尿素及其衍生物与磷脂之间的相互作用   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘海萍  王文君  安秀林 《河北北方学院学报(自然科学版)》2006,22(2):16-18

用差示扫描量热和LB膜研究了尿素及其衍生物与磷脂之间的相互作用.结果表明,尿素及其衍生物都可以稳定层状液晶相,而且都可以和磷脂直接作用.尿素是通过形成氢键与磷脂头基作用,而DMU和TMU是通过插入磷脂双分子膜的界面部分与磷脂作用.  相似文献   

4,4'-二硝基-2,2'-联咪唑及其铜配合物的合成·表征及与DNA相互作用研究     

杨莉宁  姚琳  余丽丽  杨黎燕  尤静 《安徽农业科学》2012,40(28):13717-13719

[目的]研究4-硝基咪唑衍生物及其配合物与DNA的相互作用,为药物的定向合成提供理论基础。[方法]合成4,4'-二硝基-2,2'-联咪唑及其铜配合物,对其性质进行表征,并以紫外光谱、荧光光谱及黏度法初步研究配体及其配合物与小牛胸腺DNA之间的相互作用。[结果]元素分析、IR、UV及摩尔电导率等数据表明4,4'-二硝基-2,2'-联咪唑与铜发生了配位;配体及配合物与DNA作用后其紫外光谱和荧光光谱都发生了一定变化,两者对DNA黏度也有不同的影响。[结论]配合物的可能组成为Cu[(NO2)2biim]2SO4.2H2O,配体及其配合物与小牛胸腺DNA之间的相互作用方式分别为非经典插入式和部分插入式。  相似文献   

鹿角珊瑚中肿瘤坏死因子TNF-α抑制剂的计算机虚拟筛选     

刘海青  梁俊 《宁夏农林科技》2012,(10):66-67,0,2

[目的]通过计算机虚拟筛选,从鹿角珊瑚化合物构建的数据库中寻找作为TNF-α抑制剂的先导化合物。[方法]采用Chem Office Ultra 2008的Chem Draw绘制分子化学结构,Chem Finder构建配体数据库,Molecular Operating Environment v2008.10(MOE)寻找TNF-α受体的三维结构活性部位,对配体小分子进行2次3D衍生,然后对接打分,筛选最理想的类药分子。[结果]鹿角珊瑚中分离的成分及其衍生物中含有多个TNF-α受体蛋白对接效果很好的化合物,并且有2个化合物的效果活性接近阳性对照配体。[结论]鹿角珊瑚中分离的成分及其衍生物中2个化合物有助于肿瘤治疗的发展。  相似文献   

基于反向分子对接的虫草素和三磷酸虫草素的生物活性     

程功  张国财  马玲  田树新  张星耀 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2016,42(3):262-267

分别采用idTarget、Pharm Mapper在线反向分子对接软件预测虫草素和三磷酸虫草素的靶标蛋白(药效团匹配蛋白),用Ledock分子对接软件模拟虫草素、三磷酸虫草素与靶标蛋白的结合构象,用Lig Plus软件分析结合构象活性口袋内残基与配体的相互作用。反向分子对接结果表明:三磷酸虫草素与靶标蛋白的自由结合能比虫草素与靶标蛋白的自由结合能低。分子对接结果表明:与虫草素相比,三磷酸虫草素与靶标蛋白活性口袋内的氨基酸残基可形成更多的氢键,且三磷酸虫草素和靶标蛋白有较好的几何匹配,其自由结合能也较低,其结合构象更稳定。根据正向、反向分子对接结果,认为三磷酸虫草素是虫草素进入人体内发挥生物活性的主要物质。  相似文献   

基于分子对接技术的拟南芥植酸酶的水解特性     

袁凡  周敏  丁君辉  彭晓赟  徐文忠  萧浪涛  王若仲 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2019,45(5)

采用生物信息学、同源建模、分子对接等方法,对拟南芥植酸酶(ATMINPP)的功能结构及其与植酸的分子对接模式进行了预测。结果表明:ATMINPP由487个氨基酸组成,其二级结构由18个α螺旋、6个β折叠、伸展片段和无规则卷曲等4个主要部分构成;保守半胱氨酸在螺旋结构之间形成4个二硫键;ATMINPP蛋白有2个结构域(α/β–结构域和α–结构域),活性位点位于2个结构域的中间;对接时,带负电的植酸结合在ATMINPP带正电的亲水性口袋内;保守序列RHGARYP中的His 66对植酸氢键所结合的磷酸基团进行亲核攻击,形成中间复合物,中间复合物水解得到磷酸和磷酸肌醇衍生物,His 343为解离基团氧原子提供质子,使得磷酸基团解离。  相似文献   

