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1.
勃氏甜龙竹6个云南地理种群的ISSR多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了保护云南分布的勃氏甜龙竹种质资源,应用ISSR标记对勃氏甜龙竹6个云南代表性地理种群的遗传多样性和变异进行了研究。从80个引物中筛选出7个用于正式扩增,在调查的6个种群共84个样丛中检测到73个多态位点。研究结果表明:1)云南分布的勃氏甜龙竹遗传多样性较高,在种群水平上,平均多态位点百分率PPB=13.38%,有效等位标记数Ne=1.0906,平均Nei's等位标记多样性指数H=0.0507,平均Shannon信息指数I=0.0742;在物种水平上,PPB=96.05%,Ne=1.5304,H=0.3130,I=0.4714。2)种群间遗传分化水平高,种群间的遗传分化系数(Gst)为0.8427。3)Mantel检测结果显示种群间遗传距离和地理距离之间没有显著的正相关性(r=0.0244,P=0.5740)。推断人类活动的干扰、生境的片段化以及结实率低的生物学特性是导致勃氏甜龙竹种群稀少的主要因素。考虑到云南分布的勃氏甜龙竹遗传多样性和种群间遗传分化水平较高,但种群的个体数量较少,因此应该对勃氏甜龙竹所有种群以及个体实施及时的就地保护,在迁地保护时应在各种群内大量采样。 相似文献
2.
采用ISSR分子标记技术对云南省3个大果木莲天然居群进行遗传多样性分析。结果表明,在物种水平上,大果木莲的多态位点百分率(PPB)为70.71%;有效等位基因数(Ne)为1.4121;Nei′s基因多样性指数(H)为0.2433;Shannon信息指数(I)为0.3651。在居群水平上,其PPB为44.1%;Ne为1.2704;H为0.1573;I为0.2343。通过Nei′s遗传多样性分析得到居群间的遗传分化系数(Gst)为0.3595,由遗传一致度进行了3个居群的UPGMA聚类。 相似文献
3.
采用ISSR分子标记技术,对珙桐6个种群和光叶珙桐1个种群共117份样品进行遗传多样性分析.结果表明:用12条引物对117份样品进行扩增,共检测扩增位点199个,其中多态性位点177个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为88.94%,Neis基因多样性(H)为0.278 4,shannon信息指数(I)为0.418 7.种群水平的多态性相对较低,多态百分率在35.18%~48.74%之间,Neis基因多样性(H)为0.126 0~0.179 5,shannon信息指数(I)为0.188 1~0.265 1.基于Neis遗传多样性分析得出的种群间遗传分化系数(Gst)为0.474 5,表明有47.45%的遗传变异存在于种群间,而种群内的遗传变异占总变异的52.55%,种群间基因流(Nm)为0.553 7.Mantel检测显示,种群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的相关性. 相似文献
4.
四川省珍稀濒危植物延龄草遗传多样性分析 总被引：13，自引：0，他引：13
采用ISSR分子标记技术,对延龄草7个自然居群的遗传多样性水平和遗传结构进行了研究。用12个引物对7个居群共105个样品进行了扩增,共得到135条清晰的扩增位点,其中多态性位点46个,多态位点百分率（PPB）为34.07％。POPGENE分析结果表明:同其他一些濒危植物相比,延龄草具有较低的遗传多样性(He＝0.075 9,Ho＝0.120 0)。卧龙居群的遗传多样性水平最高（PPB＝18.52％,He＝0.041 7,Ho＝0.068 4）,大坝子居群的遗传多样性水平最低（PPB=8.89%,He＝0.022 0,Ho＝0.034 8）。Neis遗传多样性分析和AMOVA分析表明:7个自然居群间出现了一定程度的遗传分化（Gst分别为0.555 4和0.525 3）,可能是基因流障碍和遗传漂变引起的; 而居群间的限制性基因流（Nm=0.400 2）可能由种子的有限传播距离、居群的地理隔离或自交等因素导致. 通过对延龄草居群遗传多样性和遗传结构的分析,结合群落学调查研究,该文提出了一些保护策略. 相似文献
5.
