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细菌人工染色体(BAC)文库是进行生物基因组学研究的一个重要手段。以家蚕微孢子虫(Nosema bomby-cis)重庆分离株为材料,在前期构建的家蚕微孢子虫基因组框架图数据基础上,对构建家蚕微孢子虫BAC文库过程中的关键技术,如脉冲胶块(plug)的制备与处理、限制性酶的筛选、DNA的部分消化、酶切片段的选择、插入DNA片段与载体的摩尔比值等进行了研究,建立了构建家蚕微孢子虫BAC文库适宜的技术体系。构建的家蚕微孢子虫BAC文库由6 478个克隆构成,克隆片段平均大小约为50 kb,相当于家蚕微孢子虫基因组(15.33 Mb)的20倍,文库空载率较低,有利于深入开展家蚕微孢子虫基因组相关方面的研究。 相似文献
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以已克隆测序的家蚕微孢子虫 (镇江株 ,Nosemabombycis)的核糖体小亚单位RNA(SSUrRNA)编码基因(12 0 5bp)为模板 ,用随机引物合成法标记的探针 ,在与 9种微孢子虫及家蚕基因组DNA的 6种限制性内切酶的酶切产物的Southern杂交图谱中 ,9种微孢子虫基因组DNA酶切产物的杂交图谱极为相似 ,而与家蚕基因组DNA的任何一种酶的酶切产物均无杂交信号 ,表明微孢子虫和家蚕的SSUrRNA基因同源性很低或没有同源性。同时还证实了已克隆的SSUrRNA基因来源于微孢子虫基因组DNA ,不是从家蚕基因组DNA扩增而来。在酶解较为完全的酶切产物的杂交图谱中 ,微孢子虫基因组DNA中SSUrRNA基因的拷贝数至少在 15以上 相似文献
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玉米螟微孢子虫作为玉米螟田间种群自然控制因子之一,能否交叉感染家蚕,其与家蚕微孢子虫的血缘关系值得探究。通过对实验室搜集的家蚕微孢子虫和玉米微孢子虫进行了电镜水平的超微结构观察和分析,进而对它们的16S r DNA基因进行了PCR扩增、测序和系统发育分析,结果显示玉米微孢子虫与家蚕微孢子虫均属Nosema属,分别落在不同进化枝上的种,这可能暗示了玉米螟微孢子虫不能直接感染家蚕的部分缘由。 相似文献
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从各自的微孢子虫基因组获得了两个能分别与家蚕微孢子虫和新西兰草金郇微孢子虫特异杂交的DNA片段,并对其进行了测序。尚没有发现该DNA片段能与供试的其它4个微孢子虫分别来自[蜜蜂微孢子虫、小菜粉蝶的变形孢虫(Vairimorpha sp.),新西兰草金龟和掘孔蛴螬(Wiseana sp.)的两株微孢子虫(Vavraia oncoperae)]的基因组DNA杂交。家蚕微孢子虫探针不与新西兰草金龟微孢子虫基因组DNA或与该微孢子虫原始昆虫寄主家蚕的DNA杂交。同样,新西兰草金龟微孢子虫探针不与家蚕秃孢子虫基因组或与新西兰草金龟的DNA杂交。两个DNA片段富含AT(分别占总碱基的59和79％),G+C/A+T的比率为0.70和0.25,表示其为散布于整个基因组中的重复序列。 相似文献
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家蚕微孢子虫(镇江株)β-微管蛋白基因部分片段的克隆及系统发育分析 总被引：2，自引：1，他引：1
设计1对正、反向引物btubf/btubr,对家蚕微孢子虫(镇江株)基因组DNA的β-微管蛋白(beta-tubulin)基因进行扩增,得到部分片段。经PCR鉴定、酶切及测序分析,该片段与Nosema属其它微孢子虫的beta-tubulin同源。采用邻近归并法(Neighbour-Joining)构建系统发育树,结果表明微孢子虫和真菌关系密切。研究结果对于微孢子虫的系统发育研究和家蚕微粒子病的治疗具有积极意义。 相似文献
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家蚕微孢子虫保存株DNA的特异性扩增 总被引：1，自引：0，他引：1
尝试研制成了一种微孢子虫检测的新系统。以家要微孢子虫小亚单位rRNA基因的推导假基因及保守序列为引物,对家蚕微孢子虫(Nosemabombycis.Nb)保存株的DNA进行了特异的PCR扩增。检测了六株微孢子虫:三株为家蚕微孢子虫株系,即保存株SES—NU、NIS—001和分离自草地贪夜蛾(Spodoptera depravata)的株系Sd—NU—IW8401;及三个种:Nosema Sp.株NIS—Mll,变形孢子虫属的分离株Vainmorpha Sp.NIS—M12和具褶孢子虫属分离株Pleistoophora Sp.PI—NU,以此六株微孢子虫的DNA为模板进行PCR扩增,仅家蚕微孢子虫(Nb)的保存株SES—NU、NIS—001获得扩增产物。 相似文献
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从河南两个地区猪的粪便中分离纯化了猪源隐孢子虫卵囊。参考隐孢子虫Hsp70基因属特异性引物,用PCR分别扩增了卵囊基因组DNA大小均为1 948 bp的片段,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化,纯化后PCR产物直接测序。将测得的序列和推测出的氨基酸序列分别用ClustalX软件与已报道的相应序列比对,用DNASTAR中的MegAlign分析其同源性,并用PAUP绘制系统发育进化树。序列分析结果显示河南猪源隐孢子虫两个分离株Hsp70 DNA序列的同源性为99.9%,与其他隐孢子虫相应序列同源性介于81.9%~99.8%之间,其中与猪隐孢子虫(Cryptosporidium suis,AF221533)同源性最高分别为99.8%,97.9%;与安氏隐孢子虫(C.andersoni,AY954592)同源性最低。两个分离株推导Hsp70氨基酸序列的同源性为100%,同其他隐孢子虫相关序列的同源性在92.8%~99.8%之间。本研究为隐孢子虫诊断及流行病学研究打下了良好基础。 相似文献
