利用磁珠富集法开发花榈木微卫星引物   总被引：3，自引：2，他引：1  

胡磊  高丽  杨波 《华中农业大学学报》2010,29(5):629-633

将花榈木(Ormosia henryiPrain)基因组DNA用MseⅠ酶切后,连接相应的接头,PCR扩增后回收500~1000bp片段,与用生物素标记的微卫星探针(GA)12,(AAG)8杂交后,运用磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段。获得的序列经PCR扩增,连接载体pMD19-T,构建富含微卫星序列的小片段插入文库;用PCR法筛选文库,获得78个阳性克隆,经测序分析得到24个微卫星序列,成功设计出9对引物。  相似文献   

鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析     

谭照君  张天奇  鲁翠云  李超  孙效文 《上海水产大学学报》2011,(3)

通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)8、(CAG)8以及(AGAT)6进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-32P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。研究亮点:首次利用多碱基(三、四核苷酸重复)探针筛选出微卫星分子标记结合同位素探针进行两次筛选...  相似文献   

基于磁珠富集法开发的15个三角鲂多态性微卫星标记的特性分析     

刘凯  谢楠  冯晓宇  马恒甲 《浙江农业科学》2020,61(1):144-146

利用磁珠富集法分离微卫星序列,以开发三角鲂(Megalobrama terminalis)微卫星分子标记。将三角鲂基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ酶切、回收后构建三角鲂基因组PCR文库。用生物素标记的微卫星探针(CA)₁₀与PCR文库杂交,通过磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,将洗脱所得片段进行PCR扩增、克隆及筛选后,共获得15对有效引物。利用获得的15对引物对36尾三角鲂进行多态性分析,15个微卫星标记的观测杂合度范围为0.000 0~0.818 2,期望杂合度范围为0.081 8~0.922 6,多态信息含量范围为0.078 9~0.899 9。其中,6个微卫星标记达到Hardy-Weinberg平衡。本研究制备的15对微卫星标记可用于评估三角鲂种群的遗传参数,为三角鲂种质资源的开发、保护提供有用的遗传标记。  相似文献   

合浦珠母贝微卫星标记的家系筛选     

油九菊  黄桂菊  范嗣刚  陈飞飞  郝博飞  曲妮妮  喻达辉 《广东农业科学》2012,39(13):158-160

对本实验室以前设计的170对合浦珠母贝微卫星引物进行家系筛选,共有35对引物可以有效扩增,其中30对引物在家系中具多态性。共检测到67个等位基因,片段长度范围为131～297 bp,平均有效等位基因(Ae)1.7988个,平均观测杂合度(Ho)为0.4801,平均期望杂合度(He)为0.4165,平均多态性信息含量(PIC)为0.3369。试验结果表明,本研究筛选的35个微卫星位点,可用于合浦珠母贝遗传多样性分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助选育等研究。  相似文献   

三角帆蚌微卫星的分离及遗传多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

朱晓宇  周宇芳  舒妙安 《江苏农业学报》2010,26(5)

通过磁珠富集法筛选三角帆蚌微卫星标记并对其特征进行分析。用生物素标记的寡核苷酸探针(CA)16进行微卫星序列的富集,挑选96个阳性克隆测序获得77个含有微卫星的DNA序列,设计并合成了30对微卫星引物。以三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组DNA为模板,进行PCR扩增,结果筛选出11个多态性微卫星标记,1对引物等位基因数(NA)3~14,观察杂合度(HO)0.098~0.976,期望杂合度(He)0.336~0.917,多态信息含量(PIC)0.306~0.898,11个微卫星位点都偏离Hardy-Weinberg平衡,呈极显著差异(P0.01),说明洞庭湖养殖群体遗传多样性不高,遗传变异小,可能存在近交现象。  相似文献   

黄鳝微卫星标记筛选及其在不同性别表型群体中的遗传多态性   总被引：2，自引：1，他引：1  

刘臻  罗小华  鲁双庆  匡刚桥  张建社 《江苏农业学报》2009,25(2)

