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1.
为了解猪圆环病毒2型（PCV2）当前流行分离株的基因型和进化特征,本研究对PCV2阳性临床样品进行分离鉴定,并对分离毒株进行全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析,利用MegAlign7.0和DNAstar软件对分离株ORF2基因编码的Cap蛋白进行氨基酸变异分析和抗原指数预测分析。测序结果显示,PCV2分离株（SMU-2022）的全基因组序列长度为1 767 nt。全基因组和Cap蛋白的遗传进化树结果均显示分离株属于PCV2d基因型,与国内外46株参考毒株的相似性在91.8%～99.1%之间,其中与QZ1410毒株的相似性最高,亲缘关系最接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有2个氨基酸特异性突变位点,分别是V30L和T232K。抗原指数分析发现,分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第20-30、40-75、90-100、130-140、195-205、210-220位氨基酸这6个区域。 相似文献
2.
【目的】 了解目前广东省猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】 运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】 测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1 767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%~99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%~99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株（Viet Nam,登录号：LC602996）、QZ1410株（江苏,登录号：MG732832）、GXBB1501211株（广西,登录号：MH756609）亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有8个氨基酸特异性突变位点,分别是Y3C、F8Y、T56S、R116K、V123I、K164E、R169G及T216A。抗原指数分析发现,广东省分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第7－12、47－53、80－90、160－170和205－213位氨基酸这5个区域。【结论】 从广东省部分地区分离的4株PCV2均为2d亚型,其Cap蛋白氨基酸序列存在多个突变位点,抗原指数与疫苗株差异较大,提示广东省PCV2的流行趋势逐渐以2d亚型为主。 相似文献
3.
猪圆环病毒3型(PCV3)是一种在世界范围内分布较广泛的新型猪病毒,其发病机制尚不清楚。为系统分析PCV3 Capsid(Cap)蛋白序列和结构特点,收集Gen Bank登录的来自不同国家和地区的210条PCV3全基因组和Cap蛋白基因序列,筛选获得46株PCV3代表序列;采用生物信息学(Bio Edit和MAGE 6.0等)技术分析PCV3 Cap序列同源性、结构特点、系统进化和热点突变位点情况。结果表明:46株PCV3 Cap序列同源性为97.66%～100%,PCV3 Cap预测的8个B细胞和10个T细胞表位中均存在序列突变,其中B细胞抗原表位E (109～146位氨基酸)和T细胞抗原表位D(72～81位氨基酸)存在的突变位点数最多。研究发现26株属于PCV3a,20株属于PCV3b。PCV3与PCV2 Cap序列比较分析发现,PCV3 Cap在NLS区域内有6处突变(R11K、R12K、H26M、R27K、V31A和R34K); PCV3 Cap序列间比对分析发现,PCV3b Cap序列出现突变的几率(17/20,85%)高于PCV3a (19/26,73%)。而从临床表现有繁殖障碍和死胎的样品中检测出的PCV3序列均存在S77T和I150L突变位点;从伴有发热、肺炎的仔猪以及肺匀浆样本检测出的PCV3序列中均有R10K突变位点,这些特定的突变位点与临床症状的关系需后续深入研究。本研究结果为PCV3基因功能、进化、预防和控制等研究提供重要序列信息。 相似文献
4.
