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1.
华南虎绦虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关绦虫ITS序列进行对比分析,结果显示,采自广州动物园华南虎的2条绦虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为1387bp,序列相似性为100%,与猬迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei)、舌形属绦虫(Diphyllobothrium ligula)、宽节双叶槽绦虫(Diphyllobothriumlatum)的ITS及5.8S rDNA序列相似性分别为96.7%、66.5%、71.5%,结果显示,此次分离的绦虫属于迭宫属的猬迭宫绦虫,所测得的华南虎猬迭宫绦虫的ITS序列为首次报道。 相似文献
2.
对采自哈尔滨北方森林动物园美洲狮体内蛔虫进行分子生物学鉴定。首先提取狮体内蛔虫基因组DNA,以特异性引物扩增虫体核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列并进行测序,然后与其他蛔科线虫比对,分析亲缘关系。结果显示狮体内蛔虫ITS及5.8S rDNA序列总长为925 bp,其中ITS1序列长为423 bp,5.8S序列长为157 bp,ITS2序列长为345 bp。与狮弓蛔虫、犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫和犊弓首蛔虫间的同源性分别为96%,70.7%,70.7%,75.2%,因此鉴定该虫为狮弓蛔虫。 相似文献
3.
以俄罗斯进境的冻黄盖鲽鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2 PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,并进行克隆,转化、测序和序列分析,对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为1 034 bp。包含部分的18S、28S及全部的ITS1(431 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(349 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank已登记的Hysterothylacium aduncum同源性均在99.5%以上,与其他科线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从黄盖鲽鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与H.aduncum处于同一分支。研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。 相似文献
4.
林洁 《西南大学学报(自然科学版)》2013,35(9):049-054
为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA 序列的遗传变异情况,本研究利
用PCR扩增胃瘤线虫rDNA的片段,将目的片段克隆至pMDTM19-T Vector载体,对阳性克隆进行测序,序列用
BLAST和MEGA4.0进行相似性和种系发育分析.结果表明6株胃瘤线虫分离株扩增的序列总长存在差异(890~
892bp),其中ITS-1序列长度为350~351bp、5.8S序列长度为102~103bp及ITS-2序列长度为343bp.渝西地
区胃瘤线虫ITS序列与不同宿主胃瘤线虫的相似性最高为98.3%,表明ITS可作为分子标记用于胃瘤线虫与其他
线虫的种间鉴定. 相似文献
5.
水稻橙叶病植原体16S rDNA基因的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用植原体16S rDNA通用引物对水稻橙叶病发病植株的DNA进行了PCR扩增和基因克隆.序列测定表明,PCR扩增的片段全长为1 853 bp,包括1 527 bp的水稻橙叶病植原体(RYL)的16S rDNA基因全序列、234 bp的邻近间隔区的序列及部分(92 bp)23S rDNA基因序列.序列比较结果表明,RYL的16S rDNA全序列与其他植原体的相似性在88%～95%,其中与America aster yellows(AAY,GenBank登录号X68373)最高相似性为95%.利用最大简约法构建的16S rDNA系统演化树结果表明:RYL与AAY亲缘关系最近,同被聚类为翠菊黄化组(16Sr Ⅰ). 相似文献
6.
《农业与技术》2016,(21)
本文通过扩增食用菌的ITS序列对徐州市售双孢蘑菇、香菇、杏鲍菇和草菇的分类学地位进行了研究,将4种食用菌的ITS序列与Eztaxon数据库中真菌模式菌株数据进行比对,选取亲缘关系最近物种的ITS序列,采用Clustalx 1.8软件和MEGA5.0软件构建分子发育树。研究结果为双孢蘑菇、香菇、杏鲍菇和草菇的ITS序列长度分别为677bp、672bp、605bp和643bp;4种食用菌与亲缘关系最近物种构建的分子发育树表明,双孢蘑菇与模式菌株Agaricus bisporus(登录号:AJ133385)序列相似性为100%;香菇与模式菌株Lentinula edodes(登录号:JQ797414)序列相似性为100%;杏鲍菇与模式菌株Pleurotus ostreatus(登录号:AB733143)序列相似性为100%;草菇与模式菌株Volvariella volvacea(登录号:AY636049)序列相似性为99%。初步确定双孢蘑菇为蘑菇属的Agaricus bisporus;香菇为香菇属的Lentinula edodes;杏鲍菇为侧耳属的Pleurotus ostreatus;草菇为小包脚菇属的Volvariella volvacea。 相似文献
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在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。 相似文献
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赞皇大枣枣疯病植原体分子分类 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本试验旨在明确惟一已知的天然三倍体品种--赞皇大枣枣疯病植原体的分类地位,为赞皇大枣枣疯病植原体分类研究提供参考。【方法】利用植原体16S rDNA通用引物对赞皇大枣枣疯病病株的DNA进行PCR扩增和克隆测序,通过BLAST比对进行序列分析,利用临位相连法构建16S rDNA系统演化树,并应用DNAstar软件进行虚拟RFLP分析。【结果】获得的赞皇大枣枣疯病植原体16S rDNA序列长度为1 850 bp（GenBank登录号GU184180）,包括1 529 bp的16S rDNA基因全序列、264 bp的邻近间隔区序列及57 bp的23S rDNA部分基因序列。同源分析表明,赞皇大枣枣疯病病原16S rDNA序列与其它植原体的相似性在87%—98%,其中与榆树黄化 Elm yellows（EY）(GenBank登录号l33763)最高相似性为98%;与大多数二倍体枣品种的植原体序列相似率达99%以上;其虚拟RFLP图谱与4个16SrⅤ亚组的代表序列图谱差异显著,赞皇大枣枣疯病植原体延伸因子tuf基因的序列(GenBank登录号JN001985) 比对结果表明,与其它亚组序列同源性为52.3%—76.7%。【结论】三倍体赞皇大枣枣疯病病原属于榆树黄化组(16Sr V),并与其中的B亚组亲缘关系最近;与二倍体品种的病原分类地位一致,说明枣疯病植原体在系统进化上比较保守。 相似文献
9.
