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1.
华南沿海地区南方夏大豆遗传多样性的SSR分析 总被引：13，自引：0，他引：13
利用60个SSR位点对来自华南地区9个省份的191份南方夏大豆（Glycine max）进行分析，结果显示：在191份材料中共检测到663个等位变异，平均每个位点的等位变异数为11．05个；Shannon-Weaver指数平均值为1．67，材料的成对相似系数范围为0．19-0．95，平均相似系数为0．29，说明华南地区南方夏大豆材料间的相似程度高，与表型性状表现相一致；在聚类分析中，以相似系数0．26为划分标准，可将夏大豆分为4个类别，但9个省（市）之间并没有明显的界限，相近纬度和同一流域夏大豆趋向于聚在一起；通过等位变异数及遗传多样性指数分析发现，华南地区南方夏大豆分子遗传多样性中心可分成2个：一个以安徽省为中心的长江流域．另一个以广西壮族自治区为中心的珠江流域。由于多数相同来源的夏大豆分别聚在不同的类别中，为充分利用本地资源拓宽育种遗传基础提供了理论依据。 相似文献
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分析大豆亲本材料的遗传多样性,发掘农艺性状关联位点的优异等位变异,为大豆杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。本试验利用59个SSR标记对90份大豆种质资源进行多态性扫描和遗传多样性分析。筛选出46个标记,应用STRUCTURE2.3.2软件进行群体结构遗传分析,利用Tassel2.1软件MLM模型对18个农艺性状进行关联分析,发掘优异等位变异。结果表明:(1)59个标记中50个标记具有多态性,共检测出154个等位变异;多态性信息值PIC分布范围为0.042~0.765,平均PIC=0.421;SSR标记位点的Shannon指数(H’)的分布范围为0.1066~1.6804,平均值为0.8241;遗传距离的变异范围为0.0307~1.4529,平均值0.7015。(2)供试材料分为4个亚群。发现7个与分枝数、百粒重、叶形、主茎节数、生育期和蛋白含量相关联的标记,表型变异的解释率为0.003~0.339。研究在各关联位点找到了Satt263-A279、Satt156-A203、Satt567-A112等表型效应明显的优异等位变异。为大豆育种优异基因的克隆提供科学依据。 相似文献
3.
大麦SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了确定大麦亲本材料间的亲缘关系,为后期关联分析奠定基础,本研究利用71个SSR标记对不同来源的99份大麦材料进行了遗传多样性及群体遗传结构分析。结果表明,71个SSR标记共检测到184个等位变异,变幅为2-5个,平均每个标记有2.6个。Shannon指数变幅为0.0565~1.2241,平均值为0.6086。标记多态性信息含量(PIC)的变幅介于0.0200~0.6633之间,平均值为0.3729。聚类结果表明,试验品种的遗传相似系数(GS)的变异范围为0.5109~0.9511,平均值为0.7202。GS值在0.7100水平上分为5大类,分别包括5、4、3、6和79份材料;主坐标分析将材料分为5个亚群,分别包括5、10、12、24和26份材料。群体遗传结构分析将材料分为5个亚群,分别包含24、18、6、22、29份材料。 相似文献
4.
利用SSR分析小豆种质遗传多样性 总被引：3，自引：1，他引：2
摘要：小豆是一类重要的食用豆,本研究利用45对SSR引物对小豆基因组DNA进行了SSR标记的筛选鉴定,共筛选出多态性良好、扩增效果稳定的SSR引物18对。利用筛选出的18个SSR标记,分析了来自我国栽培小豆优异种质53份和日本引进种质27份,旨在阐明其遗传多样性特点,为育种利用提供理论依据。结果表明,在所有参试的80份小豆种质中共鉴定出等位变异92个,平均每个位点为5.1个;其中53份国内小豆和27份日本小豆的等位变异数分别为89个和74个,平均每个位点分别为4.9个和4.1个。所有供试小豆平均每个位点的多态信息含量（PIC）为0.64,变化范围为0.23～0.83,其中国内小豆的平均PIC值为0.63,变化范围为0.23~0.86;日本小豆平均PIC值为0.61,变化范围为0.20~0.81。国内栽培小豆和日本小豆在等位变异数、多态信息含量（PIC）、遗传相似性系数均存在差异,UPGMA聚类分析将参试的80份小豆明显分为五大类,聚类结果与小豆种质地理起源呈现出一定的相关性。试验表明,在小豆遗传育种中,可以通过种质资源相互利用来拓宽育成品种的遗传基础,同时这些SSR标记对于小豆资源DNA指纹图谱构建、遗传作图、基因型鉴定及分子标记辅助育种具有重要意义。 相似文献
5.
