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1.
【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属（Longpotamon）代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树（BI）和最大似然树（ML）,探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%（T）、16.4%~20.2%（C）、26.8%~28.9%（A）和14.7%~17.2%（G）,呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹（Longpotamon changanense）与龙溪蟹未定种（Longpotamon sp.）的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属（Longpotamon）的小龙溪蟹（L.parvum）并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属（Sinolapotamon）、近溪蟹属（Potamiscus）和小石蟹属（Tenuilapotamon）物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。 相似文献
2.
为从分子水平分析我国裸颊鲷属(Lethrinus)鱼类系统分类关系，同时探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因作为分子标记在裸颊鲷属鱼类物种鉴定和亲缘关系的可信性.本研究通过PCR扩增及测序获得了我国南海10种裸颊鲷COⅠ基因部分序列，结合GenBank下载的2种裸颊鲷最后共12种37个个体线粒体COⅠ基因序列，利用MEGA5.0计算序列的系统进化位点，基于最大似然法构建分子系统进化树．结果表明：12种裸颊鲷种内遗传距离为0.000~0.005，平均遗传距离为0.002，远低于物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%)；种间遗传距离为0.074~0.210，平均遗传距离为0.155，种间遗传距离是种内遗传距离77.5倍，表明COⅠ基因可作为裸颊鲷鱼类物种鉴定条形码基因．构建的进化树上，12种裸颊鲷属鱼类主要形成4个分支，长吻裸颊鲷最先分化，单独形成一支(分支Ⅳ)，位于进化树基部. 其次是红鳍裸颊鲷也单独形成一支(分支Ⅲ). 剩下的裸颊鲷主要聚为两支：分支I包含5种裸颊鲷，该分支裸颊鲷大部分体型较低，牙齿为犬牙状齿；分支II包含5种裸颊鲷，该分支裸颊鲷体型较高，牙齿为臼状齿，与前人研究将裸颊鲷基本分为高体型臼状齿，低体型犬牙状齿两个类群结果一致.也支持前人推断认为裸颊鲷祖先先形成高体型犬牙状齿特征，后期进化过程中逐渐分化出高体型臼状齿及低体型圆锥状齿的类群的观点. 相似文献
3.
基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。 相似文献
4.
【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。 相似文献
5.
基于 SSR 标记的广东含笑等 11 个
含笑属物种亲缘关系研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】含笑属植物是我国南方地区重要的园林绿化和用材树种,但目前种间的遗传关系尚不明确,以开发高效的基因分型手段进行各物种亲缘关系研究,可为含笑属的保护和开发利用提供理论和技术支撑。【方法】以广东含笑等11个物种为研究材料,筛选高多态性SSR引物,利用基于M13序列的荧光标记方法获取基因分型数据,计算遗传多样性参数,并利用Neighbor-Joining(NJ)方法构建进化树,分析种间的亲缘关系。【结果】12对SSR引物均具有较高的多态性,扩增成功率为90.9%,可以高效地完成基因分型,12个标记的平均等位基因数为8.17;Shannon多样性指数(I)平均值为1.836;观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的平均值分别是0.365、0.839和 0.796。聚类分析结果显示,分属不同亚属的物种在NJ进化树上可以被明显区分开来,其中后生含笑亚属物种被聚类在两个主要分支上,含笑亚属的3个物种被聚类在一个主要分支上,亲缘关系分析结果与以往的分类学研究结果一致。【结论】SSR标记基因分型体系可以较好地完成广东含笑等11个物种的基因分型,在未来的杂交亲本评选、亲本选配和杂交子代亲缘关系鉴定等方面均可以发挥重要作用。 相似文献
6.
【目的】了解我国西南地区不同玉米地方品种的遗传多样性,为合理利用这些玉米种质资源提供参考。【方法】以西南地区12份玉米地方品种为材料,对Glb1基因片段进行克隆、测序及序列比对,分析其遗传多样性。【结果】12份玉米材料Glb1基因序列长度为1138-1149 bp,其序列一致性为96.21%。12份材料Glb1基因序列间存在较多的变异位点,大于等于3 bp的插入/缺失有8个,主要位于第81-84、122-128、161-164、368-371、428-442、668-680、966-976和1003-1011 bp。不同玉米地方品种材料间的遗传相似系数为96.50%-100.00%,平均为98.58%。根据聚类分析结果可将12份材料分为五大类,且来源于同一地区的玉米材料趋向于聚为一类。【结论】Glb1基因具有较高的保守性,所选材料间Glb1基因序列存在一定的遗传多样性,利用Glb1基因序列可作为鉴定不同玉米地方品种的一种理想分子标记。 相似文献
7.
