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为探究牛磺酸对红鳍东方鲀的热应激调控的影响,以初始体重为（32.28±0.20）g的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）作为研究对象,实验随机分为3组,每组设置3个重复,通过在低鱼粉饲料中分别添加3个水平的牛磺酸[0%（T1,对照）、1.0%（T2）和5.0%（T3）],配制3组实验饲料。养殖56 d后,水温（28±0.3）℃,急性热应激30 min,取肝脏。使用RNA-Seq测序技术对3组红鳍东方鲀肝脏转录组进行分析,并分别对3个转录组测序文库进行两两比较,设置显著差异基因筛选条件为P<0.05,共获得167个差异表达基因,其中上调基因111个,下调基因56个。GO功能分析发现,在T3vsT1组中,差异表达基因（DEGs）显著富集在蛋白质分解过程、丝氨酸型内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性、丝氨酸水解酶活性、内肽酶活性、L-氨基酸肽的肽酶活性和肽酶活性。KEGG富集分析发现,T2vsT1组中,这些DEGs主要参与细胞黏附分子、神经活性配体-受体相互作用通路;而T3vsT1组中,这些DEGs主要参与神经活性配体受体相互作用和代谢途径。选取3个显著差异表达基因进行实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验证,结果证明,转录组测序分析可靠;饲料中添加牛磺酸后,在急性热胁迫条件下,红鳍东方鲀可通过细胞黏附分子和神经活性配体-受体相互作用通路调控机体对温度的响应;随着牛磺酸添加量的升高,红鳍东方鲀主要通过代谢调节、神经活性配体-受体相互作用通路调控机体对温度的响应。本研究旨为研究牛磺酸对红鳍东方鲀的热应激调控的影响和牛磺酸抗应激功能提供参考数据。 相似文献
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为了解慢性密度胁迫下绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)肌肉组织的分子响应机制,挖掘密度胁迫下的相关信号通路和差异表达基因,设置2个养殖密度组(即100尾/m3的中密度组和500尾/m3的高密度组)对绿鳍马面鲀肌肉转录组进行了研究。分别于第25天和第50天时获得养殖绿鳍马面鲀的肌肉组织,利用Illumina测序平台对肌肉组织样本进行了转录组测序,得到103.3 Gb高质量测序数据。对照开始时暂养的绿鳍马面鲀,各试验组均筛选出大量的差异表达基因。通过GO(Gene Ontology)功能注释与KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析,筛选出涉及破骨细胞分化、MAPK、PI3K-Akt等路径以及黏着斑相关的信号传导机制,发现nfatc1、tgfbr2、map3k14、pparg、fos、flna、flnc、fn1、tln1、thbs1等关键基因在绿鳍马面鲀肌肉组织中的差异性表达。研究表明,这些差异表达基因可能在调节绿鳍马面鲀的细胞生长和分化、免疫能力等方... 相似文献
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性别异形在动物界广泛存在,长期以来一直是生物学中的热门话题。黄喉拟水龟性别分化属温度依赖型,其温度响应分子机制仍不清楚。为了进一步解析龟鳖动物性别分化的分子机制,本研究初步比较分析了黄喉拟水龟转录本中性别差异表达(different expressed, DE)的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)及其调控的靶基因。首先,运用Illumina深度测序平台,通过转录组测序(RNA-Seqs)对黄喉拟水龟的精巢和卵巢进行了比较转录组学分析并筛选鉴定出雌雄差异转录本,共筛选获得8 237个DE mRNA和9 573个DE lncRNA。通过GO功能注释及 KEGG通路富集分析发现,上述差异转录本主要参与龟鳖动物性别分化和性腺发育等相关信号通路。此外,通过顺式和反式作用分析,筛选获得了一系列与生殖发育相关的(性腺发育和性别分化)受DE lncRNAs调控的靶基因。本研究为进一步阐明黄喉拟水龟温度依赖型性别的分子机制提供了线索,特别是为进一步挖掘利用龟鳖动物性别决定因子,进行龟鳖动物性控育种技术研究奠定了基础。 相似文献
