测定为进一步研究国内CIAV的分子流行及其致病性提供了基础材料。 相似文献
4.
为了解目前我国鸽群中鸽圆环病毒(pigeon circovrius,PiCV)的流行现状及遗传变异情况,2021—2022年对山东等11个省(自治区)PiCV感染状况进行了调查,共采集鸽相关样品658份,采用PCR方法进行PiCV病原学检测,并对3份PiCV病原学阳性样品进行基因组序列测定及遗传进化分析。结果显示:在主动监测的9个省(自治区)49个采样点中,检出464份PiCV病原学阳性样品,个体阳性率为75.20%(464/617),场点阳性率为91.84%(45/49),其中河南省个体阳性率最高(100%);在被动监测的3个省41份病死鸽组织样品中,共检出28份PiCV病原学阳性样品;3份病原学阳性代表样品(QingDao 957、JiLin2、FuJian 1179)与已报道的24条PiCV全基因组序列同源性为87.30%～95.90%;QingDao 957和JiLin 2与国内报道的JS15-1序列亲缘关系较近,而FuJian 1179与国外报道的PL53参考序列属于同一分支,推测QingDao 957和JiLin2毒株在国内流行的PiCV中占主导地位,而FuJian 117... 相似文献
5.
为了解北京地区猪圆环病毒2型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2010年病料中分离的2株PCV2通过PCR、IPMA进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar进行序列分析,用MEGA5进行PCV2ORF2序列比对,构建系统进化树。结果表明,分离得到的BJ2010LC株(登录号为JQ002671)、BJ2010PG株(登录号为JQ002672)2个PCV2毒株其全基因组长度均为1 767bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为94.2%～99.5%,2个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.6%。BJ2010LC株属于基因型PCV2d,BJ2010PG株属于基因型PCV2b。 相似文献
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为了对广东地区某鸽场疑似鸽新城疫病毒感染的鸽群进行病原学诊断,试验采用血凝试验(HA)、血凝抑制试验(HI)、F基因扩增及序列测定等一系列综合试验对其进行病原学鉴定。结果表明:该分离株具有血凝活性,且这种血凝性可被新城疫病毒(NDV)标准阳性血清抑制,而不能被减蛋综合征病毒(EDSV)、禽流感病毒(AIV)-H5、AIV-H7、AIV-H9阳性血清抑制;用针对NDV F基因设计的特异性鉴定引物对该分离株进行PCR扩增,可扩增出相应的目的片段;该分离株与天津分离株AG/Tianjin/07的核苷酸序列的相似性高达99%。说明该分离株为鸽新城疫病毒,命名为Pigeon/Guangdong/SD54/2006。 相似文献
8.
为掌握江西省猪伪狂犬病病毒（PRV）的分子流行病学及遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2018年采集自江西南昌、宜春、赣州、吉安、九江、上饶、抚州、新余8个地区的PRV阳性猪病料进行gE和gB基因扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果显示,共获得64株PRV的gE基因序列和12株PRV的gB基因序列;gE基因遗传进化树表明,64株PRV同属一个大分支,与亚洲毒株及近年来国内分离株亲缘关系较近,全部为GⅠ型,而与GⅡ型的欧美经典毒株亲缘关系较远;江西毒株gE基因与19株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~100%和94.6%~100%;gB基因与11株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.2%~100%和96.5%~100%;相较于Bartha-K61疫苗株,江西流行毒株的gB基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了江西省PRV的流行与变异情况,为江西省科学防控PRV提供理论依据。 相似文献
9.
《中国兽医杂志》2020,(1)
为了解观赏禽元宝鸡中禽白血病病毒(ALV)的流行特点,通过接种DF-1细胞、ELISA和PCR检测,从元宝鸡中分离并鉴定出1株禽白血病病毒,命名为BJ1401。经PCR扩增、测序获得BJ1401的全基因序列。序列比对分析发现,病毒株BJ1401基因全长7 503 bp,其中,gp85基因核苷酸序列与C亚群同源性最高(91.6%),gp37、LTR与E亚群相应核苷酸序列同源性最高,分别为98.2%、91.6%。进化分析显示,gp85与C亚群代表株Prague C亲缘关系最近,gp37、LTR与E亚群代表株ev-1和SD0501处在同一进化分支上。表明观赏性元宝鸡中分离的禽白血病病毒BJ1401可能是C亚型与E型禽白血病病毒的重组病毒。 相似文献
10.
