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本研究利用牛、羊、猪、鸡线粒体mtDNA中保守序列16s rRNA,设计一对动物的通用引物,检测了含有动物源性成分的样品,同时设计了针对牛、羊、猪、鸡mtDNA中的保守序列,选择4对特异性引物,扩增得到目的片段大小分别为271 bp、274 bp、212 bp和266 bp。利用通用引物,优化了PCR反应体系及其反应条件,建立了从未知样品中快速获取动物源性成分检测的PCR方法;利用牛、羊、猪、鸡特异性引物,建立了PCR方法快速鉴定牛、羊、猪、鸡这4种动物源性成分的方法。 相似文献
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饲料中牛、羊、猪、鸡源性成分的PCR检测方法及其应用 总被引：11，自引：1，他引：10
【目的】建立鉴定饲料中牛、羊、猪、鸡源性成分的PCR方法,进一步完善现有的动物源性饲料检测方法。【方法】根据牛、羊、猪、鸡、鱼以及马的mtDNA的16S rRNA基因序列选用了一对通用引物,初步检测出含有动物源性成分的样品;然后针对牛、羊、猪、鸡4种动物线粒体mtDNA中的保守序列,分别选用了4对特异性引物对检测出的样品进行PCR扩增,扩增的目的片段大小分别为271、274、149和266 bp。【结果】通过利用通用引物、优化PCR反应体系及其条件,建立了从未知样品中简便而快速的检测出是否含有动物源性成分的PCR方法;利用所选的针对不同动物的特异性引物,建立了鉴定牛、羊、猪、鸡这4种动物源性成分的方法,此方法最低检测限可达0.1%。【结论】建立的检测饲料中动物源性成分的方法操作简便,价格低廉,结果准确,可靠,可作为饲料中动物源性成分的鉴定方法之一。 相似文献
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为了研发具有自主知识产权的猪源性成分检测的引物和探针,比对猪、牛、羊、马、鸡、鸭、兔、鹅等8种动物的线粒体基因组,筛选并设计猪特异性的引物和探针组合进行荧光定量PCR。研究结果表明,所研发的猪源性成分检测的引物和探针仅对猪相关DNA模板有典型扩增曲线,对其他动物来源的DNA模板无扩增,具有高度的猪源性特异性。灵敏度实验表明,利用此引物和探针的检测方法具有高度的灵敏度,可达1 pg级。肉制品中猪源性定量检测实验说明此方法具有较好的定量检测能力。此引物和探针组合适用于猪源性食品和农畜产品的检验检测。 相似文献
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为了筛选适用于家畜布鲁氏菌病检测的荧光定量PCR方法,合成目前报道最多的布鲁氏菌IS711插入序列、per基因和bcsp31基因的引物和探针,并分别对这3种荧光定量PCR方法的敏感性、特异性、重复性以及63份临床样品检测效果进行比较。结果显示：3种荧光定量PCR方法均具有较好的敏感性且均不与其他常见细菌发生交叉反应;3种方法的批内变异系数和批间变异系数均小于5%。在检测临床样品时,3种方法的敏感性均高于套式PCR方法,其中IS711荧光定量PCR方法与套式PCR方法符合率为95.24%,其他2种方法与套式PCR方法的符合率为98.41%。比较而言,IS711荧光定量PCR敏感性最高,更适合于布鲁氏菌核酸含量低的样品的检测。 相似文献
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为建立肉制品中牛、羊、猪、鸡动物源性成分的快速高效多重PCR检测方法,利用4对牛、羊、猪和鸡源特异性PCR引物(靶基因序列来源于线粒体基因组)对多重PCR反应条件进行优化,并确定该检测方法的检出限。结果表明:四重PCR方法最佳反应条件为牛、羊、猪、鸡源特异性引物浓度分别为0.16μmol∕L、0.40μmol∕L、0.16μmol∕L、0.16μmol∕L,退火温度58℃,退火时间45 s,循环次数40。在最佳反应条件下,所建立的牛、羊、猪和鸡4种动物源性成分四重PCR的g DNA检出限为25 pg。应用优化后的四重PCR方法对20份市售肉制品样本进行盲样检测,验证鉴别方法的准确性,结果与现行标准的检测结果一致,掺假率达45%。本试验为该4种动物源性成分的快速检测提供了技术支撑。 相似文献
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根据hsp70、hsp90和GAPDH基因mRNA序列,设计并合成3对引物,将PCR扩增的基因片段克隆到pGEM-T载体,重组质粒经筛选、鉴定,体外转录出RNA,系列稀释作为阳性标准品,用于标准曲线的绘制和样品检测,并用持家蛋白GAPDH基因对样品进行归一化,建立了一步法实时荧光定量RT-PCR技术平台,并对其扩增效率、敏感性、特异性进行了检测.结果证明,建立的一步法荧光定量RT-PCR技术可以真实地反映反应管中模板的数量,可用于猪hsp70、hsp90和GAPDH基因mRNA水平的检测. 相似文献
