基于GenBank数据对红柴胡nrDNA序列ITS2片段的分析     

王鹤  杨娜  徐丹丹  孙明阳  郭宏莉  关鑫  王世聪  王长宝 《安徽农业科学》2019,47(4):114-116

[目的]了解红柴胡nrDNA序列ITS2片段特征,为中药柴胡的分子鉴定提供科学依据。[方法]从GenBank中获取已公布红柴胡ITS全长序列38条和ITS2序列3条,利用MEGA6.0进行多序列比对,分析ITS2片段碱基成分、变异位点、信息位点,计算遗传距离,并用邻接法(NJ)构建系统聚类树。[结果]ITS2片段长度为224～230 bp,共发现14个简约信息位点,最大遗传距离0.124,系统树可明显分为4组,85.37%的聚为一组。[结论]ITS2在红柴胡居群中比较保守,可作为DNA barcoding鉴定的片段使用。  相似文献   

ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

胡伟毅  赵晓燕 《安徽农业科学》2013,(20):8472-8473,8504

[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。  相似文献   

基于ITS2序列探讨不同果翅颜色梭梭的系统发育关系     

方辉  张桦  姚正培  马林  王泽  蒋圆圆  麻浩 《新疆农业科学》2015,52(10):1822

[目的]利用DNA条形码技术对新疆北部梭梭进行鉴定,从分子系统学角度探讨不同果翅颜色梭梭的亲缘关系.[方法]用通用引物ITS2对梭梭样品进行PCR扩增,得到的ITS2序列构建NJ系统进化树和遗传距离分析.[结果]ITS2引物的PCR扩增得到了500 bp左右的片段,最大K2P遗传距离为0.057,系统进化树结果显示,相同果翅颜色的梭梭能够聚为一支.[结论]ITS2序列能够很好的将不同果翅颜色的梭梭样品区分开,为梭梭的遗传多样性研究提供了一定基础.  相似文献   

辣椒炭疽病3病原核糖体基因ITS区的序列测定及分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

马荣群  黄粤  宋正旭  李梅  岳文辉 《西南农业学报》2007,20(6):1234-1236

辣椒炭疽病(pepper anthracnose)是辣椒生产中的主要病害之一。利用真菌核糖体内转录间隔区(internal transcribed spac-er,ITS)序列通用引物对辣椒炭疽病3病原进行扩增,分别获得其rDNA-ITS序列,序列分析结果表明,病菌的5.8S rDNA序列高度保守,而ITS区的可变性则相对较高,其中ITS1区的差异大于ITS2区的差异,说明ITS1区的变异较丰富,可考虑将该区域作为病原鉴定的PCR检测特异引物的靶序列,为今后各病菌的特异性分子鉴定提供可靠的靶标。  相似文献   

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究     

张建新  牛宪立 《安徽农业科学》2013,(23):9544-9545,9547

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.  相似文献   

rDNA-ITS2应用于赤眼蜂分子鉴定的研究   总被引：7，自引：0，他引：7  

李正西  沈佐锐 《中国农业大学学报》2002,7(5):80-84

本研究通过对拟澳洲赤眼蜂Trichoramma confusum，甘蓝夜蛾赤眼蜂T.brassicae，广赤眼蜂T.evanescens，食胚赤眼蜂T.embryophagum，及松毛虫赤眼蜂T.dendrolimi的6个地理种群的rDNA-ITS2进行克隆测序，又运用软件DNAStar的MegAlign程序对不同赤眼蜂属间，赤眼蜂属种间，同种不同地理种群之间以及同一赤眼蜂个体不同拷贝之间的ITS2序列的遗传分歧及相似性进行了分析。结果表明：赤眼蜂属与外群ITS2序列的遗传相似性很低，赤眼蜂属内不同种之间IT2序列保守性适中，种内或不同的地理种群之间以及同一个体不同ITS2拷贝间非常保守。说明ITS2序列可作为赤眼蜂种级水平分类鉴定的良好靶标序列。  相似文献   

一种鉴定菜用枸杞的新方法——nrDNA ITS测序法     

石志刚  安巍  焦恩宁  赵建华  王亚军 《安徽农业科学》2008,36(20)

[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。  相似文献   

木霉菌Tr10的鉴定及其对几种病原菌的抑制作用     

夏伟  颜艳伟  张红  咸洪泉 《安徽农业科学》2010,38(5):2424-2426

[目的]鉴定木霉菌Tr10,并研究其对几种病原菌的抑制作用。[方法]在形态分类的基础上,结合分子鉴定手段（rDNA-ITS序列分析）,对木霉菌Tr10进行分类鉴定,并研究其对作物病原菌的拮抗作用。[结果]依据Tr10的培养性状和显微特征描述,初步鉴定该菌株为棘孢木霉。结合ITS序列分析可知,Tr10应该归为棘孢木霉。木霉菌Tr10对供试病原菌均有强烈的抑制作用。[结论]为今后在生产上应用木霉菌Tr10奠定基础。  相似文献   

辽宁地区辣椒疫病菌鉴定及同源性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

王辉  刘长远  赵奎华  孙军德 《沈阳农业大学学报》2011,42(4):433-437

对采集到的辣椒疫病病原菌通过形态学观察和rDNA-ITS序列分析进行鉴定及同源性研究。利用真菌通用引物ITS4、ITS5对病菌基因组进行PCR扩增,将测序结果与已知序列进行比对,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析。试验结果表明:病菌菌落为白色,菌丝呈鹅毛绒状,无隔膜,孢子囊卵圆形或梨形,乳突单生;测得病菌ITS序列为805～877bp,rDNA-ITS序列同源性高,致病菌病原均为辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)。  相似文献   