采用PCR方法成功克隆了3株鸡贫血病病毒(CAV)广州株VP3和VP1的部分基因,并进行了核苷酸序列测定。序列分析表明,3株CAV广州株与国内外其他21株CAV毒株的核苷酸序列相似性在89.5%~100.0%之间;推导氨基酸序列的相似性在84.8%~98.2%之间。系统发育进化树分析显示,3株CAV广州株和中国TJBD40、SD22、SD24株都同处于一个分支上,而与马来西亚的SMSC-1株、日本的G6株以及澳大利亚的CAU269/7株的亲缘关系较远。 相似文献
11.
Pigeon circovirus (PiCV) was detected by real-time PCR in cloacal swabs, pharyngeal swabs, and serum samples taken from 74 feral pigeons (Columba livia var. domestica) that were caught at various locations in the city of Ljubljana, Slovenia. PiCV infections were detected in the majority of the tested birds. The highest (74.3%) detection rate was observed in the cloacal swabs and the lowest (31.1%) in serum samples. PiCV DNA was more readily detected in the cloacal swabs, pharyngeal swabs, and serum samples of birds younger than 1 yr. Molecular analysis of partial open reading frame V1 sequences showed that PiCV strains detected in feral pigeons share high nucleotide and amino acid sequence identities with PiCV strains detected in ornamental, racing, meat, and feral pigeons. 相似文献
12.
Todd D Fringuelli E Scott AN Borghmans BJ Duchatel JP Shivaprasad HL Raidal SR Abadie JX Franciosini MP Smyth JA 《Research in veterinary science》2008,84(2):311-319
The genome sequences of eight pigeon circoviruses (PiCV) were determined and compared with four previously published sequences. The viruses compared were from the USA, five European countries, China and Australia and included PiCVs from racing, feral, ornamental and meat pigeons and a Senegal dove (Streptopelia senegalensis). The 12 PiCV genomes, ranging from 2032 to 2040 nucleotides in length, displayed similar organizations. Pairwise comparisons showed that the genome nucleotide sequence identities ranged from 85.1% to 97.8% and that the amino acid identities of the putative replication associated (Rep) and putative capsid (Cap) proteins displayed ranges of 91.5-99.1% and 73.0-99.3%, respectively. Comparative analyses identified conserved nucleotide sequences within the Rep gene and 3' intergenic regions, which would be suitable for diagnostic PCR primers, and variable amino acid sequences within the capsid proteins, which should be considered when selecting virus isolates for vaccine development. 相似文献
13.
