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1.
对猪丹毒丝菌SpaA蛋白进行生物信息学分析,并对比了猪丹毒丝菌弱毒菌株和野生强毒菌株间的差异。结果显示,由于猪丹毒丝菌GC42的SpaA蛋白缺少一段含有80个氨基酸的序列,使得该菌株的蛋白质相对分子质量、氨基酸组成、二级和三级结构与强毒株的SpaA蛋白质相比均有所差异,导致这2株菌株引发机体产生的免疫原性和抗原性强弱有所不同,推测这2株菌株中,SG7菌株的免疫原性相对GC42较强;GC42菌株的抗原性相对SG7菌株的抗原性来说较弱,而猪丹毒丝菌GC42菌株的毒力相对猪丹毒丝菌SG7菌株较弱,因此呈现弱毒菌株特性;推测2株菌株的氨基酸序列均在193～206、217～231、290～309、313～327、328～376、386～457区段具有较高的形成B细胞表位的可能性。 相似文献
2.
为预测并鉴定猪丹毒丝菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)分子线性B细胞表位,首先通过多序列比分析已经全基因组测序的10株菌株的GAPDH一级结构保守性;然后使用在线软件Bepipred-2.0预测猪丹毒丝菌GAPDH线性B细胞表位,接下来通过人工化学合方式合成GAPDH表位对应的多肽;最后使用间接ELISA法检测这些多肽与猪丹毒丝菌GAPDH高免血清之间的反应.研究发现已经完成全基因组测序的10株菌株的GAPDH一级结构高度保守.通过软件预测,找到了猪丹毒丝菌GAPDH的3个潜在的表位.ELISA检测结果表明74 VLSERDPKNLPWKELGV90和178 HAYTNDQNTLDGPHAKGDLRRGRAAAQSIIPNSTGA213与GAPDH高免血清反应明显,是猪丹毒丝菌GAPDH的表位.成功预测并鉴定到2个猪丹毒丝菌的抗原表位,这些表位将为以后基于猪丹毒丝菌GAPDH表位的诊断、疫苗设计及致病机制研究提供技术基础. 相似文献
3.
枯草芽胞杆菌Bs-916的全基因组分析 总被引：2，自引：1，他引：1
【目的】对枯草芽胞杆菌Bs-916进行全基因组测序,为今后更好挖掘和利用该菌生防潜力提供较多的分子生物学信息。【方法】通过应用比较基因组学软件与另一测序菌株Bs168进行全基因组序列分析。【结果】Bs-916菌株全基因组大小为3 925 958 bp,GC含量为46.4%,与其它已测序全基因组芽孢杆菌相比,其GC含量最高;预测所得CDS数为4 056个,152个串联重复区域,转座子103个,IS（插入序列）序列数量37个, tRNA 46个,rRNA 39个;比较基因组学分析其含有8个NRPS/PKS基因簇,其中bacillomycin L,macrolactin,difficidin这3个基因簇在比较菌株Bs168中不存在;该菌还含有植酸酶基因、comAPQX及sfp等与生防因子相关的基因。【结论】Bs-916菌株全基因组含有多种抗菌物质编码基因簇,是一类具有极大生防潜力的典型根际革兰氏阳性菌株。该菌株全基因组序列的测定及其遗传操作方法的可行性,有利于其次生代谢产物的开发和利用。次生代谢产物具有潜在的应用价值,有望在未来开发成独特的农业生物工程制剂。 相似文献
4.
从神农架烟草种植地土壤中分离出1株对7株农作物病原真菌具有抗性活性菌株,命名为ⅡR21菌株。采用琼脂块法测定,该菌株对稻瘟病菌、立枯丝核病菌、腐霉病菌、禾谷镰刀病菌和黄色镰刀病菌具有较强的抑菌活性。对该菌株的生理生化特性和16SrRNA基因序列同源性比对,初步鉴定ⅡR21菌株属于链霉菌属。经过有机溶剂萃取、硅胶柱层析、薄层层析和制备型高效液相色谱对ⅡR21菌株发酵液进行分离纯化,获得了1个纯度为90.34%的具有抗稻瘟病菌168菌株活性的化合物单体。采用高通量测序技术对ⅡR21菌株进行全基因组测序,通过全基因组序列分析,ⅡR21菌株基因组中包含克拉维烷的合成基因簇,并推测出克拉维烷的合成代谢途径。 相似文献
5.
