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1.
为了开发樱属植物的基因组SSR(简单重复序列)分子标记,本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花(Cerasus cerasoides)基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列,并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、多态性高的引物,采用荧光标记毛细管电泳法在45种樱属植物中进行检测和遗传多样性分析。结果表明,喜马拉雅樱花基因组共存在113 571个SSR位点(≥5个重复),其中包含53.31%单核苷酸基序,36.64%二核苷酸基序,其余基序类型占比10%。在此基础上共筛选出21个SSR标记,并将其用于观赏樱属植物的遗传多态性评估,结果共检测到215个等位基因,平均每个位点10.24个等位基因,平均杂合度为0.38。采用SSR标记构建的进化树较好地反映了45种供试樱属植物之间的亲缘关系。本研究开发了全新的樱花基因组SSR分子标记,可用于樱属植物的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。 相似文献
2.
《分子植物育种》2021,(9)
基于星油藤(Plukenetia volubilis L.)转录组信息,分析其表达序列标签-简单序列重复(expressed sequence tag-simple sequence repeat, EST-SSR)并设计引物进行验证,为星油藤的SSR分子标记开发提供数据支持。本研究利用MISA软件对星油藤雌雄花序芽转录组测序所获得的57 664条Unigenes进行分析,共检测出10 572个SSR位点;其中8 825条Unigenes分布有SSR位点,占总Unigenes的15.30%。SSR位点的平均分布频率为每5.34 kb出现1个SSR位点。各类型的SSR位点共有154种,其中单核苷酸重复(40.48%)、二核苷酸重复(25.82%)和三核苷酸重复(28.89%)为主要的重复类型,A/T、AG/TC和AAG/CTT分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸类型中主导的重复基序。利用Primer 3.0设计EST-SSR引物,并随机挑选75对SSR引物,以星油藤及其2个近缘种(亚洲星油藤和大果星油藤)为材料进行筛选验证,其中31对引物可进行有效扩增,并最终获得7对在3个物种间具有多态性的引物。本研究结果表明,星油藤转录组测序产生的Unigenes序列信息作为开发SSR分子标记是可行的,开发的这些SSR分子标记可用于星油藤及其近缘种的遗传多样性评价、种质资源鉴定和分子标记辅助育种等研究。 相似文献
3.
利用SSR标记研究铁皮石斛的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
《分子植物育种》2015,(7)
本研究利用SSR分子标记技术,对36份来自云南、浙江、广东、广西等地的铁皮石斛进行遗传多样性分析。结果表明:共获得249个SSR标记位点,其中有242个标记位点具有多态性,多态位点百分率为97.19%。遗传多样性分析表明中国铁皮石斛品种具有较高的遗传多样性,其有效等位基因数为1.604,平均期望杂合度为(He)0.344,平均Shannon多样性指数为0.508,其中光明石斛2号与瑞丽石斛1号之间的遗传相似系数最大,也只有0.835 3,在遗传相似系数为0.662时,36份铁皮石斛分别被分成了三个类群。本研究利用大量居群来研究铁皮石斛的遗传多样性,进一步探求其亲缘关系,可为种质资源的保护与新品种的选育提供基础。 相似文献
4.
香蕉根系转录组SSR位点信息分析 总被引：1，自引：0，他引：1
分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索。从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元。香蕉根系转录组中,二、三核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%。SSR重复次数以5~9次为主,基序长度主要分布于12~20 bp,平均长度为18.80 bp。香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能。 相似文献
5.
