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1.
克氏原螯虾种苗自繁自育使其种质严重退化。遗传多样性是反映种质退化与否的重要指标之一。为评估我国克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,采集我国江西、浙江、广东和湖北省14个地域的464尾克氏原螯虾养殖群体,利用35个微卫星分子标记分别对其等位基因数、期望杂合度、观测杂合度、多态性信息含量、哈迪-温伯格平衡、遗传距离及群体结构等进行分析。结果显示：14个养殖群体的不同标记位点的等位基因数为2～3个;多态信息含量、平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.33～0.43、0.32～0.41与0.36～0.44;各标记位点均存在杂合子缺失而未达到哈迪-温伯格平衡;14个群体可聚类为4个遗传群体,其中香树坝、温州、衢州群体与吉安、天荒坪、递铺群体分别聚为2个遗传群体,龙南群体及其余的群体属于另外2个遗传群体。以上结果表明,我国克氏原螯虾养殖群体仅具有中等遗传多样性,收集和保护遗传多样性较高的克氏原螯虾野生种质资源对其遗传育种具有重要意义。 相似文献
2.
为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，实验以安徽芜湖 (WH)、宣城 (XC)、合肥 (HF) 3个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象，分别以安徽铜陵 (TL)、马鞍山 (MAS) 2个野生群体和监利 (JL)、建湖 (JH)、滆湖 (GH)、兴化 (XH) 4个人工养殖群体作为对照，选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示，安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体，其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的；大多数组的Fst表现出中度分化 (0.05 < Fst < 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换，尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei氏遗传距离及UPGMA聚类树结果显示，WU、GH、MAS和JH群体聚为一组，XC和HF群体同属于一组，而JL、TL和XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示，XC和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中，说明上述群体起源相同。研究表明，安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性。实验结果可为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良提供参考资料。 相似文献
3.
探讨禁渔后鄱阳湖克氏原螯虾的群体分布现状,为制定开发利用渔业资源的政策提供资料,以实现克氏原螯虾资源的可持续开发和保护。2021、2022年5—9月,分别对鄱阳湖9个县(市)14个位点的克氏原螯虾进行调查,测量了体质量、全长、体长并进行性别鉴定,并基于9个形态性状和10个可量比例参数进行多元统计分析。结果显示,克氏原螯虾群体雌雄性比约为0.9:1,平均丰满度为0.0431±0.0076(0.0205～0.0714)。除余干瑞洪、康山和程家湖3个位点的水域采集到一定数量克氏原螯虾,其他水域数量很少。聚类分析显示,余干水域的3个克氏原螯虾雌雄群体中,瑞洪群体与程家池群体亲缘关系较近,康山群体与其他群体关系较远。判别分析显示,3个克氏原螯虾雌雄群体的判别函数,雌、雄虾的综合判别准确率分别为82.74%、79.16%,与聚类分析的结果相近。结果表明,2021—2022年鄱阳湖克氏原螯虾呈现出个体小、分布散及资源量显著下降的情况;余干水域3个克氏原螯虾群体形态差异较小。 相似文献
4.
通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。 相似文献
5.
三角帆蚌微卫星富集文库的构建、鉴定及多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过磁珠富集法构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)微卫星富集文库。共获得800个阳性克隆,其中的100个阳性克隆经测序分析,共获得微卫星序列54个。利用这些微卫星序列可设计33对引物,经过PCR扩增筛选获得了25对可用引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对洞庭湖1个种群的30只三角帆蚌进行扩增,发现13对引物呈现多态性,等位基因数在4～9。观测杂合度在0.2543～0.9827,期望杂合度在0.3629～0.8217,信息多态含量平均为0.5198。由于存在无效等位基因,两个微卫星基因座(GenBank登录号为GQ302651和GQ302658)明显地偏离哈代-温伯格平衡,但没有发现连锁不平衡现象。这说明利用磁珠富集法构建的三角帆蚌微卫星文库质量较好,13对多态性微卫星引物可为三角帆蚌微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供帮助。 相似文献
6.
