陆川猪PTTG1基因克隆及序列分析     

覃兆鲜  农素群  关志惠  梁旦  覃倩  蓝晞  潘天彪  谢炳坤 《中国畜牧兽医》2016,43(9):2223-2229

试验旨在克隆陆川猪PTTG1基因全长CDS序列并对其进行生物信息学分析。利用GenBank公布的猪PTTG1预测序列设计引物,用RT-PCR扩增得到目的基因片段,并用生物信息学软件分析和预测了陆川猪PTTG1基因的理化性质与二级结构。结果表明,陆川猪PTTG1基因全长CDS序列为609 bp,编码202个氨基酸;其核苷酸序列与牛、黑猩猩、人、猕猴、大鼠、小鼠、原鸡和斑马鱼相对应序列同源性分别为90.15%、87.85%、87.52%、87.03%、76.03%、74.38%、55.74%和44.48%;PTTG1基因编码的蛋白无信号肽,属于亲水性蛋白,主要存在于细胞质中,存在16个磷酸化位点。氨基酸系统进化树分析表明,不同物种PTTG1基因在进化过程中具有高度保守性。本研究成功克隆了陆川猪PTTG1基因,为今后研究PTTG1基因在猪早期胚胎发育过程中的作用奠定理论基础。  相似文献   

Cloning and Sequence Analysis of ACOX1 Gene in Luchuan Pig     

GUAN Zhi-hui  CHEN Bao-jian  PAN Tian-biao  QIN Zhao-xian  LIU Jia-qi  MA Qing-yan  NONG Su-qun  XIE Bing-kun 《中国畜牧兽医》2017,44(3):628-634

The objective of this study was to clone the acyl-coenzyme A oxidase 1 (ACOX1) gene of Luchuan pig and analyze its genetic structure with bioinformatics. A pair of special primer was designed according to predicted sequence of pig ACOX1 gene in GenBank. The ACOX1 gene was amplified by RT-PCR, the physicochemical property and secondary structure of ACOX1 gene were systemically analyzed by bioinformatics techniques. The results showed that ACOX1 gene fragment included an 1 986 bp whole length CDS (coding 661 bp amino acids). The sequence multi-aligned results showed that Luchuan pig shared 99.5%, 85.5%,87.1%,66.3%,75.6%,84.0%,82.3%,81.1% and 69.1% of similar nucleotide sequence with that of pig,human, zebrafish, chicken, rhesus monkeys, mice, rat and frog, respectively. The prediction of ACOX1 secondary structure showed that Luchuan pig ACOX1 had no signal peptide and transmembrane structure. This study suggested that the whole CDS sequence of ACOX1 gene was successfully cloned in Luchuan pig, and the cloning and analysis of ACOX1 gene provided an important foundation for further studying on the fatty deposition and lipornetabolism of ACOX1 gene in Luchuan pig.  相似文献   

陆川猪脂酰辅酶A氧化酶1基因克隆及序列分析     

关志惠  陈宝剑  潘天彪  覃兆鲜  刘嘉琪  马青艳  农素群  谢炳坤 《中国畜牧兽医》2017,44(3):628-634

本研究旨在对陆川猪脂酰辅酶A氧化酶1（acyl-coenzyme A oxidase 1,ACOX1）基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中猪ACOX1基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术对陆川猪ACOX1基因进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明,陆川猪ACOX1基因CDS全长1 986 bp,编码661个氨基酸,陆川猪ACOX1基因与猪、牛、人、斑马鱼、鸡、猕猴、大鼠、小鼠、爪蟾序列同源性分别为99.5%、85.5%、87.1%、66.3%、75.6%、84.0%、82.3%、81.1%和69.1%。系统进化树分析结果表明,ACOX1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性,蛋白质二级结构预测结果表明,陆川猪ACOX1蛋白没有信号肽,没有形成跨膜结构。本研究成功克隆了陆川猪ACOX1基因,为阐明其在陆川猪脂肪沉积及代谢方面的调控研究奠定了理论基础。  相似文献   