《分子植物育种》2017,(6)
利用中间锦鸡儿干旱转录组数据自主开发、筛选具有多态性的SSR标记;在此基础上,选取了内蒙古地区10个居群的中间锦鸡儿种质资源为试验材料,对其遗传多样性展开了系统研究。研究如下:中间锦鸡儿干旱转录组共搜索到404个SSR标记,分布于349条Unigenes序列上,出现频率为14.78%。其中二核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的64.90%;其次是三核苷酸重复,占总SSRs的33.70%;二核苷酸重复基元中以AG/CT和GA/TC为优势重复基元,占总SSRs的29.45%,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占总SSRs的5.69%。成功设计了76对引物并筛选出条带清晰、多态性好、重复性好的7对引物进行遗传多样性分析。共检测到29个等位基因(Na),有效等位基因数为1.101~2.007,Nei’s多样性指数为0.254;Shannon多样性指数(I)为0.193~0.709,平均每位点I值为0.482;种群间遗传距离(GD)的范围是0.002 7~0.068 8,遗传一致度(GI)的范围是0.933 5~0.997 3,采用Nei's遗传关系用UPGMA进行聚类,10个居群分为2个亚群,包头市百灵庙镇和乌兰察布市凉城县聚为一个亚群,其余种群聚为另一个亚群。中间锦鸡儿种群间平均近交系数(Fis)大于0且基因流为3.726,遗传距离与地理距离相关系数R~2=0.023。分析表明供试材料的遗传多样性较低,可能是中间锦鸡儿居群受到自然和人为干预较多,遗传交流大所导致的。 相似文献
6.
为推动野鸦椿(Euscaphis japonica)遗传多样性研究,以福建乡土树种野鸦椿的转录组序列为基础,对野鸦椿SSR位点进行挖掘。结果表明：通过MISA软件从野鸦椿169 224条Unigenes序列检测出47725个SSR位点,分布于38 802条Unigene中,出现频率为28.20%,平均分布距离为2.46 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的70.27%、18.98%和8.81%。47 725个SSR位点由100种重复基序构成,A/T、AT/AT、AAT/ATT分别是单核苷酸及二、三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的70.17%、8.46%和3.12%。基因GO功能分类表明,含有SSR位点的野鸦椿转录组基因被富集到3个Ontology类别的56个GO Term中,生物学过程涉及的GO Term最多,有25个。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物26 554对,成功率为55.64%。野鸦椿转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为野鸦椿遗传多样性研究、品种鉴定、分子辅助育种... 相似文献
7.
为开发高效实用的EST-SSR标记,对辣椒(Capsicum annuum L.)花药样品的转录组进行测序,去冗余后得到44 832条转录本序列。对所有转录本进行SSR分析,共检测出7 189个SSR位点,分布于5 721条转录本上。SSR位点出现频率为16.04%,平均每7.90 kb检出1个SSR位点。分析SSR位点特征发现,97.80%的SSR重复序列长度在10～30 bp之间,单核苷酸和三核苷酸为主要重复基元类型,各占SSR总数的45.31%和35.99%;全部SSR位点共有159种重复基元,除单核苷酸重复外,AG/CT、AAG/CTT为优势重复基元,分别占SSR总数的9.72%和8.43%。随机选择29对EST-SSR引物在8个供试辣椒自交系中进行扩增发现,引物有效性为93.10%,多态率为17.24%。本研究中开发的EST-SSR标记可为辣椒的种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等提供支持。 相似文献
8.
目前黑枣已有的分子标记比较匮乏,本研究基于转录组测序技术对黑枣品种进行SSR引物开发,为黑枣种质资源评价及分子标记辅助育种提供有力的技术支持。本研究对‘冀洪1号’黑枣转录组序列进行了分析筛选和开发,并利用开发出的引物进行了验证分析。结果表明:共得到52 537个Unigene序列,SSR位点总数22 327个,包含SSR的Unigene序列数为15 286条。黑枣SSR位点的重复单元中,二核苷酸重复类型的SSR最多(52.26%),其次为单核苷酸(25.84%)及三核苷酸(19.25%)。随机挑选90对EST-SSR引物进行验证,有效扩增率为77.78%(70对),多态性引物比例为18.57%(13对),对13个多态性位点进一步分析可得,共扩增了35个等位基因,PIC值介于0.233~0.677之间,平均为0.430。本研究开发出的EST-SSR分子标记,为后期进行黑枣良种的鉴别及分子育种提供了分子技术手段。 相似文献
9.