[目的] 克隆野生鸟类红嘴鸥Toll样受体7（TLR7）基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析,为后期TLR7蛋白的抗病毒活性研究做准备。[方法] 采用cDNA末端快速扩增技术（rapid amplification of cDNA ends,RACE）扩增红嘴鸥TLR7基因全序列,通过生物信息学软件分析TLR7基因序列、稀有密码子、相似性及其编码蛋白的理化性质、跨膜区域、信号肽、N-糖基化位点、磷酸化位点和亚细胞定位,分别利用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测TLR7蛋白的二级结构和三级结构。[结果] 试验成功克隆红嘴鸥TLR7基因（GenBank登录号：MZ668652）,全长1 720 bp,开放阅读框（ORF）大小为1 182 bp,存在39个稀有密码子,其中含8个连续稀有密码子,编码393个氨基酸;红嘴鸥TLR7基因与GenBank中原鸡、红腹角雉、鹌鹑、绿头鸭、黑天鹅、山雀、白鹭、帝企鹅、红喉潜鸟和巴布亚企鹅的TLR7基因相似性分别为85.7%、84.9%、85.4%、87.0%、87.8%、86.8%、91.0%、93.1%、93.1%和93.1%。系统进化树结果显示,其与白鹭的亲缘关系最近。TLR7蛋白分子式为C2080H3256N556O567S19,分子质量约为63 ku,理论等电点为9.25;该蛋白不存在跨膜结构和信号肽,含有6个N-糖基化位点和33个磷酸化位点,是疏水性蛋白,主要存在于细胞质中;TLR7蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,约占48.09%,其次为无规则卷曲（32.06%）、延伸链（13.23%）和β-转角（6.62%）,TLR7蛋白的三级结构与二级结构一致,且与模型蛋白人TLR7蛋白相似性为68.78%。[结论] 红嘴鸥TLR7基因与白鹭进化关系较近,含有8个连续稀有密码子,体外表达较难,研究为进一步探索红嘴鸥TLR7蛋白抗病毒免疫机制提供重要参考。 相似文献
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[目的] 对中华蜜蜂（Apis cerana cerana）中自噬相关蛋白Atg8家族成员γ-氨基丁酸相关受体蛋白（gamma-aminobutyric acid receptor type associated protein,GABARAP）基因进行克隆鉴定和生物信息学分析,并在大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞中进行原核表达,以期为后续探究该基因的功能奠定基础。[方法] 根据GenBank中西方蜜蜂（Apis mellifera）GABARAP基因序列（登录号：XM_001120069.5）设计引物,采用巢式PCR对中华蜜蜂GABARAP基因进行扩增、克隆;运用生物信息学软件对其氨基酸序列相似性、二级结构、三级结构进行比对和预测分析;构建GABARAP基因原核表达载体,利用Western blotting对GABARAP蛋白进行鉴定后并用IPTG诱导纯化。[结果] 经巢式PCR扩增得到中华蜜蜂GABARAP基因序列;使用在线BLAST工具对氨基酸相似性进行分析显示,中华蜜蜂GABARAP与西方蜜蜂、大蜜蜂、小蜜蜂、欧洲熊蜂、东方熊蜂的氨基酸序列相似性为100%;氨基酸序列系统进化树显示,中华蜜蜂与西方蜜蜂亲缘关系最近,与秀丽隐杆线虫亲缘关系最远。生物信息学分析结果显示,GABARAP基因编码区全长354 bp,编码117个氨基酸,蛋白分子质量为13.99 ku,理论等电点为9.48;GABARAP蛋白二级结构主要由3个α-螺旋、4个β-折叠和6个多肽结合位点构成,二、三级结构预测结果一致;SDS-PAGE分析结果显示,IPTG诱导的GABARAP蛋白分子质量为35 ku;Western blotting鉴定结果证明了His单克隆抗体可以特异性识别GABARAP蛋白。[结论] 本研究成功克隆了中华蜜蜂GABARAP基因,获得了GABARAP蛋白并进行了生物信息学分析,为进一步研究GABARAP基因及其蛋白在自噬发生中的作用提供了参考。 相似文献
15.
[目的] 对广灵驴脂肪和肥胖相关基因（fat mass and obesity-associated gene,FTO）进行克隆及序列分析,同时检测其在广灵驴各组织中的表达差异,以探究广灵驴FTO基因结构对其生理代谢功能的影响。[方法] 运用RT-PCR技术扩增并克隆广灵驴FTO基因CDS序列,进行基因及蛋白质功能分析,同时运用实时荧光定量PCR方法检测FTO基因在广灵驴7种组织（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌及皮下脂肪）中的差异表达。[结果] 广灵驴FTO基因CDS区序列长1 518 bp,编码505个氨基酸,序列提交至NCBI,登录号：MZ169553。广灵驴FTO基因与马、猪、牛、人、羊驼、绵羊和山羊的相似性为99.3%、90.3%、89.5%、90.8%、90.7%、89.2%和89.2%;系统进化树分析发现,广灵驴与马的亲缘关系最近。FTO蛋白分子质量为58.35 ku,理论等电点为5.07,脂肪系数为80.36,不稳定系数为48.82,平均疏水指数为-0.550,为不稳定的酸性亲水蛋白。FTO蛋白无信号肽和跨膜区,主要定位于细胞质中,具有34个磷酸化位点与5个糖基化位点。FTO蛋白二级结构主要以α-螺旋（43.96%）和无规则卷曲（37.82%）为主。实时荧光定量PCR分析发现,FTO基因在广灵驴7个组织中均有表达,其中在肺脏和皮下脂肪中的表达量极显著高于其他组织（P<0.01）,在背最长肌中表达量最低。[结论] 本试验结果可为下一步基因表达与调控脂肪沉积机制及改善驴肉品质的研究奠定基础。 相似文献
16.