【目的】探讨热带亚洲地区乔木种的谱系地理分布格局及其演化历史。【方法】以热带雨林群落代表乔木种高山榕为研究对象,采集了热带亚洲大陆北缘25个高山榕种群177个个体,采用叶绿体DNA (cpDNA)片段psbA-trnH测序的方法,对其遗传多样性、种群结构及种群历史动态进行分析。【结果】高山榕种群遗传多样性较低(HT=0.378),只得到3个psbA-trnH单倍型,然而其中2个祖先单倍型被高山榕与近缘种共享。两两种群间遗传分化值FST在0.000~1.000之间,基因流水平低(Nm=0.260),97.8%的遗传变异来自于种群间,但不存在明显的亲缘地理结构[GST (0.887NST (0.799)]。分子进化中性检验结果表明:自然选择在分子进化过程中未发挥重要作用,而失配分析显示为单峰分布。【结论】综合中性检验、失配分析以及物种分布模型结果,显示高山榕经历了缓慢的种群扩张过程,而有限的种子散播能力可能限制了种群间的基因流,导致高山榕种群扩张缓慢。 相似文献
8.
于甘肃省境内长江水系、黄河水系和内陆河水系共8个采样点,采集3种裂腹鱼亚科鱼类——黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)、祁连裸鲤(Gymnocypris chilianensis)和嘉陵裸裂尻鱼(Schizopygopsis kialingensis)样本294尾,以线粒体Cyt b基因为分子标记,对3种裂腹鱼的系统发育关系进行分析,并对其不同地理种群的遗传多样性现状与遗传分化情况进行研究。基于NJ和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果发现,黄河裸裂尻鱼构成单系,且具有较高支持率;而嘉陵裸裂尻鱼位于祁连裸鲤的分支内部。遗传多样性分析结果显示,70尾黄河裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出23个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.917和0.003 10;132尾祁连裸鲤的Cyt b基因共检测出28个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.819和0.009 82;92尾嘉陵裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出13个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.706和0.002 33。种群遗传分化研究结果表明,这3种裂腹鱼同一物种的不同地理种群间均存在显著的遗传分化,该结果揭示了地理隔离对3种裂腹鱼有显著的阻隔影响,对整体的分化适应有重要作用,因此在资源保护管理中应当作为不同的单元分别加以对待。 相似文献
9.
不同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]深入了解ATGL基因的遗传多样性以及不同物种ATGL基因间的分子系统进化关系。[方法]应用比较基因组学和生物信息学方法分析了8个物种ATGL基因的遗传多样性和分子系统进化。[结果]32条基因序列共检测到77个多态位点,发现12种单倍型。各物种间核苷酸歧异度和净遗传距离分别在0.005 48~0.197 37和0.004 39~0.197 37。分子系统进化树结果显示,人、猕猴、黑猩猩之间以及挪威鼠和家鼠之间的亲缘关系较近,而狗、牛与家鼠间的亲缘关系较远。人、家鼠和猪的非同义替换位点数明显高于同义替换位点数。各同源ATGL基因的有效密码子数和密码子偏爱指数分别在27.618~38.016和0.643~0.807。[结论]该结果为进一步研究AT-GL基因的生物学功能和确定动物脂肪沉积及肉质性状的候选分子标记提供了基础资料。 相似文献
10.
【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法（ML）和最大简约法（MP）分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%~35.9% T、18.9%~27.2% C、25.3%~29.7% A及16.6%~19.0% G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现出遗传密码的简并性.遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均表明,日本大眼蟹与万岁大眼蟹的亲缘关系最近、太平大眼蟹与绒毛大眼蟹的亲缘关系最近,而拉氏大眼蟹的进化地位及大眼蟹属是否为单系群还需进一步研究。【结论】 21种大眼蟹线粒体COI基因序列均有区别于其他种类的特异位点,可考虑作为物种鉴定的分子标记;但用于多序列比对的COI基因部分序列包含有效信息位点有限,在解析某些物种间的亲缘关系上仍显不足,部分种类间的亲缘关系可信度较低,因此后续研究应基于更多基因序列及更多物种数以解决这一问题。 相似文献
11.
