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1.
利用微卫星分子标记分析长江、赣江和鄱阳湖鲢群体遗传结构 总被引：1，自引：0，他引：1
利用10个高度多态的微卫星标记对采自长江、赣江、鄱阳湖湖口和都昌水域的4个鲢野生群体遗传结构进行分析.检测到148个等位基因,每个微卫星位点的等位基因数5～24,有效等位基因数6.4～7.1,平均观测杂合度H.为0.802～0.821,平均期望杂合度He为0.817～0.839,表明这4个鲢群体遗传多样性较高.鲢群体间的遗传相似系数为0.922 2～0.944 1,遗传距离为0.057 6～0.081 0,固定系数Fst值为-0.012 35～0.005 28,表明这4个鲢群体间遗传一致性高,遗传距离小,群体遗传分化不显著.AMOVA结果显示遗传变异主要来自群体内,基因流分析认为长江、赣江、鄱阳湖鲢群体存在频繁的基因交流. 相似文献
2.
长江口江豚的遗传多样性现状及种群动态 总被引：1，自引：1，他引：0
长江口地处长江与东海、黄海的交汇处,是窄脊江豚东亚亚种和长江亚种的重叠分布区和死亡率高发区。筛选出16个多态性微卫星位点,对采自长江口的36头窄脊江豚东亚亚种样本作了遗传多样性和种群动态分析。结果显示,除了2个微卫星位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡外,其他14个位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡。16个微卫星位点共获得了129个等位基因,平均等位基因数达8. 1个。计算获得的平均观察杂合度(Ho)为0. 733,平均期望杂合度(He)为0. 758,多态性信息含量(PIC)均在0. 5以上。其遗传多样性水平与印度洋江豚和海豹等海洋哺乳动物相近,但明显高于大熊猫、东北虎等陆生珍稀哺乳动物。杂合度检验和Mode-shift模型分析显示,该种群未经历过近期的遗传瓶颈效应。Msvar软件的4次模拟均未发现该种群在历史上发生过明显的有效数量波动,估算的当前有效种群大小约为5 623头。研究显示,在长江口发现的窄脊江豚东亚亚种个体,属于一个大而稳定的种群。 相似文献
3.
许氏平鲉微卫星标记的开发及评价 总被引：2，自引：0，他引：2
采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显著偏离了Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡检测表明,各位点间无连锁不平衡现象。 相似文献
4.
大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证. 相似文献
5.
用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)和有效等位基因数(E)等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究.结果表明:(1)8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7.2个等位基因(3-11);8个微卫星标记的PIC平均为0.6471(0.3942-0.8062),各群体的PIC差异不显著;全部群体的H为0.2930;各群体的E平均为3.37(3.03-3.84).这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性,说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性.(2)根据Ne i氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示,4个群体间的遗传变异不大.福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;遗传距离及聚类分析结果表明,这些群体黄牛属于同一个地方品种. 相似文献
6.
新疆褐牛种群遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系.[方法]采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析.[结果]在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9.4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(H0)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态.群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3.群体基因流BM2133位点最大(7.0965),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流.4个群体间的遗传变异为5.87;,另外94.13;的遗传变异由个体间的差异产生.基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素.聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类.[结论]新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型. 相似文献
7.
为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献
8.
利用微卫星标记分析湖南4个地方鹅品种遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测了湖南4个地方鹅品种的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明,31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.4个鹅品种中,平均杂合度范围是0.5010 ～ 0.6705,各鹅种的杂合度都较高,最高的是酃县白鹅(0.6705),最低的是武冈铜鹅,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明,用UPGMA法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类:道州黑鹅与酃县白鹅聚为第1类;武冈铜鹅自聚为第2类;溆浦鹅自聚为第3类. 相似文献
9.
