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[目的]建立地衣芽孢杆菌的分子鉴定方法。[方法]通过对地衣芽孢杆菌TS-01的16S和ITS序列进行克隆测序和差异性分析,以该区序列为靶序列设计地衣芽孢杆菌TS-01的特异性引物,并用该引物扩增全部受试菌种。[结果]从ITS和16S rDNA区间设计了地衣芽孢杆菌种特异性引物,特异性引物PCR的最佳退火温度为67.2℃,循环数为24个;地衣芽孢杆菌TS-01可扩增出1条905 bp的标记片段,其他受试菌株均为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异16S-ITS标记。[结论]地衣芽孢杆菌TS-01分子鉴定方法的建立,为地衣芽孢杆菌的分子诊断奠定了基础。 相似文献
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[目的]研究新菠萝灰粉蚧的种特异性ITS引物,以快速准确鉴定该虫,可为口岸快速通关提供依据.[方法]采用PCR扩增方法,首次测定分析了11种粉蚧39个样品的新菠萝灰粉蚧及其他粉蚧的rDNA ITS全序列.基于ITS区序列差异设计了针对新菠萝灰粉蚧的特异性引物,通过筛选引物退火温度、优化PCR反应条件建立了新菠萝灰粉蚧的快速分子鉴定方法.[结果]种特异性ITS引物只对新菠萝灰粉蚧有扩增条带,能有效扩增出约665 bp的DNA片段,其余种类均未有扩增条带.灵敏度试验结果显示该对引物灵敏度高,其检测限可达0.1 ng/μL.[结论]采用设计的ITS区种特异性引物可以对新菠萝灰粉蚧进行快速分子鉴定,该方法可为口岸一线检测鉴定提供参考. 相似文献
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[目的]克隆地衣芽孢杆菌BL03的脂肪酶基因LIP并对其序列进行分析。[方法]以地衣芽孢杆菌BL03基因组核酸为模板,PCR扩增得到地衣芽孢杆菌脂肪酶基因,用pMD19-T载体克隆后进行PCR鉴定及序列测定和生物信息学分析。[结果]测序结果表明该片段完整开放阅读框大小为615 bp,与已发表的地衣芽孢杆菌LTP基因(GeneID:3098655)相比,核酸序列相似为99.67%;推导编码氨基酸序列相似性为99.02%。[结论]该基因的获得为其异源表达及相关研究奠定了基础。 相似文献
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[目的]从新疆五家渠市耐盐碱植物盐穗木根际土壤中分离出兼性耐盐菌B6,并对其分别进行形态特征、生理生化特性分析及16S rDNA鉴定。[方法]采用真细菌16S rDNA通用引物PCR扩增B6菌株的16S rDNA,使用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中对其进行同源性检索,使用MEGA4软件构建系统发育树。[结果]B6菌能在0～20%NaCl的条件下生长,为有芽孢的杆状菌;B6的16S rD-NA长度为1 446 bp,与多种地衣芽孢杆菌的16S rDNA序列同源性高达99%。[结论]系统发育树表明B6菌株与地衣芽孢杆菌的亲缘关系最近,结合生理生化分析,可判断B6菌株为地衣芽孢杆菌。 相似文献
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[目的]DNA条形码技术是分子鉴定的最新进展之一,为了研究中国兰的DNA条形码技术,实现中国兰的快速鉴定。[方法]该文通过电泳成像技术、BLASTN核苷酸相似序列检验等分析方法,对一种中国兰ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等常用DNA条形码标准序列PCR扩增的方法进行了可行性检验。[结果]该方法可以在中国兰中有效扩增ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等条形码序列,并通过双向测序获得序列信息,ITS标准序列由于引物存在非特异性扩增,需要重新设计合适的引物。[结论]利用该方法,可以有效获得中国兰中ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等几种常见DNA条形标准序列,并大大简化了PCR反应操作步骤,为进一步研究中国兰的DNA条形码技术提供了参考和借鉴。 相似文献
