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四川不同地区硬头黄竹RAPD和ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以四川不同地区硬头黄为研究对象,通过随机扩增多态性DNA标记（RAPD）和简单序列重复区间（ISSR）标记进行扩增,探讨硬头黄竹的遗传多样性。研究表明,6个RAPD引物扩增出42条条带,多态性高达69．05％;5个ISSR引物扩增出47条条带,多态性为61．70％。利用Popgen32和NTYS软件进行聚类分析,可将不同地区硬头黄竹类型区分开来,其遗传距离分别为0．1823～0．6022和0．0435～0．6721,RAPD和ISSR分子标记为硬头黄竹的遗传改良提供理论依据。 相似文献
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采用RAPD分析法对32个银杏品种或群体的叶片DNA进行遗传多态性分析,从56个随机引物中筛选出8个单引物和4对双引物进行RAPD扩增及琼脂糖凝胶电泳,并进行UPGMA聚类分析.结果表明,8个单引物和4对双引物的RAPD扩增共得到85条DNA带,其大小主要分布于300～2 500 bp之间,其中81条具有多态性,多态百分率为95%,每条(对)引物产生DNA带的平均数为7.08.根据聚类分析的结果,供试的样品可分为两大类,北京梅核、南雄上矽(雄)、华口大白果为一类,其它的为第二类.在四个泰兴品种中,泰兴2号和泰兴3号的相似性系数达0.97,表明它们的遗传关系非常接近,可能为同一品种;而原产广东的不同品种或群体之间的遗传差异较大,可能有不同的起源.此外,若将32个银杏品种或群体按照综合分类法进行品种类群划分,不同品种类群之间的界限并不清晰,有较多的品种交叉. 相似文献
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适于草果遗传多样性分析的RAPD引物筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
以云南省文山州西畴县和德宏州陇川县的12株草果优良无性系为材料,利用RAPD标记技术,选用192个RAPD随机引物,对草果进行PCR扩增,并用UPGMA法对RAPD引物扩增条带进行聚类分析,计算其遗传相似系数,以期筛选出适用于草果遗传多样性分析的RAPD有效引物。实验共筛选出21个条带清晰、多态性丰富并具有可重复性特点的有效引物。21个引物在实验选用的12份样品中共扩增出177条DNA带,其中多态性带数为119条,占扩增总带数的67.2%,每个引物平均扩增出8.4条带。结果表明,12份草果样品聚为A组和B组,其中A组又分为两个亚组,聚类结果与所选用材料的地理来源基本一致,这也说明该研究所筛选得到的21个RAPD引物适用于草果的遗传多样性分析。该研究为应用RAPD标记技术对草果进行遗传多样性分析等研究奠定了基础。 相似文献
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采用SRAP分子标记技术,对采自我国云南、广东、广西、江西、福建、湖南、贵州7个省以及越南安沛省的20个白花树天然群体共269个个体的遗传多样性和遗传结构进行研究。8对引物共获得88个条带,多态性条带81个。白花树在物种水平上的多态条带百分率(PPB)为91.0%,Shannon表型多样性指数(Ho)为0.4536;在群体水平上PPB为49.49%,Ho为0.2841,表现出高的遗传多样性。AMOVA分析显示,30.40%的变异存在于白花树群体间,69.60%的变异存在于群体内;群体内与群体间的遗传分化均很明显。Mantel检测表明群体间的遗传距离与地理距离存在显著的相关性。 相似文献
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仙茅属13个种群遗传多样性ISSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解我国仙茅属植物种质资源分布情况及其亲缘关系,利用ISSR技术对来自湖南、广西、四川、云南、江西的13个种群的134份野生样本的遗传多样性进行了研究。利用筛选出的15条引物共扩增出256条清晰、重复性好的条带,多态性条带百分比达到91.79%;在种内水平上,多态性位点百分比为4.69%~29.30%,Shannon信息指数为0.028 3~0.160 5。13个种群中遗传多样性最高的为四川宜宾种群,多态性位点百分率为29.30%,Shannon多样性指数为0.160 5;云南9号种群遗传多样性最低,多态性位点百分率为4.69%,Shannon多样性指数为0.028 3。13个种群之间的遗传距离为0.187 1~0.513 1。根据遗传距离进行UPGMA聚类分析,13个种群共聚为2大类,四川宜宾与江西武功山种群最先聚在一起,二者的亲缘关系最近;广西雅长与四川盐边的种群聚在一起,说明二者亲缘关系较云南的较近。 相似文献
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美国山核桃群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：14，自引：11，他引：14
运用随机扩增多态性DNA（RAPD）标记技术，采用Operon公司的10种随机引物，以采自美国东南部、北部、西部和我国江苏、浙江、湖北、湖南、云南等地的9个美国山核桃栽培群体45个单株的种子为材料，检测出多态位点42个。以这些多态位点为依据，计算了估测了多态性位点百分比、Shannon表型多样度指数、Virk群体内遗传距离和Nei氏群体间遗传距离，并用它们作为参数进行群体遗传多样性的RAPD分析。结果表明，参试的美国山核桃品种群体遗传变异明显，且群体间差异大于群体内差异，我国引种的群体遗传差异大于原产地美国的群体遗传差异。 相似文献