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家蚕微孢子虫cDNA文库的构建及部分EST同源性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以成熟的家蚕微孢子虫 (Nosemabombycis,N .b)为实验材料 ,以λTriplEx2为载体 ,构建了滴度为 1 86× 10 6pfu/mL ,插入片段平均在 5 0 0bp以上的较高质量的家蚕微孢子虫cDNA文库。从cDNA文库中随机挑取 180个克隆进行EST测序 ,得到了 130个有效序列。经BLASTn、BLASTx同源性分析后发现 ,7个ESTs编码基因在氨基酸水平上与脑孢虫有较高的同源性 ,推定为家蚕微孢子虫基因 (putativegene) ,同时获得了 2 7个未知序列。 相似文献
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多枝赖草高分子量核DNA的有效制备 总被引：3，自引：2，他引：1
以多枝赖草Leymus multicaulis黄化苗幼嫩叶片为材料,在液氮中研磨成粉末,加入冰冷的细胞核抽提缓冲液,经一系列钢制细胞筛过滤,离心分离细胞核,相差显微镜镜检后,用低熔点琼脂糖包埋,蛋白酶K原位裂解,经脉冲场电泳分离,用1%低熔点琼脂糖回收获得了较纯净的分子量大于2 Mb的核DNA,Southern杂交显示没有叶绿体和线粒体DNA的污染.利用该方法制备的高分子量核DNA,可用于后续可转化人工染色体(TAC)文库的构建和基因组分析. 相似文献
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两种微孢子虫孢子表面蛋白及对家蚕侵染性的比较研究 总被引：11，自引：6，他引：5
对来自家蚕的内网虫属样微孢子虫和家蚕微孢子虫的形态、表面蛋白及侵染性进行了比较研究。内网虫属样微孢子虫孢子显著小于家蚕微孢子虫 ,孢囊中孢子数为 8～ 32个 ,只侵染中肠组织 ,对家蚕无胚胎传染性。SDS UreaPAGE和 2D PAGE图谱显示两种孢子表面蛋白有明显差异。在SDS UreaPAGE中 ,内网虫属样微孢子虫的主要表面蛋白为 2 2kD ,而家蚕微孢子虫为 4 5kD。 2D PAGE显示 ,当上样量为 12 0 μg时 ,内网虫属样微孢子虫孢子表面蛋白斑点有 330多个 ,而家蚕微孢子虫孢子只有 16 0多个 ,其中仅有 10多个相同或疑似蛋白点。家蚕微孢子虫的主要表面蛋白点约有 2 0个 ,以中性偏酸的小分子居多 (<18kD ,pI 5 .4～ 7.2 ) ;内网虫属样微孢子虫有 30多个 ,分布较分散。根据两种孢子都能感染家蚕的特点 ,认为相同或疑似蛋白与是否能够感染有关 ,而大量差异蛋白与对家蚕的感染程度有关。两孢子表面蛋白中的主要蛋白均为差异蛋白 ,可能是孢子表面的结构蛋白。 相似文献
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家蚕微孢子虫孢子壁坚厚不易破碎,并对许多化学物质有很强的抵抗性,使用常规的核酸和蛋白抽提方法效果不够理想。研究建立玻璃珠破碎法快速制备家蚕微孢子虫基因组DNA和总蛋白的方法,采用琼脂糖凝胶电泳和SDS-PAGE分析所得DNA的完整性和所得总蛋白的差异性,并对提取蛋白进行双向电泳试验。结果表明:使用玻璃珠破碎法对微孢子虫孢子壁的破碎率可达到90%以上,基因组DNA得率约为7.65 fg/粒,总蛋白得率约为788.3 fg/粒,均显著高于常用的发芽法和液氮冻融研磨法的得率。双向电泳结果显示玻璃珠破碎法能有效提取家蚕微孢子虫总蛋白,经考马斯亮蓝染色可检测到约350个蛋白点,蛋白信息丰富,可进一步用于质谱分析。 相似文献
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Isolation and characterization of a reovirus causing spleen necrosis in Pekin ducklings 总被引：2，自引：0，他引：2
Liu Q Zhang G Huang Y Ren G Chen L Gao J Zhang D Han B Su W Zhao J Hu X Su J 《Veterinary microbiology》2011,148(2-4):200-206
High rates of mortality for Pekin ducklings have been recorded in several duck farms in China since 2006. Dead ducklings were characterized by spleen necrosis, suggesting microbial infection as a cause of disease. Laboratory investigations led to the isolation of a virus strain from the spleen tissues of dead ducklings, designated DRV-HC. Subsequent experimental infections with DRV-HC resulted in marked spleen necrosis in the ducklings similar to those observed in the natural outbreaks. Electron microscopy of the cultured DRV-HC revealed viral particles that were non-enveloped and icosahedral with a mean diameter