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1.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(23)
为了解猪轮状病毒(PoRV)贵州株NSP4基因的序列特征,试验根据Gen Bank上公布的猪轮状病毒NSP4基因序列设计1对特异性引物,扩增一株猪轮状病毒贵州流行株NSP4基因序列并进行序列测定及分析。结果表明:得到的碱基序列(562 bp)与预期结果相符,包含NSP4基因528 bp的开放阅读框,编码175 aa;与已知的14个国内外参考毒株NSP4核苷酸和推导氨基酸序列比较,同源性分别为89.1%~94.1%和95.4%~98.3%;氨基酸系统进化树结果显示,贵州流行株与国内流行株LL36755亲缘关系较近。说明试验成功克隆了PoRV贵州株NSP4基因,获得了其序列,并分析了其序列特征。 相似文献
2.
《中国兽医杂志》2019,(10)
为了掌握华东地区猪轮状病毒(PRV)的流行情况,通过对华东地区猪轮状病毒流行病学的调查,分析临床猪轮状病毒对应的2个抗原序列VP7和VP4的基因型,进而丰富VP7和VP4基因库。采集2017-2018年华东地区包括江苏、浙江、上海、山东、安徽等省(市),部分猪场猪的粪便拭子共201份,PCR检测PRV阳性52份,阳性率25.9%。选择5个阳性样本进行VP7和VP4基因全长扩增并克隆测序,应用DNASTAR、MEGA5等生物学软件对其进行比对分析。结果显示:5个VP7核苷酸序列全长均为1 062 bp,5个VP4序列全长均为2 362 bp。VP7与2008年分离的G9型代表毒株NMTL的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为93.2%～95.2%和97.2%～97.5%。VP4与OSU毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为98.5%～98.7%和99.3%～99.4%。表明这5株猪轮状病毒的基因型鉴定为G9P7。与参考毒株相比,VP7氨基酸第100、122、180、309位有突变,但无插入和缺失现象,VP4氨基酸在第30、137、686、774位有突变,但无插入和缺失。 相似文献
3.
河南省2014-2015年猪流行性腹泻病毒流行株遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国兽医学报》2017,(6):976-983
为监测和探究河南省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)流行株变异情况,本试验对15株2014-2015年间河南省PEDV流行株S基因进行克隆及全序列测定,与河南省2011-2013年流行株以及国内、外代表毒株进行同源性及遗传变异分析,并对这些毒株S基因的N-糖基化位点及跨膜螺旋区域进行预测。结果表明:本试验得到的15株毒株之间S基因核苷酸同源性为97.0%~99.8%,氨基酸同源性为97.0%~99.5%;与2011-2013年河南流行株核苷酸同源性为97.1%~99.0%,氨基酸同源性为97.2%~98.8%,与其他地区流行毒株核苷酸同源性为92.2%~99.0%,氨基酸同源性为91.9%~99.0%;与经典毒株相比,S1区域N端存在15bp的插入和6bp的缺失,核苷酸同源性为91.7%~93.6%,氨基酸同源性为92.0%~93.6%。系统发育建树结果显示目前的流行毒株与经典毒株处于不同的2个群,流行毒株分处不同亚群。对N-糖基化位点及跨膜螺旋区域的预测得知2014-2015年河南省PEDV与经典株相比出现变异,与2010年暴发时相比存在部分突变,毒株之间存在部分差异,研制出有效的针对流行毒的疫苗依然是目前防控该病的重中之重。 相似文献
4.
根据GenBank已发表的猪轮状病毒VP7基因保守序列,设计特异性引物扩增猪轮状病毒L1株VP 7全基因序列并进行序列测定及分析。结果显示, L1株猪轮状病毒VP 7基因全长为1062 bp,包含一个982 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸,与G5型参考毒株核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为88．8％～93．7％和93．3％～94．2％,系统进化树分析结果亦显示L1株与G5型参考毒株处于同一个群,由此确定L1株为G5型。与我国近几年流行的G9型毒株NMTL进行抗原表位分析结果显示,两个毒株在 aa25～aa29、aa86～aa102、aa142～aa152、aa211～aa226、aa263～aa286等区域存在明显差异,可能对其免疫保护性存在一定的影响。 相似文献
5.
A群猪轮状病毒JS株vp7基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的猪轮状病毒OSU毒株vp7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计一对特异引物,以猪轮状病毒JS毒株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1000 bp目的片段。将其进行T-A克隆、序列测定和分析。结果表明,vp7基因全长1062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与已知的15个毒株vp7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,同源性分别为74.5%～78.5%和75.2%～83.1%,核苷酸系统发育进化树结果表明,JS毒株与轮状病毒G9型参考毒株ICB2185、O-1亲缘关系较近,分为一个群,表明JS毒株血清型为G9型。目前,我国尚未见猪及其它动物轮状病毒G9型流行株的报道。 相似文献
6.