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利用RAPD和ISSR分析百日草自交系间的种质遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
叶要妹 《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2008,28(4)
首次运用RAPD与ISSR技术分析了百日草20个自交系的种质遗传多样性.结果表明：从供试材料中147条RAPD引物和44条ISSR引物筛选到具有多态性的RAPD引物12条,ISSR引物9条.RAPD引物共扩增出147条带,多态性位点数为100,多态性位点比率为68.03%,平均多样性指数为0.3559,有效等位基因数为1.4169;ISSR引物共扩增出128条带,多态性位点数为97,多态性位点比率为76.38%,平均多样性指数为0.4013和有效等位基因数为1.4728.试验表明,RAPD、ISSR及两种分子标记整合后的结果较为相似,呈极显著的正相关.聚类结果将20个自交系基本分为2类：一类群来源虹越种子集团公司;另一类群来源甘肃酒泉种子集团公司,分类与原产地相关.RAPD与ISSR标记是研究百日草种质遗传多样性有效的工具,在分析百日草的亲缘关系特别是系谱关系时,ISSR是一种多态性和重复性优于RAPD的分子标记.两种分子标记整合后既能鉴定出自交系的系谱先后关系,也能反应来源相同自交系的亲缘关系. 相似文献
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龙眼SRAP-PCR反应体系的优化 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立龙眼的SRAP-PCR体系,对影响SRAP-PCR的退火温度、引物浓度、dNTP、模板DNA、Mg2+等因素进行优化。确定优化的龙眼SRAP-PCR反应体系为:10×buffer(Mg free)2.5μl,dNTP mixture(10 mmol.L-1)2.0μl,primer(10μmol.L-1)(0.7+0.7)μl,Mg2+(25 mmol.L-1)1.0μl,模板DNA 40 ng,Taq DNA聚合酶1.5 U,以双蒸水补足至25μl。退火温度51℃。利用该优化的体系对来自中国、泰国、印度尼西亚的16份龙眼种质进行SRAP扩增,电泳显示获得了清晰、稳定的扩增结果。 相似文献
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利用RAPD分子标记研究酵母菌的亲缘关系 总被引：5，自引：0，他引：5
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记对6个属的21个酵母菌株的基因组DNA的多态性进行了研究,并采用聚类分析法评价它们之间的亲缘关系.研究表明,RAPD能够检测出酵母种内微小的遗传学差异,以其特征谱带作为酵母菌种鉴定的特征标记.聚类分析结果显示,休哈塔假丝酵母与热带假丝酵母之间亲缘较近,遗传距离为0.114,它们与毕赤树干酵母之间遗传距离为0.493;粟酒裂殖酵母与卡斯伯酒香酵母的亲缘关系较近,遗传距离为0.322;嗜单宁管囊酵母与克鲁斯假丝酵母间的亲缘较近,遗传距离为0.383,它们与酿酒酵母间的遗传距离达到0.443,与产朊丝酵母聚类的遗传距离是0.471.除假丝酵母属外,大多数酵母属、种间的分类结果与经典形态学分类结果相符. 相似文献
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树木溃疡病病原真菌类群分子遗传多样性研究Ⅱ--Botryosphaeria属28S rDNA-PCR-RFLP和RAPD解析 总被引：10，自引：1，他引：9
BotryosphaeriaCes.etdeNot .(无性阶段是DothiorellaSacc .)属病原真菌能引起多种林木溃疡病的发生 ,在我国分布区域十分广泛。病原菌因较大的寄主范围和地理分布区域表现出明显的分子遗传分化 ,通过对来自 5个区 1 4个寄主种 (品种 )的 30个菌株进行 2 8SrDNA PCR RFLP和RAPD解析 ,结果表明 ,所有供试菌株都能扩增出稳定一致的 2 8SrDNA条带 ,6种内切酶不能区分该属内部的 2 8SrDNA差异。RAPD结果表现出该属丰富的多样性 (92 81 % ) ,在 0 845相似系数的水平上所有菌株被识别为 1 3类 ,其中有地理分化、寄主分化的表现 ,也有不表现地理、寄主分化的。从DNA水平上证实引起雪松溃疡病的病原为B .dothidea ,表明B .dothidea不仅能够寄生被子植物 ,还能寄生裸子植物 ,有非常宽阔的寄主范围。随机扩增引物K1 6和R1 4可以作为陕西菌株和湖南菌株与其它地区菌株区别的鉴别性引物。传统上认为苹果轮纹病菌 (B .berengerianadeNot.f.sp .piricola (Nose)KoganezawaetSakuma)为苹果干腐病菌 (B .berengerianabeNot.)的专化型 ,它们与杨树溃疡病原分属两个种。本试验分析表明这种分类较为合理。 相似文献
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用RAPD分析麻核桃起源与分类地位 总被引：16，自引：1，他引：15
