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采用RT-PCR方法扩增并克隆了2013年湖南省水稻上发生的南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice blackstreaked dwarf virus,SRBSDV)S10片段的近全长序列,采用生物信息学软件Mega、RDP和DnaSP分析其编码的开放阅读框(open reading fragment,ORF)遗传多样性。结果表明:2013年湖南省15个SRBSDV分离物S10编码的ORF序列同源性在99.5%以上,不同分离物中存在3~30个突变位点,绝大部分的核酸突变为无义突变,没有发现可能的重组。在系统发育树上,15个分离物聚类为2个分支,其中湖南汉寿的10个分离物和永州的2个分离物(HuNyz12和HuNyz29)与我国浙江分离物聚为1个亚组、湖南永州的其他3个分离物与我国南部的云南、海南等及越南的分离物聚为1个亚组。系统发育结果表明,SRBSDV随传毒介体白背飞虱迁飞从我国南部向北部扩散。 相似文献
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2016年北京地区玉蜀黍黑粉菌遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
2016年从北京市10个区采集317份玉米瘤黑粉病样品,选择核糖体RNA内转录间隔区的ITS rDNA和28S rDNA基因作为持家基因,通过单核苷酸多态性技术(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分析北京市10个区玉蜀黍黑粉菌的遗传多样性。ITS rDNA基因分析表明,有3个菌株的序列存在1个颠换突变位点,产生两种单倍型,采用邻接法构建的系统发育树将317个菌株分为2个群体;28S rDNA基因分析表明,有54个菌株的序列存在1个颠换突变位点,产生两种单倍型,采用邻接法构建的系统发育树将317个菌株分为2个群体。中性检测表明北京市10个区的玉蜀黍黑粉菌符合中性进化模型。试验结果表明北京市10个区的玉蜀黍黑粉菌遗传多样性不高,遗传分化不明显。 相似文献
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为明确我国油桃茎痘相关病毒(nectarine stem-pitting-associated virus,NSPaV)基因组的分子特征,利用RT-PCR和RACE技术对NSPaV中国分离物NSPaV-T04基因组进行克隆,采用最大似然法对得到的NSPaV基因组序列和GenBank中的5条NSPaV基因组序列构建系统发育树,应用RDP软件对NSPaV基因组序列进行重组分析。结果表明:中国分离物NSPaV-T04基因组序列全长为4 991 nt,包括4个开放阅读框(open reading frame,ORF),其中ORF1与ORF2共同编码1个RdRp P1-P2融合蛋白,ORF3编码1个CP,ORF5与ORF3共同编码CP通读蛋白。系统发育树和序列比较分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04(MN095353)与美国分离物NSPaV/12P42(KT273410)的亲缘关系最近,核苷酸序列同源性最高,为96.4%;NSPaV-T04的RdRp P1变异较大,与GenBank中5条NSPaV基因组核苷酸序列的同源性为90.5%~96.1%,CP较为保守,核苷酸序列的同源性为96.6%~98.7%。重组分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04为鉴定的一个重组体(韩国分离物SK)的亲本序列,表明中国分离物NSPaV-T04可能是一个实际的重组体。 相似文献
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近年来,由苹果锈果类病毒Apple scar skin viroid(ASSVd)引起的苹果花脸病、锈果病在我国一些苹果产区日趋严重,对我国苹果生产和苹果产业发展造成严重危害。为了解ASSVd在我国一些苹果产区的发生和变异情况,采用RT-PCR对陕西、山东、山西、河北、北京和黑龙江6个苹果产区的35份苹果样品进行检测,并克隆获得30个分离物的基因组全序列,大小为330~333个核苷酸。分析表明,这些分离物的基因组全序列与GenBank中ASSVd基因组核苷酸序列相似度为96%~100%,在苹果锈果类病毒属的末端保守区及中央保守区保守,在致病区和左端区域有突变,一些分离物的突变位点相同。系统发育分析表明分离物因相同的突变位点而聚类,而与地理来源无关。 相似文献
