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1.
提取青藏高原环湖地区扁穗冰草35个样品的DNA,采用PCR产物直接测序的方法,对扁穗冰草rDNA的ITS区(包括ITS-4和ITS-5)进行序列测定.结果表明:扁穗冰草ITS序列总长度为649bp,其中有17个变异位点,扁穗冰草物种水平的Hd、Pi分别为0.916和0.00320,表明扁穗冰草物种水平上的遗传多样性相对较高.AMOVA分析表明,扁穗冰草大部分的遗传变异发生在居群内(77.62％),在系统发育树中,虽然4个地区样品聚为3支,但是每一支中不同地区的个体混杂在一起. 相似文献
2.
7种长蠹科昆虫的线粒体DNA ND4基因序列比较分析 总被引：6，自引：0，他引：6
长蠹科昆虫严重危害林木和仓贮物品。该文应用非损伤性DNA测序技术测定了来自不同国家的长蠹科害虫的线粒体DNA ND4基因的部分序列。在获得的204bp的序列中，7种昆虫的序列变异丰富，多数变异发生在密码子的第3位点上。将实验结果与形态学特征比较分析，探讨7个种的形态差异与基因序列的差异；结果表明，7种昆虫不仅在外形特征上存在差异，而且在ND4基因序列上的差异程度也很显著，平均为21．94％。这为分类鉴定提供了充分的证据。 相似文献
3.
为进一步从核酸水平上研究亚洲玉米螟Pgi基因相关特性,采用反转录PCR及RACE等技术对该基因编码序列及DNA全序列进行了测定,与Gen Bank中其它昆虫Pgi基因相关信息进行比较分析,并构建了系统发育树。结果表明:亚洲玉米螟Pgi基因编码区序列长为1 671 bp,共编码556个氨基酸;其DNA序列全长为10 078 bp(短序列为9 311 bp),由12个外显子与11个内含子镶嵌而成;各外显子长度与鳞翅目大部分昆虫相同,介于95~188 bp之间,内含子序列总长度为8 407 bp(短序列为7 640 bp),各内含子长度介于418~1 547 bp之间,且在内含子3、4、5、11上均发现杂合现象。系统发育结果显示,大部分昆虫Pgi基因c DNA严格按物种聚类,除了双翅目的家蝇Musca domestica与黑森瘿蚊Mayetiola destructor出现一定的交叉现象外,其余没有出现交叉现象。 相似文献
4.
甘肃省二斑叶螨地理种群的遗传分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨甘肃省二斑叶螨Tetranychus urticae种群遗传多样性及遗传分化,通过mtDNA-COI基因DNA条形码技术对采自甘肃省8个不同生境35个二斑叶螨地理种群的582个样品进行序列分析及地理种群的遗传分化分析。结果表明,获得二斑叶螨mtDNA-COI基因片段大小为424 bp,其中保守序列336个,变异位点66个,简约信息位点45个,单突变位点21个;碱基(A+T)含量明显高于(C+G)含量,有明显的A/T碱性偏倚性;在35个地理种群中共检出16个单倍型,单倍型指数为0.906;Mantel检测结果表明种群间的遗传距离与地理距离无显著相关性;35个地理种群间的遗传分化指数Fst为0.012,种群间变异为1.200。表明二斑叶螨的遗传变异主要来自于种群内部,种群间还未发生明显的遗传分化。 相似文献
5.
福建省烟粉虱不同地理种群遗传结构特征 总被引：4，自引：3，他引：1
为明确福建省烟粉虱种群遗传结构特征,基于福建省烟粉虱不同地理种群中40个代表性的线粒体COI基因序列,分析了种群遗传多样性、遗传分化及分子变异情况,并构建了单倍型系统发育树与网络图。结果显示:在590 bp长度的mt COI基因序列中有效位点558个,其中187个核苷酸位点存在变异;序列核苷酸中A、T、C、G含量分别为42.32%、24.36%、20.25%、13.06%,其中A+T的含量为66.68%,表现出明显的A+T偏向性;共检测出11个单倍型,其中Hap3、4、7、9、11为特殊单倍型;种群多样性指数为0.838,核苷酸多样性指数为0.093,表明遗传多样性水平较高;AMOVA分析表明种群遗传变异主要来自种群内,总种群遗传分化系数仅为0.027,种群遗传分化较低。表明福建烟粉虱种群基因交流未受地理距离明显影响,种群遗传分化不显著。 相似文献
6.