云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测 总被引：1，自引：0，他引：1
用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列,由所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型,其中43个微卫星序列重复次数在10以上。所获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除探针中使用的CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其他类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示:观测杂合度平均值为0.63,期望杂合度平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明本研究开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。 相似文献
7.
利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大. 相似文献
8.
选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2～4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC＜0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61％标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28％)、7(19％)、7(19％)和11个(31％)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性. 相似文献
9.
为了解中华绒螯蟹不同群体的遗传结构，利用微卫星分子标记，分析中华绒螯蟹单年系F5代选育群体、“长江2号”和长江野生群体的遗传多样性。结果表明，6个微卫星位点的等位基因数为7～11，有效等位基因数为4.539 4～9.529 4，观测杂合度为0.638 9～0.861 1，期望杂合度为0.790 7～0.907 7，多态信息含量为0.779 7～0.895 1,6个微卫星位点均具有高度多态性。3个河蟹群体的期望杂合度为0.817 6～0.847 8，多态信息含量为0.784 1～0.812 5，表明所有群体均具有高度遗传多样性。遗传分化指数值为0.052 69～0.084 82，表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。AMOVA分析显示，群体间变异占总变异的5.34%，群体内个体间的变异占总变异的94.66%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示，单年系F5代选育群体先与“长江2号”群体聚为一类，再与长江野生群体聚为一类。 相似文献
10.
湖北省潜江地区克氏原螯虾白斑综合征PCR诊断及组织病理学观察 总被引：1，自引：0，他引：1
近年来在湖北省范围内人工养殖的克氏原螯虾暴发了严重的疾病,其中白斑综合征病毒(WSSV)已成为危害克氏原螯虾健康养殖的重要病原。2016年5月湖北省潜江市养殖区暴发了一种传染性疾病,为探究此次疾病病因和流行规律,将染病虾进行临床症状观察、对病料进行PCR检测、系统发育树分析、人工感染和组织病理学观察。结果显示,发病克氏原螯虾临床症状主要表现为摄食减少,活力下降,反应迟钝;组织病理学观察结果显示,克氏原螯虾的肝胰腺、肠、肌肉、鳃组织均出现不同程度变性和坏死以及炎性细胞浸润等典型病理学变化,与WSSV感染克氏原螯虾出现的病变相似;PCR检测患病克氏原螯虾样品,结果显示WSSV呈阳性,阳性检出率为55.56%(15/27),未检测到斑节对虾杆状病毒(MBV)和传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV);检测产物测序并进行系统发育树分析,结果显示,该基因序列与WSSV的EG3株(KR083866.1)核苷酸序列同源性为100%。将病虾的肝胰腺、肠和肌肉组织投喂健康克氏原螯虾,投喂组均表现为急性死亡(累积死亡率为100%),并出现与自然发病虾相同的症状。WSSV的巢式PCR检测结果显示,人工感染病虾为WSSV阳性。根据以上显示,本次养殖克氏原螯虾大规模死亡的病原是WSSV。 相似文献
11.
长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。 相似文献
12.
凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。 相似文献
13.
采用磁珠富集法筛选适合漠斑牙鲆遗传多样性分析的微卫星分子标记。筛选共获得43条序列,其中完美型26个,占60.5%;非完美型14个,占32.6%;复合型3个,占6.9%。选取其中14对特异性好且扩增效率高的微卫星引物,对采自美国北卡罗来纳州沿海的漠斑牙鲆野生群体和养殖群体进行遗传多样性及遗传结构比较分析。研究结果表明,12对引物的扩增产物具有多态性,其中7个位点为高度多态(PIC>0.5)。两个群体中共检测到90个等位基因。12个多态性微卫星位点在两个群体中的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36和0.57。9个位点在整个群体中呈现出不同程度的偏离遗传平衡(P<0.05),且偏离平衡的位点均表现为杂合子缺失(Fis>0)。野生群体和养殖群体间的遗传距离为0.1115,群体间的遗传分化微弱(Fst=0.0438)。 相似文献
14.
