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利用16对家猫微卫星引物和4对苏门答腊虎微卫星引物,对东北虎基因组DNA进行扩增,其中15对引物可以稳定扩增.这15个位点的等位基因数为3～7个,共检测到83个等位基因,平均等位基因数为5.53个.期望杂合度为0.585 0～0.841 3,平均为0.750 4;多态信息含量为0.512 9～0.821 7,平均为0.... 相似文献
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双重抑制PCR技术分离鹅微卫星标记 总被引：9，自引：0，他引：9
用双重抑制PCR技术分离11对鹅的特异微卫星引物,应用于浙东白鹅和太湖鹅的基因组PCR扩增。结果表明：11对引物在浙东白鹅和太湖鹅中分别扩增出37和36个清晰条带,20个等位基因为两品种所共有,11对引物中有5对呈中等多态、6对呈高度多态。各位点产生2～6个等位基因,各位点的平均杂合度为0．456～0．772,以G07位点为最高,G06位点为最低;平均多态信息为0．375～0．737,以G07位点为最高,C01、G03和G11位点为最低。浙东白鹅和太湖鹅有效等位基因数分别为2．655和2．558,与实际测得的两品种平均值3．364和3．273较接近。研究结果表明,两品种的等位基因分布较为均匀,与鹅的实际品种特征一致,因此,双重抑制PCR技术适合于鹅的基因组结构研究。 相似文献
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用双重抑制PCR技术分离11对鹅的特异微卫星引物,应用于浙东白鹅和太湖鹅的基因组PCR扩增.结果表明:11对引物在浙东白鹅和太湖鹅中分别扩增出37和36个清晰条带,20个等位基因为两品种所共有,11对引物中有5对呈中等多态、6对呈高度多态.各位点产生2～6个等位基因,各位点的平均杂合度为0.456～0.772,以G07位点为最高,G06位点为最低;平均多态信息为0.375～0.737,以G07位点为最高,G01、G03和G11位点为最低.浙东白鹅和太湖鹅有效等位基因数分别为2.655和2.558,与实际测得的两品种平均值3.364和3.273较接近.研究结果表明,两品种的等位基因分布较为均匀,与鹅的实际品种特征一致,因此,双重抑制PCR技术适合于鹅的基因组结构研究. 相似文献
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[目的]分析秦川牛的遗传多样性,加强对该品种资源的保护。[方法]利用15个微卫星座位,运用多重荧光PCR技术对59头秦川牛个体的基因组DNA进行扩增,通过等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数分析秦川牛品种的遗传多样性。[结果]结果表明:在15个座位的等位基因数为5～18个,平均等位基因数为10.3个;各座位上的杂合度都较高,平均杂合度为0.7959;平均有效等位基因数为5.3066;15个座位中多态信息含量为0.6441～0.8649,均为高度多态。[结论]通过荧光标记可用于牛品种遗传多样性的分析,并可为进一步QTL定位和标记辅助选择研究提供参考。 相似文献
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《吉林农业科学》2016,(3):8-13
[目的]探究黑龙江省、吉林省谷子种质资源的遗传基础和遗传多样性。[方法]利用黑、吉两省20个典型谷子品种及5对扩增良好且具有多态性的谷子SSR引物,分析各引物等位基因数、位点杂合度、Shannon′s指数(I)、有效等位基因数(Ne)及两省谷子品种聚类分析结果。[结果]每对引物检测出的等位基因数为4~6个,共得到26个等位基因,平均5.2个;各引物的多态信息含量(PIC)在0.645~0.767间变化,其中引物DG2831最高,引物QG7172最低。不同引物间位点杂合度、Shannon′s指数(I)、有效等位基因数(Ne)均存在差异,DG2831、JG13656分别是黑、吉两省的位点杂合度及多态信息含量最高的引物。对20个谷子品种进行聚类分析,在遗传相似系数在0.64处,20个谷子品种可聚为3大类。[结论]吉林省谷子品种基因多样性略比黑龙江省丰富;部分同地区的谷子品种聚为一类,说明不同地理来源的谷子资源,一部分品种的亲缘关系可能与地理来源有关。 相似文献
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为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。 相似文献
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《贵州农业科学》2015,(12)
为了解施氏鲟养殖场后备亲本的遗传背景,抑制种质资源退化,防止近交衰退,采用30对鲟属微卫星分子标记,分析施氏鲟后备亲鱼的遗传多样性,筛选出多态性微卫星标记引物。将筛选的引物进行荧光标记,对32尾后备亲鱼进行基因组DNA扩增,采用毛细管电泳进行基因分型,统计分析等位基因数、多态信息含量(PIC)等遗传多样性指标。结果表明:筛选出多态性微卫星标记13对基因,13个位点共扩增等位基因166个,平均等位基因数为12.77,平均有效等位基因数为8.03,等位基因频率为0.006 7~0.4314,平均期望杂合度为0.860 7,平均多态信息含量为0.844 9。初步表明,该亲鱼群体具有较高的遗传多样性。 相似文献
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利用微卫星标记分析4个番鸭品系的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究番鸭的遗传多样性以及品系间的遗传关系,选用3对微卫星引物对4个番鸭品系(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ)的等位基因数、等位基因频率、群体多态信息含量、基因杂合度和遗传距离进行了分析。结果表明,3个微卫星基因座共检测到8个等位基因,基因频率分布在0.033 4~0.766 6;平均杂合度为0.485 2~0.559 6,品系Ⅰ平均基因杂合度最高,为0.559 6,品系Ⅲ平均基因杂合度最低,为0.485 2;平均多态信息含量为0.295 4~0.338 8,4个品系均属于中度多态。聚类分析表明,品系Ⅲ和Ⅳ的遗传距离最远,为0.419 5,表明两者的亲缘关系较远;品系Ⅰ和Ⅱ的遗传距离为0.307 1,两者的亲缘关系较近。 相似文献
