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1.
种质资源遗传多样性和群体结构分析是作物种质资源保护和作物遗传育种的前提条件。本研究从96对简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）标记中筛选出42对多态性标记,对不同地理来源的72份木豆（Cajanus cajan）种质资源遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明：42对SSR标记在72份不同木豆种质间共检测到等位基因118个,每个标记可检测到2~5个等位基因,平均2.8个;每个SSR标记的Shannon信息指数和多态性信息含量在0.101~1.469和0.040~0.704,平均为0.844和0.442;根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将72份木豆种质资源分为3类,聚类结果和地理来源并不完全一致;群体结构分析发现79.17%的木豆种质资源遗传背景比较单一,20.83%的资源拥有复杂的遗传背景。本研究将为木豆种质资源收集和杂交亲本的选择提供重要参考。 相似文献
2.
利用荧光SSR引物分析154份梨地方品种的遗传多样性和遗传结构,为梨种质资源收集保存、品种改良、种质创新和资源利用提供理论依据。17对SSR引物在154份梨地方品种中检测到多态性位点303个,不同引物的扩增位点在10 ~ 27间不等,平均等位基因数为17.824个;观测杂合度Ho变异范围0.312（NAUpy09t）~ 0.851（NAUpy08t）之间,平均值为0.690;期望杂合度He变异范围0.613（NH029a）~ 0.919（位点NAUpy08t）,平均值为0.822;多态性信息含量（PIC）值变异范围0.578（位点NH029a）~ 0.913（位点NAUpy08t）之间,平均值0.805;12个群体的遗传距离为0.181~1.576,遗传相似系数为0.207 ~ 0.834;贝叶斯遗传结构分析表明,当K=4时,△K值最大,154个梨地方品种可以划分为4个亚群,140份（90.91%）供试材料的Q值≥0.6,血缘相对单一,另外14份材料的Q值<0.6具有混合来源,遗传背景较为复杂。广东品种群与其他地区品种亲缘关系较远,基因来源单一且独特,属于特殊基因群。个体聚类分析显示在0.54处将154个品种分为8个类群,个体聚类结果与其遗传背景相关。 相似文献
3.
基于SSR标记的苜蓿种质资源遗传多样性与群体结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
种质资源遗传多样性和群体结构的分析是进行复杂性状关联分析的前提条件.从140对SSR引物中筛选到16对多态性引物,对82份苜蓿(Medicago spp.)材料进行遗传多样性与群体结构分析.结果表明;16对SSR引物共检测出190个等位变异,平均11.88个;多态性比率66.67％～100％,平均为83.05％;基因多样性为0.1447～0.3637,平均为0.2577;PIC为0.0079～0.9432,平均为0.5501.群体结构分析表明,当K=5时△K最大,即82份苜蓿材料可划分为5个类群,其中75.61％的种质遗传组分相对比较单一,24.39％的种质遗传背景比较复杂.苜蓿种质资源遗传多样性丰富,群体结构的划分与种质的来源不完全相关. 相似文献
4.
《草业与畜牧》2017,(1)
从分子水平上分析老芒麦种质资源遗传多样性及核心种质构建,为综合评价老芒麦种质资源提供依据。采用SSR标记技术,筛选20对SSR引物进行PCR扩增,对148份老芒麦(Elymus sibiricus L.)种质资源的遗传多样性进行了分析,采用最小距离逐步抽样法,最终确定47份材料作为老芒麦核心种质。群体结构、主坐标分析和UPGMA聚类分析结果表明,148份参试材料可被分为四个亚群,群体结构的分层与材料的地理来源密切相关,POP1、POP2和POP3分布的纬度较高,POP4分布的纬度较低,且POP4与前三个亚群的亲缘关系比较远,有比较强的遗传分化。AMOWA分析结果表明,亚群体内变异占总变异的63.78%,高于亚群体间的变异36.22%,亚群体内材料间的遗传分化比群体间的遗传分化更为显著;Fixation指数Fst值为0.362 2,且达到极显著水平,表明种质资源间有很高的遗传分化。构建的SSR分子标记体系适用于中国老芒麦种质资源遗传多样性分析,47份材料作为老芒麦核心种质,遗传多样性(Genetic diversity)值为0.260,Shannon's信息指数值为0.404,几乎保留了老芒麦群体的全部遗传信息。 相似文献
5.
苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。 相似文献
6.
种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676～1.690和0.363～0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。 相似文献
7.
以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占比引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个之间。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北方高丛、南方高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数位于0.60~0.96之间,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种‘红粉佳人’外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。 相似文献
8.
为了解西北地区和尚头小麦种质资源的遗传特性及主要农艺性状特征,采用43份不同来源的和尚头小麦种质材料,在均匀分布于小麦21条染色体上的150个SSR(simple sequence repeats)位点上检测遗传多样性,同时对19个农艺性状在两个试验点进行表型鉴定,并采用GLM(general linear model)模型进行分子标记与表型性状的关联分析。结果表明,19个农艺性状中数量性状遗传多样性明显高于质量性状,除壳色外,其他性状之间均存在不同程度的相关性。利用45对具有多态性的SSR标记共检测出151个等位变异,各标记等位位点变化范围为2～6,平均为3.36个,PIC(polymorphism information content)值变异范围为0.044～0.771。群体遗传结构分析将43份材料划分为8个亚群。关联分析发现11个SSR标记与农艺性状显著关联,单个标记对表型变异的解释率为8.89%～24.74%,这些标记可为特色小麦分子标记辅助选择育种提供理论参考。 相似文献
9.
为了解西北地区和尚头小麦种质资源的遗传特性及主要农艺性状特征,采用43份不同来源的和尚头小麦种质材料,在均匀分布于小麦21条染色体上的150个SSR(simple sequence repeats)位点上检测遗传多样性,同时对19个农艺性状在两个试验点进行表型鉴定,并采用GLM(general linear model)模型进行分子标记与表型性状的关联分析。结果表明,19个农艺性状中数量性状遗传多样性明显高于质量性状,除壳色外,其他性状之间均存在不同程度的相关性。利用45对具有多态性的SSR标记共检测出151个等位变异,各标记等位位点变化范围为2～6,平均为3.36个,PIC(polymorphism information content)值变异范围为0.044～0.771。群体遗传结构分析将43份材料划分为8个亚群。关联分析发现11个SSR标记与农艺性状显著关联,单个标记对表型变异的解释率为8.89%～24.74%,这些标记可为特色小麦分子标记辅助选择育种提供理论参考。 相似文献
10.
11.
采用EST-SSR分子标记对来自四川、西藏、青海的24份中华羊茅(Festuca sinensis)进行了遗传多样性和亲缘关系的研究。研究结果表明,筛选的17条引物共检测到102个位点,多态性位点每条引物5~8个;平均多态性位点6个,平均多态性位点百分率(PPB)93%;遗传距离变幅范围0.188~0.675,平均值0.486,多态性信息含量指数PIC值在0.240~0.470变化,平均值为0.381,这揭示了供试的中华羊茅种质资源具有较为丰富的遗传多样性。聚类分析和主成分分析结果表明,供试材料间亲缘关系与其地理来源等相关性较低,其中I-2-23-7和I-14-1-1野生材料表现出了独特的遗传特性,与其他供试材料间均具有较远的亲缘关系。通过地理海拔的分析,发现分布于中度海拔(3 000-3500m)的中华羊茅种质具有最高的Nei’s基因多样性(0.304 3)和香农多样性(0.462 2),遗传变异较高。本研究结果为青藏高原中华羊茅种质资源的保护和利用提供了重要的参考。 相似文献
12.
新疆狗牙根种质遗传多样性的SSR分析 总被引：3，自引：1，他引：2
利用SSR分子标记技术,对采自中国新疆的51份野生狗牙根（Cynodon dactylon）及19份新疆农业大学选育的材料进行遗传多样性研究。结果表明,11对引物共得到多态性条带数55条,平均每对引物扩增出5条带,每对引物检测到36个等位基因,平均每对引物检测到5个等位基因。每个SSR位点的多态性信息量(PIC)在0.650.83,平均0.78;SSR标记揭示的新疆70份材料间的遗传相似系数变化范围为0.500.84,表明新疆狗牙根具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析表明,SSR标记能够将新疆70份材料区分开;供试材料可聚为4类,其中Cd071单独聚成1类,野生材料聚为2类。表明这些材料遗传差异较大,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。 相似文献
13.