测定了内蒙古11种主要草原蝗虫的线粒体基因组16S rDNA序列,并构建了其分子系统树。在获得的505 pb序列中,G+C占30.2%,A+T占69.8%,表现出A/T偏向性。在505 bp个碱基中检测到156个多态性位点,占碱基总数的30.9%。156个多态性位点中包括50个单变异多态性位点(占总位点数的32.1%)和106个简约信息位点(占总位点数的67.9%)。分别采用NJ、ME、MP和UPGMA聚类方法构建系统发生树。结果表明,4科的17种蝗虫共聚为6支,其中槌角蝗科、斑腿蝗科与网翅蝗科3个科的蝗虫先聚在一起,再与斑翅蝗科相聚。4种聚类方法中UPGMA聚类法更为符合传统的以形态学为基础的分类体系。 相似文献
7.
2016年北京地区玉蜀黍黑粉菌遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
2016年从北京市10个区采集317份玉米瘤黑粉病样品,选择核糖体RNA内转录间隔区的ITS rDNA和28S rDNA基因作为持家基因,通过单核苷酸多态性技术(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分析北京市10个区玉蜀黍黑粉菌的遗传多样性。ITS rDNA基因分析表明,有3个菌株的序列存在1个颠换突变位点,产生两种单倍型,采用邻接法构建的系统发育树将317个菌株分为2个群体;28S rDNA基因分析表明,有54个菌株的序列存在1个颠换突变位点,产生两种单倍型,采用邻接法构建的系统发育树将317个菌株分为2个群体。中性检测表明北京市10个区的玉蜀黍黑粉菌符合中性进化模型。试验结果表明北京市10个区的玉蜀黍黑粉菌遗传多样性不高,遗传分化不明显。 相似文献
8.
为揭示大豆食心虫Leguminivora glycinivorella不同地理种群间的遗传分化情况,通过测定19个地理种群214头老熟幼虫的线粒体COI基因序列,利用MEGA 6.0和Dna SP 5.0软件对不同地理种群间序列变异和遗传分化进行分析。结果表明,在214条408 bp的COI基因序列中发现46个变异位点,获得49种单倍型。总群体单倍型多样度为0.8277,固定系数为0.59,基因流为0.17。总群体Tajima’s D检验结果不显著,说明在较近时间内大豆食心虫未经历群体扩张。大豆食心虫不同地理种群间基因交流较少,贵阳种群、都安种群与其它地理种群分化明显,整体的遗传多样性和遗传分化程度较高,地理距离是影响不同地理种群间遗传距离的重要因素。 相似文献
9.
枣叶瘿蚊Dasineura jujubifolia是新疆枣树上一种重要害虫。明确枣园枣叶瘿蚊及捕食性天敌的发生动态与空间分布,将为科学防控枣园枣叶瘿蚊提供科学依据。本研究于2021—2022年在新疆南部阿克苏地区采用水盘诱捕法和目测法分别调查了枣园枣叶瘿蚊成虫、幼虫和捕食性天敌昆虫种群消长动态,及枣叶瘿蚊幼虫对枣树叶片的为害情况。同时,比较了枣叶瘿蚊幼虫和捕食性天敌数量、枣树叶片受害程度在枣树不同方位间的差异。结果表明：枣叶瘿蚊主要发生在5、6月,种群发生存在2个明显高峰期;成虫发生1周后幼虫开始为害,2～3周后下一代成虫羽化。枣园捕食性天敌主要是瓢虫和草蛉,种群数量较低。每年5、6月枣叶瘿蚊幼虫对枣树叶片为害严重,嫩叶受害率为6.2%～17.8%,枣吊受害率为11.0%～33.8%。枣叶瘿蚊幼虫的种群密度、捕食性天敌数量、枣树叶片受害程度在枣树东、西、南、北四个方位之间无明显差异;枣树叶片受害程度与枣叶瘿蚊幼虫的密度呈显著正相关关系。本研究明确了南疆阿克苏地区枣园枣叶瘿蚊及捕食性天敌昆虫种群消长动态及枣叶瘿蚊幼虫对枣树叶片的为害规律,为枣叶瘿蚊的防控提供了科学依据。 相似文献
10.