[目的] 研究确定导致新疆地区2个规模化驴场出现流产的疑似病原沙门菌,并探究其致病能力和耐药性情况。[方法] 通过细菌分离培养、形态学观察、生化试验对分离菌进行了鉴定,并对分离菌的鞭毛基因FliC进行了PCR扩增及序列分析,通过致病性测定、荷菌量检测及病理组织学观察,鉴定和分析了分离菌的致病性,并通过药敏试验分析其耐药性。[结果] 通过细菌分离培养、形态学观察、生化试验,确定分离到的2株细菌均为马流产沙门菌,分别命名为G1-1和XD1-2。对这2个分离株的鞭毛基因FliC的遗传进化分析结果显示,2株分离菌FliC氨基酸序列之间的相似性为99.0%,2株分离菌FliC氨基酸序列与爱尔兰马源马流产沙门菌分离株Ireland-HE801373、Ireland-HE801378株相似性均最高,且均为99.3%;分离株G1-1与爱尔兰马源马流产沙门菌分离株Ireland-HE801373和Ireland-HE801378及国内马源马流产沙门菌分离株China-KJ486797.1和China-KJ486769.1亲缘关系较近,分离株XD1-2则与美国肠炎沙门菌分离株USA-EBQ1214032.1亲缘关系较近,相似性分析与进化树结果一致。小鼠致病性试验显示,2株分离菌对小鼠的毒性均较强且致病性存在差异,XD1-2对小鼠的致病性强于G1-1。分离菌G1-1对9种抗菌药物耐药,对11种抗菌药物敏感。分离菌XD1-2对11种抗菌药物耐药,对5种抗菌药物敏感。[结论] 本试验成功分离到2株驴源沙门菌,不同养殖场来源的驴源沙门菌的致病能力和耐药性有一定差异,对鞭毛基因FliC的进化分析也显示出差异,本研究结果为驴源沙门菌的防治提供了一定的参考依据。 相似文献
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Todd D Duchatel JP Weston JH Ball NW Borghmans BJ Moffett DA Smyth JA 《Veterinary microbiology》2002,89(1):1-16
Polymerase chain reaction (PCR) and dot blot hybridisation (DBH) tests for detecting pigeon circovirus (PiCV) DNA were developed and evaluated using tissue samples obtained from diseased and clinically normal pigeons, which originated in Belgium and Northern Ireland. When PCR product was visually detected, the limit of detection of the PCR test was 31 fg, while that of the DBH was 1.6p g. For evaluation purposes, the results of the PCR and DBH tests, performed with DNAs extracted from samples of bursa of Fabricius (BF), were compared with those of in situ hybridisation (ISH) and histology. In 32 samples tested by all four tests, 27 (84%) were positive by PCR, 24 (75%) were positive by ISH, 20 (63%) were positive by DBH, and 13 (41%) were positive by histology. Additional PCR testing showed that in some disease-affected birds, PiCV DNA could be detected in a range of tissues including thymus, spleen, liver, kidney and brain. The PCR detection of PiCV DNA in BF samples from clinically normal birds indicated that PCR can detect infections in the absence of disease, a finding that mitigates against its use as a disease diagnostic. In addition, nucleotide sequence determinations indicated that PCR test performance was adversely affected by the sequence diversity exhibited by selected PiCVs. The application of the DBH test to dilutions of test samples indicated that the BF from some diseased pigeons contained very large amounts of virus DNA, as much as 10(13)genome copies/g tissue, and suggested that this test may be a convenient method of providing a semi-quantitative estimate of virus load. 相似文献
