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枫香树DNA提取及SRAP-PCR反应体系的建立与优化 总被引：1，自引：0，他引：1
通过不同处理的枫香树叶片及基因组DNA提取方法的对比,并采用L16(45)正交试验设计,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg2+,d NTPs,引物浓度及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行优化,确立枫香树SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明,改良CTAB法提取枫香树基因组DNA的产率和纯度均可满足下游试验需要。SRAP-PCR最优反应体系为:总体积20μL,含1×PCR Buffer,1.5 mmol·L-1Mg2+,0.16mmol·L-1d NTPs,0.5μmol·L-1引物,0.9 U Taq DNA聚合酶和40 ng模板DNA。各因素对反应结果的影响大小顺序为Taq DNA聚合酶量d NTPs浓度Mg2+浓度模板DNA用量引物浓度。运用优化的SRAPPCR反应体系对10个不同居群的枫香树基因组DNA扩增检测,结果均能获得稳定性高、多态性丰富和重复性好的条带图谱。 相似文献
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剑豆SRAP-PCR反应体系的建立及优化 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立和优化剑豆Canavalia ensiformis的SRAP-PCR体系,为分析剑豆遗传多样性和建立遗传图谱打下基础.【方法】首先用单因素试验法对SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因素(Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)各设8个浓度梯度进行试验,找到5个因素的适宜浓度范围,再采用均匀设计法进行5因素4水平和5因素3水平的2轮优化.【结果和结论】建立了剑豆SRAP-PCR最佳反应体系(25μL):Mg2+1.75 mmol/L,d NTPs 200μmol/L,引物0.36μmol/L,Taq DNA聚合酶0.06 U/μL,模板DNA 40 ng.所建立的体系稳定可靠,适用于剑豆后续的SRAP分析. 相似文献
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《江苏农业科学》2016,(3)
利用正交设计对新疆野核桃序列相关扩增多态性PCR(SRAP-PCR)反应体系中的5个因素(模板DNA、Mg2+、引物、d NTPs、Taq DNA聚合酶浓度)在5水平上进行优化,对比不同浓度模板DNA对扩增结果的影响,建立了新疆野核桃SRAP最佳反应体系。结果表明,优化的新疆野核桃SRAP-PCR最佳反应体系为:20μL的反应体系中,2.5μg/m L模板DNA、0.4μmol/L引物、2 mmol/L Mg~(2+)、0.2 mmol/L d NTPs、25 U/mL Taq酶U;最佳PCR扩增程序的退火温度为54℃。各因素扩增结果表明,Mg~(2+)浓度对扩增反应结果影响最大,d NTPs浓度影响最小。运用该体系对新疆野核桃样本进行了验证,表明该体系扩增稳定可靠。用该体系对100个SRAP引物组合进行筛选,筛选出15个扩增条带清晰且多态性丰富的引物组合,为新疆野核桃种质资源研究奠定了基础。 相似文献
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为建立适合沙棘(Hippophae rhamnoides L.)的SRAP-PCR反应体系,对影响SRAP-PCR的Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、模板DNA浓度进行了优化.优化后的反应体系为Mg2+3.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶2U/25μL、引物0.8 μmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、模板DNA 30ng/25μL,反应总体系25 μL.利用此体系从30对引物组合中筛选出17对适合沙棘SRAP-PCR的引物,有助于沙棘的分子标记辅助育种研究. 相似文献
5.
《江苏农业科学》2018,(23)
通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、d NTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度等5因素4水平条件对ISSR反应体系进行优化。白花蛇舌草ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为引物浓度0. 562 5μmol/L,Mg2+浓度2. 75 mmol/L,d NTPs浓度0. 375 mmol/L,DNA模板量60 ng,Taq DNA聚合酶1. 25 U,2. 0μL 10×Taq Buffer,其余用dd H_2O补齐。该试验建立并优化了白花蛇舌草ISSR-PCR反应体系,为白花蛇舌草种质资源遗传多态性的研究提供参考依据。 相似文献
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苦楝SRAP-PCR反应体系的建立及优化 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、d NTPs、Mg2+、引物和Taq DNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.【方法】采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平,确定浓度范围后进行L16(45)正交试验设计,并对结果进行打分,确定优化体系.【结果和结论】SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高,有一个较宽的浓度适宜范围;d NTPs在0.1~0.2 mmol·L-1范围内,能扩增出条带基本相同的清晰谱带;Mg2+为2.0mmol·L-1左右时扩增条带较清晰且数量多;引物介于0.48~0.64μmol·L-1均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带;Taq DNA聚合酶在0.50~2.00 U范围内可以得到清晰的带型.根据正交试验设计16个处理的得分,确定优化的反应体系为:模板DNA 30 ng、d NTPs 0.125 mmol·L-1、Mg2+2.25 mmol·L-1、引物0.48μmol·L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U,反应总体积25μL. 相似文献
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[目的]优化大豆CDDP-PCR反应体系。[方法]采用单因素试验方法对影响大豆CDDP-PCR反应的Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度、d NTPs浓度和模板DNA用量等因素进行优化。[结果]优化后的大豆CDDP-PCR体系为:Mg2+浓度2.0 mmol/L、Taq聚合酶用量1.5 U、引物浓度0.375μmol/L、d NTPs浓度0.3 mmol/L、DNA模板用量40 ng。运用24个大豆品种验证了该反应体系稳定、可靠。[结论]该反应体系的建立为大豆种质遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种奠定了基础。 相似文献
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《江苏农业科学》2016,(9)
建立和优化稳定的葡萄ISSR-PCR反应体系,为进一步开展葡萄遗传多样性研究和品种选优提供理论依据。运用改良的CTAB法从葡萄嫩叶中提取基因组总DNA,通过单因素试验分析d NTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、DNA模板用量、Taq DNA聚合酶用量等5个因素对葡萄ISSR-PCR反应体系扩增结果的影响,并采用正交设计试验方法优化建立葡萄ISSR-PCR最佳反应体系。优化的最佳ISSR-PCR反应体系(20μL)为:10×PCR buffer、0.225 mmol/L d NTPs、Taq DNA聚合酶1.0 U、1.00μmol/L引物、2.75 mmol/L Mg2+、DNA模板30 ng。利用优化的ISSR-PCR反应体系能够扩增获得清晰、稳定的DNA条带,可用于后续的葡萄种质资源遗传多样性分析。 相似文献
10.