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马铃薯Y病毒(potato virus Y,PVY)主要侵染马铃薯和烟草等茄科作物,给世界农业造成巨大经济损失。本文对测定的23个及GenBank中注册的52个中国PVY分离物ORF序列进行了系统发育、重组和选择压等分析。系统发育分析表明,根据ORF序列可把我国75个PVY分离物和国外30个参比分离物分成O、C、E、NTN-NW(SYR-I型)、NTN-NW(SYR-II型)、NTN(NTN-a型)、NTN(NTN-b型)、NA-N/NTN、Eu-N、N-Wi(N:O型)和N-Wi(N-Wi型)等11个分子株系,其中中国PVY分离物属于除E和C株系外的9个分子株系。除ME162、guiyang、PVYzu、SD-G、WA-13和CN:JL-1:17等 6个分离物基因组中未检测到重组,其余69个分离物均存在明显重组。根据重组位点的不同,中国PVY可分为11种重组类型,其中5种为新的重组类型。选择压分析表明,中国PVY分离物的11个基因均处于负选择,其中核内含体b基因受到的选择压最大,PIPO受到的选择压最小。基因流分析表明,黑龙江、河南和山东PVY分离物间基因交流频繁,马铃薯与烟草PVY分离物之间基因交流频繁。本研究的结果明确了中国PVY分离物的分子株系组成,对指导PVY的检测和防控具有积极作用。 相似文献
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利用粉纹夜蛾(Trichoplusia ni)围食膜蛋白多克隆抗体,从已构建的华北大黑鳃金龟 Holotrichia oblita 中肠cDNA表达文库中筛选得到1个编码羧酸酯酶的cDNA克隆 HoCL1 ,其开放阅读框(ORF)长1 599 bp,编码532个氨基酸,推导的蛋白质分子质量为59.5 kDa,等电点(p I)为4.5。 HoCL1蛋白具有羧酸酯酶的保守结构域:1个二硫键形成的位点和1个丝氨酸活性中心,三联体催化活性中心位于Ser207、Asp333和His422上,不含有氮联糖基化位点和氧联糖基化位点,只含有3 个半胱氨酸残基。依据氨基酸序列同源性分析和保守结构域分析,HoCL1属于B类酯酶,与赤拟谷盗 Tribolium castaneum 羧酸酯酶相似性最高,为35.2%。通过与其他昆虫羧酸酯酶序列比对及构建系统发育树,发现HoCL1羧基端的氨基酸序列保守性低,但靠近N端的活性中心处的氨基酸序列则高度保守,可与赤拟谷盗、异色瓢虫 Harmonia axyridis 羧酸酯酶聚类在一起。羧酸酯酶 HoCL1 基因的克隆鉴定为进一步研究该基因在华北大黑鳃金龟体内的表达及功能奠定了基础。 相似文献
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为了探究大丽轮枝菌外切葡聚糖酶VdCBH1(exoglucanase)的酶活与催化机理,本研究在生物信息学分析的基础上,以大丽轮枝菌V991菌株为材料克隆了VdCBH1基因,进一步构建了pPIC9-VdCBH1重组质粒并转入毕赤酵母中进行表达,测定了重组VdCBH1蛋白的外切葡聚糖酶活性;将预测的VdCBH1催化残基位点进行突变,随后通过SDS-PAGE分析了重组VdCBH1蛋白及其催化残基位点突变蛋白的表达情况,并检测了VdCBH1催化残基位点突变前后的酶活变化。结果表明,VdCBH1基因编码区全长1 356 bp,编码451个氨基酸,蛋白理论分子量大小为48.574 kDa,理论等电点为4.29,N端前17个氨基酸为信号肽序列。保守结构域和进化树分析表明,VdCBH1蛋白含有GH7_CBH_EG保守结构域,该结构域是糖基水解酶7家族(Glycosyl hydrolase family 7,GH7)所特有的,与尖端赛多孢子菌(Scedosporium apiospermum)的外切葡聚糖酶蛋白亲缘关系最近。重组VdCBH1蛋白具有典型的外切葡聚糖酶活性,而Glu233催化残基单突变与Glu228、Asp230和Glu233催化残基三突变蛋白的酶活明显下降。这表明催化残基Glu233在外切葡聚糖酶活性中发挥更为重要的作用,Glu228、Asp230则可能在其中起协同作用。本研究为进一步揭示VdCBH1蛋白的催化机制奠定了理论基础。 相似文献