陆川猪Occludin基因克隆及生物信息学分析     

瞿秋红  谢红月  夏琴  潘鹏  蒋钦杨  黄艳娜 《中国畜牧兽医》2019,46(11):3144-3153

本试验旨在获得陆川猪Occludin基因的编码区（CDS）序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的猪Occludin基因序列（登录号：NM_001163647.2）设计1对特异性引物,采集健康陆川猪的回肠组织提取总RNA并反转录成cDNA,以cDNA作为模板进行RT-PCR扩增并获得目的基因片段,将其插入pMD18-T载体,筛选阳性克隆菌测序正确后并利用生物信息学软件对所获序列进行分析。结果表明,试验成功克隆获得陆川猪Occludin基因CDS,长度为1 569 bp,共编码522个氨基酸。序列比对结果显示,陆川猪Occludin基因与参考序列的同源性为99.7%,存在3个差异位点,其中第16 bp处C→T为错义突变,引起第6位的亮氨酸变成苯丙氨酸;第1 059 bp处A→G和第1 218 bp处C→T均为同义突变,该错义突变位点可能是陆川猪肠道屏障功能与其他猪种不同的原因。同源性比对结果显示,陆川猪Occludin基因与小鼠、牛、人、果蝇、猕猴和犬的同源性分别为83.8%、89.5%、88.1%、84.1%、88.3%和86.6%。系统进化树分析发现,陆川猪与牛的遗传距离最近,与犬的遗传距离最远。Occludin蛋白分子质量为59.13 ku,氨基酸组成中丝氨酸含量较高（9.2%）,在肽链N端为Met,Occludin蛋白在水溶液中280 nm消光系数为96 415,不稳定指数为62.85,属于不稳定蛋白。疏水性分析结果表明,Occludin蛋白是亲水性蛋白。陆川猪Occludin蛋白存在5个跨膜螺旋区,不存在信号肽,包含2个超家族结构域：MARVEL超家族结构域和Occludin-ELL超家族结构域。二级结构预测结果显示,陆川猪Occludin蛋白中α-螺旋、延伸链及无规则卷曲分别占41.00%、5.36%和53.64%,三级结构与二级结构相一致。本试验成功克隆了陆川猪Occludin基因CDS并进行了生物信息学分析,为深入探讨Occludin基因对地方猪种肠道屏障功能的影响提供参考。  相似文献   

陆川猪磷酸酪氨酸互作结构域1基因克隆及序列分析     

谢炳坤  覃兆鲜  吴永绍  农素群  蓝海恩  吕玲燕  潘天彪 《中国畜牧兽医》2015,42(2):258-263

试验旨在对陆川猪磷酸酪氨酸互作结构域1(phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。利用GenBank公布的猪序列设计引物,用RT-PCR扩增得到目的基因片段,并用生物信息学方法分析和预测了陆川猪PID1基因的理化性质与二级结构。结果显示,陆川猪PID1基因编码区全长654bp,编码217个氨基酸;陆川猪PID1基因与莱芜猪、牛、猕猴、人、小鼠、原鸡、大鼠、斑马鱼和非洲爪蟾相对应序列相似性分别为99.08%、87.61%、93.88%、93.58%、90.06%、83.79%、66.94%、66.52%和60.09%。系统进化树分析结果表明,PID1基因在不同物种及进化的过程中具有高度保守性。本研究成功克隆陆川猪PID1基因,为阐明其在陆川猪生长发育及脂肪沉积方面的调控研究奠定了理论基础。  相似文献   

Cloning and Sequence Analysis of PID1 Gene in Baixi Pig     

FENG Wen-wu  SUN Zhen-mei  LI Peng-cheng  DING Mei  XU Hou-qiang  ZHAO Jia-fu  CHEN Xiang 《中国畜牧兽医》2016,43(4):906-912