采用FIASCO(Fast isolation by AFLP sequences containing repeats)法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析.黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中,构建黄鳝基因组微卫星富集文库.随机挑选75个阳性克隆测序,结果发现其中20个含有微卫星序列,利用软件成功设计了15对微卫星引物,经过黄鳝基因组DNA的PCR扩增及电泳检测,筛选8对多态性微卫星引物并对黄鳝3种不同性别表型群体的基因组DNA进行PCR扫描,结果显示:在8个微卫星座位中,共检测到51个等位基因,平均每个座位的等位基因数为6.375个,等位基因频率分布为0.001 2～0.603 3;黄鳝雌性表型群体、间性表型群体、雄性表型群体的平均遗传杂合度分别为0.637 1、0.696 9、0.734 5;平均多态信息含量分别为0.565 6、0.641 6、0.685 8,表明这些微卫星标记在黄鳝不同性别表型群体的遗传多态性发生了改变,它们可作为黄鳝遗传背景分析的分子标记.  相似文献   

鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

谭照君  张天奇  鲁翠云  李超  孙效文 《上海海洋大学学报》2011,20(3):328-335

通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)₈、(CAG)₈以及(AGAT)₆进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-³²P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。  相似文献   

磁珠富集法分离柿微卫星标记   总被引：2，自引：0，他引：2  

阮小凤  Gabi Krczal  杨勇 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2008,36(5):97-102

【目的】分离柿属植物的微卫星标记,为柿种质资源的分类、进化等遗传研究奠定基础。【方法】提取磨盘柿(Diospyros kaki)基因组DNA后,用EcoRⅠ和MesⅠ2种内切酶酶切并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。扩增产物与生物素标记的(GA)15和(AC)15探针杂交,杂交复合物用链亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DNA目标片段,经PCR扩增,连接pGEM-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段DNA文库。用Colony-PCR法筛选阳性克隆,进行测序分析。【结果】测序96个克隆,54个含微卫星序列,24个为有效微卫星序列,其中完美型(perfect)9个,占37.5%;非完美型(imperfect)7个,占29.2%;混合型(compound)8个,占33.3%(。GA)n重复最为常见。21条含微卫星序列已登录GenBank(Accession Number:EF567396~EF567416)。成功设计21对引物,经初步筛选,14对表现出多态性。【结论】试验方法分离柿基因组微卫星简便有效,得到的多态性引物可用于柿种质资源的遗传研究。  相似文献   

藏马微卫星标记遗传多样性研究     

商鹏  郭新颖  张健  吴绿草  段梦琪  杨娜娜  赵雨农  李盼  强巴央宗 《中国农业大学学报》2019,24(9):98-104

为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。  相似文献   

中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选     

毛瑞鑫  鲁翠云  刘福军  赵莹莹  谷晶晶  常玉梅  梁利群  孙效文 《上海水产大学学报》2009,18(2)

利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库.并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集.将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DHSα大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12:探针进行第二次筛选.结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5%;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8%.经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列.在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元.根据侧翼序列没计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,15对具有多态性.本研究对中华绒螯蟹基因组资源的开发利用提供了相关资料.  相似文献   

侧金盏花CBF转录激活因子基因片段的克隆     

邓传良  秦瑞云  王连军  高武军  卢龙斗  王兆龙 《安徽农业科学》2008,36(27)

[目的]探索CBF转录激活因子基因在侧金盏花中是否存在。[方法]以侧金盏花基因组DNA为模板,根据拟南芥CBF基因序列的保守区设计1对特异性引物,通过PCR扩增获得1个DNA片段,将其克隆到pUCm-T载体中,转化大肠杆菌TG1,筛选阳性克隆并对其进行测序鉴定。[结果]测序结果显示通过PCR扩增获得的基因片段长448 bp。在GenBank中检索,该序列与从拟南芥和其他作物中克隆的CBF同源基因序列同源性较低,说明是一个新的基因片段,初步认定该片段是侧金盏花CBF基因片段。[结论]该研究为进一步克隆侧金盏花CBF转录激活因子基因全长序列、鉴定其生物学意义奠定了基础。  相似文献   