野生土坛树种群遗传多样性的SRAP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SRAP分子标记技术,对我国野生土坛树种群的遗传多样性进行分析。40对引物对8个土坛树种群共47个个体的样品DNA进行扩增。结果表明:物种水平上,多态位点百分率PPB为40.40%,Nei’s基因多样性指数H为0.4027,Shannon’s信息指数I为0.5874;在种群水平上,多态位点百分率平均为32.77%,Nei’s基因多样性指数平均为0.2992,Shannon’s信息指数平均为0.4373;种群内遗传多样性Hs为0.2992,种群总的遗传多样性Ht为0.4027。基因分化系数Gst为0.2570,种群间的遗传分化程度较低;种群间基因流Nm为1.4455。种群间的平均距离为0.2118。利用UPGMA法聚类可将8个群体划分为2大类,高桥独立为一群,其他为一大群;证明亲缘关系与地理距离存在一定的相关性。47个材料按UPGMA法聚类分析,结果不与同一种群的个体聚在一起。初步推测土坛树由三墩和琼山一带向四周扩散而来。 相似文献
6.
应用ISSR分子标记对崇明白山羊3个群体和黄淮山羊群体进行遗传多样性分析。用筛选出的12条引物对127个个体进行扩增,共扩增出147条谱带,其中多态性谱带67条。分析结果显示:崇明白山羊遗传多样性较为丰富,在物种水平上平均多态位点百分率(PPB)=42.18%,Shannon's信息指数(Ho)=0.2085;在群体水平上,PPB=38.55%,Ho=0.1946。崇明白山羊各群体间遗传差异较小,遗传稳定性较高。UPGMA聚类分析显示:崇明白山羊3个群体间亲缘关系较近,优先聚为1支,再与黄淮山羊相聚。 相似文献
7.
柴松遗传多样性的RAPD分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以柴松现存2个居群各50个个体为样本,利用随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究了其遗传多样性。50条引物共扩增出349个位点,其中多态位点为321个。用POPGEN32版软件对数据进行了分析,结果表明:(1)柴松的遗传多样性水平很高。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为92.51%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.317 3,Shannon多样性信息指数(I)为0.478 2,总基因多样度(Ht)为0.317 4。在居群水平上,平均多态位点百分率为89.92%,H和I平均值分别为0.302 5和0.456 6;(2)居群间的遗传分化较低。居群间遗传分化系数(Gst)为0.046 7,基因流(Nm)为10.201 8,Shannon’s居群分化系数((Isp-Ipop)/Isp)为0.045 2。表明柴松的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的95%以上,居群间的遗传变异不足5%。并根据柴松的遗传多样性现状提出了相应的保护策略和措施。 相似文献
8.
长江中下游二倍体泥鳅4个种群的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用12对微卫星引物对长江中下游4个二倍体泥鳅野生种群的遗传多样性进行了分析.结果表明:12个微卫星位点在武汉、洞庭湖、鄱阳湖和太湖4个种群中总共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数为2～11,平均等位基因数为5.3.每个种群的平均等位基因丰度(AR)为3.502～4.615,平均观测杂合度(HO)为0.395～0.517,平均期望杂合度(HE)为0.360-～0.515,平均多态信息含量(PIC)为0.332～0.465,说明4个种群表现出中度的遗传多样性.在12个位点中有4个偏离Hardy-Weinberg平衡(HWE),每个种群均不同程度偏离HWE,表现为杂合子不足.种群间遗传分化系数(Gsr)为0.118,15.74%遗传变异源于种群间差异,表明种群间存在中度遗传分化.种群间遗传距离(D)为0.067～0.206,太湖与鄱阳湖种群间遗传距离最大.聚类分析表明,洞庭湖与鄱阳湖种群聚为一支、亲缘关系较近,武汉种群与太湖种群聚为另一支. 相似文献
9.