选用12个微卫星位点对6个建鲤Cyprinus carpio var.jian家系的遗传结构和不同亲缘关系个体间的遗传差异进行分析.结果表明:12个位点在6个建鲤家系中共检测出80个等位基因和172种基因型,平均每个位点检测到等位基因6.7个和基因型14.3种;各家系平均观察杂合度(H0)和期望杂合度(He)分别为0.725～0.883和0.533 ～0.656;平均多态信息含量(PIC)为0.440～0.584;固定系数(FIS)计算结果表明,6个建鲤家系都表现为杂合子过剩(FIS＜0);6个建鲤家系遗传分化系数(Lat)值为0.209 4,家系间平均遗传距离为0.458 7;6个家系中的父子间、母子间和同胞子代间的平均遗传距离分别为0.333 1、0.347 7和0.318 0,没有血缘关系个体间的平均遗传距离为0.635 3,且极显著大于亲子之间和同胞子代之间的遗传距离(P＜0.01).本研究表明,6个建鲤家系的多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力. 相似文献
10.
选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。 相似文献
11.
我国三种野生泥鳅遗传多样性的微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究采用5个微卫星分子标记技术对我国黑龙江泥鳅(M.mohoity)、北方泥鳅(M.bipartitus)、泥鳅(M.anguillicaudatus)进行了遗传多样性分析。结果表明,三种泥鳅的5个微卫星基因座共检测到等位基因数27个,微卫星基因座的等位基因数范围为3~7个。5个微卫星基因座在三种泥鳅的多态信息含量都达到了高度多态的水平,平均PIC值在0.526~0.722之间,说明三种泥鳅具有丰富的遗传多样性。黑龙江泥鳅、北方泥鳅和泥鳅的观测杂合度Ho分别为0.978,0.889和0.742,期望杂合度He分别为0.683、0.781、0.721。三种泥鳅的遗传距离为0.189~0.559,泥鳅和北方泥鳅群体间遗传距离最小为0.189,亲缘关系较近,而泥鳅和黑龙江泥鳅群体间遗传距离最大为0.559,亲缘关系较远。Hardy-Weinberg平衡检验P值。得出所有个体在5个微卫星位点上都无偏离现象。聚类结果显示黑龙江泥鳅、北方泥鳅、泥鳅群体分为二支,泥鳅和北方泥鳅聚为一类,之后两者再与黑龙江泥鳅聚为一类。 相似文献
12.
林芝云杉天然群体同工酶遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用水平切片淀粉凝胶电泳试验对西藏林芝云杉12个群体的10个酶系统进行测定,共获得20个谱带清晰、分离良好的位点,对这20个位点的统计分析表明:林芝云杉群体的多态位点百分率(P)=55.00%,每个位点的等位点基因数(Na)=1.900 0,每个位点的有效等位基因数(Ne)=1.609 3,观测杂和度(Ho)=0.229 1,期望杂和度(He)=0.2648,遗传一致度(I)=0.4168;这些指标在12个群体的均值略低于种级水平。对12个群体的遗传分化进行研究,群体间遗传分化系数(Gs,t)=7.406 5%,有92.593 5%的变异存在群体内;群体间的遗传分化度(Fs,t)=8.424 7%,仍远远小于群体内的91.535 7%;基因流(Nm)=7.011 9>4,可以代替遗传漂变防止群体间分化的发生。对12个群体两两之间的遗传距离进行研究,遗传一致度(I)的变动幅度为0.9475～0.997 9,平均值为0.980 1;遗传距离(D)变动幅度为0.002 1～0.054 0,均值为0.019 1。 相似文献
13.