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为发掘克氏原螯虾卵巢发育、免疫和肌肉生长的重要功能基因,采用Illumina HiSeq~(TM) 2 500高通量测序平台对克氏原螯虾的卵巢、肝胰腺和肌肉组织进行了转录组测序。所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、pfam、COG、GO和KEGG数据库中注释,并进行差异基因聚类分析。结果显示,测序共获得了53 006个unigene,平均长度为1 194 bp。对3个组织样品的测序文库进行两两比较,发现在卵巢vs.肝胰腺中有差异表达基因(differentially expressed gene, DEG)20 382个,在肝胰腺vs.肌肉中有DEG 12 753个,在肌肉vs.卵巢中有DEG 21 629个。GO功能分类分析发现,部分DEG被注释到繁殖(reproduction)、繁殖过程(reproduction process)、免疫系统过程(immune system process)和生长(growth)GO条目。KEGG pathway分析显示,一部分DEG在卵巢发育、免疫和肌肉生长相关的信号通路中得到了富集。根据GO功能分类和KEGG信号通路分析筛选出了大量与克氏原螯虾卵巢发育、免疫和肌肉生长相关的候选基因,如卵黄蛋白原、卵黄蛋白原受体、Toll样受体2、Toll样受体相互作用蛋白、肌肉生长抑制素和5-羟色胺受体等。本研究结果丰富了克氏原螯虾的基因资源,可为克氏原螯虾的遗传育种和免疫研究提供基础数据。 相似文献
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为了解南海黄鳍金枪鱼（Thunnus albacares）性腺发育规律和繁殖特征,2021年5月—2022年5月,用延绳钓在南海（17.41°N,110.61°E）采集黄鳍金枪鱼41尾,体质量0.6～35.0 kg,采用解剖和常规组织学方法,研究南海黄鳍金枪鱼的性腺发育周期和各发育时期性腺中生殖细胞的形态特征。结果表明,黄鳍金枪鱼卵母细胞发育共分6个时相,卵巢发育分为6个时期：卵原细胞增殖期、初级卵母细胞生长期、皮质液泡形成期、卵黄颗粒积累期、排卵期、退化期。黄鳍金枪鱼为分批非同步产卵类型;精巢为典型的小叶型,发育过程分为6个时期：精原细胞分化期、精原细胞增殖期、早期成熟期、中期成熟期、排精期、退化期。本文阐明了黄鳍金枪鱼性腺在不同发育时期的形态、组织结构特征及发育规律,以丰富黄鳍金枪鱼繁殖生物学基础资料,并为其人工繁育提供科学依据。 相似文献
6.
为分析“褐色沉积症”形成分子机制,探究筏式养殖虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)贝壳内侧褐色沉积症状形成原因,采用Illumina高通量测序平台对感染“褐色沉积症”虾夷扇贝和健康虾夷扇贝外套膜组织进行转录组测序分析。结果显示,患病和健康扇贝外套膜分别获得43862251和41806737条clean reads。经参考基因组比对分析,患病和健康扇贝外套膜表达基因数量分别为17835个和16816个,差异表达基因208个,其中上调基因170个,下调基因38个。选取6个差异表达基因进行荧光定量PCR (q RT-PCR)验证,结果证明转录组测序分析可靠。GO功能富集发现差异基因主要富集在几丁质代谢、含氨基葡萄糖化合物代谢、几丁质结合和氨基糖代谢等与几丁质合成代谢相关的通路;KEGG通路富集分析发现差异基因主要参与内质网蛋白质合成、内吞作用、剪接体和谷胱甘肽代谢等途径;对差异表达倍数显著的前40个基因分析发现,编码类咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(caffeoyl-Co A O-methyltransferase-like,CCOAOMT-L)、类1-氨基环丙烷-1羧酸... 相似文献
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《河北渔业》2021,(9)
为研究红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)不同生长阶段生长发育差异的分子机制,基于13与15月龄红鳍东方鲀的脑与肌肉组织转录组数据,以及在两时期间KEGG通路分析中差异显著的MAPK信号通路,结合基因互作分析对这期间发生的生物过程进行生物信息学方面的关联预测。结果表明:MAPK信号通路通过调节fos和jun及其下游基因,促进这期间肌肉和骨骼发育,使红鳍东方鲀在两时期间生长。而fos和jun在两组织均上调,但在脑中抑制fos和jun的基因上调程度更高,而在肌肉中则较低。MAPK信号通路介导的egr1、c/ebpβ、ctgf等基因与骨骼发育相关,在此期间可能伴随着红鳍东方鲀骨骼的生长。MAPK信号通路还调节tgf-β、ctgf、pai1等与组织纤维化相关的基因,在转录层面上纤维化过程在肌肉中持续而在脑中减弱,可能促进了肌肉与骨骼的发育。MAPK信号通路还可能影响脂质代谢,即脑中γ-氨基丁酸相关基因下调有促进脂肪积累的作用,该过程伴随着基础代谢降低。肌肉中核受体亚家族D组(nr1d)基因的下调促进了脂质吸收,mstn b基因可能调节了这个过程。 相似文献
8.
