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绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。 相似文献
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为了获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA,试验采用常规的饱和苯酚/氯仿法(方法一)、牛瘤胃DNA的提取法(方法二)和对上述两种方法进行优化后得到的肠道微生物DNA的提取法(方法三)对鹌鹑肠道微生物总DNA进行了提取,并对结果进行了比较。结果表明:应用方法一和方法二提取的DNA浓度比较低,电泳显示样品DNA条带没有方法三明亮;以方法三提取的肠道总DNA为模板,采用细菌通用引物,对其16S rDNA V3可变区进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐。说明采用方法三提取鹌鹑肠道微生物DNA较完整,可用于后续的分子生物学试验研究。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(16)
为优化出可获得完整瘤胃细菌总DNA的方法,以满足分子生物学研究需要,试验采用3种DNA提取方法对瘤胃细菌DNA进行提取并对提取效果进行了比较。结果表明:细菌基因组试剂盒法提取的DNA其OD_(260)/OD_(280)值在1.8以上,电泳无杂带,DNA的提取效果最佳,PCR扩增效果较好;珠磨-CTAB法提取的DNA其OD_(260)/OD_(280)值在1.8以上,电泳结果存在少量杂带;水煮法提取的DNA其OD_(260)/OD_(280)值在2.0以上,无电泳条带,DNA严重降解。推荐采用细菌基因组DNA试剂盒法和珠磨-CTAB法对瘤胃细菌进行DNA提取。 相似文献
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本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚－氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16S rDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。 相似文献
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奶牛瘤胃微生物DNA提取法的研究与优化 总被引：1，自引：0，他引：1
试验通过对提取瘤胃微生物DNA常用的方法进行比较,优化出一种可以获得完整瘤胃微生物总DNA片段的方法,使其能进一步满足PCR的扩增要求以及后续的分子生物学研究。试验的瘤胃液样本取自3只装有瘘管的荷斯坦奶牛,将方法适当改进。结果表明:珠磨-CTAB法提取的总DNA片段长度大于20 kb,OD260/OD280在1.8以上,DNA的提取效果最稳定。同时对所提的DNA样本应用PCR方法进行了检测,成功扩增出长度分别为1 500 bp、1 000 bp左右的瘤胃细菌和古细菌的16S rDNA序列。结果证明了该方法所提取的瘤胃微生物DNA可以应用到后续的试验研究工作中。 相似文献
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本试验旨在对以柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿瘤胃细菌多样性进行分析。提取瘤胃微生物基因组DNA,扩增细菌16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析梅花鹿瘤胃细菌区系组成。结果表明:1)试验共得到107个非嵌合体16S rRNA基因序列。按照97%序列相似性,划分为22个分类操作单元(OTUs)。其中91个序列(10个OTUs,85%总克隆序列)与已培养菌序列相似性≥97%,13个序列(10个OTUs,12.2%总克隆序列)与已培养菌序列相似性为90%~97%,其余序列相似性<90%。87.9%序列与普雷沃氏菌属(Prevotella spp.)相似。2)系统发育分析表明,梅花鹿瘤胃细菌由厚壁菌门和拟杆菌门组成。由结果可知,以富含单宁的柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿的瘤胃中,普雷沃氏菌属是优势细菌,而牛、羊瘤胃中常见的纤维素降解菌未检测到,这可能与饲料中单宁含量高有关。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(11):2090-2094
采用透析膜培养法结合DNA柱式提取法进行基因组DNA提取,同时利用第2代高通量测序技术,分析了捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组概况。结果显示:透析膜培养结合DNA柱式提取法所提取的基因组DNA质量及浓度均能达到测序标准;捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组约为37.6 Mb,GC含量为44.95%,基因组杂合度较低。结果表明:透析膜培养法结合柱式法提取其基因组DNA的方法简便可行,为丝状真菌DNA提取,提供了新的思路;基因组survey分析为捕食性真菌Duddingtonia flagrans全基因组精细图谱的绘制奠定了基础。 相似文献
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目前,对微生物多样性的研究越来越多地从传统的培养方法转向分子生物学方法,现代分子生物学技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使肠道微生物的研究进入了一个新的发展阶段,而肠道微生物总DNA的提取是整个分子生物学方法的关键.主要总结了前人提取土壤、植物、粪便、瘤胃和肠道微生物DNA的试验方法,介绍了微生物总DNA的纯化方法,为用于分子生物学研究的肠道微生物总DNA的提取提供依据. 相似文献
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采用4种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:EDTA-SDS法和冷冻研磨CTAB 法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度比较高,但是价格昂贵,冷冻研磨SDS法提取的 DNA浓度不高,不适合分子生物学操作的要求。 相似文献
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绿蝇基因组DNA提取方法比较研究 总被引：3，自引：0，他引：3
通过3种基因组DNA提取方法的试验比较,寻找一种提取效果最好的绿蝇基因组DNA提取方法.经DNA浓度检测与电泳结果分析表明,Collines法的提取效果最好,可应用于绿蝇的基因组DNA提取. 相似文献
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反刍家畜瘤胃内微生物丰富多样，病毒(主要是噬菌体)亦是其重要组成部分。瘤胃内所有的病毒可统称为瘤胃病毒组(ruminal virome),可以利用宏基因组学(metagenomics)技术进行研究。解析山羊瘤胃病毒组的组分及功能有望更全面地了解其在瘤胃微生态区系中的地位和作用。为使测序结果能覆盖瘤胃中绝大部分病毒群落，不仅在样品的预处理阶段要尽量避免病毒样颗粒的损失，而且要保证瘤胃病毒组总DNA的提取质量和产量均满足宏基因组测序的要求。本研究比较了制备瘤胃液病毒组分的4种流程：(P1)离心+稀释、(P2)离心+稀释+过滤、(P3)离心+稀释+过滤+聚乙二醇沉淀、(P4)离心+稀释+过滤+聚乙二醇沉淀+氯仿处理。提取核酸后采用Illumina Novaseq 6000平台对瘤胃病毒基因组DNA进行测序，并对病毒群体结构进行分析比较，以筛选出瘤胃病毒组样品制备的最优流程。结果表明，聚乙二醇沉淀有助于病毒核酸提取，而氯仿处理过度影响病毒组分产量；山羊瘤胃内病毒群落主要是尾状病毒目的长尾病毒科、肌尾病毒科和短尾病毒科噬菌体。研究结果为深入分析噬菌体在山羊瘤胃微生态区系中的作用奠定了基础。 相似文献