In order to study phosphotyrosine interaction domain containing (PID1) gene of Baixi pig, it was amplified and sequenced by Nest PCR and T clone technology.Then the functions and the genetic evolutionary relationships of the gene and its predicted protein were analyzed by bioinformatics software.The results showed that the whole CDS region of PID1 gene was 654 bp, which encoded 217 amino acids.The results of sequence alignments showed that Baixi pig shared 98.2% and 97.7% similarities of amino acid with which of Shandong Laiwu pig and Guangxi Luchuan pig.The phylogenetic tree indicated that Baixi pig kept away from these two pigs.The results of sequence alignments among species showed that Baixi pig shared 96.6%, 96.6%, 96.3%, 95.0%, 93.9%, 91.7%, 90.8%, 88.2%, 69.7% and 67.3% similarities of amino acid with which of Bos taurus, Bos grunniens, Macaca mulatta, Mus musculus, Ophiophagus hannah, Homo sapiens, Gallus gallus, Xenopus laevis, Rattus norvegicus and Danio rerio.Phylogenetic analysis indicated that PID1 gene was highly conserved in the process of evolution of different species.The protein structure analysis results showed that the mainly function region of PID1 gene was PTB structural domain, which was located in the C-terminal sequence of the PID1 protein.In this study, we successfully cloned PID1 gene of Baixi pig, which laid the foundation for further study in intramuscular fat deposition and development of resources.  相似文献   

白洗猪PID1基因克隆及序列分析     

冯文武  孙振梅  李鹏程  丁玫  许厚强  赵佳福  陈祥 《中国畜牧兽医》2016,43(4):906-912

本研究旨在对白洗猪磷酸酪氨酸互作结构域1 (phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。采用Nest PCR及T克隆技术对白洗猪PID1基因进行克隆测序,运用生物学分析软件分析其结构功能及其在种内及种间的遗传进化关系。结果表明,白洗猪PID1基因CDS区全长654 bp,编码217个氨基酸,白洗猪与山东莱芜猪、广西陆川猪PID1蛋白氨基酸同源性为98.2%与97.7%;进化树分析结果表明白洗猪与两个猪种间遗传关系相对较远,种间比对黄牛、牦牛、猕猴、小鼠、眼镜王蛇、人、原鸡、非洲爪蟾、大鼠和斑马鱼PID1蛋白氨基酸同源性依次为96.6%、96.6%、96.3%、95.0%、93.9%、91.7%、90.8%、88.2%、69.7%和67.3%;系统进化树分析表明PID1基因在多物种之间的进化高度保守,结构功能分析表明白洗猪PID1基因功能区主要是编码链氨基酸C端的PTB结构域。本研究成功克隆了白洗猪PID1基因,为探究其对白洗猪肌内脂肪沉积方面的影响及为白洗猪种资源开发利用奠定理论基础。  相似文献   

猪ASB2基因CDS区克隆、生物信息学分析及表达规律研究     

秦本源  杨帅  张燕伟  李文新  刘宏  吴怡琦  张雪莲  李文霞  杨阳  蔡春波  高鹏飞  郭晓红  李步高  曹果清 《中国畜牧兽医》2020,47(5):1289-1298

本研究旨在克隆猪锚蛋白重复序列和细胞信号抑制因子盒蛋白2（ankyrin repeat and suppressor of cytokine signalling box containing protein 2,ASB2）基因完整CDS区序列,通过生物信息学方法分析CDS序列和蛋白质基本特性,探讨其在晋汾白猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达规律。选取1日龄晋汾白猪为研究对象,依据GenBank中猪ASB2基因预测核苷酸序列设计引物,以背最长肌组织cDNA为模板,采用分段扩增法进行猪ASB2基因的克隆。利用生物信息学软件分析ASB2氨基酸序列及编码蛋白质的结构和功能,利用实时荧光定量PCR技术检测ASB2基因在猪不同组织及卫星细胞诱导成肌过程中的表达水平。结果显示,猪ASB2基因完整CDS区序列长1 824 bp,共编码607个氨基酸。猪ASB2基因核苷酸序列与山羊和牛的相似性最高。生物信息学分析发现,ASB2蛋白为亲水性蛋白,共有54个磷酸化位点,11个O-糖基化位点,1个N-糖基化位点,没有信号肽。保守结构域分析结果表明存在11个ANK基序和1个SOCS基序。猪ASB2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链分别占43.99%、40.36%、10.05%和5.60%。实时荧光定量PCR结果显示,ASB2基因在猪腰大肌组织中表达量最高,其次为背最长肌和心脏,且与其他组织中表达量具有极显著差异（P<0.01）;在诱导卫星细胞成肌过程中发现该基因表达量呈先升高后降低趋势,提示其可能参与调控肌肉生长过程。本研究结果可为进一步探讨猪ASB2基因功能及作用机制提供参考依据。  相似文献   

