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1.
不同野生群体与家系养殖翘嘴鳜遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨长江野生群体、通江湖泊野生群体和家系养殖翘嘴鳜群体的遗传多样性,利用7个高度多态的微卫星标记对5个群体进行遗传分析。结果显示,7个微卫星位点的等位基因数、有效等位基因数平均值分别为29和9。观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息量平均值分别为0.853、0.886和0.875。通过平均多态信息量PIC统计发现,遗传多样性从大到小依次为:长江野生群体>梁子湖群体>洞庭湖群体>武汉养殖群体>无锡养殖群体。遗传距离及遗传相似系数分析表明,长江野生群体和无锡养殖群体间的遗传距离最大(0.813),遗传相似系数最小(0.444)。UPGMA聚类分析显示,5个群体可分为2个亚群,其中亚群I包括梁子湖群体、洞庭湖群体和长江野生群体,亚群II包括武汉养殖群体和无锡养殖群体。结果表明翘嘴鳜不同种群间的基因交流受到了一定的地理阻碍,特别是养殖群体与长江野生群体表现较高的遗传分化。 相似文献
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3.
巨魾野生群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：2，自引：0，他引：2
巨魾(Bagarius yarrelli)为云南特有的经济鱼类,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对元江下游的河口巨野生群体进行了遗传多样性分析,在50条随机引物中筛选出19条多态性较好的引物,通过PCR扩增,19条引物在巨群体中共检测到67个位点,其中多态性位点66个,平均多态性位点比率为98.51%,个体间平均遗传相似系数为0.890 9,个体间平均遗传距离为0.117 6;群体Nei's基因多样性指数为0.291 6,Shannon信息指数为0.426 9,结果表明巨野生群体具有较高的遗传多样性。 相似文献
4.
中国对虾养殖群体与野生群体线粒体控制区序列的比较 总被引：2，自引：1，他引：1
比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563 bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.967 2,略高于养殖群体(0.938 0),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.010 6,养殖群体核苷酸多样度为0.009 4,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.010 8,野生群体个体间平均遗传距离为0.010 7,养殖群体个体间平均遗传距离为0.009 5;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P检验显示两群体间没有随机交配现象(P= 0.000 9)。两群体间的FST值为0.069 8(P=0.00),表明两群体间存在显著的遗传分化。 相似文献
5.
文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP 分析 总被引：7，自引：0，他引：7
应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体,2个养殖群体）150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％,总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634;群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248,群体间的遗传距离为0．0394～0．1609,群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体,辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,辽宁庄河野生群体单独成为一支,辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起,辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起,但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示,所有个体基本是随机交叉聚类,不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明,文蛤群体94．04%的变异来源于群体内,群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明,文蛤群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。[中国水产科学,2008,15（2）：215-221] 相似文献
6.
罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本,采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7%)具有二态性等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快速品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,平均多态性信息含量依次为0.29、0.24、0.21、0.26和0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968和0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型进行统计分析,有9个位点处的BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,14个位点处3个养殖群体中杂合个体频数较MW群体低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。 相似文献
7.
罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析 总被引：19，自引：2，他引：19
利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。 相似文献
8.
中间球海胆野生和养殖群体遗传结构的微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用28对微卫星DNA分子标记对中间球海胆的1个野生和1个养殖群体进行了遗传多样性分析。结果表明：在28个基因座中,共检测到91个等位基因,每个基因座位检测到的等位基因数为2～6个,2个群体的平均等位基因数均为3.071 4,平均有效等位基因数分别为2.231 9、2.227 1,平均观察杂合度分别为0.523 4、0.536 5,平均期望杂合度为0.486 8、0.499 3,平均多态信息含量为0.447 7、0.439 6,群体间的多态性差异不显著。2个群体间的遗传相似系数为0.758 7,遗传距离为0.276 2。经HardyWeinberg平衡的卡方检验,有50％的位点显著偏离HardyWeinberg平衡。通过F检验发现,两个群体均处于不同程度的杂合子过剩状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。 相似文献
9.
日本沼虾三个野生群体亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究我国野生日本沼虾洞庭湖、鄱阳湖、龙感湖3个不同地理群体之间的亲缘关系,利用微卫星(SSR)分子标记技术对上述3个群体进行了亲缘关系分析。从47对引物中筛选出11对引物对日本沼虾上述3个不同地理群体的基因组进行PCR扩增,共扩增90个条带,其中69个(占76.6 ％)为多态性条带。参照pBR322DNA/MspI Marker估算所扩增的条带大小,根据条带的位置确定其基因型,并利用GENEPOP32软件进行遗传距离和相似指数数据分析。结果发现:日本沼虾3个不同地理群体间遗传距离最大为0.196 5,最小为0.186 1,平均遗传距离为0.188 8。采用NTsys2.20聚类分析软件的UPGMA聚类法进行聚类分析的结果表明:龙感湖群体与鄱阳湖群体的亲缘关系最近,而与洞庭湖群体的亲缘关系最远。 相似文献
10.