[目的]了解猪圆环病毒2型（porcine circovirus type 2,PCV2）在广西壮族自治区的流行情况及遗传特征。[方法]采用PCR方法对广西壮族自治区不同地区送检的病料进行PCV2检测和全基因组序列扩增。应用BioEdit、Mega 7.0、RDP 5和SimPlot(ver 3.5.1)软件对获得的24株PCV2毒株全基因组序列进行核苷酸序列相似性、遗传变异和重组分析,并对Cap蛋白氨基酸序列变异位点进行分析。[结果]PCV2广西株基因组大小均为1 768 bp;核苷酸序列相似性分析显示,广西株与参考株PCV1～PCV4的相似性在44.7%～99.7%,与PCV3亲缘性最低;广西株为PCV2b和PCV2d型,PCV2d流行最为广泛;全基因组序列重组分析显示,部分广西株存在重组事件;与疫苗株AY686764-PCV2b和HM641752-PCV2b相比,PCV2广西株的Cap蛋白氨基酸序列共有21个位点发生变异。[结论]PCV2广西流行毒株以PCV2d型为主,部分毒株具有重组现象,部分位点发生独特的氨基酸变异,遗传进化趋势明显。研究结果为广西壮族自治区PCV2的流行病学... 相似文献
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《中国兽医学报》2018,(12)
为了解2015―2017年福建省新发猪圆环病毒3型(PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传演化规律,收集福建省不同地区186个猪场的267份疑似PCV3感染猪的组织病料进行分子流行病学调查,并对其Cap基因进行了遗传变异分析。结果显示,福建地区PCV3猪场总阳性率为30.11%,疑似样品总阳性率为21.72%,且呈逐年增高的趋势;17株PCV3福建分离株与其他17株国内外参考毒株Cap基因核苷酸序列及氨基酸序列同源性较高,分别为96.0%～100.0%和96.3%～100.0%,表明这些毒株可能有相同的进化来源;氨基酸多序列比对发现,Cap基因氨基酸序列最有特征性的是第168位(R→K)和173位(L→F)的氨基酸替换,该位点的突变可能是该地区流行的PCV3毒株的一个重要分子特征;同时,抗原性分析发现第173位(L→F)的突变还位于Cap蛋白的抗原表位区内。遗传进化树分析结果表明,17株PCV3福建分离株中有2株属于3a亚型,其余15株属于3b亚型,表明当前福建地区PCV3流行毒株主要为3b亚型。 相似文献
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7.
《中国兽医学报》2016,(6):896-901
为了解闽西地区2013-2015年猪圆环病毒2型(PCV2)血清学及流行毒株的遗传变异规律,本研究采集闽西地区规模化猪场1 771份血清样品,应用ELISA方法对其进行PCV2抗体水平检测,结果血清样品的总阳性率为93.00%,其中种猪血清阳性率最高为99.78%,哺乳仔猪、保育猪和育肥前期猪血清阳性率逐渐降低,分别为91.62%,80.78%,77.68%,育肥后期猪血清阳性率上升为100.00%。应用PCR方法对10株PCV2全基因组进行遗传变异分析,结果表明,PCV2基因组全长为1 766~1 768bp,10株PCV2的核苷酸序列同源性为94.6%~99.7%,其与国内外参考毒株的同源性为94.0%~99.2%。系统进化树结果表明,10株PCV2毒株可分为2个大支,1株属于PCV2a,9株属于PCV2b(2株为1A/AB,7株为1C);氨基酸序列分析表明在Cap蛋白的53~91,121~151和185~215位存在3个高度变异区,表明闽西地区PCV2流行毒株主要为PCV2b亚型。 相似文献
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为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。 相似文献
9.
《畜牧与兽医》2014,(9):90-93
应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。 相似文献
10.
猪圆环病毒Ⅱ型广东分离株全基因组的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
分离了9株猪圆环病毒Ⅱ型（PCV2）广东地方分离株，并进行了全基因组序列测定；对这9株PCV2广东分离毒株的ORF1和ORF2基因的序列分析表明ORF2的变异程度要比ORF1的变异程度大；对PCV2衣壳蛋白的氨基酸序列同源性比较发现了PCV2毒株间存在1个氨基酸变异程度较大的区域和2个氨基酸变异程度较小的区域，其中前两个区域与两个主要的免疫反应区域相对应；将这9个毒株的全基因组序列与GenBank上收录的18个PCV2毒株的全基因组序列基因进化树分析表明，这9个PCV2广东分离株彼此之间及与国内PCV2分离株、欧洲株之间更接近，而与韩国、中国台湾、日本和美洲毒株之间则稍远，因而在选PCV2疫苗免疫时，建议尽量使用国内生产的疫苗或自制组织灭活疫苗进行免疫。 相似文献
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吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 相似文献
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Cloning and Sequence Analysis of Complete Genome of Porcine Circovirus Type 2 from Liaoning Province