利用单克隆抗体检测呋喃妥因代谢物海特因方法的研究     

王烈喜  陈黎斌  姚玉静 《安徽农业科学》2015,(3):159-162

[目的]建立敏感、快速、特异的呋喃妥因代谢物海特因的检测方法.[方法]通过将间羧基苯甲醛和海特因的衍生物接种到牛血清白蛋白上免疫Balb/C小鼠,应用杂交瘤技术制备单克隆抗体,采用ELISA检测海特因的邻硝基苯甲醛衍生物.[结果]采用ELISA检测海特因的邻硝基苯甲醛衍生物,灵敏度达到0.1 ng/ml.制备的单克隆抗体具有特异性高、灵敏的优点.[结论]该研究可为酶联免疫试剂盒的研制奠定基础.  相似文献   

脲酶抑制剂（Ureaseinhibitor）的作用机制   总被引：3，自引：0，他引：3  

白云峰  李杰 《饲料博览》2001,(9):39-42

使用脲酶抑制剂可以增加反刍动物对尿素的利用，具有简便易行、成本低、实践中可操作性强的特点，可直接同尿素一起加入精料中。１ 脲酶的性质 脲酶（又称尿素酶）的系统命名为酰胺水解酶（ｕｒｅａ ａｍｉｄｏｈｙｄｒｏｌａｓｅ），分子量约为１２００００～１３００００，ｐＨ值６．０～８．０时活性最高。在有水的情况下，尿素酶能将尿素分解为氨和二氧化碳，最大水解速度为每小时２．０～４．０ｍｍｏｌ尿素／ｍｇ酶蛋白。脲酶还能与少数几种尿素的衍生物（羟基尿素和二羟基尿素）发生反应，反应很专一。Ｈｕｎｇａｔｅ（１９６６）曾…  相似文献   

一种N-硝基苯基脲衍生物的合成   总被引：2，自引：0，他引：2  

赵春  李水清  谢九皋 《湖北农学院学报》2003,23(5):342-343,375

合成了一种新型的植物生长调节剂和除草剂N-硝基苯基脲衍生物，并利用元素分析、红外光谱对其结构进行了初步表征。  相似文献   

大血藤中黄嘌呤氧化酶抑制剂虚拟筛选     

《现代农业科技》2021,(10)

利用分子对接软件将大血藤中198种已知成分的化合物分子作为配体分别与Glu803对接,并进行虚拟筛选打分,做出一致性评价。结果表明,芦丁、苦杏仁苷和芒果苷与Glu803对接活性较高,说明大血藤中的芦丁、苦杏仁苷和芒果苷可以用作黄嘌呤氧化酶抑制剂。  相似文献   

HPLC法快速测定饲料中硝基咪唑类药物的研究     

程林丽  张素霞  沈建忠  王战辉  闻人乐群 《安徽农业科学》2008,36(5):1893-1894

[目的]为建立一种检测饲料中硝基咪唑类药物的HPLC方法。[方法]提取饲料样品中的甲硝唑、二甲硝唑、罗硝唑和替硝唑,用Oasis MCX小柱进行净化后,以甲醇-水溶液为流动相,梯度洗脱,紫外检测波长为320 nm,进行HPLC测定。[结果]甲硝唑、罗硝唑、二甲硝唑和替硝唑的检测限分别为15.7、25.3、27.3和54.9μg/kg。在0.1～10.0μg/ml浓度范围内,4种硝基咪唑类药物色谱峰面积与浓度呈线性相关,相关系数为0.993～0.999,符合对饲料中抗生素分析的要求。4种硝基咪唑类药物平均回收率为82.5%～99.7%,符合对饲料中药物添加剂分析的准确度要求,变异系数为3.5%～14.0%,符合残留分析对精密度要求。[结论]该方法操作简单、结果准确,可用于测定饲料中硝基咪唑类药物的含量。  相似文献   