以线粒体DNA CO I基因中一段645 bp的特异片段作为目的片段,对来自内蒙古自治区的锡林郭勒盟、赤峰市、乌兰察布市,河北省的张家口市、承德市和北京的密云县在内共7个地理种群的139个亚洲小车蝗样本进行了DNA序列分析。结果表明: 在目的片段序列中共检测到12个多态性位点,占碱基总数的1.86%。7个种群中内蒙古赤峰广兴源种群的遗传变异程度相对较高,其核苷酸多样性值为0.000 84,河北张家口种群、河北承德种群和北京密云种群均未发生遗传变异。在139条序列中共鉴定出13种单倍型,各单倍型之间未形成与其地理种群空间位置相对应的聚类单元,并且在单倍型网络进化图中也未发现各单倍型之间存在明显的进化关系。 相似文献
11.
引起油茶炭疽病胶孢炭疽菌种群遗传结构研究 总被引：2，自引：0，他引：2
胶孢炭疽菌是引起油茶炭疽病的主要病原之一。目前对于该病原菌种群的遗传结构尚未见报道。研究病菌种群的遗传结构对制定科学的防治方法具有重要意义。本研究比较中国6个省12个不同地区的126个胶孢炭疽菌的ITS序列的差异,以期研究各不同群体的单倍体型多样性,不同地区群体之间的遗传关系,以及遗传距离与地理距离的线性关系。遗传分析发现,得到的126个胶孢炭疽菌样品ITS序列可定义为27种单倍体型。27种单倍体型中,一个主要的单倍体型(Haplotype12)含有78个样品,且基本上每个样品采集地都有分布。遗传分化指数(Fst)表明病菌不同地理种群间的遗传分化较大。AMOVA分析显示,种群间的遗传变异占总变异的6%,种群内部变异占总变异的94%。Mantel测试显示地理距离与遗传距离没有显著的线性关系。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,发现油茶炭疽病菌未经历过大规模的种群扩张过程。系统发育分析表明,来自不同地区的油茶炭疽病菌散乱的分布在系统树中。研究结果表明油茶炭疽病菌种群具有丰富的遗传多样性。 相似文献
12.
Shiro KUNINAGA Donald E CARLING Toru TAKEUCHI Ryozo YOKOSAWA 《Journal of General Plant Pathology》2000,66(1):2-11
Genetic diversity among 51 isolates of Rhizoctonia solani AG-3, representing potato and tobacco populations, was inferred from the sequences of the internal transcribed spacer (ITS)
and 5.8S ribosomal RNA (rRNA) gene. The 5.8S rDNA sequence was completely conserved not only in AG-3, but across all the AG
isolates examined, whereas the rDNA-ITS sequence was found to be variable among the isolates. The nucleotide sequence similarity
in the ITS 1 region was high (96-100%) for isolates within each of the two populations, but was 91-92% for isolates from different
populations. The AG-3 isolates had 56 to 91% sequence similarities in the ITS 1 region with R. solani isolates of the other AGs. Phylogenetic analysis based on the ITS-5.8S rDNA sequence data indicated that the different populations
in AG-3 are distantly related to each other. Genetic divergence between the two populations was also supported by the results
of DNA-DNA hybridization studies. This study suggests that AG-3 consists of two genetically isolated groups corresponding
to separate subgroups: AG-3 PT (potato type) and AG-3 TB (tobacco type). Specific primer sets for the detection of the two
AG-3 subgroups were developed from the aligned rDNA-ITS sequences.