【目的】评价米槁(Cinnamomum migao H.W.Li)天然种群的遗传多样性,为其遗传资源的保护和利用提供理论依据。【方法】采用ISSR分子标记,对采自贵州的8个米槁天然种群及其62株个体的遗传多样性和遗传结构进行分析,基于遗传相似系数和遗传距离对8个种群进行UPGMA聚类分析,并对62株米槁建立PCoA散点聚类图。【结果】米槁8个天然种群通过19条引物扩增出167个多态性条带,多态性条带比例为89.78%。米槁种群间平均观测等位基因数为1.572 6,有效等位基因数为1.390 9,Nei’s基因多样性指数为0.223 3,Shannon’s多样数指数为0.328 2,多态性条带比例为57.26%,基因分化系数为0.263 6,米槁不同天然种群上述遗传多样性指标均显示为物种水平种群水平;8个米槁种群的遗传距离均不高(0.046 4~0.241 3),种群间的遗传变异程度较低;米槁种群间的基因流为1.396 81,说明种群间存在基因流动,但种群间的遗传分化较小。UPGMA聚类结果显示,8个种群中镇宁(ZN)单独为一类,罗甸1(LD1)、罗甸2(LD2)、望谟1(WM1)、望谟2(WM2)聚为一类,册亨(CH)、荔波(LB)、贞丰(ZF)聚为一类,聚类结果反映出地理距离近的种群聚在一起;PCoA散点聚类图显示,62株米槁明显分为2个谱系,谱系1为罗甸2个种群,谱系2包含镇宁(ZN)、贞丰(ZF)、册亨(CH)、荔波(LB),望谟2个种群兼具2个谱系的遗传信息。【结论】米槁种群间和种内遗传多样性丰富,具有进一步改良的潜力。 相似文献
12.
【目的】探讨不同择伐方式对云南松群体遗传多样性的影响。【方法】采用SSR分子标记技术分析云南松留优去劣、无人为择伐和伐优留劣3种方式的遗传多样性,比较遗传多样性的变异规律。【结果】云南松群体有效等位基因、Shannon′s信息指数和多态位点百分率分别为2.121、0.819和95.56%,云南松群体遗传多样性丰富。各群体间的遗传分化系数为0.012,遗传分化低,基因流高,变异主要来源于群体内,留优去劣群体的遗传多样性水平稍高于其他两类群体。【结论】不同择伐方式对云南松群体遗传多样性的影响不明显,生产中可对林分适度择伐,且保留优质木。 相似文献
13.
基于SSR-PCR标记的新疆喜盐鸢尾居群遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR分子标记对新疆喜盐鸢尾9个地理居群进行了遗传多样性研究。结果表明,新疆喜盐鸢尾具有较高的遗传多样性,6对引物共扩增出45个位点;物种水平上Nei’s基因多样性指数为0.294 9,Shannon多样性指数为0.467 2,种内总基因多样性为0.294 9;居群内基因多样性为0.246 8,71.58%的遗传变异存在于居群内,28.42%的遗传变异存在于居群间;居群间的遗传分化系数为0.284 2,基因流为1.259 3。UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的居群优先聚集。 相似文献
14.
《西南农业学报》2021,(2)
【目的】为全面了解新疆地方绵羊品种的遗传多样性和系统发育关系,为后期选种、保种和种质资源合理利用提供理论依据。【方法】对新疆13个地方绵羊品种线粒体DNA细胞色素b(cytochrome b, cytb)基因序列进行PCR扩增和测序分析。【结果】除和田羊外,其余12个品种遗传多样性均较丰富;中性检验显示和田羊经历过种群扩张;遗传距离和聚类分析显示和田羊与策勒黑羊遗传距离最近,与巴尔楚克羊遗传距离最远,其它品种与巴尔楚克羊的遗传距离均较远;单倍型网络图分析显示,13个地方品种分为3个分支;分子方差分析表明,群体内变异占91.33%,群体间变异占8.67%,品种间分化不明显。【结论】新疆13个地方绵羊品种有3个母系起源,其亲缘关系与育成史和地理分布基本一致,和田羊的遗传多样性较低,需要加强遗传资源保护。 相似文献
15.