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为了全面了解犬冠状病毒（CCoV）分离毒株JS1706和JS1712基因组3'端主要结构蛋白基因和非结构蛋白基因的分子特征,本研究设计了8组引物进行RT-PCR扩增,产物经测序和拼接后,获得了约8.7 kb基因组片段,该基因组结构及其编码蛋白顺序为5'-S-3abc-E-M-N-7ab-3'。对CCoV JS1706、JS1712株8.7 kb基因组核苷酸序列与α冠状病毒属参考毒株的相同区域核苷酸序列进行比对,结果表明,2个分离株与CCoV Ⅱ型参考毒株相似性最高（83.4%~93.1%）,其次为FCoV Ⅱ型参考毒株（87.1%~87.9%）、TGEV参考毒株（86.1%~86.8%）、CCoV Ⅰ型参考毒株（72.0%~72.1%）和FCoV Ⅰ型参考毒株（67.5%~69.9%）。JS1706、JS1712毒株与同属冠状病毒参考株的结构蛋白S、E、M和N蛋白氨基酸相似性分别为46.4%~95.2%、75.6%~100%、82.8%~99.2%和78.5%~99.7%。说明同属内冠状病毒的S基因变异度大,E、M、N基因相对保守。根据基因组3'端8.7 kb核苷酸序列和S蛋白氨基酸序列相似性比对结果,JS1706和JS1712毒株均与泛嗜型原型株CB/05相似性最高,分别为93.0%~93.1%、94.8%~95.2%,其他结构蛋白包括E、M和N氨基酸序列比对也发现与CB/05株的相似性较高,分别为97.6%~100%、92.4%~93.1%和97.9%。S蛋白氨基酸序列的进一步分析表明,JS1706和JS1712毒株的S蛋白N端有一些特有氨基酸,S蛋白氨基酸序列中没有明显的S1/S2蛋白酶切位点（RRARR）,但在958—963位氨基酸有S2'裂解位点特征基序（KRKYRS）。基于S蛋白氨基酸序列构建的系统发育进化树分析显示,CCoV JS1706和JS1712株与CCoV Ⅱa亚型参考毒株和FCoV Ⅱ型参考毒株聚集形成一个分枝。CCoV JS1706和JS1712株非结构蛋白的编码基因ORF3abc和ORF7,其结构、大小与经典疫苗株INSAVC-1相似,无明显插入、缺失和移码突变。本研究有助于深入了解国内CCoV流行毒株的分子特性,为后续分子流行病学调查、诊断试剂和疫苗研发奠定了基础。 相似文献
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ZHANG Xinjie XUE Shaohua LYU Zixin HUANG Xirong CHEN Yuxuan FAN Kewei YANG Xiaoyan DAI Ailing 《中国畜牧兽医》2022,49(6):2291-2297
【Objective】 To investigate the co-infection situation of Porcine parvovirus (PPV7) and Porcine circovirus type 2 (PCV2)in Fujian and Guangdong, and to understand the molecular genetic characteristics of PPV7 Cap gene.【Method】 The blood sample of 432 infected pigs from 69 pig farms in Fujian and Guangdong were collected to detect PPV7 and PCV2 by PCR.The PPV7 Cap gene of positive samples was cloned and sequenced.The DNAStar software was used to analyze the nucleotide and amino acid sequences of PPV7 Cap gene, and Mega 7.0 software was used to draw the genetic evolution tree.【Result】 The results showed that the positive rate of PPV7 was 21.99% (96/432), the positive rate of farms was 53.62%(37/69), and the positive rate of PCV2 was 54.17% (234/432), and the co-infection rate of PCV2 and PPV7 was 13.43% (58/432).The 17 PPV7 Cap gene sequences were amplified using PCR.Nucleotide homology analysis revealed that the homology of the 17 PPV7 Cap gene sequences was 85.6%-100%, and the homology with reference strains was 85.8%-99.0%.Amino acid sequence comparison analysis revealed that the amino acid homology of the 17 PPV7 Cap protein sequences was 87.6%-100%, and the amino acid homology with reference strains was 82.6%-98.7%.Phylogenetic analysis of Cap gene showed that PPV7 could be divided into five main evolutionary branches of PPV7a-PPV7e, among which 9 isolates belonged to PPV7a subtype, 3 isolates belonged to PPV7b subtype, 4 isolates belong to PPV7c subtype, and only 1 isolates isolates belonged to PPV7e subtype.【Conclusion】 This study indicated that PPV7 was widely prevalent in Fujian and Guangdong regions, and had a high co-infection rate with PCV2, which might be the pathogenic factor of Porcine circovirus associated disease(PCVAD).The genetic diversity of PPV7 isolates was abudant in both regions, and PPV7a was the dominant strain at present.The findings of this study provided theoretical basis and data reference for PPV7 prevention and control and vaccine research. 相似文献