本研究开展了短芒型老芒麦(Elymus sibiricus L.)种质的筛选和综合评价，以筛选优质种质。基于55个形态学指标和SCoT分子标记对川西北地区24份短芒型老芒麦种质以及两份老芒麦对照材料进行形态变异及遗传亲缘关系分析。形态学指标在26份材料之间表现出丰富的遗传多样性，Shannon-Wiener’s多样性指数(H)范围为0.66～2.01;变异系数(CV)范围为4.62%～45.93%,聚类分析将26份老芒麦资源分为5个大类。基于SCoT分子标记，共扩增出多态性条带96条，多态性比率为67.61%。平均有效等位基因数为1.46,平均Nei’s基因多样性指数为0.27,平均Shannon’ s多样性指数为0.38,供试材料的DICE遗传相似性系数为0.67～0.87。通过遗传相似系数的聚类分析，可将26份材料分为四大类。群体遗传结构分析将供试材料划分为两个类群，Q2类群来源单一，Q1类群拥有混合来源。Esdm24,Esdm6,Esdm22这3份种质的芒等相关性状具有优异的性状，可以作为短芒型老芒麦的选育的后备材料。 相似文献
14.
利用14对SSR引物对四川省89份桑树种质资源的基因组DNA进行PCR,分析种质资源间的群体结构和遗传多样性。共扩增出迁移率不同的条带65条,多态性条带65条,多态性条带比率达100%;Structure群体结构分析将89份桑树种质资源划分为4个群体,4个群体的多态性信息含量在0.552 0~0.599 8之间,总体为0.657 7;基因多样度在0.554 8~0.600 3之间,总体为0.579 0;等位基因数目在66~76个之间,总体为134个;等位基因丰富度在3.327 2~3.549 1之间,总体为3.983 1;遗传多样性主要来源于品种内,属中等偏高水平;14对SSR引物位点的总基因多样度Ht在0.291~0.931之间,整体为0.699;Nei’s种群内基因多样度Hs为0.287~0.910,整体为0.662;种群间基因多样度为0.003~0.098,整体为0.037;种群间基因分化系数为0.008~0.047,整体为0.053;基因流为2.901~62.000,整体为8.934,遗传变异主要发生在群体内,群体间分化程度低,基因流大。UPGMA聚类分析与群体结构分析结果大致相同,2种分析结果都显示分群无地理迁移规律。 相似文献
15.
32份广东桑类型桑树种质资源亲缘关系的SRAP标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
广东桑类型是由分布在广西壮族自治区和广东省的广东桑种形成的桑树栽培类型。利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对两广地区的部分广东桑类型桑树种质资源的亲缘关系进行分析,为地方桑树种质资源的遗传多样性保护和利用提供依据。选用22对SRAP引物组合在32份桑树种质材料中共扩增出144条带,其中有44条多态性带,多态性比率30.56%,平均每对引物组合扩增出2条多态性带。32份桑树种质材料间的遗传相似系数值变化范围为0.826 4～1.000 0,平均值0.894 4,说明供试广东桑类型桑树种质材料间存在较高遗传变异。采用UPGMA法进行聚类分析,将32份桑树种质材料划分成3类:第Ⅰ类包括了20份来自广西的地方品种资源,第Ⅱ类包括了3份来自广东的选育品种资源和7份来自广西的选育品种资源,第Ⅲ类的2份种质资源分别来自广西和广东。同一类群的各亚类群又多以同一地理来源的品种或亲本有相近、相同血缘的品种聚集。研究结果说明SRAP标记能很好地揭示同一桑种不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,广东桑类型桑树种质资源的遗传多样性与地理来源有密切关系。 相似文献
16.