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猪抗病毒蛋白基因重组质粒实时荧光定量PCR标准曲线的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中的猪抗病毒蛋白PKR、OAS/RNase L及Mx核苷酸序列设计特异性引物,经RT-PCR技术从猪外周血单个核细胞中扩增和克隆了PKR、OAS/RNase L及Mx的101 bp核苷酸片段。测序鉴定后,将重组质粒10倍系列稀释后作为标准模板,通过实时荧光定量PCR方法,建立了抗病毒蛋白PKR、OAS/RNase L及Mx标准曲线及其直线回归方程;该方法具有线性关系好,特异性、敏感性、重复性高等特点;建立的荧光定量PCR方法可检测抗病毒蛋白PKR、OAS/RNase L及Mx mRNA水平。为猪体内抗病毒蛋白PKR、OAS/RNase L及Mx的mRNA水平的定量检测提供必要的技术。 相似文献
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为了评测物种鉴定PCR体系的特异性及其影响因素,实验对猪源性成分鉴定相关的7对引物就退火温度、镁离子浓度和不同Taq酶的影响进行了研究。结果表明,退火温度和镁离子浓度对PCR特异性有着重要影响,而其中2对引物优化后仍与鼠、兔、牛、羊、鸡和鸭有非特异性扩增。不同的Taq酶对引物特异性也有重要影响,本实验中r Taq酶在7对引物PCR体系中特异性最佳。通过对引物体系的优化和选择不同的Taq酶,可以有效提高特异性,减少非特异性扩增,为建立物种鉴定的PCR体系及多重PCR提供了基础。 相似文献
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TaqMan荧光定量RT-PCR检测猪脂蛋白酯酶mRNA方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】克隆猪cDNA,作为猪LPL mRNA定量检测的标准品,建立检测方法。【方法】用RT-PCR,从猪背最长肌的总RNA中逆转录扩增LPL的cDNA,将纯化的LPL cDNA与pGM-T载体进行连接,转化宿主菌TOP10,提取重组质粒DNA,PCR鉴定并测序分析,对质粒标准进行实时荧光定量PCR 检测。纯化质粒并检测260 nm吸光度,确定原液的重组质粒拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品。【结果】建立了猪LPL mRNA实时定量PCR检测方法,特异性好,检测灵敏度达103拷贝,线性范围为1×103 ～1×1010拷贝,阈值与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系（R2＝0.9871）。【结论】成功克隆了LPL实时荧光PCR定量标准,且TaqMan荧光定量RT-PCR的方法可对猪背最长肌LPL mRNA的表达进行准确定量。 相似文献
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为研究GPx4基因mRNA在莱芜猪不同组织中的差异表达规律,探讨该基因与地方猪种抗氧化性能的关系。本研究以5头莱芜猪为实验材料,提取10种组织的总RNA,应用实时荧光定量PCR技术,检测GPx4基因在莱芜猪不同组织的mRNA相对表达量。实时荧光定量PCR研究结果显示:GPx4基因在莱芜猪各组织中均有表达,组织之间的相对表达量存在显著差异(P<0.05);GPx4基因在莱芜猪脑、心、肝、脾等组织高丰度表达,并且极显著地高于其他组织中的表达量(P<0.01)。GPx4基因在不同组织中的表达水平由高到低依次为:肌肉>脊髓、大肠、背膘、小肠>肺,差异显著(P<0.05)。 相似文献
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生长抑素基因在猪胃组织中表达发育性变化及品种比较 总被引：2，自引：1，他引：2
选用生长速度快的瘦肉型猪大白猪和生长速度慢的肥胖型猪二花脸作为试验动物 ,用相对定量RT PCR方法 ,研究猪胃体部组织中生长抑素 (somatostatin ,SS)基因表达发育性变化并进行品种间比较。结果表明 ,(1)出生当天两品种猪胃体部组织中SSmRNA表达水平较高 ,但出生后第 3天均出现显著下降 (P <0 .0 5 ) ;(2 )从 3日龄到 30日龄胃体部组织中SSmRNA表达在二花脸猪和大白猪均表现为上升 ,二花脸猪在 90日龄时达到高峰 ,随后下降。而大白猪在 30日龄之后保持相对稳定 ;(3)二花脸猪胃体组织中SSmRNA表达从出生到 90日龄均显著高于大白猪 (P <0 .0 5 ) ,二花脸猪胃体组织中SS表达自 12 0日龄下调 ,12 0～ 180日龄期间大白猪和二花脸猪胃体部SSmRNA表达没有间差异 (P >0 .0 5 )。以上结果提示 ,猪胃体部组织中SS基因表达调控有特定的时序性 ,并且呈现显著的品种差异 ,这是否与胃结构和功能的发育有关 ,还有待进一步研究。 相似文献