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用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。 相似文献
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利用前期双重抑制PCR技术分离得到的10个鸭微卫星标记,分析了13个鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的Nei氏遗传距离(DA)等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:10个微卫星座位中有7个具有多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系分析。7个微卫星座位在13个品种中共检测到51个等位基因;每个座位的等位基因数为5～12个,平均多态信息含量为0.402 3～0.601 5;各群体平均杂合度为0.407 0～0.707 0,说明各群体的遗传多样性较为丰富。采用DA/UPGMA法聚类分析,13个鸭群体聚为3类:Ⅰ类为8个家鸭品种和樱桃谷鸭;Ⅱ类为野鸭类;Ⅲ类为番鸭独成一类。结果提示:各类鸭群体间的聚类关系与其来源、分化、地理分布基本一致,而且绿头野鸭和斑嘴鸭在家鸭品种形成过程中均作出了贡献。 相似文献
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云南屏边大围山微型鸡遗传多样性* 总被引：2，自引：0，他引：2
云南屏边大围山微型鸡是我国具有独特遗传特性的、属于亚热带热带型早熟地方家禽品种。研究采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测,目的在于阐明其群体遗传变异和遗传结构状况。研究结果显示：33个微卫星座位共检测到65个等位基因,每个座位的等位基因数在1～3个之间,这些等位基因的频率大小在0.0333～1.000之间,平均每个座位的等位基因数为1.9697个,有效等位基因数在100～263个之间, 平均有效等位基因数为1.6846。群体平均杂合度（H）和群体平均多态信息含量（PIC）为0.1737和0.3279。结果表明,大围山微型鸡群体平均杂合度和群体平均多态信息含量较低,纯合度较高,未受到其它外来血液的混杂,是一个封闭的原始群体,具有较高的遗传一致性 相似文献
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SSR标记技术在小麦品种遗传多样性上的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
利用79对SSR引物对河南省审定的46个小麦品种进行了分析.结果表明,79对引物共检测到298个等位变异,每个引物检测到的等位变异数目2-7个,平均3.77个.28个品种具有1个或1个以上特异等位位点,有些SSR位点还出现了较多的特异等位位点.79个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.04-0.82之间,平均值为0.49.品种间的遗传相似系数在0.33-0.84之间,平均为0.50.聚类分析把这些品种分为6大类和8个亚类,这反映出亲本的特性和其间的亲缘关系. 相似文献
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微卫星标记在人工养殖小体鲟种群的数据分析方法比较和遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为获得可用于小体鲟Acipenser ruthenus种群遗传多样性分析的微卫星分子标记,采用跨种PCR扩增的方法从已发表的近缘种微卫星DNA标记引物中筛选得到13个具有多态性的位点,同时为了探讨更适合多倍体样品的微卫星数据读取方法,分别采用比例法和补齐法对微卫星数据进行分析。结果表明:两种数据读取方法的分析结果无显著性差异(P0.05);本研究中选用补齐法对小体鲟种群遗传多样性进行分析,结果显示,小体鲟种群等位基因数(Na)从5个到30个不等,表观杂合度(H_O)范围为0.089 6~0.940 3,平均为0.648 0,期望杂合度(H_e)范围为0.085 2~0.912 6,平均为0.719 3,种群Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(d)平均为-0.098 0,种群多态信息含量(PIC)平均为0.702 8;筛选得到的13个微卫星位点是适用于小体鲟种群遗传研究的具有多态性的良好分子标记。研究表明,被检测的小体鲟养殖种群存在一定程度的近交现象,建议通过引进不同来源亲本加以改善,以增加种群遗传多样性的丰富度。 相似文献
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大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证. 相似文献
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武定鸡群体遗传变异的微卫星标记分析* 总被引：2，自引：3，他引：2
武定鸡是一个能适应高寒和冷凉气候的地方鸡种,以其肥育性能好,沉积脂肪能力强,肉质鲜嫩等特性而著称。为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,筛选了分别位于家鸡22条染色体上的25对微卫星引物,对武定鸡53个个体进行了检测分析。共检测到107个等位基因片段,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.28,该鸡群体平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.6957,0.6382。所得结果表明:武定鸡群体内存在较为丰富的遗传变异,具有较高的选择潜力。 相似文献