为分析鸽轮状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽交易市场采集的肉鸽粪便样品中分离的轮状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示,G群轮状病毒鸽群分离株全基因包含11个节段,总长度为17 803 bp,具有与其他轮状病毒相似的结构和基因顺序。与24株轮状病毒代表性毒株的VP6氨基酸序列进化分析结果,以及其他5个结构蛋白氨基酸序列遗传进化分析结果均证实,该病毒属G群轮状病毒。该毒株与2011年从香港鸽群中分离的G群轮状病毒同源性最高,但衣壳糖蛋白VP7的氨基酸序列同源性仅为71.7%,抗原性存在较大差异。 相似文献
7.
《中国畜牧兽医》2017,(6)
为了解粤北地区新生仔猪腹泻病的主要病原,本试验采用实时荧光定量RT-PCR方法对2015年粤北地区6个规模化猪场31份新生仔猪腹泻样品进行了猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)检测,并对5株PEDV流行毒株ORF3基因进行测序分析。病原检测结果显示,83.87%(26/31)样品为PEDV阳性,没有检测到TGEV和PoRV阳性样品。对PEDV ORF3基因序列分析结果显示,5个流行毒株ORF3基因全长均为675bp,相互之间核苷酸同源性为98.7%~100.0%,与参考序列同源性为94.5%~100.0%,多个核苷酸位点发生了共同突变。系统进化树分析结果表明,PEDV可分为两个基因群,粤北地区流行的PEDV与2013-2015年间在中国部分地区、东南亚、北美洲和欧洲流行的PEDV遗传关系较近,位于基因1群中的同一个亚群,而2011-2012年中国流行的PEDV主要毒株及疫苗毒株则归类于另外两个基因亚群。结果表明,粤北地区新生仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,PEDV基因随着时间推移呈现不断进化和变异趋势。 相似文献
8.
为比较实验室分离保存的猪轮状病毒田间株(GZAS2020株)与猪三联腹泻活疫苗NX株的差异，参照已发表的A群猪轮状病毒VP4、VP6、VP7序列设计合成3对扩增全基因的通用引物，分别克隆测序GZAS2020株和NX株的VP4、VP6、VP7全基因。采用DNAStar对GZAS2020株和NX株VP4、VP6、VP7这3个主要基因进行核苷酸、氨基酸同源性分析以及遗传进化树构建，结果显示，GZAS2020株与NX株VP4、VP6、VP7基因核苷酸同源性分别为75.2%、90.0%和79.4%,氨基酸同源性分别为78.5%、74.1%和82.4%,根据G/P分类命名法，GZAS2020株属于G5P[13]。与NX疫苗毒株相比，GZAS2020株的VP4基因在359、360、750 bp处存在C、A、C碱基的缺失，在347、348、570、571、572、579、580、581、757 bp处分别插入了C、C、C、A、A、G、G、G、C碱基；VP6基因不存在插入和缺失；VP7基因在258、1 029 bp处分别存在T、A碱基的插入，266 bp处存在1个C碱基的缺失。结果表明，GZAS2020... 相似文献
9.
为了了解贵州省猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea, PED)的流行情况,试验对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)贵州流行株(GZ2022)N基因序列进行克隆、测序,并利用DNAStar、ProtParam、ProtScale等生物信息学分析软件对PEDV-GZ2022株N基因的同源性和遗传进化地位,以及N蛋白的分子特征和潜在功能进行分析预测。结果表明：PEDV-GZ2022株N基因大小约为1 364 bp,编码441个氨基酸;PEDV-GZ2022株N基因核苷酸序列与GenBank中的PEDV参考毒株N基因的相似性为95.5%～99.8%,与PEDV经典毒株CV777 N基因核苷酸序列的相似性为95.6%,与SDLY2020毒株N基因核苷酸序列的相似性高达99.8%,PEDV-GZ2022毒株与经典毒株CV777关系相隔较远,与PEDV变异株GⅡ-b位于同一分支;PEDV-GZ2022株N蛋白中含有较多的疏水性氨基酸,为疏水性蛋白;该蛋白质存在4个N糖基化位点和37个O糖基化位点,有31个丝氨酸、... 相似文献
10.