桂花Osmanthus fragrans具有极高的经济价值和观赏价值。研究野生桂花种群的遗传多样性有利于为新品种的选育以及野生桂花资源的保护提供重要的依据。利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对江西全南(衰退型)和福建长汀(稳定型)这2个桂花自然种群96个个体进行了遗传多样性评估。7对引物组合共检测到330个清晰位点,其中多态位点276个,占83.64%。在物种水平,桂花的Shannon多态性信息指数(I)为0.428 3,Nei’s基因多样性(He)为0.285 6,表明桂花具有丰富的遗传多样性;在种群水平,福建长汀种群的多态性指数均高于江西全南种群,表明包含不同世代、具有较好自然更新能力的长汀种群携带更丰富的遗传信息;分子方差分析(AMOVA)表明:桂花的遗传变异主要存在于种群内(71%),种群间的遗传变异只占29%;2个种群间存在一定的遗传分化(Gst=0.161 6),种群间基因流较小(Nm=2.594 9)。 相似文献
10.
《东北农业大学学报》2016,(6)
利用ISSR分子标记对黄檗17个自然种群作遗传多样性分析,8条引物共扩增出81条带,其中61条具有多态性。结果表明,在物种水平上多态位点百分率(PPL)为75.31%,Shannon多样性指数(I)为0.3045,Nei's基因多样性指数(H)为0.2788。在种群水平上PPL为43.87%,I为0.2243,H为0.2628,种群间遗传分化系数Gst为0.2065,基因流Nm为1.9213。AMOVA分析表明,种群间遗传分化水平Fst为0.2235,黄檗遗传变异主要存在于种群内(77.65%)。Mantel检验表明,黄檗种群间地理距离与遗传距离间存在极显著正相关关系(R=0.789,P0.01)。UPGMA聚类分析将17个黄檗种群分为两大类:华北种群组和东北种群组,地理较近种群有聚集趋势。推测长白山地区为黄檗现代遗传多样性分布中心。 相似文献
11.
青檀是我国特有的第三纪残遗植物,是宣纸纤维来源的重要原材料,现已被列入国家Ⅲ级保护植物。采用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)标记技术,对采自27个地理种群的628个青檀个体的遗传多样性和遗传结构进行了检测。8对引物共得到66个清晰的扩增位点,其中多态性位点63个,多态性位点百分率为95.45%。分析结果表明,青檀在物种水平上具有很高的遗传多样性(PPB=95.45%、Ao=1.9545、Ae=1.5729、He=0.3335、I=0.4980、Hb=0.3437)。在种群水平上的遗传多样性(PPB=69.98%、Ao=1.6998、Ae=1.4449、He=0.2561、I=0.3793、Hb=0.2656)和种群间遗传分化水平(Gst=0.23,ФST=0.25)均处于中等水平。华北地区(30°-42°N)和华南地区(22°-30° N)青檀的遗传多样性和遗传结构的差异并不显著。古老的起源历史、较广的分布范围、异交的繁育系统、风媒种子、长命的生活史以及华南和华北地形和植被的差异可能是导致青檀目前遗传格局的主要原因。结合叶绿体序列(cpDNA)序列的遗传结构特征对青檀的保护策略进行了探讨。 相似文献
12.