为了探索中国大蒜种质个体的SSR位点的分布情况,为品种鉴定、保存及遗传改良提供分子生物学依据,利用6对SSR引物对40个大蒜(Allium sativumL.)品种进行聚类分析、主成分分析及遗传多样性评价。共检测到21个多态性位点,平均每对引物可扩增出约3.5条多态性片段,多态性百分率为56.76%;SSR引物组合平均有效等位基因数、Nei基因多样度和Shannon信息指数分别为1.5551、0.3414和0.5188。聚类分析显示,6对SSR引物可把40份大蒜种质资源从0.59相似系数水平上3个类群。第一类群包含28份种质,在相似系数为0.73的水平上进一步又被分成了3个亚类;第二亚类仅包含2份种质;第三亚类包含10份种质,在0.68的相似系数水平上分成了2个亚类。主成分分析和UPGMA的结果基本一致。不同地理来源的大蒜种质的Shannon-Weaver多样性指数的变幅为0.0576~0.4179,说明大蒜种质遗传多样性丰富。本研究利用SSR分子标记技术较准确地解析大蒜不同材料间的亲缘关系及遗传多样性,为中国大蒜SSR分子标记提供基础资料。 相似文献
6.
东南亚62个籼型水稻亲本SSR遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为探讨东南亚水稻亲本间的遗传多样性,以东南亚62份籼型水稻亲本为材料,选择29对水稻功能基因标记以及平均分布于12条染色体、多态性较高和条带清晰的72对SSR引物进行遗传多样性和聚类分析。结果表明,32对多态性引物在62份水稻材料中检测到201个等位基因,每个位点等位基因数(Na)变异范围为2~12,平均为6.281;有效等位基因数(Ne)变异范围为1.067~5.399,平均为2.867;多态信息含量(PIC)变异范围为0.061~0.789,平均为0.515;平均Shannon信息指数(I)为1.176,变幅为0.143~1.908;观察杂合度(Ho)为0.977,范围为0.936~1.000;期望杂合度(He)为0.439,范围为0.179~0.937;固定指数(Fis)的范围为0.882~1.000;基因流(Nm)的范围为0~0.0157。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.805处,东南亚水稻亲本被分为6大类,同一国家大多数品种聚为一类。相对于普通分子标记,功能基因标记的平均等位基因数不高,其遗传多样性参数也低于普通分子标记,东南亚各国水稻品种间的亲缘关系较近,遗传多样性程度较低。研究结果为水稻育种亲本选配、新种质资源的创制以及杂种优势利用等提供了科学依据。 相似文献
7.
利用SSR标记分析小麦骨干亲本阿夫及衍生品种(系)的遗传多样性和变化趋势 总被引：4，自引：1，他引：3
阿夫(Funo)是1956年从国外引进的小麦品种,具有穗大粒多、高抗条锈病、适应性强等特点,是我国麦区进行小麦品种改良的骨干亲本。为探讨小麦(Triticum aestivum L.)骨干亲本阿夫衍生品种(系)间的遗传多样性及变化趋势,从304对引物中筛选出稳定、清晰,有阿夫特异条带的分布于小麦各染色体上的29对SSR引物,对阿夫及衍生品种(系)共200份材料进行了分析。共检测出197个等位变异,每个SSR引物的等位变异范围为3~15个,平均7.41个,其中分布频率低于5%的等位变异数占14.21%,等位位点数在阿夫及衍生品种(系)中有逐代下降的趋势;多态性信息指数(PIC)为0.5499~0.9082,平均为0.7763,PIC在阿夫及衍生品种(系)中有较高含量。3个基因组的SSR位点平均等位变异丰富度分别为7.14、7.73和7.00(B>A>D),平均遗传多样性指数则为0.7687、0.7763和0.7517(B>A>D),B基因组的遗传多样性最丰富。7个部分同源群的平均等位变异丰富度从高到低依次为:第6群>第2群=第4群>第1群=第3群>第7群>第5群;平均遗传多样性指数从高到低依次为:第2群>第7群>第6群>第4群>第1群>第3群>第5群。结合上述2个指标分析,第5部分同源群多样性最低。SSR标记Xgwm268、Xgwm400、Xwmc398、Xwmc125、Xwmc817、Xgwm272和Xgwm383的阿夫特异带型在其衍生品种(系)出现的频率较高,但在不同基因组和染色体间的遗传贡献率存在差异。200份材料间的遗传相似性系数(Gs)在0.4162~0.9442之间,平均为0.6619。从子一代到子四代各衍生世代的Gs变幅逐渐缩小,品种间的遗传相似性呈逐渐上升趋势。非加权平均法(UPGMA)聚类结果表明,在Gs0.624处,供试材料被聚为5个主要类群,其中180(90.0%)份材料被聚在同一类群类,说明阿夫衍生品种(系)之间的遗传差异较小,遗传基础较狭窄。研究结果从分子水平揭示了小麦骨干亲本阿夫衍生品种(系)的遗传多样性和演变规律,鉴定出7个在衍生后代遗传率较高的染色体位点,为进一步解析骨干亲本阿夫的遗传基础提供了参考依据。 相似文献
8.