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[目的]采用DNA条形码及特异性引物PCR技术对中药材丹参及其混伪品进行分子鉴定研究。[方法]以核基因ITS2序列作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,将所得序列构建NJ系统发育树。利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构,同时采用自设引物进行特异性引物PCR鉴别研究。[结果]ITS2序列长度为470 bp左右;从系统聚类树图可以看出,丹参及其伪品分别聚在不同支,表现出单系性;比较二级结构发现,丹参与甘西鼠尾差异甚微,与牛蒡在螺旋茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面具有明显区别;通过特异性引物PCR技术可将丹参及其伪品进行区分。[结论]DNA条形码技术和特异性引物PCR技术均能够有效地区别丹参及其混伪品,在中药材的鉴定中具有重要的应用前景。 相似文献
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[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一. 相似文献
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根据玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartiisubsp.stewartii)ITS基因序列,设计并合成了特异性PCR检测引物,对玉米细菌性枯萎病菌和非玉米细菌性枯萎病菌的标准菌株进行了PCR扩增反应.结果显示,玉米细菌性枯萎病菌的PCR产物出现301 bp的特异性扩增条带,而非玉米细菌性枯萎病菌均未出现扩增条带;其PCR检测的灵敏度为612 pg/μL.因此PCR技术是一种特异、灵敏、快速检测玉米细菌性枯萎病菌的方法. 相似文献
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[目的]选择合适的小球藻种属鉴定基因,对高产油微藻进行分子鉴定。[方法]从分子鉴定常用的4条基因[核基因组rDNA的18S rRNA gene、内转录间隔区（ITS）、内转录间隔区2（ITS-2）和叶绿体rbcL基因]中筛选出最为适用的小球藻鉴定基因,并对从自然水体中分离筛选出的5株油脂含量在30%以上的小球藻（Chlorellasp.）进行了分类鉴定。[结果]ITS序列变异程度高,片段长度短,序列长度在种间变异较大,而在小球藻种内高度保守,且种间距离（0.439 6±0.135 9）远大于种内距离（0.045 7±0.084 3）,适用于小球藻属内种的鉴定。应用ITS序列分别将5株高产油藻鉴定为1株C.vulgaris、2株C.sorokiniana藻和2株Chlorella sp.。[结论]为建立藻类的鉴定基因库提供了参考。 相似文献
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[目的]选择合适的小球藻种属鉴定基因,对高产油微藻进行分子鉴定。[方法]从分子鉴定常用的4条基因核基因组rDNA的18SrRNAgene、内转录间隔区（ITS）、内转录间隔区2（ITS2）和叶绿体rbcL基因中筛选出最为适用的小球藻鉴定基因,并对从自然水体中分离筛选出的5株油脂含量在30%以上的小球藻（Chlorellasp.）进行了分类鉴定。[结果]ITS序列变异程度高,片段长度短,序列长度在种间变异较大,而在小球藻种内高度保守,且种间距离（0.4396±0.1359）远大于种内距离（0.0457±0.0843）,适用于小球藻属内种的鉴定。应用ITS序列分别将5株高产油藻鉴定为1株C.vulgaris、2株C.sorokiniana藻和2株Chlorellasp.。[结论]为建立藻类的鉴定基因库提供了参考。 相似文献
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[目的]分析桑黄菌的遗传多样性。[方法]利用ITS序列分析和RAP／）分子标记技术对16株不同来源的桑黄菌株进行遗传多样性分析。[结果]16株桑黄菌株的ITSl_5．8s-ITS2序列长度在590～714bp,其中5．8S序列最为保守,均为160bp：ITSl长度为220～310bp,ITS2长度为210-245bp。基于ITS序列构建的系统进化树分析结果,同属不同种的桑黄菌株遗传距离较远,对相同种的杨树桑黄一瓦尼木层孔菌进行RAPD分子标记,表明10株瓦尼木层孔菌（Phellinusvaninii）遗传多态性丰富,10株杨树桑黄菌主要分布在我国东北三省的东部山区,区域相对集中,RAPD的聚类分析结果与地域分布差异关系不明显,没有表现出地域性的遗传多样性差异。[结论]试验研究了菌株的分类地位及系统发育进化关系,并首次在桑黄菌物资源库内积累到杨黄分类学地位和遗传多样性的基础信息,对掌握和积累区域桑黄菌物资源的基础信息,并对将来更好地开发利用这一珍稀菌物资源具有重要的学术价值和现实意义． 相似文献
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[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。 相似文献