《四川农业大学学报》2017,(2):273-279
【目的】通过比较线粒体DNA上的12S rRNA和Cyt b基因分子标记在几类野生动物物种鉴定中的效果差异,以确定基因标记技术在野生动物物种鉴定中的有效性。【方法】提取各类野生动物样本DNA,PCR扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因片段和Cyt b基因片段,对PCR产物进行电泳检测及测序分析,测序结果在Gen Bank上进行BLAST搜索,同源性分析。并将实验序列和NCBI上下载的与该序列存在同源性的序列用软件MEGA 7.0进行比对并构建进化树。【结果】从各类样本中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了用于动物种属鉴定的12S rRNA基因片段、Cyt b基因片段。测序分析结果表明用12S rRNA基因片段和Cyt b基因片段均可准确鉴定黑熊、藏羚羊、鬣羚、穿山甲样本的动物种属,但12S rRNA基因片段无法准确鉴定北山羊样本,BLAST搜索结果为其近缘物种山羊,而Cyt b基因片段却可准确鉴定北山羊。各样本基于12S rRNA、Cyt b基因序列构建进化树的结果与BLAST搜索结果相符。【结论】单一位点基因标记能够准确鉴别亲缘关系较远的物种。但对某些近缘物种,单一位点基因标记的鉴别能力较差,故野生动物物种鉴定宜选用2个以上的基因标记位点。 相似文献
16.
利用产量功能基因标记分析三系杂交水稻亲本的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】利用功能基因标记分析三系杂交稻亲本的遗传多样性。【方法】利用44个根据文献共同报道的QTL位点或者已经被精细定位或已克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的功能基因标记,以及29个覆盖水稻12条染色体的在三系杂交水稻亲本间多态性高、带型清晰、重复性好的SSR标记分析76个三系杂交水稻亲本的遗传多样性。按POPGEN32分析软件要求将PCR扩增产物的凝胶电泳结果数字化,将数字化的矩阵数据转换为基因型数据,在POPGEN32软件下计算等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、多态性位点百分率（P）、Nei’s遗传多样性指数（He）,用于评价所有亲本材料的基因多样性;计算遗传分化系数（Fst）、Nei遗传距离（D）,进行遗传结构和遗传关系检测。利用NTSYS-pc2.10e软件计算品种间遗传相似系数（GS）,并根据GS按非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,绘制品种间遗传聚类树状图。【结果】44个功能基因标记中有37个标记具有多态性,多态性位点百分率（P）84.09%,共检测到86个等位基因位点,平均每个位点2.32个,变化范围2-4个;其中有效等位基因（Ne）62.95个,占73.2%,Nei’s遗传多样性指数（He）变幅为0.049-0.831,平均值0.585。76份材料间的遗传相似系数（GS）变幅为0.323-0.973,平均值0.650。聚类分析表明在遗传相似系数0.618处分为保持系和恢复系两类。保持系和恢复系间的遗传分化系数（Fst）为0.151,属高度遗传分化,Nei遗传距离（GD）0.185,类群内遗传距离相对较小,类群间遗传距离相对较大。29个SSR标记共检测到72个等位基因位点,平均每个位点2.48个,变化范围2-4个;聚类分析表明未能将保持系和恢复系分为两类,部分保持系聚类在了恢复系群,部分恢复系聚类在了保持系群。【结论】相对于普通分子标记,功能基因标记具有较高的DNA多态性检测效率,用于类群划分和种质资源的多样性分析等方面更具准确性和可靠性;三系杂交稻亲本在44个产量功能基因位点的亲缘关系较近,遗传基础狭窄,同源性较高。但保持系群和恢复群系间在这些功能基因位点的遗传差异较大,遗传分化程度较高,杂交水稻骨干亲本在产量性状上仍具有较高的杂种优势利用空间。 相似文献
17.
【目的】探讨赖草属林下组植物的种间系统关系与GBSSI基因的分子进化式样。【方法】对赖草属林下组3个类群的GBSSI基因序列进行多克隆测序,并将其与来自小麦族8个代表Ns,St,P,F,Ee和Eb基因组的二倍体植物的GBSSI序列进行序列与系统比较分析。【结果】基因序列多态性与系统发育分析表明:①L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus亲缘关系密切;②不同Ns基因组供体参与多倍化物种形成可能导致L.komarovii与L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus发生遗传分化;③赖草属林下组植物的GBSSI基因序列在Ns基因组拷贝上的多态性水平低于新麦草属植物Ns基因组序列多态性。【结论】支持L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus互为种与变种的分类等级。复制基因GBSSI在多倍体中多态性水平不平等。 相似文献
18.