《分子植物育种》2021,19(18):6080-6087
通过对枇杷花转录组数据的分析,开发新的枇杷分子标记,为研究枇杷的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。本研究采用MIcroSAtellite (MISA)和Blast2GO对无冗余Unigene进行SSR搜索、筛选、识别及富集分析,并采用Primer 3进行SSR引物设计。搜索发现44 622个SSR位点分布于28 617个Unigene中,SSR位点出现的频率为47.51%,平均分布距离为4.87 kb。单核苷酸和二核苷酸重复是枇杷花转录组中SSR的主要重复类型,分别占总SSR的52.09%和32.83%;优势重复基元为A/T和AG/CT,分别占单核苷酸的50.94%和二核苷酸的26.70%,65.79%的基序长度集中在12～20 bp。基因GO功能分类表明,含有SSR位点的28 617个枇杷花转录组基因被富集到3个Ontology类别的51个GO Term中,Biological process涉及的GO Term最多,有21个。成功设计34 301对SSR序列引物,成功率为76.87%。通过分析表明,枇杷花转录组SSR位点出现频率高、分布密度大,具有良好的多态性潜能,能提供丰富的重复类型,可为研究枇杷的数量性状基因座定位、分子标记辅助育种、基因组进化、遗传多样性研究等提供科学依据。 相似文献
10.
利用新型分子标记EST-SSR鉴定湖北省内的主栽黑杨品种 总被引：4，自引：0，他引：4
EST-SSR标记是基于表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,并结合SSR标记特点开发出的一种新型分子标记.本文利用12对EST.SSR标记对湖北省内目前主要栽培的8个黑杨品种进行分子鉴定,同时对不同EST.SSR位点进行相关遗传参数分析.品种鉴定结果表明,仅需4对EST-SSR引物即可将8个亲缘关系较近的黑杨品种完全区别开来.遗传多样性分析显示,多态位点百分比为58.3%,平均有效等位基因数为2.09个,平均Shannon信息指数0.61,平均杂合度为0.35.这些结果表明,杨树EST-SSR标记完全可以应用于品种鉴定及群体遗传多样性分析. 相似文献
11.
高粱SSR和EST-SSR标记在割手密中的通用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
目前, 割手密中开发的分子标记有限, 为增加其分子标记数量, 本研究对高粱分子标记在割手密中的通用性进行分析。选用高粱的 29对基因组 SSR标记和 20对 EST-SSR标记在割手密种质 GSM39中进行筛选, 以评价其通用性。进一步利用 14份割手密材料评价标记的多态性和遗传多样性。结果显示： 70%的 EST-SSR引物在割手密中得到成功扩增, 可用的 EST-SSR引物中多态性比率占 50%。SSR引物在割手密中的通用性比率只有 34.5%, 但多态性比率为 70%。14对多态性引物在 14份割手密中共检测到33个等位基因, 平均观测等位基因数为2.4286, 平均有效等位基因数为1.7, 平均观测表观杂合度为0.544, 平均期望杂合度为 0.3858, Nei’ s基因多样性指数平均值为 0.3716。结果表明, EST-SSR引物的通用性高于 SSR引物, 但 SSR引物的多态性更高。这对割手密遗传多样性研究和比较基因组学研究具有重要意义。 相似文献
12.
马尾松实生种子园遗传多样性分析 总被引：8，自引：2，他引：6
以福建白砂林场马尾松实生种子园家系及其自由授粉子代为研究对象,从215对微卫星（SSR）引物中筛选出12对多态性比较理想者作为分子标记对种子园进行遗传多样性分析,研究结果主要如下：（1）子代群体等位基因数（A）平均为5.9167个,有效等位基因数（Ne）平均为2.3788个,Shannon多样性指数（I）为1.0348,平均期望杂合度（He）0.5745,Nei多样度为0.5740。各项指标均表明马尾松实生种子园子代群体具有较高的遗传多样性。群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.504。（2）将冠层分上、中、下三层进行遗传多样性研究,发现其在冠层上无明显差异。（3）将所得的亲代群体指数与子代群体指数相比,发现子代群体遗传多样性未减弱。（4）两年度的多样性调查结果发现遗传多样性始终保持较高的水平。 相似文献
13.