It was aimed to lay a foundation for epidemiological survey of porcine circovirus type 2(PCV2) in Liaoning province and selection of highly homologous strain inactivated vaccine.Some pigs suspected of having postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) from Shenyang,Chaoyang,Tieling,Dalian and other places in Liaoning province,were detected by PCR method,then the whole genome of 10 positive samples were cloned and sequenced.The result showed that all of them were virulent strains,9 strains were 1767 bp and 1 strain was 1768 bp,and there was a T base additon at 1039 bp.The nucleotide homology was 95.1% to 98.5% with HM038034 and JQ692110.In the phylogenetic tree,JHZ2 was PCV2a type,the other 9 strains were PCV2b type,DLS38,LYD32 and SYX7 were in the same branch and same onset time.The amino acid homology of ORF2 was 89.6% to 100.0%,there were 35 mutation points,large degree of variation,the only glycosylation site (NYS) was conserved.10 strains did not change significantly,mutants were not due to PCVD,PCV2b was the predominant type,and PCV2 was related with seasonality. 相似文献
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本试验旨在为辽宁地区猪圆环病毒2型(PCV2)的流行病学调查及选择同源性高的毒株进行灭活疫苗研制奠定基础。采集辽宁沈阳、朝阳、铁岭、大连等地疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病仔猪的病料,利用PCR方法进行PCV2特异性检测,对10份阳性病料进行全基因组克隆和测序分析。结果显示,10株PCV2辽宁株全为强毒株,9株全长1767 bp,1株1768 bp,差异是在1039 bp处多了1个T碱基。与GenBank中的两株疫苗株(HM038034、JQ692110)的核苷酸同源性为95.1%~98.5%,在遗传进化树上,JHZ2为PCV2a型,其余9株毒株为PCV2b型,并且DLS38、LYD32、SYX7在同一小分支,都是同年2~3月发病。10株PCV2 ORF2的氨基酸同源性为89.6%~100.0%,变异度大,存在35个变异点,以突变为主,唯一的糖基化位点(NYS)保守。结果表明,10株辽宁株PCV2抗原性没有明显变化,说明近年来辽宁省猪群中PCV2相关疾病(PCVD)不是因PCV2出现变异株引起的,并且PCV2b型为主要流行型,怀疑PCV2的流行与季节性有关。 相似文献
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为掌握江西地区猪圆环病毒2型（PCV2）的分子流行病学及其遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2017年采集自江西省南昌市、宜春市、新余市、赣州市、吉安市、九江市、上饶市、抚州市、景德镇市、鹰潭市等10个地区的1 082份疑似PCV2感染猪病料组织进行病原学检测,并通过PCR扩增、克隆和基因测序对PCV2的全基因组序列进行分析。研究表明,1 082份病料中有610份为PCV2阳性,总阳性率为56.4%,其中2013~2017年阳性率分别为52.7%、48.8%、58.5%、71.0%和67.4%。共获得89株PCV2全基因组序列,其中有83株为PCV2b基因型,其中53株归类于PCV2b-1C基因亚群,30株归为PCV2b-1A/1B基因亚群;6株为PCV2a型。测序毒株与参考毒株ORF2基因核苷酸、氨基酸序列同源性分别为88.9%~100.0%和86.0%~100.0%;氨基酸序列分析表明,Cap蛋白存在20个氨基酸突变位点。本研究表明,江西地区猪群中PCV2的主导基因型为PCV2b,其中又以PCV2b-1C基因亚群占据主导地位,同时也存在少量PCV2a基因型。 相似文献
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我国部分地区猪圆环病毒2型分离株的遗传变异分析 总被引：4，自引：1，他引：3
为了解我国猪圆环病毒2型(PCv2)流行毒株遗传变异情况,本研究对本实验室分离到的19株PCV2分离株通过病毒全基因组克隆和测序分析,将其分为2个大基因群和3个亚群,其基因组分别为1 766 nt、1 767 nt和l 768 nt,各占15.8%、73.7%和10.5%.以1 767 nt毒株为基准,其基因组第39或1 039位有1个碱基缺失后突变成1 766 nt毒株;第1 040位有1个碱基插入后突变成1 768 nt毒株.对19株病毒ORF2编码的Cap蛋白分析发现,有4株病毒编码基因发生了突变,出现了705 nt和708 nt两种突变型,使ORF2编码的Cap蛋白C末端分别有1和2个氨基酸增加.同时,本实验选用Acc I和Fba I内切酶对19株病毒基因组PCR产物进行了限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析,其结果可作为流行毒株分型鉴别依据. 相似文献
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ZHANG Xinjie XUE Shaohua LYU Zixin HUANG Xirong CHEN Yuxuan FAN Kewei YANG Xiaoyan DAI Ailing 《中国畜牧兽医》2022,49(6):2291-2297