Received 22 April 1999/ Accepted in revised form 2 July 1999 相似文献
13.
采用单雌产卵法获得来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱（Laodelphax striatellus Fallén,SBPH）来源的21个水稻条纹病毒（Rice stripe virus,RSV）分离物,提取灰飞虱总RNA,经RT-PCR扩增,获得21个RSV分离物的包含外壳蛋白（cp）基因在内的约1 000 bp左右的DNA片段。测序结果显示,参试分离物的cp由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。采用DNASTAR软件进行分析,21个灰飞虱来源的RSV-cp核苷酸序列和推导出的编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为95.7%~100%和96.0%~100%。与已报道水稻来源的32个RSV分离物一起进行序列同源性比较和系统进化树分析结果表明,总体而言RSV-cp较为保守,其遗传多样性首先与地缘相关,从地理位置上可以分成中国云南、中国沿海和日本3个地理种群;其次与寄主相关,在同一地理种群中可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主种群。 相似文献
14.
由丁香假单胞菌猕猴桃致病变种Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa)侵染引起的猕猴桃细菌性溃疡病(kiwifruit bacterial canker)是全球猕猴桃生产上最具毁灭性的细菌病害。为探明福建、安徽、四川和陕西4省Psa菌株的生物型和遗传多样性,用5对PCR特异性引物PsaJ-F/-R、PsaK-F/-R、Tac-F/-R、Con002-F/-R和avrRps4-F1/-R2检测Psa菌株的生物型;用4对PCR引物27F/1492R、PsaF1/PsaR2、gapA-Fps/Rps和rpoD+364s/-1222ps分别扩增16S rRNA、ITS、gapA和rpoD基因,进行多基因联合分析Psa菌株的遗传多样性。结果表明,特异性引物Tac-F/-R从47株Psa菌株中均能扩增出一条545 bp的特异条带,其他4对引物未扩增出任何条带,说明供试Psa菌株的生物型均为biovar 3。多基因联合分析表明,4省Psa存在丰富的遗传多样性,4个群体共检测出27个单倍型,单倍型多样性为0.955。安徽、福建、四川和陕西群体的单倍型数差异较大,分别为1、8、12个和12个。4个群体的多态性位点数、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数差异极显著(P<0.01),其中福建群体的多态性最丰富,而安徽群体的多态性最低。AMOVA分析表明,3.6%的遗传变异来源于种群间,而96.4%的遗传变异来源于种群内,说明种群内变异是遗传变异的主要来源。遗传分化分析表明,安徽省Psa群体与其他3个群体间的遗传分化极高(Fst>0.175),福建、四川和陕西群体间的遗传分化水平较低(Fst<0.017)。研究结果有利于了解福建省Psa的来源,为阻断Psa的传播和猕猴桃细菌性溃疡病的长期可持续控制提供了理论参考。 相似文献
15.
为了解太子参蚕豆萎蔫病毒2(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)的遗传多样性及分子进化关系,本研究对5个不同地理来源的6份太子参病叶样品进行了BBWV2外壳蛋白(coat protein,CP)基因的RT-PCR扩增和克隆。序列分析结果表明,所得13条太子参BBWV2 CP基因序列均为1 345 bp,其核苷酸序列同一性在81.0%~99.0%之间,氨基酸序列同一性在93.5%~99.3%之间;核苷酸多样性为0.084 00;存在280个核苷酸多态性位点,其中232个为地域特异性位点;总变异数为278个,其中同义突变29个,异义突变249个。不同地理来源的太子参BBWV2分离物之间遗传分化程度较高,基因交流不频繁,遗传漂变可能导致分离物间明显的遗传分化。在系统进化树中,太子参分离物的聚类呈现出明显的地域特异性,江苏、贵州、湖南、福建分离物均聚类在I-a亚组,而山东分离物聚类在II-c亚组,遗传距离较远。研究表明,太子参BBW V2存在很高的遗传变异,基因突变是其产生遗传多样性的主要驱动力,而地理因素与其具有较高的核苷酸多样性密切相关。 相似文献
16.