小麦SRAP-PCR体系的正交设计优化（摘要） 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]优化小麦SRAP-PCR技术体系。[方法]以小麦丰优68为试材,利用正交设计L16（45）对小麦SRAP-PCR反应体系中的5因素（Taq聚合酶、Mg2＋、模板DNA、dNTPs、引物）在4个水平上进行优化试验。[结果]不同因素对小麦SRAP反应体系影响的大小顺序为：Mg2＋〉Taq聚合酶〉dNTPs〉模板DNA〉引物;优化的小麦SRAP-PCR体系为：在20μl反应体系中,包括10×PCR buffer2.0μl、Mg2＋2.0mmol/L、Taq聚合酶2.0U、dNTPs0.2mmol/L、模板DNA40ng、引物0.6μmol/L。[结论]该优化体系为小麦资源SRAP遗传分析奠定了技术基础。 相似文献
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为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。 相似文献
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采用正交设计对旱稻孢囊线虫ISSR–PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、d NTPs、引物)在4个用量水平上进行优化试验。结果表明,旱稻孢囊线虫ISSR–PCR最佳的反应体系为:在25μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶(5 U/μL)0.3μL﹑模板DNA 1μL﹑d NTPs(2.5 mmol/L)2μL﹑引物(10μmol/L)1μL﹑10×PCR Buffer(20 mmol/L Mg2+plus)2.5μL。引物UBC887最适退火温度为48℃。优化的旱稻孢囊线虫ISSR–PCR的反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。 相似文献
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选用7个玉米自交系为材料,分别研究了PCR反应体系中Mg2+浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度、模板DNA量,退火温度,PCR产物变性处理及银染方法对玉米自交系SSR标记结果的影响,优化了玉米自交系SSR标记技术。结果表明:优化后的20μL PCR反应体系为1.5 mmol/L Mg2+、0.05 mmol/L d NTPs、0.5 U Taq DNA聚合酶、0.05μmol/L引物、10倍PCR buffer 2.0μL和80 ng模板DNA,最优退火温度为60℃。PCR产物在95℃条件下变性5 min后上样电泳,电泳结束后胶板用蒸馏水快速漂洗,洗后用0.1%的硝酸银溶液银染8 min,再用蒸馏水洗30 s,最后用3%氢氧化钠与1%甲醛显影。 相似文献
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正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对. 相似文献
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[目的]优化叶子花SSR-PCR体系。[方法]以乔木叶子花为材料,通过Touchdown PCR扩增程序和正交试验,对影响叶子花SSR-PCR体系的引物浓度、Taq DNA聚合酶用量、Mg2+浓度和d NTPs浓度进行优化。[结果]叶子花20μl SSR-PCR体系的最优条件为引物浓度0.4 mmol/L、Taq DNA聚合酶用量1.5 U、Mg2+浓度1.5 mmol/L、4种d NTPs浓度均为0.15 mmol/L,模板100 ng左右。[结论]该反应体系的扩增条带清晰、稳定、重复性好,可用于后续叶子花遗传多样性分析和种质资源鉴定等研究。 相似文献
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正交设计优化日本落叶松SRAP-PCR反应体系 总被引：3，自引：1，他引：2
利用正交设计L16(45)对日本落叶松SRAP-PCR反应体系的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶浓度五因素在四个水平上进行优化试验,PCR结果采用统计软件SPSS13.0进行分析,结果表明:各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中模板DNA影响最大;筛选得到日本落叶松SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为模板DNA浓度为120ng·20μL-1,dNTPs的浓度为0.15mmol·L-1,引物浓度为0.3μmol·L-1,Mg2+浓度为1.5mmol·L-1,Taq酶浓度为0.SU·2μL-1.这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对日本落叶松遗传多样性的研究奠定基础. 相似文献