中华蜜蜂普通气味结合蛋白ASP2的气味结合功能模式分析   总被引：6，自引：4，他引：2  

李红亮  张林雅  庄树林  倪翠侠  韩宝瑜  商晗武 《中国农业科学》2013,46(1):154-161

【目的】研究中华蜜蜂（Apis cerana cerana）体外重组普通气味结合蛋白AcerASP2与不同气味信息的结合功能和模式。【方法】通过诱导条件的优化和纯化,在获得的重组AcerASP2蛋白基础上,研究竞争性荧光探针1-NPN及不同结构气味信息与蛋白的相互作用关系,并通过同源建模和分子对接解析蛋白与气味信息的结合模式和机理。【结果】通过条件摸索获得了可溶性表达的重组中蜂ASP2蛋白,荧光光谱分析1-NPN与AcerASP2的解离常数K1-NPN为7.38 μmol•L-1,结合位点数n为1.0321。在7种气味信息中,4-烯丙基藜芦醚亲和力最强,其IC50和解离常数KD分别达到7.09和3.46 μmol•L-1。分子对接显示AcerASP2具有1个呈狭长的口袋状的疏水性结合内腔,4-烯丙基藜芦醚绝大部分位于该预测疏水性内腔中,且与Lys74产生2个氢键。【结论】中华蜜蜂AcerASP2由于特殊的空间结构而具有较强的气味信息结合能力,且易通过与疏水内腔中的赖氨酸残基产生氢键而促进结合。  相似文献   

松针鞘瘿蚊气味结合蛋白TjapOBP1的同源模建及活性气味分子的筛选     

朱蕊  焦继鹏  孙慧敏  武海卫  陶静 《北京林业大学学报》2021,43(9):77-86

  目的  松针鞘瘿蚊是近几年新发现入侵我国的林业有害生物,已经在山东省青岛市黄岛区造成了以黑松为主的沿海防护林大面积衰弱枯死。作为新入侵种对于松针鞘瘿蚊的防控基础研究极为薄弱,为了研发有效的防控技术,尽快遏制该虫的严重危害,避免进一步扩散,本文从松针鞘瘿蚊的寄主识别机制出发,以期开发针对性的引诱剂来进行监测诱杀。  方法  本研究基于松针鞘瘿蚊触角转录组数据筛选到的气味结合蛋白TjapOBP1的序列,通过同源模建的方法,得到了蛋白三维结构模型,利用Procheck、Verify_3D和ERRAT程序评估模型的可靠性。通过AutoDock软件将TjapOBP1与黑松针叶挥发物中测得的67种气味分子进行分子对接。  结果  同源模建结果显示,模建蛋白的氨基酸有95.5%落在最佳合理区,83.3%的氨基酸评分大于0.2,模建结构的误差值在73.2%,这表明此次构建的松针鞘瘿蚊气味结合蛋白TjapOBP1三维模型有很高的可靠性。分子对接结果显示,β-月桂烯与TjapOBP1的结合效果最好,结合能为?5.26;另外,2,6-二甲基辛-1,5,7-三烯-3-醇、乙酸橙花酯、桧烯、乙酸薰衣草酯和1-异丙基-4-亚甲基二环[3.1.0]己-2-烯,这5种化合物与TjapOBP1的结合能依次升高,但均在?5.0以下。上述6种化学物质均有可能是能够被松针鞘瘿蚊TjapOBP1识别并结合的气味物质。  结论  三维结构模型的构建,为进一步研究松针鞘瘿蚊OBP的功能奠定基础。分子对接初步筛选了可能与TjapOBP1特异性结合的寄主挥发物,从而为引诱剂的开发提供支撑。   相似文献   

决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析     

李磊  赵花金  伍子焘  李升和  姜锦鹏  刘畅 《浙江农业学报》2020,32(10):1855

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease)和癌症信号通路(pathway in cancer)等154条信号通路。分子对接证实芦荟大黄素、决明内酯等成分可与对应靶点结合,进一步验证了网络药理学预测的可靠性。本研究发现决明子可通过大黄酸、芦荟大黄素、豆甾醇、决明内酯等11种成分作用于TP53、MYC、CASP3、ESR1、JUN等34个靶点发挥抗氧化作用,反映了决明子经多靶点、多途径发挥抗氧化作用的特点,为深入研究决明子抗氧化作用机制提供了参考。  相似文献   