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助. 相似文献
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采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。 相似文献
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[Objective] The study aimed to identify Alternaria Nees. from some areas of China at molecular level by analyzing the rDNA ITS sequence.[Method] The DNA sequences coding for the 5.8S rDNA and the flanking internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) were amplified by PCR with universal primers ITS4 and ITS5 and subsequently sequenced for 34 Alternaria isolates from different areas of China.[Result] Sequences analysis showed that 5.8S rDNA was 159 bp and no variation in tested 34 isolates. There had variables sites in ITS. The isolates that had same sequences as A.tenuissima or A.alternata all put up eurytopicity to area and host. The variables sites of the isolates showed the diversity of Alternaria in the hosts of Oleaceae, Rosaceae and Solanaceae. At the same time that ITS could not clearly separated the isolates was indicated. The results indicated that the phylogenetic relationship were not closely related to the geographical origin and hosts of these isolates.[Conclusion] The sequence analysis of ITS region could provide theory basis for the identification of Alternaria Nees.. 相似文献
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用PCR方法克隆延边地区膜荚黄芪的核糖体DNA ITS区域并进行序列分析。结果表明:延边地区膜荚黄芪ITS1的序列长度为228bp,5.8SrDNA长度为164bp,ITS2的序列长度为210bp;序列分析表明延边地区和甘肃的ITS1和5.8SrDNA完全一致,而ITS2第82位处有1个碱基的置换(T/C)。 相似文献
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我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。 相似文献
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酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定. 相似文献
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有齿食道口线虫ITS及5.8S DNA片段的PCR扩增、克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
运用PCR方法以保守引物NC5及NC2扩增了从广东阳江地区猪体分离的食道口线虫rDNA 的内转录间隔区（ITS）及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体，用PCR技术及酶切鉴定阳性菌落，对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明，扩增的片段大小为828 bp，包含部分的18S、28S及全部的ITS-1（362 bp）、5.8S(153 bp)及ITS-2（217 bp）序列。序列比较表明，该食道口线虫为有齿食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪有齿食道口线虫的ITS及5.8S序列，为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。 相似文献
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Phylogenetic Relationships of Sorghum and Related Species Inferred from Sequence Analysis of the nrDNA ITS Region 总被引：3，自引：0，他引：3
GUO Qiong-xia HUANG Ke-hui YU Yun HUANG Zhen WU Zhen-quan 《中国农业科学(英文版)》2006,5(4):250-256
Analysis of phylogenetic and evolution in six species of Sorghum was based on internal transcribed spacer （ITS） sequences in nuclear ribosomal DNA. Results showed that the length of the ITS regions among the six species ranged from 588 to 589 bp and the contents of G＋C in ITS （ITS1 ＋5.8S＋ITS2） regions ranged from 60.27 to 61.05%; the length of ITS1 ranged from 207 to 208 bp and the contents of G ＋ C in the ITS 1 regions ranged from 53.91 to 61.54%. The length of the 5.8S rDNA and ITS2 regions in the six species was 164 and 217 bp respectively, and the contents of G ＋ C ranged from 56.10 to 58.54% in the 5.8S rDNA region and 66.36 to 67,28% in the ITS2 region. Among regions of ITS, ITS1, ITS2, and 5.8S, the best sequence for genetic relationship analysis in the six species was the ITS region. On the basis of the Jaccard coefficient and phylogentic tree, S. sp. was more related to S, propinguum than to other species. This was consistent with the fact that S. sp. is derived from S. propinguum. From the phylogenetic tree based on ITS1, S. halepense, silk sorghum and S. sudanense, are identical in the ITS 1 sequence, whereas the phylogenetic tree based one shows that S. sudanense has a closer genetic association with S. almum rather than with S. halepense and silk sorghum. 相似文献
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自2010年云南省昆明市周边及丽江市蓝莓商业化种植区发生了一种蓝莓新病害,典型症状为茎干和枝条枯萎死亡,发病早期部分枝条和叶片枯萎但不脱落,韧皮或木质部横切面呈轻棕黄色或灰黑色变色。采用温室接种致病性测定、形态及分子鉴定等方法对蓝莓枝干溃疡病病原进行研究。结果表明：从各种植区采集病样 15 份,分离获得来自蓝莓病株茎干、枝等器官的15个生长较一致的真菌分离物;致病性试验证实,均为蓝莓枝干溃疡病病原菌;经形态学鉴定为Botryosphaeria dothidea,利用ITSI-5.8S-ITS4进行PCR扩增,并将测序结果在GenBank中进行同源性比对分析显示,其序列分析结果与B.dothidea的同源性为 99%~100%,分子鉴定与形态学鉴定结果一致。该病原菌在蓝莓果树上的危害在云南省内尚属首次报道。 相似文献