为挖掘我国名优鱼类长吻鮠 (Leiocassis longirostris)生长相关基因,本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68) g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻鮠的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads),通过2种不同生长速率长吻鮠脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因,其中,412 个基因表达量上调,106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示,大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示,一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析,筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻鮠生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻鮠生长调控机制提供了重要的参考资料。 相似文献
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黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)是生态系统中的顶级捕食者, 是海洋生态系统能量流动及物质循环的重要一环。为研究太平洋黄鳍金枪鱼在个体发育过程中的摄食变化以及不同海域营养生态位差异, 根据 2019 年东太平洋和 2021 年中西太平洋海域金枪鱼渔船采集的黄鳍金枪鱼样本, 对其肌肉的脂肪酸组成及特征进行了分析研究。结果显示, 黄鳍金枪鱼肌肉检测出 34 种脂肪酸, 包括 16 种饱和脂肪酸(SFA), 8 种单不饱和脂肪酸(MUFA), 10 种多不饱和脂肪酸(PUFA)。黄鳍金枪鱼肌肉脂肪酸中 SFA 含量与 PUFA 含量呈负相关, MUFA 含量与 PUFA 含量呈正相关。SFA 含量与叉长呈显著负相关, MUFA、PUFA 含量与叉长呈显著正相关。中西太平洋和东太平洋黄鳍金枪鱼肌肉脂肪酸含量存在差异, 两海域之间脂肪酸组成平均不相似性为 18.85%, 主要差异来自 n-3 系列多不饱和脂肪酸(n-3 PUFA)、SFA、PUFA、C22∶6n3 (DHA)、Cl6∶0、Cl8∶1n9、MUFA、C22∶6n3/C20∶5n3 (DHA/EPA)、 C18∶0、n-6 系列多不饱和脂肪酸(n-6 PUFA)。主成分分析显示, 黄鳍金枪鱼的营养级越高, 肉食性越高, 以甲藻和硅藻为食源的生物对黄鳍金枪鱼的能量来源贡献越大。相反, 营养级越低的黄鳍金枪鱼主要摄食以细菌、陆地植物和植食性桡足类为食源的生物。主成分回归表明, 黄鳍金枪鱼随叉长增大, 其营养级增加, 肉食性提高, 食性逐渐由以甲壳类和头足类向虾和硬骨鱼等富含多种特征脂肪酸的生物转变。东太平洋黄鳍金枪鱼较中西太平洋肉食性更强, 营养级更高, 甲壳类对其能量贡献更大。 相似文献
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为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因,本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序,以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先,在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F2个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组[体重为(219.20±38.66) g]和慢长组[体重为(74.30±17.86) g]中随机选取10尾样本,取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR (false discovery rate)<0.05且|log2(FC)|>1 (FC, fold change)为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示,共筛选出2 211个差异表达基因,与慢长组相比,快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示,差异基因主要参与细胞过程和结合过程,差异基因显著富集到251条KEGG通路(P<0.05),其中,MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、紧密连接(tight junction)、胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、糖酵解/糖异生(glycolysis/gluconeogenesis)和PPAR信号通路(PPAR signaling pathway)参与细胞生长。