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山羊IGFBP-2基因的克隆、序列分析及其组织表达 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】克隆获得南江黄羊IGFBP-2（Insulin-like growth factor binding protein -2）基因的CDS区全序列,对其进行生物信息学分析,并分析IGFBP-2的mRNA和蛋白组织表达特征,为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载NCBI的GenBank数据库中公布的绵羊（Ovis aries,NM_001009436）和牛（Bos taurus,NM_174555）的IGFBP-2基因的mRNA序列,经序列比对后采用保守区域序列并利用Primer Premier 6.0软件设计克隆引物,经PCR扩增后采用TA克隆技术获取含有阳性克隆子的菌液,送公司测序得到山羊IGFBP-2基因的完整编码区序列,并利用EditSeq、DNAMAN 6.0、MEGA 6.0和ExPASy在线平台等软件对CDS区序列和其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析;获得山羊IGFBP-2基因CDS区序列后,利用该序列设计实时荧光定量PCR（Q-PCR）引物,采用Q-PCR和蛋白质免疫印迹杂交（Western blotting）方法检测了IGFBP-2的mRNA和蛋白在出生后南江黄羊不同组织（心脏、肝脏、肺、背最长肌、半膜肌和臂三头肌）和不同发育阶段（3、30、60、90和120 d）的表达情况。【结果】①克隆得到954bp的南江黄羊IGFBP-2基因的CDS区全序列,碱基组成为GC含量69.39%,AT含量30.61%,共编码317个氨基酸残基,预测的山羊IGFBP-2蛋白分子量大小为33.8808 kD,等电点为7.82,二级结构由无规卷曲（68.14%）、α-螺旋（18.30%）和延伸链（13.56%）三种形式组成;蛋白结构域分析发现,IGFBP-2蛋白序列包含保守的IB（IGFBP homologues）和TY（Thyroglobulin type Ι repeats）结构域,IB结构域位于第37-125位氨基酸处,TY结构域位于第250-302位氨基酸处;②磷酸化位点预测发现,IGFBP-2蛋白中存在Ser（5）和Thr（7）共12个磷酸化位点;糖基化位点预测发现,IGFBP-2蛋白序列中存在10个N-糖基化位点和2个O-糖基化位点;③CDS区序列相似性比较发现,山羊IGFBP-2与绵羊、牛、猪、人和小鼠的相似性分别达到98.99%、97.73%、87.12%、78.33%和76.26%;氨基酸序列相似性比较发现,山羊IGFBP-2与绵羊、牛、猪、人和小鼠的相似性分别达到99.24%、98.10%、87.07%、70.27%和73.00%;④系统进化树分析发现,山羊IGFBP-2与绵羊和牛的亲缘关系最近;⑤组织表达分析表明,IGFBP-2在肝脏中的mRNA和蛋白的相对表达量均最高(P<0.01),背最长肌次之;在不同发育阶段的肝脏组织中,IGFBP-2 mRNA和蛋白相对表达量均呈现一直上升的趋势;在不同发育阶段的背最长肌组织中,IGFBP-2的mRNA表达水平呈现一种“上升-下降-上升”的波动平衡。【结论】获得了山羊IGFBP-2基因完整的编码区序列和组织表达特征,生物信息学分析发现IGFBP-2基因的编码区序列具有物种间的保守性,肝脏是山羊IGFBP-2 的mRNA和蛋白表达的主要组织,同时在山羊不同发育阶段的肝脏和背最长肌组织中,IGFBP-2基因的mRNA和蛋白表达丰度呈现一定的规律性,表明IGFBP-2基因可能在出生后山羊的早期生长发育过程中发挥着重要的作用。 相似文献
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为探明新疆焉耆地区4种动物(牛、鸡、猪、羊)源沙门菌对临床常用抗菌药物的耐药性及其携带耐药基因的情况,通过选择性培养基和管家基因invA的PCR检测,分离、鉴定沙门菌;采用琼脂稀释法检测其对11种抗菌药物的最小抑菌浓度;在分离株中用PCR的方法检测14种耐药基因。结果表明：共分离出不同动物源沙门菌191株,分离率从高到低依次为牛源(62.0%)、鸡源(28.3%)、猪源(9.0%)和羊源(8.5%);不同动物源沙门菌对被检抗菌药物显示出不同程度的耐药性,鸡源、羊源、猪源、牛源的耐药严重程度依次降低,鸡源沙门菌耐药谱宽,多药耐药在0~3、5~7耐有分布,对四环素和氟苯尼考耐药率在70.0%以上,羊源沙门菌对氨苄西林的耐药率(88.2%)高于其他动物源的,多药耐药以7耐(23.5%)为主,牛源沙门菌对环丙沙星的耐药率(66.1%)高于其他动物源的,多药耐药以4耐(38.7%)为主,不同动物源沙门菌均对磷霉素、亚胺培南和多粘菌素敏感,耐药谱型多样化;不同动物源沙门菌中除qnrS和mcr–1基因未检出外,其余被检耐药基因均有检出,blaCMY–2和tetA基因仅在猪源沙门菌中被检出,不同动物源沙门菌均以同时携带blaTEM、blaOXA、tetB、oqxA、oqxB、aadA2、ant(3")–Ia、aac(6'')–Ib–cr、floR耐药基因为主,牛源沙门菌对以上耐药基因检出率最高,在35%以上,羊源与猪源沙门菌对以上耐药基因检出率在20%左右,鸡源沙门菌对以上耐药基因检出率不到10%。 相似文献