利用79对SSR引物对黄淮麦区129份种质资源进行了分析。结果表明, 79对引物共检测到335个等位变异，每个引物检测到的等位变异数目2～8个，平均4.240个，变异最大的位点主要位于B组染色体上。79个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.015～0.820之间，平均0.498。种质资源间的遗传相似系数在0.253～0.909之间，平均0.492。聚类分析把这些种质资源分为4大类和7个亚类。聚类结果与地域并不吻合，但能较好地反映出亲本的特性和其间的亲缘关系。关键词：黄淮麦区；小麦；种质资源；遗传多样性；SSR标记；聚类分析 相似文献
9.
利用SSR标记对中国柚类资源及近缘种遗传多样性研究 总被引：6，自引：0，他引：6
利用SSR标记研究了122份我国柚(CitrusgrandisOsbesk)类资源及近缘种遗传多样性。31对SSR引物从供试材料中检测出335个等位基因变异,平均每个位点可检测到9.85个等位基因。位点多态信息量(PIC)变幅为0.1939!0.9073,平均为0.7085。用UPGMA方法将122份材料分成7个组群,110个柚类品种在相似系数0.712,可细分成18个亚组,主要由沙田柚品种群、文旦柚品种群及庞大的杂种柚品种群组成。 相似文献
10.
山东省46个花生品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为从分子水平上快速鉴别花生品种和选配优良杂交组合,以山东省审定的46个花生品种为材料,利用微卫星(SSR)标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从788对SSR引物中筛选出50对多态性高、稳定性好、谱带清晰的引物,共检测到175个等位位点,其中122个为多态性位点,多态性比率达70.52%;每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~7个,多态性信息量变化范围为0.6753~0.8412,平均为0.823。此外,利用14对引物可将46份材料完全区分开。聚类分析表明,在相似系数0.77处,所有供试材料聚为一类,在相似系数0.80处,仍有76%的材料聚在一起。利用SSR标记构建的指纹图谱可为花生种质资源管理及育种实践提供依据。 相似文献
11.
为研究广西地方食用木薯材料的遗传多样性,以48份广西地方食用木薯为试验材料,分析其变异系数、遗传多样指数、聚类分析、多态性和遗传相似性系数。结果表明,收集的木薯材料的平均表型变异系数为37.9%,平均遗传多样性指数为0.807,其中主茎分叉角度的变异系数最大,为86.7%,块根内皮颜色的遗传多样性指数最大,为1.842。13对SSR引物共扩增出118个条带,其中多态性条带为106个,多态性比率为86.23%;分子标记聚类结果发现,遗传相似性系数在0.415~1.000之间;通过对比发现表型聚类和分子聚类结果不一致,其中表型聚类发现类群划分与地理来源之间没有关联,但与株型性状有一定的关联;在遗传相似系数为0.62时,SSR分子标记聚类为两类材料,第一类材料地理分布无规律,第二类材料大多分布在桂南。本研究结果表明,广西地方食用木薯资源遗传多样性具有一定的丰富度,可为创制优异食用木薯种质资源和新品种选育奠定基础。 相似文献
12.
为了解浙江省南部地方梨品种的遗传多样性,采用10对苹果和3对梨上的SSR引物以及6对AFLP引物对来自温岭和丽水的18个地方梨品种或类型进行了鉴定分析。结果表明10对苹果引物在梨上扩增出62条条带。13对SSR引物的观察杂和度(He)为0.056～0.944,平均值为0.57,而香农指数(I)的范围0.340～2.013,平均值为1.22。6对AFLP引物组合共扩增出364条带,平均每对引物扩增60.67条,平均多态性比例为73.35%。采用UPGMA聚类分析法构建的SSR和AFLP系统树中,云和梨、云和粗花雪梨与云和细花雪梨在2个系统树中聚在一起,虽然相互间有较高的遗传相似度,但属于不同的品种;3个同名为老雪梨的品种(老雪梨1、老雪梨2和老雪梨3)分散在不同的组中,可能为异物同名。SSR和AFLP聚类结果基本吻合,但AFLP的结果更符合品种的地域分布情况。 相似文献
13.