牛瑟氏泰勒虫P23主要表面蛋白基因的克隆及原核表达     

李文学  李海峰  金清洙 《安徽农业科学》2010,38(16):8462-8465,8483

[目的]研究牛瑟氏泰勒虫P23表面蛋白基因的克隆及原核表达。[方法]采用PCR方法扩增牛瑟氏泰勒虫中国延边株P23基因片段,将扩增产物克隆入pMD18-T载体构建重组质粒pMD18-P23,经PCR、双酶切鉴定后测序;将目的基因片段亚克隆入表达载体pGEX-4T-1构建重组表达质粒pGEX-4T-P23,转化宿主菌BL21获得重组菌。通过对诱导条件的优化,根据SDS-PAGE确定表达蛋白的最佳表达条件;Western-blotting检测表达蛋白的反应原性。[结果]所克隆的牛瑟氏泰勒虫P23基因片段长507 bp,与牛瑟氏泰勒虫日本株P23基因的核苷酸同源性达99.4%,表达的融合蛋白大小约为46 ku;诱导时机以接种培养后2 h为最佳,诱导时间以6 h为最佳,诱导温度以34℃为最佳,0.008-1.000 mmol/L的IPTG对表达量的影响不大。Western blotting检测表明该蛋白具有较好的抗原性。[结论]为牛瑟氏泰勒虫病的免疫学诊断和预防等研究奠定了基础。  相似文献   

羊传染性脓疱病毒B2L基因片段重组腺病毒载体的构建（摘要）（英文）     

邵洪泽  毛文智  宋阳  李琳  程荣华  孙健  孙强 《农业科学与技术》2010,11(3):94-97

[目的]利用腺病毒载体系统构建羊传染性脓疱病毒B2L基因重组腺病毒载体。[方法]以从羊传染性脓疱病毒株JLSY04中提取的基因组DNA为模板,PCR扩增获得B2L目的基因片段;然后将B2L目的基因克隆至PD-NR-CMV载体,筛选阳性克隆获得质粒CTC572-6;再将质粒CTC572-6与腺病毒载体进行同源重组,筛选阳性克隆,并进行菌液PCR、酶切、测序等鉴定。[结果]经酶切和基因测序等鉴定,成功构建了携带羊传染性脓疱病毒B2L基因的重组腺病毒载体CTC572Ade-30。[结论]为羊传染性脓疱基因工程疫苗的进一步研究奠定基础。  相似文献   

一种高效提取虎耳草科植物基因组DNA的方法   总被引：2，自引：6，他引：2  

张得钧  高庆波  段义忠  张发起  陈世龙 《安徽农业科学》2008,36(16):6673-6674

[目的]探索从虎耳草科植物中提取DNA的有效方法。[方法]采用改进的CTAB法,从11种虎耳草科植物中提取DNA。以提取的DNA为模板,利用通用引物"psbAF"和"trnHR"对虎耳草科植物叶绿体DNApsbA-trnH片段进行PCR扩增。[结果]通过该方法提取的DNA纯度较高,质量较好。用所得DNA进行psbA-trnH扩增的产量高,可用于后续的测序等分析。对山地虎耳草的PCR产物纯化后进行测序,得到262 bp的序列。将其与GenBank中的虎耳草属其他植物的psbA-trnH序列进行比对分析,证实该序列为目标psbA-trnH片段的区域。[结论]该方法可有效去除次生物质对DNA的干扰,提取的基因组DNA可用于叶绿体psbA-trnH测序分析和其他遗传学分析。  相似文献   