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In order to detect the molecular mechanism of heterosis in pigs, the mRNA differential display technique was performed to investigate the differences of gene expression in the Longissimus dorsi tissue from Meishan, Meishan × Large White hybrid and Large White pigs with nine 3'-end anchored primers in combination with ten 5'-end arbitrary primers and nearly 3 000 reproducible bands were examined. One novel expressed sequence tag (EST4,GenBank accession number: AY553914) that was differentially expressed in Meishan,Meishan × Large White hybrid and Large White pigs was isolated from the Longissimus dorsi muscle tissue and identified through semi-quantitative RT-PCR. BLAST analysis revealed that the 350 bp long EST (EST4) was not homologous to any of the known porcine genes.Tissue expression profile analyses showed that the EST4 was expressed in most of tissues. 相似文献
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In order to detect the molecular mechanism of heterosis in pigs, the mRNA differential display technique was performed to investigate the differences of gene expression in the backfat tissue from Meishan,Large White and Meishan×Large White cross pigs.Nine 3'-end anchored primers in combination with ten 5'-end arbitrary primers were used to perform the differential display PCR and nearly 3 000 reproducible bands were examined .Fifteen expressed sepuence tags that were differentially expressed were isolated and then isdentifide through semi-quantitative RT-PCR.BLAST analysis revealed that the fifteen expressed sequence tags (ESTs) were ntt homologous to any of the known porcine genes or ESTs. These novel ESTs were then submitted to GenBank. 相似文献
