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池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 总被引：4，自引：3，他引：4
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。 相似文献
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尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。 相似文献
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为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系,本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征,并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示,刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外,肠道菌群具有一定的独立性,其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi),以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库,共注释到300条三级代谢通路,其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面,具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明,刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性,但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。 相似文献
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为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响,实验采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、状黄姑鱼、和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3～V4区测序分析。各样本得到unique tags的数目为20 351～43 347个,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个操作分类单元(OTUs),分类注释结果显示,这些OTUs可划归33门273属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群。在属分类水平上,芽孢杆菌属、发光杆菌属、弧菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属及假单胞菌属等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。肠道菌群多样性的分析表明,Shannon多样性指数：黄姑鱼>状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>>大黄鱼,这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁。对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分... 相似文献
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为探究江鳕(Lota lota)肠道菌群结构特征,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对3龄、4龄、5龄野生江鳕的雌、雄样本进行了微生物测序和分析。结果显示,3个年龄组江鳕的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05),同一年龄雌、雄江鳕间的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05)。江鳕肠道内容物的优势菌门为变形菌门和厚壁菌门,与鱼类肠道中最普遍和共存的细菌类群相同。Mycoplasma(支原体属)存在于所有样品中,且为优势菌群,其功能有待进一步研究。 相似文献
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通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。 相似文献
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为了解饥饿胁迫对鳙肌肉质构特性、常规营养成分、氨基酸组成及肠道微生物群落结构的影响，设置正常投喂组和饥饿组，对处于越冬前期的鳙（Aristichthys nobilis）开展78 d饥饿试验。结果表明，与正常投喂组相比，饥饿组鳙肌肉的硬度、黏性、咀嚼性、恢复性及水分含量显著提高，肌肉粗蛋白、粗脂肪及氨基酸含量显著降低（P<0.05）;2组间鳙肌肉弹性、灰分、蛋氨酸含量以及必需氨基酸、非必需氨基酸、鲜味氨基酸总量占氨基酸总量的百分比差异不显著（P>0.05）。此外，2组间肠道微生物群落结构差异显著，正常投喂组鳙肠道内容物菌群的Alpha多样性显著高于饥饿组（P<0.05）；在门水平上，正常投喂组优势菌群为变形菌门、放线菌门、蓝细菌门和拟杆菌门，饥饿组优势菌群为梭杆菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、变形菌门和放线菌门；正常投喂组鱼变形菌门、放线菌门的比例显著高于饥饿组，梭杆菌门、厚壁菌门显著低于饥饿组（P<0.05）；饥饿组肠道鲸杆菌属、迪尔玛菌属、蓝细菌属的丰度显著增加（P<0.05）。指出，越冬前长期饥饿，会导致肌肉营养成分含量较少，肠道菌群多样性降低，菌群结构发... 相似文献
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采集常规饲养的健康许氏平鲉1日龄仔鱼,9、20日龄稚鱼,54、95日龄幼鱼,运用Illumina MiSeq PE300平台,对其肠道微生物的16S rDNA V3~V4可变区进行高通量测序,共获得1039个运算分类单位、667个属。在丰度高于1%的菌属水平上,野生鱼肠道菌群丰度的平均值(86%)远高于幼鱼时期的平均值(73.5%)。不动杆菌属为仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道中最优势菌属(丰度为26.2%~45.3%);短芽孢杆菌属次之。结合共有菌属分析获得11个核心菌群,芽孢杆菌属、短芽孢杆菌属、不动杆菌属、根瘤菌属等的丰度随仔鱼、稚鱼、幼鱼生长先升后降,均在54日龄时丰度最高;弧菌属则呈现相反的趋势(0.37%~12.41%),54日龄时丰度最低。仔鱼、稚鱼、幼鱼与野生个体肠道仅有14个共有菌属,短芽孢杆菌属、Massilia的最小丰度值分别是野生个体肠道中最大丰度值的9倍和32倍,差异明显。本研究揭示了许氏平鲉仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道菌群结构特征及其发生、发育的过程,为苗种繁育阶段肠道生理健康调控提供理论依据。 相似文献