利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）方法对麻核桃、核桃楸、核桃、奇异核桃和核桃×核桃楸的人工杂种进行了基因组多态性分析。选用２８个１０ｂｐ随机引物扩增出３３２个ＤＮＡ片断,片断大小在２５９ｂｐ～３０５４ｂｐ之间,其中２４３个ＤＮＡ片断呈现多态性,占总扩增片断的７３２％。依据扩增结果进行相似性系数和遗传距离分析,据此构建聚类树状图。研究结果表明：核桃楸×核桃的天然杂交是麻核桃形成的主要机制;在麻核桃形成过程中,核桃楸的遗传贡献率大于核桃;在胡桃属分类中,麻核桃应归为核桃楸组,这与传统分类学的结果一致。 相似文献
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7个桉树杂交亲本RAPD位点多态性和杂合性的研究 总被引：5，自引：1，他引：5
利用RAPD分子标记技术对桉树杂交亲本的RAPD位点多态性和杂合性进行了比较研究.研究材料包括不同起源的3个尾叶桉母本和4个细叶桉父本及其杂交产生的5个全同胞家系,每家系10株子代.RAPD为显性标记,其检测一个杂交群体中分离位点的概率可以用分离位点至少在一个个体中出现的概率来表示,即1-(1/2)n-1(Aa×aa或aa×Aa)或1-(3/4)n-1(Aa×Aa)(n为群体内个体数),则利用10个个体的杂交群体,其概率分别为99.8%和92.5%,检测的有效性较高.各样品RAPD扩增结果统计中,以1代表一条谱带出现,以0代表不出现.9个随机引物共扩增出58条谱带,亲本间呈多态性的谱带42条,占72.4%,多态性较高.利用亲本的RAPD数据矩阵,计算了亲本间的遗传距离.根据亲本出现的谱带在子代中是否分离判断该位点是否为杂合位点,如果某谱带出现于亲本且在子代中分离,则亲本在该位点上的基因型为Aa,即杂合位点,从而统计出不同亲本的杂合位点数.以亲本的杂合位点数占其总位点数的百分比表示亲本的杂合性,检测各亲本的杂合性水平.7个亲本的杂合性平均为28.0%,杂合性较高.但不同亲本的杂合性有差异,介于16.2%和39.5%之间.并且,同一无性系在不同的家系中检测到的杂合位点数和计算的杂合性有差异,这主要是由于以下两个原因;一是RAPD为显性标记技术,不能有效探测样品本身的杂合位点,因此当另一亲本在该位点上基因型为AA时,则亲本的基因型即使为Aa,子代在该位点上的RAPD谱带也没有分离;二是10个个体的群体偏小,有些实际分离的位点需要更大的群体才能检测到(尤其是偏分离的位点).林木中,常用F1谱系和显性标记进行遗传连锁图谱构建,相应的作图策略为拟测交策略(Pseudo-testcross
strategy),即可用于图谱构建的标记为只出现于一个亲本、而在子代中按1∶1分离的标记,类似于测交的分离方式.因此,亲本的较高杂合性表明其杂交时有大量的拟测交位点出现,这种位点在子代中的分离可以用显性标记有效检测.所以,本研究中亲本杂合性均较高的家系可以用作遗传图谱构建的材料(合适大小的群体,如100个以上的子代),这对增加图谱的标记数量和提高作图的效率具有重要意义. 相似文献
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We studied the genetic polymorphism among 29 clones of shisham (Dalbergia sissoo Roxb) belonging to different geographic regions using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Out of 30 primers used, only 20 primers generated polymorphism in amplified product. In total 232 bands were amplified with 20 primers, of which 192 (82%) were polymorphic with an average of 9.6 bands/primer. The resolving power (Rp) ranged from 2.14 (Primer 5) to 11.93 (Primer 4). Primer 4 and Primer 3 possessed high Rp value. Polymorphism information content (PIC) ranged from 0.15 (Primer 5) to 0.37 (Primer 4). Primer 4 amplified total 18 bands in 29 genotypes with PIC value of 0.37 hence; this set of primer was most informative. The similarity coefficient analysis revealed two clusters. The first cluster comprised of only 10 clones and the second major cluster comprised of 19 clones. The genetic similarity among 29 clones ranged from 25.86% (clone 10 and 235) to 100% (clone 19 and 59), suggesting a wide genetic base in shisham clones. 相似文献
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濒危小灌木长叶红砂种群的遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