微卫星QTL标记分析豫选黄河鲤群体遗传结构及生长性状相关性 总被引：1，自引：0，他引：1
用35个镜鲤微卫星QTL标记评估了豫选黄河鲤(Cyprinus carpio var.haematopterus)群体的遗传结构,并评估了不同基因型与生长性状(体重、体长、体高和体厚)的相关性,筛选了在群体中具有性状优势的基因型。35个微卫星标记在288个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示,各标记等位基因数为3~13,平均每个标记6.828 6个;平均有效等位基因数为4.520 8;平均观测杂合度为0.603 0;平均期望杂合度为0.701 9;平均多态信息含量为0.665 6,群体整体处于高度多态水平(PIC0.5)。利用SPSS19.0的GLM模型分析标记与性状的相关性,共17个微卫星标记与性状表现出不同程度的相关性,其中HLJ2456、HLJ2387和CA1677 3个标记与相应的性状相关性达极显著水平。用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型,下一步可根据优势基因型指导豫选黄河鲤家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。 相似文献
15.
选用实验室克隆的23个圆口铜鱼(Coreius guichenoti Sauvageet Dabry)微卫星标记分析了长江宜宾江段的圆口铜鱼群体遗传多样性,统计分析了有效等位基因数、观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量(PIC)等遗传学指标。结果表明:23个位点有14个微卫星位点呈单态,9个位点出现多态,在这9个位点中共检测到48个等位基因,其平均有效等位基因数为5.3,多态信息含量在0.440～0.839之间变动,平均为0.670,除YT17和YT22位点属于中度多态外,其余7个位点均属于高度多态。平均观测杂合度为0.753,平均期望杂合度为0.728,表明该群体的遗传多样性较为丰富。 相似文献
16.
《水产科学》2021,(5)
为探究不同饲养状态下克氏原螯虾的格斗行为,丰富克氏原螯虾的行为学研究内容,进行2期试验。第1期试验取50尾隔离组克氏原螯虾投入非隔离组驯养箱内(单—群组),取50尾非隔离组克氏原螯虾投入非隔离组的其他驯养箱内(群—群组),24 h后记录各箱内克氏原螯虾存活数。第2期试验取隔离组和非隔离组中体质量和体长接近的同性克氏原螯虾两两组内配对(非隔离组克氏原螯虾不与原同伴配对),形成36对格斗,用摄像头拍摄格斗过程,记录克氏原螯虾间第一次格斗起始时间(犹豫期时长)、每次格斗时长、总格斗时长和格斗回合数。以总格斗时长和格斗回合数的比值,即平均每次格斗时长作为格斗强度的衡量标准。结果表明,单—群组死亡率显著高于群—群组(P0.05);隔离状态下饲养的克氏原螯虾之间的格斗发生率、格斗回合数、格斗总时长以及格斗强度均显著大于非隔离状态下饲养的克氏原螯虾(P0.05);但剔除未格斗样本后,两种饲养状态下的克氏原螯虾各项格斗行为参数均无显著差异(P0.05)。本试验结果揭示了隔离环境下饲养的克氏原螯虾更加好斗,但隔离环境并不提升克氏原螯虾的战斗能力。当某一克氏原螯虾从隔离环境进入陌生群体环境时,更容易发生死亡现象(入侵者死亡,或原住民死亡,或两者先后发生死亡)。 相似文献
17.