Muigai Paul Kimani Erick Kimutai Cheruiyot James Otieno Owuoche Francis Nyamu Wachira Esther Kimani 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2014,17(2):97-102
The genetic diversity of 65 accessions of sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] collected from various farmers and germplasm lines from ICRISAT-Kenya were analyzed. Simple sequence repeats (SSR) markers were used in order to determine the extent and distribution of its genetic diversity. Twenty-nine (29) SSRs markers were polymorphic and a total of 192 alleles were detected which showed diversity. The number of alleles per primer ranged from 2 to 17, with an average of 6.62. The range of polymorphism information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.86, with total average of 0.82. According to the results analyzed, estimates of the mean allelic pattern across the two populations was generated; expected heterozygosity (He; 0.45, 0.54), average observed alleles (Na; 3.40, 6.20), number of private allele (0.23, 3.03), and Shannon information index (I; 0.85, 1.13) for farmer and ICRISAT-Kenya germplasm, respectively. The expected heterozygosity (He) varied from 0 to 0.26 with an average of 0.05. The Neighbor-joining phenogram based on Nei’s genetic distance grouped the 65 accessions into three main groups. The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 99% of the total genetic variation was within accessions in a population whereas the genetic variation among populations in accessions accounted for 1% of the total genetic variation. Genetic diversity in ICRISAT sorghum material compared to the farmer’s collection suggested little infiltration of improved germplasm to the farmers. 相似文献
14.
旨在为龙眼资源的分子鉴定和变异分析提供技术支持。以85份龙眼种资资源为试材,利用荧光标记的毛细管电泳技术对龙眼资源进行SSR检测、群体多样性和指纹图谱分析。7对SSR引物检测到29个等位基因,每对引物的等位基因数在3～7之间,平均为4.14个。有效等位基因数(Ne)范围在1.52～3.133之间,平均2.175,有效等位基因所占比例为52.49%。群体平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.877;观测杂合度(Ho)的变化范围为0.341～0.782,平均值为0.51,期望杂合度(He)的变化范围为0.342～0.681,平均值为0.514,He的平均值大于0.5。85份龙眼资源遗传距离范围为0.00～0.635,平均为0.299。85份龙眼资源指纹图谱的构建,为生产上同名异物或同物异名的乱象鉴定提供了有效手段。 相似文献
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基于SSR标记的80份烟草种质指纹图谱的构建及遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用均匀分布于烟草24个连锁群上的48个SSR标记对80份烟草材料进行分析。结果显示,48个SSR标记共扩增出211个等位基因,平均每个标记4.396个,Shannon′s信息指数I为1.034,多态信息含量值为0.229~0.905,观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）和Nei′s多样性指数（H）平均值分别为0.320、0.572、0.431。聚类结果表明,在遗传距离为0.68时可以将80份烟草种质分为2个类群。5个烟草居群间的遗传一致度在0.643~0.765范围内,遗传距离分布在0.268~0.442。筛选4对核心引物构建了不同烟草种质资源的数字指纹图谱, 可将这80份烟草种质资源全部区分开。本研究在分子水平上为筛选优质烟草种质资源、挖掘重要基因以及拓宽烟草育种遗传基础等工作提供科学依据。 相似文献
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Belayneh Ayalew Desalegne Kifle Dagne Gedil Melaku Boukar Ousmane Christian A. Fatokun 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2017,20(2):107-128
The extent of genetic diversity and relatedness of cowpea germplasm from East Africa are poorly understood. A set of 13 microsatellites (SSR) and 151 single nucleotide polymorphisms (SNPs) markers were applied to assess the levels of genetic diversity in a sample of 95 accessions of local cowpea germplasm and inbred lines of Vigna unguiculata. The average genetic diversity (D), as quantified by the expected heterozygosity, was higher for SSR loci (0.52) than for SNPs (0.34). The polymorphic information content was 0.48 for SSR and 0.28 for SNP while the fixation index was 0.095 for SSR and 0.15 for SNPs showing moderate differentiation and high gene flow among cowpea accessions from East African countries. The results of data analysis