之后结合功能注释结果和KEGG,鉴定出肌浆/内质网钙ATP酶基因atp2a1和atp2a2、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因g6pc、生长因子结合蛋白1基因igfbp1以及肌球蛋白重链基因myh1、myh4、myh6、myh7、myh9和myh13等可能与肌肉生长密切相关的基因。本研究共筛选出10个可能与乌苏里白鲑肌肉生长相关的关键候选基因,为今后乌苏里白鲑分子标记辅助育种提供了基础数据。 相似文献
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性早熟是中华绒螯蟹养殖过程中普遍存在的一个问题。为发掘中华绒螯蟹性早熟相关的重要功能基因,实验采用Illumina Hiseq 2000高通量测序技术获得了正常与性早熟雌蟹的Y-器官转录组数据,并进行比较分析。结果显示,测序分别获得44 619 538和43 052 958个clean reads,比对发现2655个差异表达基因,Gene Ontology(GO)功能分类分析将文库中的差异表达基因归类到3大功能(生物过程、细胞组分和分子功能)的42个类别中。KEGG富集分析将文库中的差异表达基因富集到134条特定的KEGG代谢途径,其中4条是显著性富集,包括酮体合成和降解、丁酸甲酯代谢、神经营养因子信号通路和碱基切除修复通路。通过RNA-seq技术获得了丰富的中华绒螯蟹Y-器官转录组信息,为中华绒螯蟹新基因克隆、性早熟成因与预防和Y-器官的研究提供有价值的数据。 相似文献
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为分析感染水霉菌对巨须裂腹鱼脾脏转录组的影响，探索水霉菌感染巨须裂腹鱼的分子机制，实验随机选取生活在同一水域中的5尾健康和5尾感染水霉菌的巨须裂腹鱼，采用PDA琼脂培养基和分子生物学方法对巨须裂腹鱼水霉菌进行分离鉴定，并采用Illumina HiSeqTM 2000 高通量测序平台，对健康和感染水霉菌的巨须裂腹鱼脾脏组织进行转录组测序，并对测序数据进行拼接、注释和差异表达基因分析。结果显示，从巨须裂腹鱼皮肤上分离鉴定得到3株水霉菌；转录组数据显示，健康组和感染水霉病组分别获得46 619 504 条和43 912 876 条数据，与健康组相比，感染水霉菌组共有1 889 个基因发生差异表达，其中1 414 个基因上调，475 个基因下调，随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证，验证结果与转录组测序一致。对健康组和感染水霉菌组的差异表达基因进行GO功能富集发现，上调基因主要富集于241个功能中，下调基因主要富集于60个功能中，上述基因主要涉及分子功能类、细胞组分类和生物过程类等生理功能；KEGG通路富集分析发现，差异表达基因主要富集在免疫疾病、内分泌和代谢疾病、病毒感染性疾病、消化系统及排泄系统等。研究表明，感染水霉菌会影响巨须裂腹鱼脾脏组织多种基因的表达量，实验结果为进一步探索巨须裂腹鱼水霉菌的感染机制奠定了基础。 相似文献
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大黄鱼高温适应的转录组学分析 总被引：3，自引：3，他引：0
为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|2和FDR0.05,共检测到1 259条显著差异表达基因。其中,821条基因为高表达,438条基因为低表达。随机选取12条差异表达基因,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证,结果证实转录组分析可靠。进一步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,结果发现大量差异表达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生相关。该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料。 相似文献