1-脱氧野尻霉素(1-deoxynojirimycin,DNJ)在降血糖、降血脂、抗病毒和抗肿瘤中具有一定的药用价值,而桑树是已知植物中DNJ含量最高的物种.为了适应药用专用桑种质资源开发需求,对收集的36份桑树种质资源开展SSR标记遗传多样性和DNJ含量分析,探讨其内在关系,为高DNJ含量桑树种质资源的挖掘提供依据.结果表明,供试36份桑树种质资源的桑叶DNJ含量差异很大,平均值为1.279 4 mg/g,变幅为1.03～1.61 mg/g,变异系数为0.127 6;5对SSR引物的扩增产物在36份桑树种质资源间均存在多态性,共检测到32个基因型,等位基因数均值3.8,观测杂合度均值0.62,多态性信息量(PIC)0.61.基于SSR标记遗传距离的聚类分析显示供试36份桑树种质资源可分成3大类,而基于DNJ含量的聚类分析可将供试桑树种质资源分成2大类,2个聚类结果的比较分析显示同一类群桑树种质资源间DNJ含量相当.研究结果表明,桑树SSR标记遗传多样性与DNJ含量遗传多样性存在相似性. 相似文献
17.
36份苜蓿种质材料遗传多样性的SSR分子标记 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国草地学报》2016,(2)
采用SSR分子标记方法,对36份不同苜蓿种质材料的基因组DNA进行扩增,并用6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对扩增结果进行了检测,结果表明:9对SSR引物共扩增出146个等位基因位点,扩增出的DNA片段大小在100~2000bp之间,其中多态位点72个,多态位点百分率43.57%;基因多样性指数平均值为0.1502,Shannon信息指数平均值为0.2047;多态信息量(PIC)平均值为0.8962。用Structure2.3软件对36份苜蓿材料进行结构分析,可将其划分为1个混合群体和4个特定类群,供试材料具有显著异质性,可用于苜蓿育种及优良基因挖掘利用。 相似文献
18.
19.
五节芒表型性状和SSR标记遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究利用25个表型性状和33对SSR标记,对53份五节芒种质资源的遗传多样性进行了评价。表型性状分析结果表明,25个表型性状在不同五节芒种质间表现出较大差异,变异系数的变化范围为6.53%～69.82%,其中整株干重、三级花序数、二级花序数等性状变异较大,是造成表型差异的主要因素。表型聚类将53份供试材料划分为3个类群,大部分材料聚在第Ⅲ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明, 26对SSR引物在53份五节芒中表现出多态性,这些多态性引物共产生81条DNA带,其中多态性条带为74条,占91.36%。多态性信息含量(PIC)为0.086～0.374,平均为0.245。53份五节芒遗传相似性系数在0.693 2～0.965 9,平均遗传多样性指数(H)为0.258 7,Shannon信息指数(I)为0.400 4。基于SSR分子标记的聚类分析表明,种质资源与其地理分布并不存在明显的相关性。表型性状和SSR分子标记结果均表明五节芒种质具有丰富的遗传多样性。 相似文献
20.
采用SSR分子标记技术,对采自青藏高原的30份野生垂穗披碱草(Elymus nutans)种质进行遗传多样性分析。结果表明,1)筛选出的16对引物共获得了116个等位基因位点,92个多态性位点,多态性位点率(PPB)为79.75%,多态性信息(PIC)含量为0.063~0.325,平均值为0.188,材料间遗传相似系数(GS)介于0.692~0.976,平均值为0.828。2)聚类分析表明,在遗传相似系数0.804处,30份供试材料可聚为四大类,单独聚为一类的09-214表现出与其他材料较远的亲缘关系,主成分分析结果与UPGMA结果基本一致。群体遗传结构分析显示,大部分材料的遗传背景较为单一,群体划分的结果与聚类分析的结果部分保持一致。研究显示,供试种质材料间存在较大的差异,部分材料表现出相对独立的特性,遗传多样性较丰富,可为垂穗披碱草的保护利用、新品种的选育及优良基因的挖掘提供参考依据。 相似文献