Chelex-100法快速提取白粉菌基因组DNA及ITS2序列的克隆     

文静  陈海伟  侯旭东  乔菁 《安徽农业科学》2011,39(36):22204-22205

[目的]建立快速提取及克隆白粉病菌基因组DNA的方法。[方法]以豌豆白粉菌分生孢子为材料,用Chlex-100法快速提取白粉菌基因组DNA,并以此为模板对内转录间隔区Ⅱ（ITS2）序列进行了巢式PCR扩增、克隆、测序及分析。[结果]Chlex-100法可高效的提取白粉病菌基因组DNA,适用于PCR扩增及相关分析。[结论]为快速有效地对白粉病资源进行大规模分子分类鉴定奠定了基础。  相似文献   

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件（英文）     

胡伟毅  汪连军  盛志超 《农业科学与技术》2013,(9):1212-1214

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件（95℃4 min;[35 cycles：94℃30 s;52℃45 s;72℃45 s];72℃10 min;4℃保存）。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。  相似文献   

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件     

胡伟毅  汪连军  盛志超 《安徽农业科学》2013,41(16):7070-7071

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件(95℃4 min;94℃30 s,52℃45 s,72℃45 s,35个循环;72℃10 min,4℃保存)。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。  相似文献   

基于ITS2和rbcL序列石斛属植物的鉴定     

王超  郭雪玲  郭瑞军 《贵州农业科学》2016,(10):1-4

为选育优质石斛品种和开发利用高效药用石斛资源,利用形态学分类法和DNA条形码技术对采集到的石斛样品进行鉴定,并对样品ITS2序列二级结构进行分析。结果表明:样品形态与石斛属植物特征相似。以ITS2序列构建系统发育树,样品GX07与Dendrobium loddigesii,YN08与Dendrobium officinale位于同一位置,其二级结构也基本一致,螺旋区和茎环等结构均无明显区别。基于rbcL序列构建的系统发育树没有达到很好的分辨效果,石斛属种间遗传距离最大为0.028。表明ITS2比rbcL更适合石斛属种间物种鉴定,并且其二级结构具有一定的辅助作用。  相似文献   

象草IT2序列的克隆与比较分析     

蔡升  杨平  续晨  蔡小宁 《现代农业科技》2020,(21)

从象草叶片提取了DNA,进行PCR扩增,获得了一段长度为283bp的IT2序列。不同物种间ITS2序列的系统发育分析表明,象草与玉米的亲缘关系最近,属于单子叶植物类群。与GenBank中其它来源的IT2序列进行比较分析,发现多条IT2序列之间存在少量碱基的差异。针对这种情况,提出可以采用“基准”IT2序列作为解决办法。  相似文献   

基于ITS2序列的12种苔藓植物亲缘关系分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

张安世  张为民  刘永英 《湖北农业科学》2012,51(13):2864-2866

以尖叶薄鳞苔为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对12种苔藓植物的ITS2序列进行比对和分析,构建分子系统树.结果表明,12种苔藓植物的ITS2序列长度在432-493bp之间,排序后总长度为540 bp,其中变异位点305个,信息位点200个.12种苔藓植物的遗传距离在0.016～0.472之间,平均遗传距离为0.309.利用MP法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中7个丛藓科物种聚为一组,3个青藓科物种聚为一组,2种灰藓科植物聚为一组,序列分析结果与形态学分类结果一致,表明ITS2可用于苔藓植物的亲缘关系分析.  相似文献   

基于ITS2条形码的人参属物种鉴定研究     

孙涛  孔德英  滕少娜  蒋丹  邓朝晖  陆丽华  何玲 《湖北农业科学》2016,(19):5072-5074

人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。  相似文献   

基于ITS2序列探讨兰属的DNA条形码鉴定和系统发育关系     

巫伟峰  陈孝丑  陈发兴  陈春  张毅智 《浙江农业学报》2019,31(8):1295

兰属中许多类型具有极高的观赏和经济价值,并在兰花产业中占据重要地位。由于兰属植物复杂的演化、遗传历史,一直以来分类鉴定困难,存在诸多分类学争议。近年来,快速发展的DNA条形码技术为兰属植物的分类鉴定提供了新的思路。该研究利用12个兰属本地样品和250条GenBank下载的兰科ITS2序列(其中81条属于兰属),通过BLAST1、遗传变异、建树法等分析评估了ITS2序列用于兰属植物分子鉴定的可行性,并基于建树结果探讨了兰属的系统发育关系。BLAST1结果显示,ITS2序列可以准确鉴定12个本地兰属样品的属、亚属划分,鉴定成功率达到100%;在组水平也具有较好的鉴定能力,鉴定成功率为92%,但在物种水平上的鉴别能力较差,鉴定成功率仅17%。参考库(GenBank下载的250条兰科ITS2序列)遗传变异分析结果显示,兰属ITS2序列具有很高的遗传多样性(变异率为74.9%),在属、亚属水平上能较好地区分,但在组或组下的物种水平,由于组内和组间变异、种内和种间变异存在较大重叠,鉴别能力较差。建树结果显示,ITS2序列可以将兰属中的建兰亚属、兰亚属和大花亚属明显区分开,建兰亚属与兰亚属亲缘较近,两者与大花亚属亲缘较远,同时还发现莲瓣兰与春兰在系统发育树中关系紧密,结果支持Du Puy & Cribb的3亚属划分,并暗示莲瓣兰可能是春兰下的一个变种或品种(支持率为69%)。综上所述,ITS2序列在兰属植物的分子鉴定上具有一定的应用价值,可作为兰属植物DNA条形码鉴定的辅助条形码。  相似文献   

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究     

周池  饶力群  杨华 《湖南农业科学》2016,(5):1-4

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2(ITS2)作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。  相似文献