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为探索织锦巴非蛤斧足颜色差异的分子机制，以指导高品质织锦巴非蛤的选育工作，本研究对织锦巴非蛤橘黄色和浅白色的斧足进行二代和三代转录组测序及差异表达分析。二代测序结果显示：6个样品的clean data均达到6.90 Gb，GC含量为35.30 - 38.21 %，Q30碱基百分比在94.43 %及以上；三代测序结果显示，橘黄色斧足组和浅白色斧足组分别得到16 968、21 611条高质量转录本，将其与各数据库进行比对，共获得5 058条有注释信息的全长转录本。以三代全长转录本作为参考序列，将二代数据比对回参考序列，鉴定到57个差异表达转录本，其中，橘黄色斧足组相对于浅白色斧足组有34个差异转录本表达量上调，23个差异转录本表达量下调。使用实时荧光定量PCR对随机挑选的12个差异表达转录本进行验证，其结果与转录组分析结果一致。随后，通过生物信息学分析发现，脂肪酸的生物合成和代谢、肌肉成分、能量代谢等都影响织锦巴非蛤斧足颜色的调控，其中过氧化物酶体增值物激活受体（peroxisome proliferators-activated receptors, PPARs）调节着脂肪酸的生物合成和代谢，肌钙蛋白（Troponin）是肌肉的重要组成成分，精氨酸激酶（arginine kinase, AK）参与了色素富集过程中的能量供应。由此推测PPARs、肌钙蛋白和AK在织锦巴非蛤色素富集过程中发挥着重要作用。 相似文献
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低盐胁迫下坛紫菜叶状体的转录组分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为探索坛紫菜叶状体响应低盐胁迫的分子生理学机制,本研究采用第二代高通量测序技术,分析比较在正常盐度(26,对照组)和低盐度(3,胁迫组)下培养不同时间(3、6和9 h)的坛紫菜叶状体转录组数据。结果显示,测序数据经de novo组装,获得了33 872条unigenes,平均长度为612 bp;与对照组相比,3个胁迫组分别产生了1108、1638和1881条差异性表达基因。GO功能富集分析显示,一些可能与低盐胁迫相关的重要生物过程得到了显著富集,如单分子有机物代谢过程,单糖的合成代谢和分解过程,糖质新生,有机物分解代谢过程等。KEGG代谢通路富集分析发现,低盐胁迫不同时间富集到的代谢通路存在很大差异,低盐胁迫3 h响应的差异性表达基因富集到3个KEGG代谢通路,其中2个与氨基酸合成相关,1个与光合作用相关;而低盐胁迫6和9 h的差异性表达基因则大多富集到与糖类功能相关的代谢通路。荧光定量PCR(q RT-PCR)验证结果显示,所选取的8个差异性表达基因的表达趋势与高通量测序结果相一致。上述结果说明,坛紫菜叶状体在受到低盐胁迫时,应激反应具有时间特异性,早期主要通过合成或者降解蛋白质来抵御低盐环境,随着胁迫时间延长,细胞通过改变可溶性物质的含量、减慢能量代谢等途径以抵御低盐逆境。 相似文献
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为阐明长江江豚两性免疫系统特征及免疫适应性机制，本研究以 3 头雌性和 3 头雄性长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis)血液为实验样本, 经 BGISEQ-500 测序平台进行 mRNA 和 microRNA 测序。结果显示, 从 6 个样本中共获得了 15878 个 unigenes 和 985 个 microRNAs, KEGG 分析发现有 1534 个 unigenes 注释到免疫系统相关类别并显著富集于 20 个常见免疫通路(P＜0.05)。将两性血液转录组进行比较, 鉴定了 539 个差异表达基因(DEGs)和 160 个差异表达 miRNAs (DEMs), 其中有 299 个是雌偏好表达基因, 240 个是雄偏好表达基因。GO 和 KEGG 富集分析显示, 雌性长江江豚中血液基因与免疫反应和能量代谢功能显著相关, 而雄性长江江豚中血液基因与免疫反应和细胞生长功能显著相关。此外, 通路富集分析还发现 FoxO 和 Hippo 两条免疫相关信号通路在雌性长江江豚血液中被激活。基于 DEGs 和 DEMs 的联合分析, 预测了 45 对 miRNA-mRNA 负调控关系, 包括 13 个 DEMs 和对应靶向关系的 37 个免疫相关 DEGs。研究表明, microRNAs 通过调控基因表达参与长江江豚两性免疫系统, 且成年雌性长江江豚可能具有更强的免疫力及维持机体内稳态的能力。本研究旨在利用 RNA-seq 测序技术从基因表达调控水平解析长江江豚两性免疫适应性机制, 并为阐释雌雄长江江豚对多样生境的适应能力从免疫角度提供新视角, 同时为长江江豚保护提供科学借鉴。 相似文献