我国部分冬小麦新品种（系）SSR标记遗传差异的研究 总被引：31，自引：0，他引：31
本研究利用53对SSR引物对全田1999－2000年北方冬麦区及黄淮冬麦区观察圃中选出的48个新品种（系）进行遗传差异研究，共检测出58个SSR位点上的367个等位变异，平均每个位点有6.33个等位变异，其中B组每个位点的等位变异最多，这表明B基因组化更快，分化更大。48个品种（系）在全基因组及A、B、D基因组聚类结果表明这些品种的相似系数聚类的范围较小，为0.75－0.98。全基因组聚类结果与品种的系谱来源及育成地区相吻合。研究结果表明我国冬小麦品种的种质基础相对较狭窄。加强不同来源种质的利用和特异亲本类型的培育对我国冬小麦遗传改良非常重要，利用5个多态性高的SSR标记就可以将这48个小麦新品种（系）区分开，每个品种（系）都有各自独特的指纹图谱。 相似文献
14.
利用SRAP和ISSR标记分析广东茶树种质资源的遗传多样性 总被引：6，自引：0，他引：6
利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生423个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有88个;遗传多态性信息含量平均达0501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0413和0597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0753～0981,平均遗传相似系数为0891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。 相似文献
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EST-SSR分析云南茶树资源的遗传多样性和亲缘关系 总被引：2，自引：0，他引：2
利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生423个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有88个;遗传多态性信息含量平均达0501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0413和0597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0753～0981,平均遗传相似系数为0891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。 相似文献
16.
为探讨吉富罗非鱼（genetic improvement of farmed tilapia,GIFT）雌、雄群体间的遗传差异,本研究对国家级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因（Na）2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度（HO）分别为0.4183和0.4154,多态信息含量（PIC）分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡（P〈0.005）。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。 相似文献
17.
为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析。结果表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在1.058~5.149之间,平均2.805个;Shannon指数变幅为0.128~1.813,平均为1.096;Nei's遗传多样性指数变幅为0.055~0.806,平均为0.558;多态性信息含量变幅为0.053~0.783,平均为0.515。基于SSR标记对参试材料进行聚类分析,遗传相似系数为0.21~0.67,在遗传相似系数0.27处将参试材料分为6个类群;基于SSR标记对参试材料进行群体结构分析,将参试材料划分为5个组群。综上所述,山西芝麻种质资源间遗传差异相对较高,具有丰富的遗传多样性,在今后芝麻种质资源创制利用中,加大山西芝麻种质资源的开发与利用,可为芝麻品种遗传改良和优异基因发掘奠定良好的基础。 相似文献
18.
为了明确不同生态区谷子品种的遗传多样性和遗传结构,本研究对175份来源不同的谷子品种进行29个表型性状鉴定和36对简单序列重复（SSR）标记分析。结果表明,谷子数量性状的平均遗传多样性指数最高,质量性状最低;不同类性状中,单穗码数、开花至成熟日数和粒色遗传多样性指数最高,分别为2.082 8、2.012 5和1.078 7。36对SSR引物中,共检测到401个等位基因,平均11.4个,Shannon指数和多态性信息含量（PIC）平均为2.017 2和0.810 6;标记B142、B225的Shannon指数和PIC值最高,是评价谷子遗传多样性的理想SSR标记。不同生态区表型和SSR标记多样性比较结果表明,春谷中晚熟区（ML）遗传多样性指数最高,春谷早熟区（EM）次之,夏谷区（SS）最低;春谷中晚熟区谷子品种有10个性状指标最高,且全生育期最长。春谷中晚熟区不同类型材料中,汾阳的质量性状遗传多样性指数和SSR标记Shannon指数均最高,长治数量性状遗传多样性指数最高,太原Ⅱ的生育期遗传多样性指数最高;不同类型材料间差异较低,其中7个数量性状指标差异未达显著水平;汾阳的株高最高,出谷率最... 相似文献
19.
Tufan Gökirmak Shawn A. Mehlenbacher Nahla V. Bassil 《Genetic Resources and Crop Evolution》2009,56(2):147-172
World hazelnut production is based primarily on selections from the wild. In this study, we used 21 pairs of simple sequence
repeat (SSR) primers to investigate genetic diversity in 270 clonal accessions of European hazelnut (Corylus avellana) representing a wide geographic range. Of the 270 accessions, 198 had unique fingerprints while 72 were duplicates. Based
on the 198 unique accessions, the number of detected alleles per locus averaged 9.81 and observed heterozygosity (Ho) averaged 0.67. Of the 206 total alleles amplified, 20 were unique to a single accession. A genetic similarity matrix was
constructed and the resulting dendrogram revealed four major geographical groups: Central European, Black Sea, English and
Spanish-Italian. SSR alleles indicated the parentage of 31 accessions. The fingerprints are publicly available through the
Germplasm Resources Information Network (GRIN) database. The identification of duplicate and mislabeled accessions will improve
management of hazelnut genebanks, and information on genetic variation in hazelnut will assist the international research
community.
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