为了深入了解引进溪红点鲑种质遗传结构状况,本研究利用溪红点鲑转录组数据设计四核苷酸重复微卫星引物1 081对,选择其中200对进行引物合成,经过筛选鉴定共获得111个特异性好且扩增效率高的微卫星标记,用其中27个多态性标记比较分析了溪红点鲑引进群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,27个微卫星位点在2个群体中共检测到171个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.426 0～0.877 4,平均为0.673 1,其中23个位点高度多态(PIC≥0.5)。引进群体和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为5.555 6和4.444 4;平均有效等位基因数(Ne)分别为3.914 5和3.108 2;平均观测杂合度(Ho)分别为0.356 2和0.265 0;平均期望杂合度(He)分别为0.700 2和0.621 0;平均PIC分别为0.640 9和0.555 5。引进群体和养殖群体的遗传参数t检验结果显示,养殖群体的5项遗传多样性参数均显著或极显著低于引进群体,表明尽管溪红点鲑养殖群体的PIC仍处于高度多态水平(PIC≥0.5),但是经过多代群体自繁,已经出现等位基因严重富集的现象。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,在引进群体和养殖群体中分别有8个和4个位点尚未偏离平衡,且多数位点表现为杂合子缺失。2个群体间具有高度遗传分化(Fst=0.164 2),遗传相似系数为0.582 2,遗传距离为0.540 9,表明引进和养殖溪红点鲑群体间存在显著遗传分化。 相似文献
11.
The sequence-related amplified polymorphism (SRAP) technique was used to analyze the gene differentiation between two cultured
populations [Freshwater Fisheries Research Center (FFRC) and Qianzhou populations] and one wild population (Hanjian population)
of grass carp (Ctenopharyngodon idella). Some loci showed quite different genetic frequencies, attributable to artificial selection, which imply that these fragments
are putative markers of germplasm identification. We developed a simple and effective method to further characterize these
SRAP fragments. Specific SRAP bands were cut directly from polyacrylamide gels, re-amplified, cloned, and sequenced. Twenty-one
putative genetic markers were sequenced, ranging from 137 to 357 bp. The sequences were submitted to the database of the Genome
Sequence Survey. A BLAST analysis showed that eight SRAP fragments were highly similar to functional genes, whereas the other
13 had no similarity, indicating that these markers are tightly linked to the germ identification trait although only eight
are functional genes. Three primers were designed according to this sequence information and used for PCR amplification of
the three populations. A sequence-characterized amplified region (SCAR1) was positively amplified in the artificially cultured
populations but not in the wild population. The frequency of the SCAR3 marker in the cultured populations was 87% (26/174),
whereas it was only 6% (6/100) in the wild population. A specific band was isolated from all individuals in the wild population
with the SCAR3 primers, whereas the specific band was amplified from only seven individuals in the FFRC population and from
none of the Qianzhou population. The frequency of SCAR2 in the artificially cultured populations was 96.5%. These results
indicate that SCAR1 could be used as a specific molecular marker for population identification. The SCAR markers used in this
study offer a powerful, easy, and rapid method for genetic analysis and the discrimination of different populations. 相似文献
12.
草鱼野生群体和人工繁殖群体遗传结构的比较研究 总被引：16，自引：0，他引：16
采用新型分子标记SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)1个野生群体(来自邗江草鱼国家级原种场)和2个人工繁殖群体(分别来自淡水中心良种场和无锡前洲水产良种场)进行遗传多样性分析,从不同引物组合中筛选出8组条带清晰、多态性丰富的引物组合,每个引物组检测到的位点数为12～21个,在3个草鱼群体中共检测到120个位点,其中多态性位点有92个,多态位点比例为76.67%,显示了较高的多态性。野生群体与2个人工繁殖群体多态位点比例分别为67.62%、59.81%、53.33%,平均杂合度分别为0.214 3、0.211 0、0.172 2;邗江野生群体与2个人工繁殖群体间的遗传距离分别为0.098 0、0.115 9,两个人工繁殖群体间遗传距离为0.095 9。结果表明,草鱼人工繁殖群体遗传多样性有所下降。比较各扩增位点显性基因型频率在不同区间的分布发现,人工繁殖群体低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。 相似文献
13.
基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响 总被引：3，自引：2，他引：1
利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。 相似文献
14.
辽宁沿海海蜇与沙海蜇遗传多样性的AFLP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
海蜇和沙海蛰均为腔肠动物门的大型食用水母,采用AFLP分子标记技术对辽宁沿海的海蜇野生群体、养殖群体和沙海蜇野生群体共90个个体进行了遗传多样性分析.10对引物共得到560个稳定扩增位点.3个群体的多态性位点比例为海蜇野生群体82.05%.海蜇养殖群体78.46%,沙海蜇野生群体74.10%;平均杂合度分别为0.2072,0.1850和0.2116,Shannon多样性指数分别为0.3248、0.2954和0.3262,海蜇野生群体与海蜇养殖群体和沙海蜇野生群体的遗传距离分别为0.0300和0.2702.分析结果表明,3个群体的遗传多样性均保持了相对较高的水平. 相似文献
15.