从江香猪IFN-β基因的序列分析及原核表达   总被引：1，自引：1，他引：0  

温贵兰  张升波  李昌红  徐丽  田浪  文明  王开功  程振涛  赵德刚 《中国畜牧兽医》2019,46(1):10-19

试验旨在探明从江香猪β-干扰素（interferon-beta，IFN-β）基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象，提取肝脏总RNA并反转录为cDNA，设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区，将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上，获得重组质粒pET28a-CJpoIFN-β，并利用生物学软件对江香猪IFN-β基因编码区进行序列分析；将鉴定正确的重组质粒pET28a-CJpoIFN-β转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞，经IPTG诱导表达、SDS-PAGE与Western blotting分析原核表达蛋白。结果表明，从江香猪IFN-β基因编码区长为561 bp，编码186个氨基酸；该蛋白为分泌性蛋白，前21个氨基酸为信号肽序列；二级结构主要以α-螺旋（77.42%）和无规则卷曲（17.74%）为主。从江香猪与其他猪源IFN-β基因核苷酸序列同源性为99.5%~100.0%，与禽的同源性最低（35.2%）；从江香猪与巴马猪、梅山猪IFN-β氨基酸同源性均为100.0%，但与贵州白香猪IFN-β同源性为99.5%，存在E43Q、K73R和C161R 3处氨基酸的差异。Western blotting结果显示，带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别，条带大小约为24 ku。本试验结果为进一步研究IFN-β基因生物学活性及加快从江香猪这一品种资源的有效利用提供参考依据。  相似文献   

猪NAP1L5基因克隆、序列鉴定及在不同妊娠时期胎盘中的差异表达分析     

顾婷  赵书红  李长春 《畜牧兽医学报》2012,43(2):175-179

旨在获得猪NAP1L5基因的序列特征、组织表达及生物学功能等相关信息.本试验通过RT-PCR克隆了猪NAP1L5基因,并运用生物信息学方法分析了不同物种序列进化关系,运用荧光定量PCR技术检测了NAP1L5在梅山猪不同妊娠时期胎盘中的表达.序列分析结果表明,猪NAP1 L5基因CDS全长579 bp,编码193个氨基酸.其核苷酸序列与牛的相似性为89％,其中氨基酸序列包含一段保守的核小体组装蛋白(Nucleosome assembly protein,NAP)特征序列.荧光定量结果表明NAP1L5基因随着妊娠时期的增长呈上升表达,在26和50 d之间表达量差异极显著(P＜0.01).以上结果支持了NAP1L5基因可能与猪胎儿营养获取及早期发育有关,为进一步研究猪NAP1 L5基因的功能奠定了基础.  相似文献   