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香蕉束顶病毒海口分离物基因组的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以海口香蕉束顶病株的幼嫩假茎和叶片总DNA为模板,通过反向PCR法克隆了香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物(命名为BBTV-HaiKou)的6个DNA组分的全长序列。结果表明,DNA1~6序列全长分别为1106、1040、1058、1040、1013和1082nt。各组分非编码区各包含一个茎环共同区和一个主要共同区,同源性分别为91.55%和88.45%。各组分编码区均编码一个开放可读框(ORF),其中DNA1 ORF内部还有一个小的ORF。序列分析表明,BBTV-HaiKou分离物与其它分离物间的DNA1最为保守,DNA2变异最大。DNA1组分核苷酸序列与亚洲组、南太平洋组各分离物及ABTV (Abacá bunchy top virus)分离物同源性分别为93.1%~99.1%,89.6%~90.7%和76.2%~77.4%,相应的编码蛋白氨基酸序列同源性在BBTV和ABTV中分别为93.4%~100%和85.7%。根据Karan等的分类方法,确定BBTV-HaiKou分离物属于亚洲组成员。 相似文献
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为评价烟草赤星病致病菌链格孢Alternaria alternata对嘧菌酯的抗性风险，以敏感菌株J6为试材，通过菌丝药剂驯化和分生孢子紫外诱变诱导抗性突变体，并对抗性突变体的生物学特性进行了研究，同时对抗性突变体与敏感菌株线粒体的细胞色素b基因 (cyt b) cDNA序列全长进行了测序分析。结果表明:经药剂驯化未获得抗性突变体，而紫外诱变共获得7株抗性突变体，突变频率约为0.007%，抗性水平分别为5.27、8.28、25.28、12.82、6.14、9.28和52.91倍。适合度研究表明，抗性突变体与敏感菌株的分生孢子萌发能力及致病力相当，但分生孢子产生量均高于敏感菌株，菌丝生长速率除突变体6-1外均快于敏感菌株。cyt b基因cDNA序列分析表明:有4株抗性突变体在不同位点上发生了核苷酸突变，其中突变体6-7 cyt b的249位和871位碱基由T突变为C，但其编码的氨基酸未发生突变；突变体6-8 cyt b的734位碱基由T突变为C，引起所编码的245位丙氨酸突变为缬氨酸 (V245A)；突变体6-9 cyt b的510位碱基由T突变为A，所编码的170位由精氨酸替代了丝氨酸 (S170R)；突变体6-11 cyt b的732位碱基由T突变为A，所编码的244位由苯丙氨酸替代了亮氨酸 (L244F)，其776位碱基由T突变为C，所编码的259位由丙氨酸替代了缬氨酸（V259A），其1 156位碱基由A突变为G，所编码的氨基酸未发生变化。研究结果初步表明，烟草赤星病菌对嘧菌酯存在潜在的抗药性风险，其cyt b基因的点突变与其对嘧菌酯的抗药性有关。 相似文献
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应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(Rice gall dwarf virus,RGDV)广东分离物基因组的第10片段,并测定了全序列。结果表明,RGDV广东分离物S10(登录号EF532325)全长1198bp,含有一个ORF,编码一条由320氨基酸组成、推测分子量约36kDa的多肽。与泰国分离物相应组分相比,基因结构基本一致,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.2%和98.8%;S10编码多肽与水稻矮缩病毒(Rice dwarf virus,RDV)s9编码蛋白及伤瘤病毒(Wound tumor virus,WTV)S11编码蛋白也分别具有29%和33%的相似性。本研究还将S10cDNA克隆至原核表达载体pET28b(+)上,通过IPTG诱导在大肠杆菌BL21(DE3)中得到了高效表达,并利用His,Bind树脂纯化得到电泳纯级制品。本工作为进一步研究S10编码蛋白的结构与功能奠定了一定的基础。 相似文献