Yahong Huang Quanping Lu Jianlin Pan Jiaxin Yang 《Journal of the World Aquaculture Society》2011,42(4):504-511
Genetic diversities of five domestic and five wild populations of the freshwater prawn, Macrobrachium nipponense, in Jiangsu Province, China, were assessed by amplified fragment length polymorphism analysis. A total of 267 unambiguous polymorphic bands were detected from 300 individuals. The percentage of polymorphic bands varied from 33.64 to 55.14% in the 10 populations. The Nei genetic diversities of the wild populations and their domestic counterparts after several generations were 0.185 ± 0.024 and 0.164 ± 0.013, respectively, showing a decrease in genetic diversity in domestic populations. The largest genetic differentiation exists among the populations from different geographical locations, whereas there was less differentiation between the wild and domestic population in the same site. The cultured population in the north of Jiangsu Province where the large individuals of the prawns were harvested twice a year in spring and autumn for 4 yr almost had no change of genetic diversity (P > 0.05); whereas the cultured population in the south of Jiangsu where the large individuals were harvested all the year had a significantly reduced genetic diversity (P < 0.05). Therefore, we deduced that the aquaculture model in the north of Jiangsu should be better than that in the south. The results may be helpful to genetic enhancement and conservation programs of this species. 相似文献
16.
Genetic variation of wild and cultured populations of the Kuruma prawn Marsupenaeus japonicus (Bate 1888) using microsatellites 总被引：1，自引：0，他引：1
The microsatellite DNA technique was used to detect the genetic variations between wild and cultured populations of Kuruma prawn Marsupenaeus japonicus Bate 1888. All the six microsatellite loci screened in this study showed high polymorphism for their PIC (0.6701–0.8989), which was much more than the standard value of 0.5. A total of 73 alleles were observed over six loci from 93 shrimps. The mean number of allele locus ranged from 9.83 (cultured) to 11.83 (wild). The number of effective alleles varied from 6.86 (cultured) to 8.58 (wild). The average of observed heterozygosity (Ho) of populations varied from 0.6935 (cultured) to 0.7370 (wild), and that of expected heterozygosity (He) was 0.8169 (wild) and 0.8209 (cultured). Tests of Hardy–Weinberg showed that these loci deviated significantly or highly significantly in one or both populations. Compared with the wild population, the cultured population showed little reduction in genetic variation. The total number of alleles (71, 59) was not significantly (P=0.296) different between wild and cultured populations. The paired‐samples t test of observed heterozygosity and expected heterozygosity implied that there was no significant difference (P=0.572 and 0.891 respectively) between wild and cultured populations. However, some rare allele loss might have occurred in the cultured population. A total of 14 unique alleles were found in the wild population, but only two unique alleles were observed in the cultured population. Therefore, there is a need to monitor genetic variability of cultured population, and to improve the hatchery program for the conservation of wild Kuruma prawn resources. 相似文献
17.
中国达氏鳇野生群体和两个养殖群体的线粒体遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(H_d)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。 相似文献
18.
Na Song Xiumei Zhang Tianxiang Gao Takashi Yanagimoto 《Journal of the World Aquaculture Society》2011,42(4):512-521
To examine the present population genetic diversity and variability of Japanese flounder, a 394‐bp hypervariable fragment of mtDNA control region was sequenced. A total of 215 individuals from two wild and eight cultured populations were analyzed. The 91 variable sites defined 61 haplotypes and 12 of them were shared. Six single base pair insertion/deletions were detected. The haplotype diversity (h), the nucleotide diversity (π), and mean number of pairwise differences (k) in cultured populations (h = 0.443–0.844; π = 0.010–0.030; k = 3.745–11.838) were obviously lower than those in the wild populations (h = 0.987–0.988; π = 0.032; k = 12.443–12.718). Fixation index (Fst) and analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that significant genetic differentiation mainly existed among cultured populations. The results of the exact test of population differentiation (nondifferentiation exact P values) rejected a panmictic mtDNA gene pool in all cultured populations. The results of this study indicated that genetic diversity of cultured Japanese flounder populations in China had significantly declined due to farm propagation and an increase in broodstock number should increase genetic diversity in cultured Japanese flounder base on the genetic theory. 相似文献
19.
采用磁珠富集法筛选适合漠斑牙鲆遗传多样性分析的微卫星分子标记。筛选共获得43条序列,其中完美型26个,占60.5%;非完美型14个,占32.6%;复合型3个,占6.9%。选取其中14对特异性好且扩增效率高的微卫星引物,对采自美国北卡罗来纳州沿海的漠斑牙鲆野生群体和养殖群体进行遗传多样性及遗传结构比较分析。研究结果表明,12对引物的扩增产物具有多态性,其中7个位点为高度多态(PIC>0.5)。两个群体中共检测到90个等位基因。12个多态性微卫星位点在两个群体中的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36和0.57。9个位点在整个群体中呈现出不同程度的偏离遗传平衡(P<0.05),且偏离平衡的位点均表现为杂合子缺失(Fis>0)。野生群体和养殖群体间的遗传距离为0.1115,群体间的遗传分化微弱(Fst=0.0438)。 相似文献
20.
草鱼野生与选育群体遗传变异微卫星分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。 相似文献