以田间采集的来源于我国湖北省枣树产业主产区随州市随县种植的表现为"枣疯病"症状的枣树分离株为试材,对其16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因采用Nested-PCR进行扩增以及序列分析。结果表明,湖北JWB-Hubei植原体分离物16S rDNA基因的核苷酸序列与我国山东、河南等地的分离株一致率均为99%以上,在进化树中位于同一亚组的不同进化分支;虚拟RFLP图谱分析表明,JWB-Hubei属于16SrV-B亚组一个成员,与其进化树分组结果一致。JWBHubei分离株rp基因的核苷酸序列也与我国山东、陕西等地区的分离株一致率均为99%以上,在进化树中聚为同一亚组,与报道的基于RFLP分类属于rpV-C亚组的中国枣疯病分离物(JWB)聚集于同一亚组不同分支。该研究结果明确了湖北省枣疯病植原体的分类地位以及与来源于我国不同地区枣疯病分离株之间的遗传进化关系,为进一步研究植原体的株系划分、基因遗传变异研究提供了理论基础。 相似文献
17.
Solanum elaeagnifolium (silverleaf nightshade) is a problematic weed that is common in Jordan and difficult to control. The weed exhibits distinct morphological variations in growth habit, leaf shape, leaf margins, flower colour and presence or absence of spines between individuals among and within populations suggesting genetic differences. Genetic variations among 61 samples of S. elaeagnifolium collected from heavily infested sites in the central Jordan Valley were investigated using six simple sequence repeat (SSR) markers and eight amplified fragment length polymorphism (AFLP) primer combinations. Results showed that 111 out of 675 AFLP bands were polymorphic generating polymorphism information content (PIC) of 38.0%, while 23 SSR polymorphic alleles were detected generating a PIC of 30.8%. Phylogenetic analysis using RaxML software identified four major clades with a clear clustering of the samples with their collection sites. Genetic analysis using both techniques revealed high level of genetic diversity among S. elaeagnifolium samples collected from a small geographical area indicating that a range of genetic diversity may be detected in weed populations across the country that may complicate its management. 相似文献
18.
为明确湖南省柑橘主产区的实蝇入侵为害现状,从该省7个市(自治州)22个地点收集柑橘蛆果中的幼虫,利用DNA条形码技术对其进行分子鉴定,并以DNA条形码序列作为分子标记探究橘大实蝇Bactrocera minax的20个中国地理种群(湖南省6个组群共16个种群、其它3省市4个种群)以及1个印度地理种群间的亲缘地理关系,分析橘大实蝇在我国的遗传进化关系。结果表明,仅采集自邵阳市城步苗族自治县柑橘蛆果中的5头幼虫被鉴定为蜜柑大实蝇B. tsuneonis,其余21个地点采集的595头幼虫均被鉴定为橘大实蝇。21个橘大实蝇地理种群的平均单倍型多样性为0.75,核苷酸多样性为0.0032,核苷酸差异数为2.13,中国所有地理种群均具有较高的遗传多样性;单倍型网络进化图显示湖南、重庆、贵州种群共享的单倍型H3为原始单倍型,表明其为比较原始的种群;AMOVA分析结果显示种群内个体间遗传变异占总体变异的59.04%,是遗传变异的主要来源;遗传分化结果表明湖南省6个组群间均出现了中度至高度的遗传分化,FST在0.0521～0.7795之间。表明DNA条形码技术可用于蜜柑大实蝇和橘大实蝇幼虫的分子鉴定及其种群遗传进化分析。 相似文献