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油菜花叶病毒(Oilseed rape mosaic virus,ORMV)武汉株系(Wh)基因组全序列分析表明,该株系基因组全长6301nt,与烟草花叶病毒属(Tobamovirus)亚组Ⅲ病毒基因组结构相似,含4个开放阅读框架(open reading frame,ORF),ORF2与ORF3有77nt的重叠区。与该属其他病毒对应ORF的核苷酸及编码蛋白氨基酸序列比对,ORMV-Wh与亚组Ⅲ的ORMV、车前草花叶病毒上海株系(Ribgrass mosaic virus,RMV-Sh)、车前草花叶病毒凤仙花株系(RMV-Imp)和烟草花叶病毒十字花科和大蒜株系(Tobacco mosaic virus,TMV-Cg)一致性最高,均超过95%。4种蛋白的氨基酸序列系统进化树构建将Tobamovirus亚组Ⅲ株系分为3个群,ORMV-Wh归为ORMV代表的株系群。 相似文献
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通过紫外光照射诱导获得了6株水稻白叶枯病菌Xanthomonas oryzae pv.oryzae抗链霉素突变体。测得链霉素对水稻白叶枯病菌敏感菌株ZJ173及其抗性突变体的最低抑制浓度(MIC)分别为0.10和600 μg/mL;对敏感菌株的有效抑制中浓度(EC50)为0.03 μg/mL,对抗性菌株的平均EC50值为11.64 μg/mL,平均抗性倍数为388。通过PCR扩增了敏感菌株ZJ173及5株抗性菌株的rpsL基因(编码S12核糖体蛋白)和rrs基因(编码16S rRNA),并检测了strA基因是否存在。序列分析表明,5株被测抗性菌株的rpsL基因均发生了突变,其中4株在氨基酸43位、1株在88位,均由赖氨酸突变为精氨酸,而rrs基因未发生突变,strA基因未被检测到。表明实验室诱导获得的水稻白叶枯病菌抗性菌株对链霉素的抗药性是由rpsL基因突变引起的。抗性风险研究表明,抗性突变体的抗药性在无药剂压力下可稳定保持,其致病性、生长速率与敏感菌株相比无明显差异,竞争性低于或略低于敏感菌株,抗性自发突变率较高,且抗性突变为单一位点突变,病害循环为多循环,因此由rpsL基因突变引起的水稻白叶枯病菌对链霉素的抗性风险较高。 相似文献
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马铃薯Y病毒 (potato virus Y,PVY) 是一种重要的农作物病毒,可造成产量损失和产品质量下降。其宿主范围广泛,包括马铃薯、烟草、番茄和辣椒等经济作物。在广西从叶片表现斑驳褪绿症状的马铃薯上分离到一株PVY分离物DX,其基因组包含一个大的开放阅读框 (open reading frame,ORF),由9 186 nt组成,编码3 061个氨基酸。系统发育进化分析显示,分离物DX与PVYN-Wi株系分离物IUNG-12、SGS-AG、MAF-VOY聚类成一个分支。重组分析表明分离物DX基因组在496 nt和2 388 nt存在重组位点,分别位于P1和HC-Pro/P3结合区,是分离物Oz和N605的重组体。通过机械摩擦接种,分离物DX可侵染茄科9种作物,引起本生烟叶片花叶、皱缩和泡状突起等症状;引起普通烟草和番茄的轻微花叶症状;引起马铃薯叶片花叶症状,接种辣椒没有发病。序列比对分析显示,分离物DX缺乏引起烟草叶脉坏死相关的氨基酸位点N205、K400和E419。本研究比较了分离物DX对茄科共12种作物的侵染能力和病害症状差异,结果表明分离物DX可用于探索PVY在不同寄主中的致病机理。 相似文献
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瘿蚊科是双翅目昆虫中的重要类群?本研究对瘿蚊科3种昆虫—麦红吸浆虫?菊花瘿蚊和食蚜瘿蚊的核糖体DNA进行PCR扩增?克隆?测序及序列分析, 并对ITS-1在麦红吸浆虫4个地理种群中的遗传变异情况进行分析?结果表明, 从3种昆虫中获得的核糖体DNA序列包括:部分的18S rDNA(44 bp)?28S rDNA(37 bp), 全部的ITS-1(487~535 bp), 5.8S rDNA(121 bp)及ITS-2(336~352 bp)序列?3种昆虫ITS序列的碱基差异百分比在17.21%~29.59%之间, 共含有206个变异位点?ITS-1序列在麦红吸浆虫4个地理种群中比较保守, 只有4个变异位点, 单倍型多样性为0.311 7~0.796 5, 核苷酸多样性为0.000 6~0.002 2?本研究为今后瘿蚊科昆虫的分类鉴定?系统发育和遗传进化等相关研究提供了基础? 相似文献