固始白鹅遗传多样性微卫星标记分析     

范佳英  孙桂荣  康相涛  张艳芳  孙宜梅  亢娟娟  马新红  白义春 《安徽农业科学》2009,37(34):16773-16774

［目的］对固始白鹅的遗传多样性进行微卫星标记分析。［方法］利用11个微卫星标记对固始白鹅进行遗传检测,筛选出多态性较好的微卫星位点,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法分析这11个微卫星位点在固始白鹅中的遗传变异,计算了微卫星位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。［结果］8个位点在固始白鹅上有较好的多态性,平均每个座位检测到4.25（3～6）个等位基因,平均杂合度为0.597（0.273～0.695）,平均多态信息含量为0.635（0.530～0.769）,平均有效等位基因数为3.3447（2.3830-4.9840）。［结论］为固始白鹅的保种和选育工作提供参考依据。  相似文献   

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析     

邓呈逊  黄建武  龚炎长 《安徽农业科学》2013,41(8):3334-3335

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。  相似文献   

基于宏基因组学的转基因棉田土壤微生物功能多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

马世宏  高国庆  刘标  崔中利  曹慧 《安徽农业科学》2010,38(36):20559-20561,20599

[目的]研究转基因棉田土壤微生物的功能多样性。[方法]采用直接法提取转基因棉根际土壤微生物总DNA,用限制性内切酶BamHI进行部分酶切,回收2.0～4.0 kb大小的片段插入到pUC19/BamHI脱磷载体上,转化到DH5α高效感受态细胞,构建宏基因组文库。随机挑取10个克隆序列测序,并通过NCBI预测可能存在的开放式阅读框和进行序列比对分析。[结果]该文库的外源插入片段平均长度为2.4 kb,90%以上克隆都含有插入片段,10个序列中存在着多种功能的开放式阅读框,包括一些水解酶、脱氢酶、脂解酶、修饰酶、抗生素及与电子传递链相关的酶类。[结论]该研究可为研究转基因棉大面积野外种植以后的生态安全性提供参考。  相似文献   

暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析     

李峰  冯佳  谢树莲 《农业科学与技术》2010,(9):45-46,192

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区（ITS区）进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。  相似文献   

基于CHD基因序列分析的帝企鹅性别鉴定研究     

沈玮  潘少坤  罗红梅  刘伟  朱标  曹祥荣 《安徽农业科学》2010,38(3):1167-1168,1214

［目的］分析帝企鹅（Aptenodytes forsteri）CHD基因序列,以鉴定性别。［方法］采用苯酚∶氯仿抽提法提取6只未知性别的帝企鹅血液中的基因组DNA,运用P2/P8引物扩增CHD基因片段,将PCR产物克隆到T Vector,利用NCBI的Blast 程序,以短趾鹰（Circaetus gallicus）同源序列为比对参照,将帝企鹅CHD基因片段序列与GenBank 中的基因片段序列进行同源性比较分析,鉴定帝企鹅的性别。［结果］测序结果表明,CHDZ和CHDW基因的PCR产物大小分别为378、387 bp,雌雄结果并不明显,不易区分开来。Blast比对结果表明,帝企鹅LD、EK、ZF为雄性,帝企鹅DG、YA、YY为雌性。［结论］结合PCR扩增和测序分析CHD基因,是单态性鸟类性别鉴定的有效和准确的方法。  相似文献   

江苏省意大利蜂与中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析     

吉挺  陈晶  包文斌  殷玲  陈国宏 《安徽农业科学》2007,35(32):10232-10233,10235

[目的]分析江苏省意大利蜂与中华蜜蜂品种间、品种内的遗传变异。[方法]利用6对微卫星DNA标记从DNA水平上对意大利蜂与中华蜜蜂进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。[结果]共检测到42个等位基因,每个位点的等位基因数从2到11不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.505 0和0.473 1。意大利蜂和中华蜜蜂6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.17和3.83,平均基因杂合度为0.500 7和0.333 2,群体分化系数为29.5%,两个品种间的Reynolds'遗传距离和Nm分别为0.330 5和0.638 4。[结论]两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。  相似文献