小菜蛾性信息素与性信息素结合蛋白、受体蛋白结合机理研究          下载免费PDF全文

李玉华  邓培渊  刘宇邈  雷志华 《南方农业学报》2016,47(6):928-933

【目的】研究小菜蛾性信息素与性信息素结合蛋白、受体蛋白之间作用的关键氨基酸残基和作用力类型,揭示小菜蛾识别性信息素的分子机制,为开发新型性诱剂和小菜蛾的无害化防治提供新思路。【方法】运用Discovery Studio 2.5对小菜蛾性信息素结合蛋白PxylPBP2和受体蛋白PxylOR4进行同源建模,运用程序包中LibDock模块进行分子对接,运用Calculate Energy模块计算复合物结合自由能,分析性信息素Z9-14∶AC与PxylPBP2和PxylOR4的结合模式及相互作用力。【结果】Thr9是PxylPBP2与Z9-14∶AC形成氢键的关键氨基酸残基,Z9-14∶AC易与PxylOR4中的Leu残基产生疏水作用力;PxylPBP2与Z9-14∶AC结合的主要驱动力是静电力,PxylOR4与Z9-14∶AC结合的主要驱动力是范德华力,溶剂化能均抑制Z9-14∶AC与PxylPBP2和Z9-14∶AC与PxylOR4的结合。【结论】小菜蛾性信息素受体蛋白和性信息素结合蛋白在识别和结合性信息素分子方面存在明显差异,性信息素受体蛋白与性信息素反应更灵敏、形成的复合物更稳定。  相似文献   

氯氰菊酯与牛血清白蛋白相互作用的研究     

周翌雯  古扎力努尔&#;买提沙地克  程靖 《现代农业科学》2009,(7):23-24

应用荧光光谱手段及分子模拟实验研究了在pH=7．4的生理酸度条件下氯氰菊酯（CM）与牛血清白蛋白（BSA）之间的相互作用。证实了CM对BSA的荧光猝灭机理为静态猝灭。计算了热力学参数,由△H和△s值推断CM与BSA之间主要靠疏水作用力结合;△G〈0表明此作用过程是自发的。分子模拟实验说明结合位点为siteⅡ。  相似文献   

A H+-gated urea channel: the link between Helicobacter pylori urease and gastric colonization     

Weeks DL  Eskandari S  Scott DR  Sachs G 《Science (New York, N.Y.)》2000,287(5452):482-485

  相似文献   

Functional analysis and screening small molecules to RpfF protein in Xanthomonas oryzae involved in rice bacterial blight disease          下载免费PDF全文

Mundla SRILATHA  Naina PATYAL  Madhu Sudhana SADDALA 《农业科学学报》2020,19(3):735-747

Xanthomonas oryzae pv. oryzae(Xoo) is an important rice pathogen. This is a vascular pathogen entering the plant via the hydathodes causing rice bacterial blight. It has been known that most regulation of pathogenicity factor F(RpfF) genes in Xanthomonas regulates virulence in response to the diffusible signal factor(DSF). The RpfF recognized as an attractive drug target in bacterial rice blight disease. In this study, we performed the gene-gene interaction of RpfF and pathway functional analysis. 3 D structure of RpfF protein was predicted using a homology modelling tool Swiss-Model and refined by molecular dynamics(MD) simulation. The refined model protein was predicted structural assessment using various tools such as PROCHECK, ERRAT, and VERIFY-3 D. We have collected 2 500 rifampicin analogues from Zinc Database by virtual screening. The screened compounds were docked into the active site of the RpfF protein using AutoDock Vina in PyRx Virtual Screening Tool. Furthermore, docking result and in silico ADMET analysis described that the compounds ZINC03056414, ZINC03205310, ZINC08673779, ZINC09100848, ZINC09729566, ZINC11415953, ZINC12810788, ZINC24989313, ZINC27441787 and ZINC32739565 have best binding energies and less toxicity than reference compound. This study revealed that the active site residues such as HIS-118, HIS-147, THR-148, ARG-179, ASP-207, ARG-240 and THR-244 are key roles in the pathogenicity. It could be beneficial in the design of small molecule therapeutics or the treatment of rice bacterial blight disease.  相似文献   