陆川猪PDK4基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

潘鹏丞  温斌华  谢婉  姜长津  焦迪  陈宝剑  关志惠  谢炳坤 《中国畜牧兽医》2020,47(8):2337-2347

试验旨在了解陆川猪丙酮酸脱氢激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4）基因CDS区序列信息及其所编码蛋白的结构和功能,构建PDK4基因的真核表达载体,分析PDK4基因在陆川猪不同组织中的表达情况,以期为阐明PDK4基因在陆川猪生长发育过程中的分子机制奠定基础。采用RT-PCR技术扩增陆川猪皮下脂肪PDK4基因CDS区,利用生物信息学软件预测分析其结构与功能,并利用常规分子克隆技术将其插入真核表达载体中获得pEGFP-N1-PDK4,用脂质体法将重组质粒转染3T3-L1细胞并观察荧光,用实时荧光定量PCR检测PDK4基因mRNA在陆川猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、皮下脂肪中的表达情况。结果显示,陆川猪PDK4基因CDS区全长1 224 bp,编码407个氨基酸,与NCBI上公布的野猪PDK4基因CDS区同源性达99.8%。对陆川猪PDK4基因所编码的蛋白进行生物信息学分析发现,其分子质量约为46.144 ku,原子总数为6 509个,理论等电点（pI）为7.21,带正电荷和负电荷的氨基酸数均为42个。PDK4蛋白可能有2个N-糖基化位点、33个磷酸化位点。亚细胞定位结果发现,PDK4蛋白有34.8%存在于线粒体,30.4%存在于细胞质,26.1%存在于细胞核,质膜和液泡膜各占4.3%。细胞试验发现,对照组和试验组均发出荧光,相较于对照组,试验组中PDK4表达量极显著升高（P<0.01）,PDK4基因在皮下脂肪中表达丰度最高,随之为肝脏、肺脏、心脏、脾脏和肾脏,在背最长肌中表达量最低,而且在皮下脂肪中的表达量极显著高于背最长肌（P<0.01）。本试验成功扩增出PDK4基因CDS区并构建了真核表达载体,成功对其结构和功能进行预测分析,为研究陆川猪皮下脂肪沉积的遗传改良提供了参考依据。  相似文献   

猪SENP1基因克隆、生物信息学分析与表达研究     

戴政列  朱静静  陈振宇  周晓龙  汪涵  李向臣  赵阿勇  杨松柏 《中国畜牧兽医》2021,48(12):4382-4390

试验旨在对猪SUMO特异性蛋白酶1(sentrin-specific protease 1,SENP1)基因CDS区进行克隆和生物信息学分析,并探讨SENP1基因在乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染PK15细胞后的表达情况。根据GenBank中公布的猪SENP1基因预测序列(登录号:XM_013997974.2)设计特异性引物,通过RT-PCR和T/A克隆技术对猪SENP1基因CDS区序列进行克隆测序,并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR分析猪SENP1基因在JEV感染PK15细胞不同时间点(0、12、24、36、48 h)的表达情况。结果显示,猪SENP1基因CDS序列全长2 034 bp,共编码677个氨基酸。序列比对和系统进化树分析结果表明,猪SENP1蛋白序列和山羊、犬、人、牛的相似性分别为94.8%、94.2%、93.9%和93.8%,说明在这些物种中SENP1的保守性较强;猪与犬的SENP1分子亲缘关系较近。生物信息学分析结果显示,猪SENP1蛋白相对分子质量为76 825.76,等电点为8.53,体外半衰期为30 h,不稳定系数为53.59,总平均亲水指数为－0.622。SENP1蛋白不含信号肽序列,无跨膜结构域。二级结构分析结果显示,SENP1蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角分别占31.31%、46.68%、16.25%和5.76%。三级结构分析结果显示,猪SENP1蛋白中存在8个α-螺旋区和7个β-转角区。实时荧光定量PCR结果显示,猪SENP1基因在JEV感染的PK15细胞中呈现上调表达趋势,其中在感染后48 h SENP1基因表达量显著高于对照组(P<0.05)。本试验结果为后续深入研究SENP1基因功能提供了参考。  相似文献   