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精氨酸激酶(AK, EC 2.7.3.3)是昆虫体内唯一的磷酸原激酶,参与能量代谢。为探究AK基因的作用,本文利用本实验室建立的cDNA文库及RACE技术,分别从两种重要的水稻蛀茎害虫稻蛀茎夜蛾Sesamia inferens和二化螟Chilo suppressalis中克隆获得了AK基因的cDNA全长序列,并对其序列特征进行分析。AK基因分别命名为SinAK(稻蛀茎夜蛾,GenBank登录号:MK559476)和CsuAK(二化螟,MK559475),开放阅读框(ORF)长为1 065 bp,编码355个氨基酸,预测蛋白质分子量为40.0 kDa,等电点为5.88。氨基酸序列分析结果显示SinAK、CsuAK基因编码的氨基酸序列具有AK典型的功能位点保守序列:底物识别域S~(62)G~(63)V~(64)-Y~(67)和酶活性中心序列CP(S/T)N(I/L)GT。氨基酸序列比对及系统进化关系分析表明,SinAK与甜菜夜蛾、草地贪夜蛾和斜纹夜蛾的同源性最高,达95%以上,而CsuAK与印度谷螟、亚洲玉米螟的进化关系较近,同源性在95%左右。SinAK、CsuAK与其他昆虫AK的氨基酸序列同源性也高于80%,而与部分脊椎动物起同样作用的肌酸激酶(CK)的同源性低于40%,说明AK基因的功能是高度保守的,且与脊椎动物CK同源性很低。本研究结果为进一步研究SinAK和CsuAK的功能以及开发以AK基因为靶标的、对高等动物安全的害虫防治新技术奠定基础。 相似文献
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由水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)引起的粗缩病是我国玉米生产中的一种毁灭性病害.本文报道从山东枣庄玉米上得到的RBSDV分离物SDZZ10所有可读框(ORF)的序列.与全基因组序列已知的2个RBS-DV分离物Hbm和Zjr比较,SDZZ10的大多数ORF与Hbm相应ORF的核苷酸序列一致率更高,其蛋白与Hbm相应蛋白的氨基酸一致率也更高,但SDZZ10的ORF3,ORF4,ORF9-2和ORF10与jr相应ORF的核苷酸一致率更高,P4,P9-1和P9-2与Zjr相应蛋白的氨基酸一致率更高.根据ORF8和ORF10构建的系统进化树中,SDZZ10分别属于不同的组,说明SDZZ10是一个自然发生的重排体. 相似文献
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为进一步从核酸水平上研究亚洲玉米螟Pgi基因相关特性,采用反转录PCR及RACE等技术对该基因编码序列及DNA全序列进行了测定,与Gen Bank中其它昆虫Pgi基因相关信息进行比较分析,并构建了系统发育树。结果表明:亚洲玉米螟Pgi基因编码区序列长为1 671 bp,共编码556个氨基酸;其DNA序列全长为10 078 bp(短序列为9 311 bp),由12个外显子与11个内含子镶嵌而成;各外显子长度与鳞翅目大部分昆虫相同,介于95~188 bp之间,内含子序列总长度为8 407 bp(短序列为7 640 bp),各内含子长度介于418~1 547 bp之间,且在内含子3、4、5、11上均发现杂合现象。系统发育结果显示,大部分昆虫Pgi基因c DNA严格按物种聚类,除了双翅目的家蝇Musca domestica与黑森瘿蚊Mayetiola destructor出现一定的交叉现象外,其余没有出现交叉现象。 相似文献
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利用MT选择性培养基从进境加拿大豌豆样品上分离到一株细菌分离物(编号1314),对该分离物进行PCR检测、16S和23S rRNA序列扩增、多位点序列分析、Biolog测定、烟草过敏性反应和致病性测试。豌豆细菌性疫病菌(Pseudomonas syringae pv. pisi, Ppi)特异引物AN7F/AN7R扩增分离物1314和Ppi菌株ATCC 11043得到预期272 bp的条带,二者的PCR产物序列一致,与GenBank中Ppi (X97405)的序列相似性为99.57%。分离物1314的部分16S rRNA、23S rRNA序列以及16S-23S序列均与Ppi菌株ATCC 11043一致。选择gap1、gltA、gyrB和ropD 4个看家基因进行多位点序列分析,系统发育树显示分离物1314与Ppi菌株聚在同一组内。Biolog鉴定结果表明:分离物1314为Ppi,PROB值为0.898,SIM为0.72。该分离物人工接种豌豆茎秆能引起水渍状症斑,接种烟草叶片产生过敏性反应。基于上述试验结果,将分离物1314鉴定为豌豆细菌性疫病菌。 相似文献