利用12个微卫星分子标记对长江下游4个放流鲢群体进行了遗传多样性分析。在12个基因座位中,共检测到56个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为1～7个,其中有10个基因座位具有多态性,多态位点百分率为83.33%,4个群体的平均等位基因数A为3.98,平均有效等位基因数Ne为2.384 0,观测杂合度Ho平均值为0.467 6,期望杂合度He平均为0.490 6,多态信息含量平均值为0.381 2。4个鲢群体的遗传多样性较丰富,与文献报道的下游野生群体大致相当,但明显低于上游野生群体;放流鲢群体的平均观测杂合度均低于各自相对应的平均期望杂合度,表现出一定程度的近交现象。4个放流鲢群体间遗传相似系数为0.937 1～0.971 8,遗传距离为0.028 2～0.062 8,基因分化系数Fst为0.027 5～0.050 6,表明群体间的遗传分化程度较弱。 相似文献
14.
利用6对微卫星DNA标记对福建省4个中华蜜蜂群体进行遗传多样性分析,评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化.结果表明:共检测到50个等位基因,每个位点的等位基因数从2到19不等,所分析位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6088和0.5629.4个中华蜜蜂群体6个微卫星位点平均有效等位基因数为8.333,平均基因杂合度分别为0.5608、0.4798、0.5738和0.6010,群体分化率为11.3%,4个群体间的基因流动值较大.4个中华蜜蜂群体均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性. 相似文献
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16.
利用23对微卫星标记,对皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,评估其群体遗传结构。结果表明：23个微卫星座位中共检测到144个等位基因,等位基因数为2-13,平均等位基因数为6.26;所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.6058和0.5714,说明皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。 相似文献
17.
油松天然群体酯酶同工酶的变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用酯酶同工酶对陕西油松４个产地、１２个林分天然群体的遗传结构进行了研究,油松群体酯酶同工酶由ＥＳＴ－Ａ、ＥＳＴ－Ｂ、ＥＳＴ－Ｃ３个多态位点组成。１２个林分的多态位点百分率为１００％,等位基因平均数为３．９１７,平均期望杂合率０．５９４。表明油松天然群体间在酯酶同工酶各基因位点具有较高的遗传变异水平。 相似文献
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利用SSR标记对高州野生稻遗传多样性的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
利用24对SSR引物比较了来自我国广东高州、江西、福建、云南等地区及东南亚国家共计240份普通野生稻材料的遗传多样性。结果表明,24对引物中平均有17个位点表现出多态性,平均多态位点比率为69%;平均总等位基因数、平均每个位点的等位基因数、多态位点的平均等位基因数分别为51、2.04、2.43个,平均基因多样性为0.8447。指出高州野生稻5个居群间已经出现了较显著的分化,高州镇江镇朋山村普通野生稻的遗传多样性最高。 相似文献
19.
利用20对微卫星标记埘长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤3个鲤鱼群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果表明:3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,各群体等位基因数2～16个不等,平均有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.606.3个群体平均期望杂合度分别为0.769、0.806、0.801,多态信息含量分别为0.703、0.761和0.757,遗传多样性指数分别为0.764、0.803和0.799,群体间遗传分化系数为0.071.结果说明3个群体遗传多样性较为丰富. 相似文献
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新牧1号杂花苜蓿交配系统的等位酶分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用不连续系统垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对新牧1号杂花苜蓿的交配系统进行研究,旨在分析苜蓿的自花粉早熟及克隆生长习性对居群遗传结构的影响.结果显示:(1)两种群多态位点的百分率均为50;, 其中,子代平均每位点的等位基因数为1.58,平均每位点的有效等位基因数为2.07,亲代平均每位点的等位基因数为1.6,平均每位点的有效等位基因数为2.1;(2)子代和亲代居群的固定系数F平均值分别为-0.006 7,-0.15,都偏离了F=0下的平衡状态,子代和亲代都属于高异交率的外繁育类型,但从固定指数的大小看,子代的异交率与亲代相比有明显的下降趋势.(3)苜蓿的自花粉早熟、克隆生长习性和昆虫传粉造成的自花粉滞留导致了自交率的提高,因其严格的自交不亲和系统在保证较低的自交率方面起到了有效作用,使得种群的遗传结构仍处于一种良好的状态,保持着较高的异交比例. 相似文献