为弄清2013年年初上海某猪场发生的仔猪腹泻疫情病因,本研究随机采集发病猪场的仔猪腹泻样品9份,利用RT-PCR方法对采集样品进行病原检测。结果显示,9份临床样品中有4份为猪轮状病毒阳性,而猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒均为阴性。根据GenBank公布的猪轮状病毒参考株序列设计两对引物,对其中阳性样品的VP6和VP7基因进行RT-PCR扩增、基因克隆和序列测定分析。结果显示,4份阳性样品的VP6基因大小为1356 bp,VP7基因大小为1100 bp;序列分析结果显示,VP6基因与A群代表株OSU的氨基酸同源性为64.1%~87.0%,与代表株Gottfriend的氨基酸同源性为26.3%~60.8%;VP7基因与不同G型代表株的氨基酸同源性为71.8%~97.3%。根据上述结果分析,我们推测引起此次仔猪腹泻疫情中的主要病原是由属于A群G9血清型的猪轮状病毒引起,本研究为此次仔猪腹泻疫情的诊断提供了依据。 相似文献
11.
为分析山西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株（除AH-M、SQ2014）的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。 相似文献
12.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(11)
为了了解水禽细小病毒分子进化规律,试验采用PCR方法扩增5株水禽细小病毒的结构基因。结果表明:结构基因长度为2 199 bp,编码732个氨基酸。鹅细小病毒VP1蛋白氨基酸序列的同源性为95.1%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.9%~99.3%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为85.1%~88.3%;鹅细小病毒VP2蛋白氨基酸序列的同源性为95.2%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.6%~99.3%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为85.5%~88.1%;鹅细小病毒VP3蛋白氨基酸序列的同源性为95.0%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.8%~99.4%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为88.4%~91.0%。说明鹅细小病毒和番鸭细小病毒均属于不同的进化分支,没有发生重组现象。番鸭细小病毒的2个毒株均存在8个糖基化位点,而鹅细小病毒ZJ毒株为6个糖基化位点,G3与LJY毒株分别缺失582~584 NTT和703~705 NRT。 相似文献
13.
应用PCR扩增了猪细小病毒NJ-1株、NJ-2株、7909株和Vaccine株的VP2基因,分别克隆于pGEM-TEasy载体中,测定其核苷酸序列,并推导出相应的氨基酸序列,对其核苷酸和氨基酸序列进行分析和同源性比较。所测4个序列中,NJ-1株、NJ-2株和7909株序列均为1437bp,共编码479个氨基酸;而Vaccine序列为657bp,比其他毒株缺失780bp,共编码219个氨基酸。将所得4个序列与GenBank中NADL-2株、Kresse株、China株及VR-1株相应的核苷酸及氨基酸进行同源性比较,发现其核苷酸和氨基酸的同源性分别在97.7%~99.9%和97.2%~99.2%之间,具有高度同源性;通过绘制系统进化树可知,分离自国内的China株、NJ-1株、NJ-2株、7909株及Vaccine株亲缘性最为相近,与其他毒株的亲缘关系较远。 相似文献
14.
为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,试验对5株PEDV安徽流行毒株S基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果显示,5株PEDV安徽流行毒株S基因的全长均为4 161 bp,编码1 386个氨基酸,核苷酸同源性为98.7%~99.8%,它们与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.6%~99.8%之间;进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株亲缘关系较近。研究结果可为PEDV的防控和疫苗研制提供参考和依据。 相似文献
15.
为了解鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)地方流行毒株在基因组B节段关键序列上的分子进化情况,通过反转录PCR(RT-PCR)技术对6个IBDV不同地方分离株的VP1基因中与病毒致病型相关的一个片段(1 518bp~1 997bp,共480bp)进行扩增,并对所获得的VP1 480bp片段进行核苷酸的序列测定,与IBDV参考株和常用疫苗株的相应序列进行比较分析和绘制遗传进化树。结果表明,6个分离株与参考株在VP1RNA聚合酶基序Ⅵ和基序Ⅶ上均保守,在特征性氨基酸位点上,3个广西分离株QX0604、WZ0704和NN0603与参考的vvIBDV相同,而分离株BH111(广西)、JS17(江苏)和HUN0804(湖南)则既具有vvIBDV的位点特征,又具有经典毒株特征,但不同毒株在不同位点上表现不同;在同源性分析上,JS17、BH111、QX0604、WZ0704和NN0603等5个毒株与参考用vvIBDV毒株的同源性较高,在核苷酸和氨基酸水平上分别为92.5%~100.0%和97.5%~100.0%,但与2个常用疫苗株和经典毒株的同源性仅分别为87.9%~90.0%和96.2%~96.9%,分离株HUN0804则与经典毒株和2个疫苗株更接近;在遗传进化树上,JS17和BH111等5个分离株与vvIBDV在一个分支上,亲缘关系更近,而HUN0804则与经典毒株和2个疫苗株在另一个大分支。表明不同分离株在VP1的功能基序上保持保守,但分离株在特征性氨基酸位点上则发生了变化,大多数分离株与常用疫苗株之间的同源性较低,亲缘关系较远。 相似文献
16.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
17.