基于SRAP分子标记技术研究浙产栀子遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究浙产栀子种质遗传多样性,进一步开展该物种保护及品种选育,利用SRAP分子标记技术,从多态性检测、遗传多样性水平及聚类分析揭示栀子种质遗传多样性。结果表明:从88对SRAP引物中筛选6对引物用于浙江居群、华中居群、西南居群的21份栀子的SRAP-PCR,共获得98条扩增条带,其中多态性条带87条,在物种水平上,多态性比率(PPB)为88.78%,平均有效等位基因数(Ne)为1.515 2,Nei's基因多样性指数(H)为0.308 9,Shannon's指数(I)为0.465 1;在居群水平上,PPB为53.06%~77.55%,H为0.212 0~0.258 1,I为0.309 4~0.390 4;3个居群的基因分化系数(Gst)为0.235 6,即76.44%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为1.621 8,证明居群间存在一定的基因流动(Nm>1);UPGMA聚类结果表明,21份样品分成4组,华中和西南居群各聚成一支,浙江居群被分成二支。本研究表明,栀子具有较高的遗传多样性水平,居群间存在一定的基因交流,可为栀子新品种选育工作提供参考。 相似文献
13.
麂角杜鹃遗传多样性的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用ISSR分子标记技术,对浙江省大明山4个麂角杜鹃种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对84个麂角杜鹃个体的样品进行扩增,共检测到176个可重复位点,其中多态位点155个,总多态位点百分率为88.07%,4个种群平均多态位点百分率为64.35%.采用Shannon信息指数计算的4个种群总的遗传多样性为0.464 0,平均为0.394 9;采用Nei指数计算的4个种群总的基因多样性为0.309 9,平均为0.273 3,表明麂角杜鹃种群遗传多样性处于较高水平.AMOVA分子分析显示,94.66%变异来源于种群内,5.34%变异来源于种群间.4个麂角杜鹃种群间的遗传分化系数为0.112 4,基因流为3.946 9,遗传相似度平均为0.936 8,遗传距离平均为0.065 4.利用算术加权平均数法(UPGMA)对麂角杜鹃4个种群进行聚类,结果可分为2大类群. 相似文献
14.
利用ISSR分子标记技术,对木荷种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对9个木荷种群共180个个体的样品进行扩增,共测到245个位点,其中多态位点221个,多态位点百分率(P)为90.20%.9个种群的P平均为53.02%.木荷种水平的Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4548,Nei指数(h)为0.3016.各种群Ⅰ平均为0.2914,h平均为0.1974.表明木荷物种以及种群水平均具有较高的遗传多样性.AMOVA分子差异分析表明木荷种群的遗传变异34.37%存在于种群间,65.63%存在于种群内,种群间的基因分化系数(Gst)为0.3454.木荷种群间的基因流(Nm)为0.9476.木荷9个种群间的遗传距离平均为0.1547.利用算术加权平均数法(UPGMA)对木荷9个种群进行聚类,结果可分为3大类群. 相似文献
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采用正交设计试验,利用引物UBC834对长序榆ISSR-PCR扩增的主要影响因子Buffer(含Mg2+)浓度、模板DNA、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、dNTPs浓度进行优化分析,并在此基础上对PCR反应过程中的退火温度、循环次数、延伸时间进行检测。结果表明,在25μL ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为2.5μLBuffer(含Mg2+),50 ng模板DNA,2.5 U Taq DNA聚合酶,1.2μmol.L-1引物,0.2 mmol.L-1dNTPs,引物UBC834的最佳退火温度为57℃,最佳循环次数和延伸时间分别为35个循环和1 min。此外,还利用优化的反应体系成功筛选出11条ISSR引物,并用筛选的引物对长序榆的遗传多样性进行了分析,结果发现,在物种水平上,长序榆的遗传多样性较高,多态位点百分率(PPB)为82.35%,Shannon信息指数(I)为0.395 9,Nei’s基因多样性指数(H)为0.258 5。而种群水平上的遗传多样性则较低,多态位点百分率(PPB)、Shannon信息指数(I)、Nei’s基因多样性指数(H)分别为29.07%、0.173 3和0.119 1。 相似文献
16.