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转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况。该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111 618条转录本和72 734条Unigenes,其中有22 879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21 931条;筛选出1 492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释。通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑。 相似文献
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为揭示黄鳝(Monopterus albus)生长相关基因的调控机制,对相同亲本具有显著性生长差异的黄鳝肝脏进行了转录组测序分析。结果显示,转录组测序共得到19149个基因,其中差异基因598个,差异基因中有303个基因显著上调,295个显著下调。KEGG通路分析发现,598个差异基因分属262条通路中,其中有38条通路显著富集。GO功能注释发现,与生长相关的差异基因有7个,分别为col1α1、nkx6.1、nnos、plexina4、igfbp1、pcgf1和h3.3,这些基因表达水平的变化可能对黄鳝神经、内分泌和消化系统的发育及生理活动产生了调节作用从而影响了黄鳝的生长。结合KEGG通路分析发现,col1α1所在的利什曼病通路和nnos所在的精氨酸和脯氨酸代谢通路富集显著,说明其对黄鳝生长具有重要调节作用。 相似文献
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为探究紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)雌性生殖相关基因在产卵过程中发挥的功能及其参与产卵活动的调控机制,对紫贻贝产卵前后的性腺组织进行了转录组测序分析。结果显示,紫贻贝产卵前后存在的差异表达基因为4060个,其中上调的基因数目为1488个,下调的基因数目为2572个。GO富集分析显示,这些差异基因主要参与生长、发育过程、生殖、生殖过程等生殖相关的生物学途径。KEGG富集分析显示,与产卵、生殖相关的信号通路包括TCA循环、GnRH信号通路、卵巢类固醇生成、雌激素信号通路、催产素信号通路、类固醇生物合成等能够被显著富集。荧光定量分析结果显示,促黄体生成激素β (LHβ)和基质金属蛋白酶14 (MMP14)基因表达水平显著升高,促性腺激素释放激素受体(GnRHR)、细胞色素P4503A酶(CYP3A)、细胞色素P45017A酶(CYP17A)基因表达水平显著下降。本研究利用转录组学分析了紫贻贝在产卵前后性腺组织转录水平的差异,揭示了紫贻贝性腺组织中参与调节产卵过程的主要途径和候选基因,为进一步阐明紫贻贝产卵活动的内在调控机制提供数据支撑,也为紫贻贝苗种繁育提供理论... 相似文献
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应用引物退火控制技术(ACP)筛选尼罗罗非鱼雌雄鱼肌肉组织差异表达基因,寻找与雌雄鱼肌肉生长发育相关的候选基因。本实验从同等条件下养殖的尼罗罗非鱼群体中随机选取雌、雄鱼各5尾组成RNA池,采用引物退火控制技术,分析了两组个体肌肉组织差异表达基因。利用20对随机引物差异显示扩增,共获得8条ESTs,其中5个已知的ESTs分别为转录变体3(LOC100691543)、60S核糖体蛋白(RL3)、小白蛋白β样蛋白、肌型肌酸激酶M2-CK和转录因子Sox4,其余3个为未知的ESTs。实时定量PCR分析各差异表达基因在尼罗罗非鱼雌雄肌肉组织中的表达发现,8个差异表达基因中转录变体3与ACP6-Y在尼罗罗非鱼雄鱼肌肉组织中的表达均极显著高于雌鱼(P0.01),ACP3-X、60S核糖体蛋白(RL3)、小白蛋白β样蛋白、ACP15-X、肌型肌酸激酶M2-CK与转录因子Sox4在尼罗罗非鱼雌鱼肌肉组织中的表达均极显著高于雄鱼(P0.01)。结果表明,应用引物退火控制技术筛选获得了8个可能参与了雌雄鱼肌肉生长发育调控的ESTs,为进一步筛选雌雄鱼肌肉生长发育相关候选基因奠定了基础。 相似文献