撒坝猪SPDEF基因克隆及其生物信息学分析     

袁荷梅  李明丽  马黎  兰国湘  崔艺佳  周晓霞  曾韦植  严达伟  鲁绍雄  董新星 《中国畜牧兽医》2019,46(5):1263-1272

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。  相似文献   

猪MBL2基因序列特征分析     

马越  彭帅  陈朗  王馨敏  刘丽霞 《猪业科学》2020,37(1):104-107

研究采用生物信息学方法分析了猪MBL2基因,进一步获得猪MBL2基因序列特征及编码蛋白的结构和功能,并且对CDS区里的编码蛋白的理化性质进行了预测。除此之外还对这些编码蛋白是亲水还是疏水、它们的糖基化位点、信号肽、二级结构以及三级结构进行了预测。实验结果表明,猪的MBL2基因的大小是723 bp,编码的氨基酸共有240个,蛋白质的相对分子质量为25 522.83 KDa,理论等电点PI为4.97。MBL2基因的二级结构是无规则的卷曲型,蛋白结构预测结果是一种可溶性蛋白,具有4个外显子;在第20-21位氨基酸之间存在信号肽,表现为亲水性。研究结果为进一步研究猪MBL2基因的功能提供了理论基础。  相似文献   

猪精子发生候选基因PYGO2的分离、表达和亚细胞定位研究     

赵筱  张霞  范俐  杨忠  霍金龙  曾日彬  刘丽仙  霍海龙 《畜牧兽医学报》2021,52(9):2491-2499

旨在分离猪PYGO2编码区序列，获悉该基因mRNA组织表达模式、蛋白质结构特征、细胞中的分布和定位，并构建蛋白相互作用网络。本研究首先利用RT-PCR从成年版纳微型猪近交系（BMI）睾丸组织中克隆PYGO2编码区序列；利用生物信息学解析其基因结构并对蛋白质进行多种功能分析，比较多个哺乳动物PYGO2的氨基酸序列同源性，构建系统进化树和蛋白质相互作用网络；然后利用qPCR技术检测PYGO2在15个组织中的mRNA表达情况；最后通过构建pEGFP-C1-PYGO2融合表达载体，转染猪睾丸细胞（ST），确定PYGO2的亚细胞定位。结果表明，PYGO2基因CDS长1 221 bp，编码406个氨基酸（基因和氨基酸号分别为KY644518和AVB77243.1），定位在猪4号染色体；PYGO2蛋白二级结构以无规则卷曲为主，N端和C端均疏水；氨基酸序列同源比对分析表明，猪PYGO2与其他哺乳动物的相似度均大于97%，在进化上高度保守；蛋白互作网络分析显示，猪PYGO2与9个蛋白可能存在相互作用，其中与BCL9蛋白作用最为紧密；qPCR表达分析表明，猪PYGO2在被检的15个组织中均有不同程度表达，在生殖腺中表达相对较高；ST细胞中的亚细胞定位结果表明，PYGO2 mRNA主要分布在细胞核。本研究获得了PYGO2基因的编码序列，蛋白质结构和定位，蛋白质相互作用网络，mRNA多组织表达特征，可为进一步解析该基因在猪精子生成中的分子机制提供参考。  相似文献   

广西陆川猪肺炎支原体P46基因克隆及序列分析     

李莹莹  赵武  李斌 《中国畜牧兽医》2014,41(2):1-5

In order to understand the sequence characteristics, basic structure and genetic variation of P46 gene which was the main immunogenic surface membrane protein gene of local prevalent Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp) strains in Guangxi Luchuan pig.The Mhp P46 gene in positive diseased swine samples which were collected from the purebred Luchuan pig farms in Guangxi from 2011 to 2013 was amplified using PCR,and then cloned into pMD18-T vector and transformed into E.coli DH5α.We chose the positive clones and sequenced.We amplified P46 genes of four positive strains (GXLC1,GXLC2,GXLC3 and GXLC4).Use the DNAStar software to analyse the cloned sequence.The results showed that P46 gene sequence was 1104 bp coding 368 amino acids.The sequence included three Trps coded by TGA codons which weren’t termination codons and one Arg coded by CGG codons which weren’t nonsense code.The homologies of nucleotide sequences of 4 strains were 98.4% to 99.4%,and the homologies of deduced amino acid sequences were 98.6% to 99.5% with these sequences of standard J strain,232 strain,7448 strain and 168 strain.The P46 genes of these strains had highly conservation because of the high-level homologies.  相似文献   