小菜蛾碱性磷酸酯酶受体表达与分子模拟     

张霄  胡晓丹  仲建锋  武爱华  徐重新  刘媛  张存政  谢雅晶  刘贤金 《中国农业科学》2016,49(23):4555-4565

【目的】利用原核表达小菜蛾(Plutella xyllostella)中肠膜结合碱性磷酸酯酶(membrane-bound alkaline phosphatase,mALP)并经Ligand blot验证其具有与Cry1Ac毒素结合的能力;通过同源建模和分子对接研究Cry1Ac-mALP的结合模式,预测毒素和受体结合区域及关键氨基酸位点(热点残基),为了解毒素-受体互作机制及分子改造增强Cry毒素活性的研究打下基础。【方法】针对小菜蛾mALP全长设计引物,并以小菜蛾c DNA为模板扩增mALP基因,双酶切后用T4连接酶连接至pET-26b原核表达载体,将构建的pET-26b-mALP载体转化Trans1-T1克隆感受态,挑取克隆并提取质粒后进行PCR、双酶切和测序验证,将验证无误的重组质粒转化E.coliBL21(DE3)表达感受态细胞,进行诱导表达。将诱导表达后的mALP转至PVDF膜上,通过Western blot和Ligand blot分别验证mALP是否成功表达以及是否具有与Cry1Ac毒素结合的能力。对mALP进行同源建模、分子动力学模拟以及模型评价,获得的mALP最佳三维结构与Cry1Ac毒素利用Patch DOCK和Fire Dock程序进行分子对接试验,对确定的最佳毒素-受体复合物进行结合区域和结合氨基酸位点分析,并通过计算机辅助的丙氨酸突变扫描试验确定毒素和受体参与的关键氨基酸残基。【结果】扩增出小菜蛾mALP基因并克隆至pET-26b原核表达载体,转化E.coli BL21(DE3)表达感受态后挑取阳性克隆提取质粒后进行PCR、双酶切和测序均显示构建正确。通过原核表达和Western blot验证成功表达了mALP蛋白,并经Ligand blot试验证实了原核表达的mALP具有和Cry1Ac毒素结合的能力。利用同源建模成功获得了mALP的三维结构,通过Patch DOCK和Fire Dock分子对接程序,获得毒素和受体的对接复合物,通过溶剂可及表面积变化计算和Ligplot分析,确定毒素结构域Ⅱ和结构域Ⅲ均参与了受体结合,并且毒素和受体均以疏水结合和氢键结合模式参与结合,最后通过热点残基预测发现Cry1Ac毒素和mALP中分别有3个氨基酸残基(376ASN、443SER和486SER)和4个氨基酸残基(452ARG、499THR、502TYR和513TYR)是参与互作的关键氨基酸位点。【结论】经原核表达的小菜蛾mALP同样具有与Cry1Ac毒素结合的能力,并利用分子模拟技术预测了小菜蛾mALP三维结构及与Cry1Ac毒素结合模式。  相似文献   

Characterization of the chemosensory protein EforCSP3 and its potential involvement in host location by Encarsia formosa          下载免费PDF全文

WANG Ke  HE Yan-yan  ZHANG You-jun  GUO Zhao-jiang  XIE Wen  WU Qing-jun  WANG Shao-li 《农业科学学报》2023,22(2):514-525

Chemosensory proteins (CSPs) perform several functions in insects. This study performed the gene expression, ligand-binding, and molecular docking assays on the EforCSP3 identified in the parasitoid wasp Encarsia formosa, to determine whether EforCSP3 functions in olfaction, especially in host location and host preference. The results showed that EforCSP3 was highly expressed in the female head, and its relative expression was much higher in adults than in other developmental stages. The fluorescence binding assays suggested that the EforCSP3 exhibited high binding affinities to a wide range of host-related volatiles, among which dibutyl phthalate, 1-octene, β-elemene, and tridecane had the strongest binding affinity with EforCSP3, besides α-humulene and β-myrcene, and should be assessed as potential attractants. Protein structure modeling and molecular docking predicted the amino acid residues of EforCSP3 possibly involved in volatile binding. α-Humulene and β-myrcene attracted E. formosa in a previous study and exhibited strong binding affinities with EforCSP3 in the current study. In conclusion, EforCSP3 may be involved in semiochemical reception by E. formosa.  相似文献