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本研究克隆了撒坝猪MCUR1基因,对其进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪、大白猪不同组织中的表达水平。根据GenBank上公布的猪的MCUR1基因序列(登录号:XM_003128183.4)设计引物,通过PCR扩增及测序获得撒坝猪MCUR1基因CDS序列,该序列全长1 095 bp,编码364个氨基酸;MCUR1蛋白的分子式C1787H2949N533O503S14,相对分子质量40.398 ku,理论等电点(pI)10.27,不稳定系数55.70,脂肪指数95.99,平均亲水性为-0.213,属于亲水蛋白;MCUR1蛋白没有信号肽和跨膜结构,含有2个螺旋卷曲结构,主要在细胞质中发挥生物学功能;含有32个磷酸化位点;含有一个CpG island;二级结构由58.24%的α-螺旋,4.12%的β-转角,30.22%的无规则卷曲,7.42%的延伸链构成;猪MCUR1基因编码区序列与牛、鸡、狗、山羊、人、猴、鼠、绵羊的同源性分别为85.3%、68.0%、83.6%、87.9%、84.4%、80.3%、76.8%、88.2%,与绵羊、山羊、牛的亲缘关系较近,与鸡的关系较远;在肝脏中的表达量最多,肺脏中的表达量最少。在大白猪的背最长肌中MCUR1的表达量高于撒坝猪的背最长肌(P<0.01)。 相似文献
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苏淮猪VRTN基因克隆、组织表达特征与多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】获得苏淮猪VRTN基因编码区序列,了解其序列特征和组织表达特征,分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织cDNA为模板,采用克隆测序技术分离获得苏淮猪VRTN基因编码区序列。利用BioEdit 7.0软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用Clustal W软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用UCSC基因组浏览器与NCBI基因组数据库进行猪VRTN基因的染色体定位和基因组结构分析。利用SMART软件预测蛋白质功能域,CPHmodels软件预测蛋白质三级结构。随机选取3头成年苏淮猪母猪,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织,提取组织总RNA,采用RT-PCR技术分析苏淮猪VRTN基因的组织表达谱。采集106头成年苏淮猪繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用 PCR-凝胶电泳分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【结果】苏淮猪VRTN基因编码区序列全长为2 097bp,与其它哺乳动物如人、小鼠、牛和羊的一致性分别为84.98%、74.53%、85.84%和86.45%,而与鸡的一致性只有54.42%。基因组结构分析发现猪VRTN基因由2个外显子和1个内含子构成,定位在猪7号染色体上。苏淮猪VRTN基因编码蛋白含有698个氨基酸残基,与人、小鼠、牛和羊等的一致性分别为85.55%、70.07%、86.20%和86.06%,但与鸡的一致性只有51.17%,可见哺乳动物VRTN基因在进化过程中比较保守。氨基酸组分分析显示苏淮猪VRTN蛋白氨基酸序列存在全部20种氨基酸,其中Leu（亮氨酸）含量最高,达到10.44%,而Asp天冬氨酸含量最低,只有1.43%。蛋白结构分析发现苏淮猪VRTN蛋白含有 HTH结构域等典型结构域,由6个α螺旋、5个β折叠以及若干无规则卷曲组成。RT-PCR分析表明VRTN基因在苏淮猪心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、卵巢和肌肉组织等组织中均有表达,说明VRTN基因是一个广泛表达的基因。在苏淮猪群体中检测到VRTN基因ins291位点的3种基因型,其中仅有93bp条带的为野生纯合型（wt/wt）,仅有384bp条带的为突变纯合型（Q/Q）,含有384和93bp条带的为杂合型（wt/Q）。在苏淮猪群体中wt/wt型为优势基因型,基因型频率为0.717;wt为优势等位基因,基因频率是0.816;高脊椎数等位基因Q的频率为0.184。遗传多态性分析发现苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态信息含量为0.331,为中度多态位点,杂合度为0.40,变异程度相对较低。【结论】 获得了苏淮猪VRTN基因序列,其表达无组织特异性;苏淮猪群体中存在高脊椎数等位基因Q。 相似文献
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【目的】分析LEF1基因在红棕色与青灰色巴什拜羊皮肤组织中DNA甲基化与mRNA的表达水平。【方法】运用BSP(亚硫酸盐修饰后测序PCR)与RT-RCR(实时荧光定量PCR),检测不同毛色巴什拜羊皮肤组织LEF1基因启动子区的甲基化水平与mRNA表达量。【结果】在红棕色巴什拜羊皮肤组织中的LEF1基因启动子区的甲基化水平高于青灰色的甲基化水平,且二者甲基化CpG位点不同,二者呈显著的负相关(P< 0.05)。【结论】DNA甲基化水平对红棕色与青灰色巴什拜羊的毛色形成具有调节作用,可作为一个候选的巴什拜羊毛色遗传标记。 相似文献