猪MORC2基因克隆、生物信息学分析及组织表达定位     

齐南南  钱永航  罗刚  司徒旭祺  刘吉英 《中国畜牧兽医》2022,49(7):2431-2441

【目的】克隆猪的Microrchidia家族CW锌指蛋白2（Microrchidia family CW-type zinc finger 2,MORC2）基因,利用生物信息学手段分析其序列特征,并检测MORC2基因在猪不同组织中的表达情况和卵巢中的定位。【方法】以猪卵巢cDNA为模板扩增和克隆MORC2基因完整CDS区,并进行相似性比对及系统发育树构建;利用生物信息学软件对猪MORC2蛋白序列进行预测;使用实时荧光定量PCR检测MORC2基因在猪不同组织中的表达情况;利用免疫组化方法检测猪MORC2蛋白在猪卵巢中的定位情况。【结果】猪MORC2基因CDS区序列全长3 102 bp,编码1 033个氨基酸。猪MORC2蛋白氨基酸序列与人、黑猩猩、恒河猴、小鼠、牛、绵羊、鸡和斑马鱼的相似性分别为94.8%、94.6%、94.9%、91.9%、93.8%、93.9%、80.8%和64.3%。系统进化树表明,猪与灵长类亲缘关系最近,与反刍动物和啮齿类次之,与斑马鱼（鱼类）亲缘关系最远。猪MORC2蛋白分子质量为117.44 ku,理论等电点为8.16,半衰期为30 h,属于不稳定蛋白。MORC2蛋白的平均疏水性为―0.736,为亲水性蛋白,不含跨膜结构和信号肽。猪MORC2蛋白有174个磷酸化位点、81个糖基化位点;亚细胞定位属于核蛋白,细胞质次之,线粒体中有少量表达;含有经典的MORC蛋白家族结构：GHKL-ATPase、zf-CW和CC结构域。组织表达谱结果显示,MORC2基因在猪各组织中广泛表达,其中在肝脏中表达量最多,显著高于其他组织（P＜0.05）,在心脏、肺脏和肌肉中表达量较少,显著低于其他组织（P＜0.05）。免疫组化结果显示,MORC2蛋白在健康猪卵泡颗粒细胞和膜细胞中均有表达且表达量较高,在闭锁的卵泡颗粒细胞和膜细胞中表达量较少。【结论】试验成功获得猪MORC2基因完整CDS区序列,该基因在猪各组织中广泛表达,MORC2蛋白主要在健康猪的卵泡颗粒细胞和膜细胞中表达。研究结果为进一步研究MORC2蛋白调控猪卵巢发育和卵泡闭锁的分子机制提供理论依据。  相似文献   

芦花鸡IFITM3基因克隆及生物信息学分析     

姜莉莉  许腾  周宛蓉  樊兆斌 《中国畜牧兽医》2018,45(2):330-337

本研究旨在对芦花鸡的干扰素诱导的跨膜蛋白-3（interferon-induced transmembrane protein 3，IFITM3）基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中鸡IFITM3基因序列（登录号：NM_001350061.1）设计特异性引物，利用RT-PCR技术对芦花鸡IFITM3基因进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明，芦花鸡IFITM3基因片段大小为414 bp，与GenBank中发表的鸡IFITM3基因序列（登录号：NM_001350061.1）同源性为99.9%；编码137个氨基酸。IFITM3基因理论分子质量为14.95 ku，理论等电点（pI）为6.89，不稳定系数为33.98，脂肪系数为103.14，平均疏水指数为0.300，存在3个明显的疏水区，无信号肽，存在2个跨膜区，分别位于第46-68、101-123位氨基酸处；二级结构预测显示，IFITN3蛋白主要以无规则卷曲为主，存在多个α-螺旋和β-折叠区域。本研究成功克隆了芦花鸡IFITM3基因，为进一步研究IFITM3蛋白功能及阐明其抗病毒分子机制奠定了理论基础。  相似文献   