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为了分析自然环境中病死大鲵和健康大鲵皮肤及水样的微生物区系差异,实验通过高通量16S r DNA的V4～V5区测序,对皮肤微生物区系进行差异分析,探讨大鲵在患病前后微生物区系的变化。健康大鲵和病死大鲵生活水样以及皮肤菌群的多样性、结构和功能存在显著差异。各样品序列标签(Tag)数量平均为97 150条,测序平均长度为400 bp,操作分类单元(OTUs)数据显示,健康大鲵生活水样和皮肤的微生物丰度远远高于病死大鲵。在健康大鲵生活水样中的优势菌群为砷氧化菌属,而当大鲵病死后,其生活水样的优势菌群变为金黄杆菌属。同样,在病死大鲵皮肤样本中金黄杆菌属、丛毛单胞菌属、伯克氏菌目的微生物菌群丰度显著升高,而砷氧化菌属、微小杆菌属、莱比托泉动性球菌等微生物菌群丰度显著下降。同时,病死大鲵皮肤表面有大量溃疡并伴有菌毛,具有典型的伯克氏菌属感染症状。研究表明,大鲵患病死亡前后皮肤微生物区系差异明显,人兽共患病菌伯克氏菌属可能是通过水媒传播感染自然环境下的大鲵并导致死亡的主要病原菌,为科学养殖大鲵、保护野生大鲵以及开发益生菌改善大鲵养殖环境提供依据。 相似文献
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为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。 相似文献
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为探究暗纹东方鲀不同养殖模式下的细菌群落结构特征，本实验采用Illumina Miseq 高通量测序方法对传统养殖与立体种养2种模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3-V4)进行测序分析，利用冗余分析(redundancy analysis, RDA)水体菌群与环境因子的关系，典型关联分析(canonical correlation analysis, CCA)肠道菌群与环境因子的关系。结果显示：立体种养模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌群落的丰富度及多样性大于传统养殖模式。立体种养模式下水体及底泥的细菌群落结构与传统养殖模式的较为类似，其中水体的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门。传统养殖模式下肠道的主要优势菌属为红球菌属Rhodococcus，立体种养模式下肠道主要优势菌属为葡萄球菌属Staphylococcus、弓形杆菌属Arcobacter、norank_f_norank_o_Chloroplast、Elizabethkingia和支原体属Mycoplasma。环境因子关联分析结果显示：pH对水体细菌群落具有显著影响。不同养殖模式下水体的优势菌属红球菌属与总悬浮固体(TSS)、总磷(TP)、总氮(TN)、pH和硝酸盐呈正相关。总氨氮(TAN)对暗纹东方鲀肠道细菌群落影响最大，暗纹东方鲀肠道的优势菌属红球菌属、弓形杆菌属与TSS、TP呈正相关；不动杆菌属Acinetobacter、支原体属与TAN、亚硝酸盐、硝酸盐呈正相关；魏斯氏菌属Weissella、葡萄球菌属与TSS、COD、TP、TN、硝酸盐、亚硝酸盐和TAN呈负相关。研究表明，采用立体种养模式可提高养殖系统的细菌多样性，降低病害爆发风险，有助于抑制蓝细菌生长，减小养殖对象的氧化应激损伤。此外，养殖模式能够通过改变水体中氮、磷的含量对水体和暗纹东方鲀肠道的微生物群结构产生一定的影响。 相似文献
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利用PCR-DGGE和Illumina测序技术研究了罗非鱼(Oreochromisniloticus)肠道菌群结构及饲喂鲍内脏多糖后罗非鱼肠道菌群的动态变化。在罗非鱼肠道中检测到13个门的细菌,其中梭杆菌门(Fusobacteria,77.84%)为优势菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes, 8.59%)、衣原体门(Chlamydiae, 6.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 5.84%)和放线菌门(Actinobacteria, 1.20%)为次优势菌门,还检测到Saccharibacteria等8个菌门和一些未知类群。在属的水平上,优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)、Neochlamydia、邻单胞菌属(Plesiomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),分别占77.84%、5.796%、2.64%和1.13%,还有一个紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的未知属,占8.29%。此外还有分枝杆菌属(Mycobacterium)等6个菌属和一些未知属。投喂添加鲍多糖的饲料对罗非鱼肠道微生物的构成造成了明显影响,饲喂鲍多糖的处理组和饲喂普通饲料的对照组样品分别聚为两大类。投喂添加鲍多糖饲料后,放线菌门、Saccharibacteria、疣微菌门和TM6_Dependentiae的丰度显著下调;在属的水平上,邻单胞菌属、鲸杆菌属的丰度上调;Neochlamydia、不动杆菌属、分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella、假单胞菌属、气单胞菌属、Alpinimonas等属的丰度下调。其中分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella和邻单胞菌属的丰度与对照差异显著(P0.05)。在种水平上,一些潜在致病菌,如鲍曼不动杆菌(Acinetobabacterbaumannii)、龟分枝杆菌(Mycobacteriumabscessus)、Aeromonas sharmana、耐酪酸冢村菌(Tsukamurella tyrosinosolvens)、铜绿色假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等的丰度下调,其中龟分枝杆菌和耐酪酸冢村菌与对照差异显著(P0.05),而鲸杆菌属等有益菌的丰度上调。本研究从肠道微生物的角度来研究鲍内脏多糖对宿主的影响,为海洋生物活性物质的功效评价提供了新思路,也为鲍内脏活性物质的开发利用、益生元的研制等奠定理论基础。 相似文献
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2种活菌饲料对金鲫幼鱼肠道及水体微生态的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