【目的】为从分子水平进一步鉴定引起香蕉叶斑病的突脐蠕孢霉,对突脐蠕孢的Brn1基因序列进行了分析。【方法】用引物Brn101(5’-GCCAACATCGCAAACATGG-3’)andBrn102(5’-GCAAGCAGCACCGTCAATACCAAT-3’)对3个分生孢子形态差异较大的香蕉突脐蠕孢叶斑病菌(CLER09、D087和JL05)的Brn1基因进行PCR扩增和系统发育分析。【结果】不同菌株间存在简单的碱基缺失和替换,供试菌株与Exserohilum rostratum在系统发育树上聚类在同一个分支,与Exserohilum属其他种明显分开,形成一个独立的演化群。遗传距离分析表明,供试菌株与E.rostratum亲缘关系相近,菌株间的遗传距离为0.000～0.018,而Exserohilum属种间的遗传距离为0.020～0.093。【结论】E.rostratum菌株间的遗传变异较大,但仍属种内变异;Brn1基因可作为支持具有明显形态变异菌株为E.rostratum成员的分子依据。 相似文献
19.
【目的】为从分子水平进一步鉴定引起香蕉叶斑病的突脐蠕孢霉,对突脐蠕孢的Brn1基因序列进行了分析。【方法】用引物Brn1 01 （5'-GCCAACATCGCAAACATGG-3'） and Brn1 02 （5'-GCAAGCAGCACCGTCAATACCAAT-3'） 对3个分生孢子形态差异较大的香蕉突脐蠕孢叶斑病菌（CLER09、D087和JL05）的Brn1基因进行PCR扩增和系统发育分析。【结果】不同菌株间存在简单的碱基缺失和替换,供试菌株与Exserohilum rostratum在系统发育树上聚类在同一个分支,与Exserohilum属其他种明显分开,形成一个独立的演化群。遗传距离分析表明,供试菌株与E. rostratum亲缘关系相近,菌株间的遗传距离为0.000~0.018,而Exserohilum属种间的遗传距离为0.020~0.093。【结论】E. rostratum菌株间的遗传变异较大,但仍属种内变异;Brn1基因可作为支持具有明显形态变异菌株为E. rostratum成员的分子依据。 相似文献
20.
利用CDDP标记的菏泽牡丹品种资源的遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】在品种群水平和花色群体水平上分析菏泽牡丹资源的遗传多样性和遗传分化,为该资源的保护和利用提供理论依据与技术支持。【方法】利用CDDP分子标记技术,对白、粉、黑、红、黄、蓝、绿、紫红、紫和复色系等10个花色群体构成的299份菏泽牡丹品种资源的基因组DNA进行扩增分析。【结果】用18条CDDP引物对10个花色群体共299份样品进行扩增,共检测到385条扩增带,其中多态性条带368条,特异条带23条,分别占总条带的95.58%和5.97%。在品种群水平上,Nei’s基因多样性指数、有效等位基因数和Shannon信息指数分别为0.1648、1.2569和0.2695;在花色群体水平上,上述指标依次为0.1451、1.2313和0.2306。综合分析各项指标得出,红色系和紫色系具有较高的遗传多样性,复色系和绿色系牡丹的遗传多样性较低。花色群体间的遗传距离较近,平均为0.0271;遗传一致度较高,平均为0.9735;遗传分化系数为0.1252,表明只有12. 52%的遗传分化存在于群体间;群体间还具有较大基因流值（3.4939）。遗传多样性分析和UPGMA聚类结果在分子水平上验证了牡丹品种资源的花色演化趋势：以粉色系和红色系为中心,渐渐演化出紫红、紫、蓝和白色系,再进化为黄色系和黑色系,绿色系和复色系属于退化的色系。【结论】CDDP技术可有效揭示牡丹种质资源的遗传多样性。在品种群水平上,菏泽牡丹品种资源遗传多样性高于花色群体水平。花色群体间存在一定程度的遗传分化。聚类结果揭示了牡丹花色的演化趋势。 相似文献