of both SSR and SNP markers showed similar clustering patterns suggesting a substantial degree of association between origin and genotype. Principal coordinate analysis (PCoA) with SSR and SNP markers showed that accessions were grouped into two and three broad groups across the first two axes, respectively. Our study found that SNP markers were more effective than SSR in determining the genetic relationship among East African local cowpea accessions and IITA inbred lines. Based on this analysis, five local cowpea accessions Tvu-13490, Tvu-6378, Tvu-13448, Tvu-16073, and 2305675 were identified to be tightly clustered sharing several common alleles with the drought tolerant variety Danila when analyzed with SSR and SNP markers. The findings will assist and contribute to future genetic diversity studies aimed at the genetic improvement of local Eastern Africa cowpea accessions for improved overall agronomic performance in general and breeding for drought tolerant in particular. 相似文献
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陕西省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究陕西地区野生大豆的遗传多样性特点,利用SSR分子标记分析了陕西省6个野生大豆(Glycine soja)天然种群和1个栽培大豆(Glycine max)种群的遗传结构与遗传多样性。结果显示：13个位点共检测出113个等位基因,平均每个位点的等位基因数(A)为8.69个,等位基因数目范围为4~13个,有效等位基因数(Ne)范围为2.135(Satt590)~9.385 (Satt487),平均有效等因基因数为5.623;观察杂合度(Ho)变化范围为0.033~0.121,平均为0.080;预期杂合度(He)的变化范围为0.312~0.658,平均为0.482;种群平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.657;野生大豆种群基因多样度比率(FST)为0.465。该研究显示,陕西省野生大豆具有较高水平的遗传多样性,野生大豆的遗传多样性普遍高于栽培大豆;随着海拔的不断升高,野生大豆遗传多样性变低;陕西中部、南部的野生大豆种质资源丰富、种群具有较高的遗传多样性,推测该区域为陕西省野生大豆的遗传多样性中心。 相似文献
20.
Gi-An Lee Jae Young Song Jung Suk Sung Yu-Mi Choi Jung-Ro Lee Sok-Young Lee Chang-Yung Kim Yeon-Gyu Kim Myung-Chul Lee 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2012,15(4):281-287
Balloon flower (Platycodon grandiflorum A. DC) is widely distributed in South Korea and there are some local landraces that are cultivated as a vegetable crop or medicinal plant. Making use of the gene resources of wild-type and landraces is a way to increase the genetic diversity of the cultivars. However, few tools or information are available on an efficient identification system for maintaining and management of these landraces. To improve the genetic resources for balloon flower, 22 simple sequence repeat (SSR) markers, also known as microsatellite markers, were evaluated in a collection of 42 balloon flower landraces, 34 of which were from Korea and eight from China. All microsatellite markers produced the 107 alleles ranging from 2 to 10 with a mean of 4.864 alleles per each locus (NA). The values of observed heterozygosity (HO) and expected heterozygosity (HE) ranged from 0.00 to 0.667 (mean of 0.285) and from 0.024 to 0.741 (mean of 0.416), respectively. An average value of polymorphic information contents (PIC) were 0.382 with a range of 0.023 to 0.703. Results of population structure and phylogenetic and principal coordinate analysis (PCoA) indicated that P. grandiflorum germplasm formed two largely distinct clusters according to their origins and the genetic differentiation. There was a high level of genotypic diversity at broad geographic regions between Korea and China, but the low genetic differentiation was found within the collections from Korea. The results of the genetic diversity will be useful for the selection of the parents for developing balloon flower breeding and the multi-locus SSR markers developed herein will be a valuable resource for germplasm assessments, evaluation of genetic diversity, and population genetic studies of balloon flower. 相似文献