研究了2种活菌饲料对金鲫幼鱼肠道及水体菌群结构的影响,并分析了饲料、水体及肠道菌群进化关系。选取270尾规格整齐、体质健壮,平均体质量(8.49±0.26)g的金鲫幼鱼,利用嗜酸乳杆菌和枯草芽孢杆菌制备2种活菌饲料,以基础饲料为对照组A,基础饲料添加复合菌液为试验组B,复合菌液发酵基础饲料为试验组C,于室内循环水养殖系统中进行饲养试验。8周的饲养表明,与A组相比,摄食B组饲料的鱼,质量增加率显著提高5.15%(P0.05);摄食C组饲料的鱼,质量增加率显著降低3.44%(P0.05);养殖末期试验组水体中多核杆菌属、微小杆菌属等相对丰度明显增加(P0.05),黄杆菌属等相对丰度明显降低(P0.05),B组水体菌群物种丰度降低,多样性无明显变化,C组水体菌群物种丰度和多样性均明显降低;养殖末期B组试验鱼肠道菌群中气单胞菌属相对丰度明显降低(P0.05),微小杆菌属、柠檬酸杆菌属等相对丰度显著增加(P0.05),菌群多样性变高,物种丰度无明显变化;C组试验鱼肠道菌群中不动杆菌属、假单胞菌属等几乎消失,气单胞菌属、微小杆菌属、柠檬酸杆菌属等占绝对优势地位,菌群结构趋于简化。 相似文献
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《渔业科学进展》2017,(1)
采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80–115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道。本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。 相似文献
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采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律. 相似文献
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为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道... 相似文献
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本研究以我国北方典型岸基半开放刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为对象,利用高通量测序技术构建冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析封冰期、融冰期和化冰期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征,并查明影响菌群结构的主导环境因子。结果显示,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群丰度和多样性表现为整体下调趋势,在融冰初期呈现显著性波动(P<0.05)。冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构呈现显著性差异,封冰期、融冰期和化冰期差异菌群分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和软壁菌门(Tenericutes)。尽管不同阶段微生物相对丰度比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria),相对丰度高于49.04%;次优势菌门则呈现出显著性变化,其中,封冰期为拟杆菌门(Bacteroidetes),融冰期为绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria),化冰期为浮霉菌门(Planctomycetes)。环境因子与菌群相关性分析表明,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构与环境因子具有显著相关性(P<0.05),温度、盐度、总氮和总有机碳是沉积物菌群的主导环境因子。本研究将为刺参养殖池塘精细化管理提供理论依据。 相似文献
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为探究野生和养殖双斑东方鲀肠道微生物的群落结构,对厦门同安海域野生和养殖双斑东方鲀肠道内容物进行16S rRNA基因的V3～V4区测序,通过Illumina Miseq PE300高通量测序,对6份样品进行分析,共得到优质序列99 500条,相似度为97%的聚类分析显示,野生双斑东方鲀运算分类单元数目为524,其中独有的运算分类单元数目为68,养殖双斑东方鲀运算分类单元数目为576,其中独有的运算分类单元数目为120。通过计算Chao1、observed-species、PD_whole_tree、香农指数进行Alpha多样性分析,结果显示,养殖双斑东方鲀细菌多样性和丰富度高于野生双斑东方鲀。门水平分析表明,变形菌门为野生双斑东方鲀和养殖双斑东方鲀的优势菌。产河鲀毒素相关的希瓦氏菌属、纤毛菌属、发光杆菌属、假交替单胞菌属在野生双斑东方鲀肠道微生物中占有一定比例,而在养殖双斑东方鲀中未发现。所获结果揭示了野生和养殖双斑东方鲀肠道微生物中优势菌群的组成,为探究河鲀毒素的产毒机制提供科学证据。 相似文献
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《水产养殖》2021,(6)
为探究养殖花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群的结构特征,采用Illumina Hiseq2500高通量测序技术,对福建宁德三都澳网箱养殖花鲈的肠道内容物及肠壁菌群16S r DNA V3-V4区进行测序。肠道内容物和肠壁样品分别获得456和293个OTUs(operational taxonomic units),分属22个门120个属。花鲈肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和梭杆菌门(Fusobacteria)细菌为主要优势菌群,分别占其肠道菌群数量的47.2%、25.8%、14.4%和10.3%。在属分类水平上,发光杆菌属(Photobacterium)、梭菌属(Clostridium)及鲸杆菌属(Cetobacterium)等属细菌是主要类别。对养殖花鲈的肠道内容物与肠壁菌群进行比较分析显示,肠壁菌群多样性略高于肠道内容物。肠道内容物中,发光杆菌属、梭菌属及鲸杆菌属等是主要菌属,其中鲸杆菌属和梭菌属分别占肠道内容物菌群总菌数的17.8%和12.5%,为主要标志性差异种类;在肠壁样品的菌群中,乳球菌属(Lactococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、Lachnoclostridium、弓形菌属(Arcobacter)和Flavonifractor为丰度较高的菌属,其中格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)为主要标志性物种,占肠壁菌群总数的5.6%。在花鲈肠壁上定殖着格氏乳球菌(L. garvieae)和美人鱼发光杆菌(Photobacterium damselae subsp. damselae)等条件致病菌,因此,在养殖中需要注重饵料及环境的管理,避免致病菌大量增殖引起暴发性鱼病。 相似文献