陆川猪黑皮质激素受体4基因克隆及序列分析     

谢婉  刘明君  何剑雄  申玉建  陈宝剑  关志惠  张名媛  郭亚芬  兰干球  蒋钦杨  杨秀荣  梁晶  谢炳坤 《中国畜牧兽医》2018,45(2):320-329

试验旨在对陆川猪黑皮质激素受体4（melanocortin-4 receptor,MC4R）基因进行克隆及相关信息学分析。通过提取陆川猪背最长肌总RNA,采用RT-PCR、克隆等方法获得含目的基因MC4R的质粒pMD18-T-MC4R,经菌落PCR和测序鉴定正确后,应用相关生物信息学软件对陆川猪MC4R基因的理化性质、蛋白质的结构、修饰结构和亚细胞定位等进行预测分析。结果表明,MC4R基因CDS区长999 bp,编码332个氨基酸,与NCBI上公布的野猪MC4R基因序列中的CDS区存在4个碱基差异,其中175和906 bp处为同义突变,110和278 bp处为错义突变,分别引起第37位谷氨酸变为甘氨酸和第93位缬氨酸变为丙氨酸。同源性比对结果发现,MC4R基因在不同物种及进化的过程中具有较高的保守性。陆川猪MC4R蛋白有明显的疏水区域,不存在信号肽,但有7个跨膜结构域,其编码蛋白的二级结构元件有α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲。修饰结构预测表明,MC4R蛋白存在多处N糖基化位点,但无O糖基化位点,可能主要分布于内质网和囊泡。本研究成功克隆了陆川猪MC4R基因,为更好地开发利用地方品种陆川猪及其繁育奠定理论基础。  相似文献   

水牛TRAIL基因克隆及生物信息学分析     

徐媛媛  莫霞  黄晨茜  冯超  陆杏蓉  马小娅  杨春艳  郑海英  尚江华 《中国畜牧兽医》2022,49(10):3693-3703

【目的】对水牛肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)相关凋亡诱导配体(TNF-related apotosis-inducing ligand,TRAIL)基因CDS序列进行克隆及序列分析,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析,为后期TRAIL蛋白调控水牛卵巢卵泡发育、颗粒细胞增殖及凋亡的研究奠定基础。【方法】利用RT-PCR方法克隆水牛TRAIL基因CDS序列,对所获序列进行核苷酸序列、氨基酸序列相似性比对,构建系统进化树,并通过生物信息学软件分析TRAIL基因编码蛋白的结构和功能。【结果】试验成功克隆水牛TRAIL基因CDS序列,长864 bp,编码287个氨基酸;水牛TRAIL基因与牦牛、普通牛、山羊、绵羊、野猪、马、人、黑猩猩和家鼠的核苷酸序列相似性分别为99.2%、99.3%、95.9%、96.3%、84.7%、84.8%、81.3%、81.3%和70.0%。系统进化树结果表明,水牛与牦牛、普通牛的亲缘关系最近,与家鼠亲缘关系最远。氨基酸序列比对结果表明,在不同物种间,其跨膜结构域和TNF结构域序列保守性较高。TRAIL蛋白属于亲水性蛋白,存在1个跨膜结构域,140―285位氨基酸处为TNF区,具有29个磷酸化位点,无信号肽和糖基化位点,主要定位于细胞质中。TRAIL蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主,约占51.57%,其次为延伸链(24.39%)和α-螺旋(24.04%)。TRAIL蛋白三级结构与二级结构一致,且与模型蛋白人TRAIL蛋白的相似性为75.53%。【结论】本试验克隆得到水牛TRAIL基因CDS区序列,大小为864 bp,编码287个氨基酸,水牛与牦牛、普通牛亲缘关系最近,TRAIL蛋白跨膜结构域和TNF结构域在不同物种间序列保守性较高,这可能与其功能有关。  相似文献