采用RAPD和ISSR2种分子标记对濒危小灌木长叶红砂5个种群的遗传多样性进行检测。18个RAPD引物和14个ISSR引物分别扩增出118和114个位点,多态位点比率(P)分别为88.98%和89.47%。在物种水平上,RAPD标记的结果为:Shannon’s信息多样性指数(I)为0.4656,Nei’s指数(H)为0.3303;ISSR检测的结果:I=0.4688,H=0.3083。2种分子标记均表明濒危小灌木长叶红砂具有较高的遗传多样性水平。Nei基因多样性指数表明,大部分遗传变异存在于种群内。RAPD分析发现86.22%的遗传变异发生在种群内;ISSR分析发现89.29%的遗传变异发生在种群内。种群间遗传变异低的主要原因是种群间存在较强的基因流(Nm)分别为3.0097和4.1787)。长叶红砂较高的遗传多样性水平与物种特性和对高胁迫环境的长期适应有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低。 相似文献
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Rangkadilok N Tongchusak S Boonhok R Chaiyaroj SC Junyaprasert VB Buajeeb W Akanimanee J Raksasuk T Suddhasthira T Satayavivad J 《Fitoterapia》2012,83(3):545-553
Longan, Dimocarpus longan Lour., contains polyphenolic compounds which exhibit several pharmacological properties. This study aims to evaluate antifungal activities of longan fruit extract in comparison to its active compounds. The results showed that longan seed exhibited antifungal activity against the opportunistic yeasts (Candida species and Cryptococcus neoformans). In contrast, longan pulp and whole fruit did not demonstrate any inhibitory effects. Ellagic acid showed the most potent antifungal activity followed by corilagin and gallic acid, respectively. Ellagic acid inhibited Candida parapsilosis and C. neoformans more effectively than Candida krusei and also some Candida albicans clinical strains. Baidam cultivar possessed higher antifungal activity (MIC=500-4000 μg/ml) as it contained higher contents of ellagic acid and gallic acid than Edor (MIC=1000-8000 μg/ml). For antibacterial activity, only corilagin and gallic acid possessed weak to moderate inhibitory effects against Staphylococcus aureus and Streptococcus mutans, respectively. Longan seed was then applied in the oral care products. Longan effervescent granule (5% extract) significantly reduced adhesion of C. albicans to acrylic strips. Mouthwash containing 0.5% extract exhibited good antifungal activity compared to a commercial product. These findings indicated that longan seed extract and its polyphenolic compounds can be used as an antifungal agent in oral care products for the treatment of opportunistic yeast infection. 相似文献
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四川不同地区慈竹和硬头黄遗传多样性的RAPD分析 总被引：8，自引：0，他引：8
试验采用RAPD-PCR手段分别对四川省不同地区的慈竹(Neosinocalamus affin)和硬头黄(Bambusa rigida)进行了遗传多样性研究.结果表明,利用改良的SDS法成功地从硅胶干燥的幼嫩竹叶中提取了质量较高的DNA.用随机引物A9、B17、C2、C5、C11、D3、Q12对8个待测样品扩增结果的多态性分析表明:共获得50个扩增位点(DNA扩增片段),42个位点具有多态性,高达84%,平均每条引物扩增出7.1条带,包括6条多态性带.通过Popgen32软件对8个竹样进行遗传距离分析,同一竹种不同地区之间遗传距离约为0.127 8～0.653 9,这表明不同地区之间存在丰富的遗传多样性;慈竹和硬头黄之间遗传距离较远,为0.446 3～0.916 3. 相似文献