东北地区狍种群的遗传变异 总被引：2，自引：0，他引：2
应用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记,对东北地区不同狍种群的遗传变异进行了研究。20个随机引物共检出123条带,其中114条带表现出多态性,多态率92.7%。多态条带比率(PPB)、Shannon多样性指数(I)及Nei′s基因多样性指数(h)均显示东北地区狍具有较为丰富的遗传多样性。东北地区长白山、大兴安岭和完达山3个地理种群中,大兴安岭种群遗传多样性最低。采用Nei′s遗传距离、基因分化系数(Gst)、Shannon多样性指数阶层分析和AMOVA分析各种群遗传分化,结果显示,东北地区狍种群存在一定的遗传分化,但分化程度不高,遗传变异主要来自种群内。 相似文献
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《江苏农业科学》2016,(2)
采用8对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物对克隆植物蛇莓33个野生种群353个个体的遗传多样性及遗传结构进行分析。结果表明,参试的33个种群中的平均等位基因数(A)为2.841,平均多态性位点(PPL)为88.6%,平均期望杂合度(He)为0.494,平均Nei’s遗传多样性指数(h)为0.468。所有参试样本中共有223个基因型。该物种的克隆多样性和等位基因水平的变异均较高,各种群的平均基因型数(G)为6.758,平均克隆大小(N/G)为2.063,克隆多样性指数Simpson指数(D)为0.769,基因型均匀度(E)为0.769。基于分子的方差分析结果表明,蛇莓野生种群间和种群内的分化系数分别为0.55和0.45,这说明蛇莓种群间和种群内遗传分化均显著。STRUCTURE分析和基于Nei’s遗传一致度的UPGMA聚类结果表明,参试的33个野生种群可分为四大类群。Mantel相关性分析结果表明,种群间遗传距离与其地理距离不存在显著相关关系(r=0.052,P=0.150)。该研究结果说明蛇莓野生种群的遗传多样性高,所有种群均为多克隆种群,且基因型的局域性很强,其中82.6%的基因型为局部基因型,不存在广布基因型。物种水平的遗传差异主要表现在种群间,但在种群内也较高,这表明该物种在种群间和种群内在一定程度上能通过有性繁殖进行基因交流。蛇莓种群建群者的奠基者效应和所在位置生态因子对其遗传多样性和遗传结构的形成和进化具有重要的意义。 相似文献
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利用简单重复序列间扩增(inter simple sequence repeat, ISSR)分子标记技术对5种中华鳖(Pelodiscus sinensis)种群的遗传多样性以及亲缘关系进行分析。结果显示：采用筛选出的10条ISSR引物对来自5个种群的中华鳖个体样本的基因组DNA进行PCR扩增，共获得123条清晰的扩增位点，平均多态性条带(PPB)比例为73.417%。5个居群的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为1.748 0、1.417 7、0.245 5、0.370 4,其中乌鳖群体的遗传多样性水平高于其他中华鳖，淮河鳖群体的变异程度最小。5个居群总遗传多样性指数(Ht)=0.240 0±0.037 1,居群内遗传多样性指数(Hs)=0.174 7±0.021 6,基因分化系数(Gst)=0.271 9,基因流(Nm)=1.339 0。总遗传变异结果显示：有27.19%的变... 相似文献
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运用SRAP分子标记研究了山东省3个钩齿溲疏居群的遗传多样性,结果显示,用15对引物共检测到244个位点,其中多态位点167个,物种水平多态位点百分率(PPL)68.44%,Nei’s基因多样性指数(H)0.2158,Shannon’s信息指数(I)0.3282,数据表明钩齿溲疏有较高的遗传多样性水平;居群间遗传分化系数(Gst)为0.3685,表明居群间遗传变异只占36.85%,远低于居群内遗传分化;在居群水平上,以崂山钩齿溲疏居群的遗传多样性最高,徂徕山最低;居群间遗传一致度(GI)和遗传距离(GD)变化范围分别为0.8350~0.8884和0.1184~0.1803,居群间的遗传距离与地理位置间没有直接相关性。 相似文献