为了解目前国内猪流行性腹泻病毒流行毒株与疫苗毒株的S蛋白差异情况,从2013年采自北京、河南、陕西、广东四个省市的疑似猪流行性腹泻病料中抽提RNA,用设计的针对结构基因S的特异性引物进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化情况和抗原位点进行分析。结果显示:4个样品株的S基因(4161 bp)与国内疫苗株CV777(4152 bp)相比,存在15个核苷酸的插入和6个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在5个氨基酸的插入(~(59)QGVN~(62)and~(140)N)和2个氨基酸的缺失(~(163)NI~(164)),且在主要突变区S1区的2个中和表位(499~638aa和764~771aa)有7处氨基酸突变。遗传进化分析结果显示,4个样品株与主要疫苗株同源性较低(93.8%~94.7%),而与2007~2009年韩国毒株、2011年日本毒株以及中国近年流行毒株同源性高(96.0%~99.6%),表明近年来国内猪流行性腹泻病毒呈现较大变异,可能需要研制更有效的疫苗用于猪流行性腹泻的防控。 相似文献
18.
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）S基因的特点,掌握其遗传变异情况,本试验设计3对特异性引物对6株PEDV贵州株S基因进行全基因RT-PCR扩增、克隆及序列测定;应用生物信息学软件将6株PEDV贵州流行株与参考毒株进行同源性与系统进化分析。结果显示,6株PEDV贵州流行株S基因的全基因长为4 161 bp,编码1 387个氨基酸,与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.3%~98.8%之间,氨基酸同源性在91.6%~98.9%之间;进化树分析结果显示,6株流行毒株与美国毒株、越南毒株和山东毒株亲缘关系较近;与CV777株、LZC、Brl、83P-5亲缘关系较远。结果表明,PEDV贵州地方流行毒株S基因编码的氨基酸存在一定程度变化,近年来呈现变异趋势。本研究可为贵州省PEDV的防控提供一定的理论依据。 相似文献
19.
《中国兽医学报》2015,(12):1903-1910
为了解2013-2014年我国闽西地区猪伪狂犬病病毒(PRV)流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,收集闽西不同地区的15株PRV分离株,并对其g E基因进行遗传变异分析。结果表明,15株PRV分离株与2012年以来国内不同省份分离的14株PRV变异株核苷酸及氨基酸序列的同源性较高,分别为98.7%~99.9%和97.1%~99.8%;而与15株PRV经典株的核苷酸及氨基酸序列的同源性相对较低,分别为97.0%~99.6%和94.6%~99.3%。氨基酸多序列比对发现,g E氨基酸序列最具特征性的变化是第48位和第496位各有1个天冬氨酸(D)的插入,该插入特征为PRV变异毒株的重要标志。同时,抗原性分析发现这2个位点还位于g E蛋白的抗原表位区内。遗传进化树分析结果表明,15株PRV分离株与近3年国内不同省份分离的PRV株位于一个相对独立的分支中,而与经典毒株处于不同的分支中,亲缘关系相对较远。以上结果表明PRV变异毒株已成为我国闽西地区主要的流行毒株。 相似文献
20.
《中国兽医学报》2015,(8):1223-1227
根据已经发表的副猪嗜血杆菌(HPS)sod A基因序列设计引物,对辽宁省HPS LN/111013株sod A基因进行特异性扩增、克隆及测序,获得长度为621bp的sod A基因完整序列。通过与已知代表毒株的sod A基因核苷酸及其编码的氨基酸进行同源性比对和系统进化树分析,结果显示核苷酸的同源性为97.3%~100.0%,氨基酸的同源性为95.2%~100.0%,表明该毒株与近年来国内外流行毒株的亲缘关系较近。通过与国内标准HPS强毒株(SH0165)sod A基因序列进行比对,发现该辽宁株核苷酸7个主要位点中在206,516,556处一致,而在48,147,450,597这4个位点不一致;氨基酸4个关键位点中16,49位点符合低致病力毒株特点,69,186位点符合高致病力毒株特点。而该毒株的临床发病情况和致病性试验表明其毒力较强,说明仅凭一个sod A毒力基因来判断该菌株的致病性还不够全面,或该辽宁株可能来源于高低菌株的变异或重组。 相似文献