以福氏志贺菌2a型菌株基因组为模板,经PCR扩增得acrB基因,将该基因克隆到pMD18-T Vector载体,将重组质粒进行PCR和酶切鉴定及序列测定.结果表明:测定序列与Genbank收录的福氏志贺菌参考序列同源性为99.7%,与大肠杆菌的acrB基因序列比较分析,序列同源性在98%~99%之间,说明志贺菌主动外排基因acrB在碱基序列和编码的氨基酸序列上均与大肠杆菌有很高的同源性,它可能是志贺菌引起多重耐药的主要原因. 相似文献
6.
为给猪丹毒的防制提供依据,分离并鉴定了猪丹毒丝菌。将发生关节炎的猪关节液接种TSA培养基,挑取透明小菌落,染色,对G+小长丝杆菌进一步用猪丹毒丝菌16SrRNA基因的引物进行PCR鉴定。对鉴定为阳性的菌株进行药敏试验,结果显示,分离菌株对青霉素、头孢噻肟、头孢他啶、头孢曲松、头孢哌酮、头孢唑啉、氨苄西林、阿莫西林、克林霉素、四环素、强力霉素、环丙沙星等敏感,对新霉素、复方新诺明、庆大霉素、阿米卡星、万古霉素、痢特灵等完全耐药,临床上应根据上述结果指导用药。 相似文献
7.
对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。 相似文献
8.
【目的】对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。【方法】将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。【结果】分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。【结论】从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。 相似文献
9.
为明确江西省奉新县猕猴桃溃疡病病原菌种类。从该县7个猕猴桃生产基地采集呈典型症状的发病枝条和叶片,采用稀释分离法对其进行病菌分离并作致病性测定,共获得27个致病性细菌菌株。对各菌株进行培养性状、形态特征观察和生理生化测定,结果与文献中对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)的描述相吻合。提取各菌株基因组DNA,分别对其16S rDNA和16S-23S rDNA基因片段进行PCR扩增、测序、序列分析和构建系统发育树,结果各菌株16S rDNA和16S-23S rDNA序列长度均为1 500 bp和280 bp,且菌株间序列完全一致。将获得的两段序列利用Blast程序分别在GenBank中进行同源性搜索,发现其与丁香假单胞菌猕猴桃致病变种同源性均为100%。待鉴定菌株在系统发育树上与该变种处于同一分支。根据实验结果,将奉新县猕猴桃溃疡病的病原鉴定为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种。 相似文献
10.
[目的]建立猪丹毒丝菌(E.rhusiopathiae)毒力株的快速检测方法.[方法]利用快速灵敏的环介导等温扩增技术( Loop - mediated Isotherml amplification,LAMP)针对丹毒丝菌spa基因较为保守区域设计4条特异性LAMP引物,采用FTA(Flinders technology associates,FTA)滤膜法提取12种血清型丹毒丝菌,8种非丹毒丝菌及受感染小鼠血液的基因组DNA,分析LAMP环引物的特异性;比较LAMP与传统PCR方法的扩增敏感性和产物特异性.[结果]在61℃恒温条件下,LAMP法能够特异性扩增丹毒丝菌特异条带,与常规PCR扩增结果一致;灵敏度实验表明LAMP法检测猪丹毒丝菌的检测下限为2 CFU/mL,较传统PCR的敏感性(大于20 CFU/mL)至少高10倍.LAMP方法与PCR方法都能在小鼠感染模型血样中检测到浓度为200CFU(10-7)/mL以上浓度的丹毒丝菌.[结论]LAMP法与FTA滤膜法相结合在检测丹毒丝菌中具有潜在的应用价值. 相似文献