【Objective】 To investigate the co-infection situation of Porcine parvovirus (PPV7) and Porcine circovirus type 2 (PCV2)in Fujian and Guangdong, and to understand the molecular genetic characteristics of PPV7 Cap gene.【Method】 The blood sample of 432 infected pigs from 69 pig farms in Fujian and Guangdong were collected to detect PPV7 and PCV2 by PCR.The PPV7 Cap gene of positive samples was cloned and sequenced.The DNAStar software was used to analyze the nucleotide and amino acid sequences of PPV7 Cap gene, and Mega 7.0 software was used to draw the genetic evolution tree.【Result】 The results showed that the positive rate of PPV7 was 21.99% (96/432), the positive rate of farms was 53.62%(37/69), and the positive rate of PCV2 was 54.17% (234/432), and the co-infection rate of PCV2 and PPV7 was 13.43% (58/432).The 17 PPV7 Cap gene sequences were amplified using PCR.Nucleotide homology analysis revealed that the homology of the 17 PPV7 Cap gene sequences was 85.6%-100%, and the homology with reference strains was 85.8%-99.0%.Amino acid sequence comparison analysis revealed that the amino acid homology of the 17 PPV7 Cap protein sequences was 87.6%-100%, and the amino acid homology with reference strains was 82.6%-98.7%.Phylogenetic analysis of Cap gene showed that PPV7 could be divided into five main evolutionary branches of PPV7a-PPV7e, among which 9 isolates belonged to PPV7a subtype, 3 isolates belonged to PPV7b subtype, 4 isolates belong to PPV7c subtype, and only 1 isolates isolates belonged to PPV7e subtype.【Conclusion】 This study indicated that PPV7 was widely prevalent in Fujian and Guangdong regions, and had a high co-infection rate with PCV2, which might be the pathogenic factor of Porcine circovirus associated disease(PCVAD).The genetic diversity of PPV7 isolates was abudant in both regions, and PPV7a was the dominant strain at present.The findings of this study provided theoretical basis and data reference for PPV7 prevention and control and vaccine research. 相似文献
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为了解广东地区圆环病毒在鹅群中的流行情况。研究针对鹅圆环病毒全基因组保守序列设计特异性检测引物,采用PCR方法对送检的232份鹅疑似鹅圆环病毒感染病例进行检测。并针对其中一份阳性样品病毒全基因组进行测序,获得该毒株全基因组序列信息。对该毒株全基因进行遗传进化分析、Cap蛋白相似性分析和B细胞抗原表位预测。结果显示,232份样品中阳性检出率为44.4%,表明鹅圆环病毒在广东地区鹅群中普遍存在,鹅圆环病毒毒株与其他已报道的鹅源毒株处于同一遗传进化分支,鹅源毒株间Cap蛋白相似性为98.0%~100%,但与鸭圆环病毒相似性低(46.9%~48.2%);Cap蛋白B细胞线性表位预测结果提示,鹅源和鸭源毒株表位位置相近,但氨基酸序列差异较大,提示两种毒株之间交叉保护力可能存在差异。研究为了解广东地区鹅源圆环病毒流行、进化情况,并进一步做好相关防控工作提供理论参考。 相似文献
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对广东省不同地区新生仔猪先天性震颤猪群中PCV3的流行病学情况进行调查。采集的病料样品,通过常规PCR进行PCV3检测与全基因扩增,分析其全基因的遗传进化关系。将获得的16株PCV3毒株核酸序列与其他环状病毒参考毒株对全基因组和Cap基因进行遗传变异分析,结果显示,新生仔猪的先天性震颤猪群中PCV3样本总阳性率高达58.2%。16株PCV3毒株之间全基因核苷酸序列同源性为99.5%~100%,与美洲代表毒株PCV3-US/MO2015全基因核苷酸序列同源性在98.8%~99.1%之间;16株PCV3毒株之间Cap基因的核苷酸序列同源性为99.7%~100%,与国内外参考毒株的核苷酸同源性为99.1%~100%。遗传进化分析显示,16株PCV3毒株都属于PCV3a分支。PCV3在我国广东省新生仔猪先天性震颤猪群中广泛存在。 相似文献