运用T检验和3种多元统计方法对长江流域10个不同水域克氏原螯虾(Procambarus clarkii)野生群体的形态差异进行分析。T检验结果表明,体重、头胸甲长、宽和腹节总长是引起雌雄形态差异的主要因素。聚类分析显示,江苏高邮和江苏洪泽2个克氏原螯虾群体之间的形态差异最小;重庆忠县、江西湖口、湖北荆州和湖北洪湖群体与江苏高邮、江苏洪泽、上海崇明和四川宜宾群体形态差异较大。主成分分析结果显示,10个不同水域克氏原螯虾群体4个主成分的累积贡献率为84.003%,其中第1和第2主成分是克氏原螯虾的腹节因子,贡献率最大;10个不同水域的克氏原螯虾的形态差异主要集中在腹节上。判别分析中,雌性综合判别率为64.7%,雄性综合判别率为65.6%,判别率较低。变异系数检验分析结果表明,10个不同水域克氏原螯虾群体产生了一定程度的形态差异,但这些差异并没有使它们分化到亚种水平。 相似文献
18.
为探明湖北克氏原螯虾(Procambarus clarkii)不同养殖群体形态特征差异,本研究通过多元统计分析,对湖北省主养区7个克氏原螯虾群体的形态指标进行分析,结果显示鄂州与江陵群体间的欧式距离最短。基于主成分分析,雌雄克氏原螯虾的前4个主成分累计贡献率分别是86.10%和87.31%,7个群体之间存在一定的差异,体重、头胸甲长、腹长、尾扇长以及第一腹节宽呈现显著性差异,是引起形态差异的主要因素。判别分析显示,7个群体雌性群体判别准确率最高的是江陵群体(83.3%),最低的是石首群体(40.0%),雄性群体判别率最高的是监利群体(90.9%),最低的同样是石首群体(56.7%)。综上结果表明,不同养殖地区克氏原螯虾在形态上有一定的分化。 相似文献
19.
虾夷扇贝微卫星标记的分离及其养殖群体的遗传结构分析 总被引：17，自引：4，他引：13
采用新型生物素-磁珠吸附微卫星与同位素杂交相结合的方法筛选出15对微卫星引物,并对大连地区3个虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)养殖群体(黑石礁海区、小长山岛海区、广鹿岛海区)的遗传结构进行分析.获得175个阳性克隆并测序,得到160个含微卫星的序列,其中完美型,非完美型和混合型分别占42.69%(73)、46.20%(79)和11.11%(19),经筛选得到15个微卫星标记.虾夷扇贝3个群体的有效等位基因数在1.000 0～8.857 3之间;期望杂合度在0.0211～0.9111之间;观测杂合度在0.000 0～0.877 8之间.表明这几个群体遗传多样件水平较高.群体间遗传相似系数在0.929 1～0.962 4,相似性较高.聚类分析显示,黑石礁群体与小长山岛群体遗传距离最小,亲缘关系最近.基于Hardy-Weinberg平衡的卡方检验表明3个群体均在一定程度上偏离了平衡.本研究所获得的微卫星位点可以为虾夷扇贝的群体遗传多样性分析和遗传图谱的构建等研究提供参考,群体的遗传结构分析对虾夷扇贝的养殖和遗传育种具有一定的指导意义.[中国水产科学,2009,16(1):39-46] 相似文献
20.
利用60对微卫星分子标记分别对罗氏沼虾3个养殖群体进行遗传多样性分析,通过比较样本量及标记量对遗传多样性指标的影响,探讨最适宜的样本量及标记量。结果显示,样本量和标记量的大小均对遗传多样性指数有较大的影响,其中样本量与平均等位基因数和平均有效等位基因数呈高度正相关,与杂合度和Nei氏遗传多样性指数分别呈中度、高度相关,样本量为10~30时,遗传参数变化差异显著,样本量大于30,变化差异不显著;标记量与遗传参数也存在不同程度的相关性,标记量为5~25时,各遗传多样性指数变化有明显差异,标记量大于25时,各遗传参数变化较小,多态信息含量不同的标记直接影响到群体遗传参数。性别对群体遗传多样性指标无显著性影响。研究表明,应尽可能选择多态信息含量高的微卫星分子标记开展罗氏沼虾群体遗传多样性分析,可不考虑样本性别,样本量不宜小于30,标记量不宜少于25。 相似文献