of approximately 72 nm. Agar gel precipitating tests showed that the isolate shared a common group-specific antigen with chicken reovirus S1133. DNA sequencing revealed that this isolate was closely related to Muscovy duck reoviruses. Experimental infection with DRV-HC resulted in death of young chicks with necrotic foci in the liver and spleen. To the best of our knowledge, this is the first report of the isolation of a duck reovirus with high virulence in Pekin ducklings and SPF chickens. 相似文献
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重度感染家蚕微孢子虫的家蚕丝腺cDNA文库构建及EST测序分析 总被引：1，自引：1，他引：0
用家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)感染家蚕品种大造的3龄幼虫,于感染后第10天选择有Nb重度感染特征的家蚕丝腺组织无菌操作提取RNA,构建Nb和家蚕丝腺混合样品cDNA文库(文库滴度≥1.6×106PFU/mL)。对文库进行测序,获得EST序列5 026条,其中家蚕丝腺EST3 901条、家蚕微孢子虫EST970条。拼接后,分别获得家蚕丝腺和Nb的单一EST(unique EST)563和383条。对EST和unique EST进行分析发现,感染后第10天家蚕丝腺中Nb的组蛋白、细胞分裂激酶等与孢子分裂增殖相关的基因表达水平较高,一些可能与Nb侵染或寄生适应相关的基因,如Nb孢壁蛋白、极丝蛋白、转运体蛋白等基因亦在此时期较高水平表达,尤其是此期间有相对高水平的组蛋白脱乙酰基酶基因表达,说明Nb基因的表达受到组蛋白去乙酰化方式的调控。对家蚕微孢子虫uniqueEST的序列特征分析发现,Nb mRNA UTR的长度和GC含量与其它微孢子虫差异较小,但ORF区的AT含量较高,即家蚕微孢子虫基因ORF序列较其它微孢子虫发生了高AT变化。Nb unique EST的功能注释及分类结果表明感染后第10天家蚕丝腺中的Nb孢子仍处于多形期,还未完全成熟化。 相似文献
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C. Schelling A. Billault B. Colomb B. Pineroli K. Guziewicz A. Piasecka A. Gmür J. Klukowska C. Gaillard G. Stranzinger G. Dolf 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2004,121(5):345-349
An existing canine genomic bacterial artificial chromosome (BAC) library was expanded by adding 115 200 clones with insert lengths not yet represented or under‐represented. The final version of the library consists of 211 968 clones with an estimated average insert size of 110 000 base pairs. Clones were grown individually and glycerol permanents were arrayed in 2208 96‐well microtitre plates. DNA of each clone was prepared by microwave treatment and organized in a three‐dimensional DNA pooling system (92 superpools) allowing for rapid screening by polymerase chain reaction (PCR). Screening of the library for 111 microsatellite loci representing all canine chromosomes revealed a recovery rate of 93% and a fourfold genome coverage. In addition, 50 BAC clones containing microsatellites or genes related to ongoing projects in the laboratories of the authors and eight other research groups were successfully recovered. The present library is the first canine BAC library amenable to PCR screening and is an invaluable tool for cloning candidate loci and developing genetic markers in specific chromosomal regions. This library will also enhance mapping efforts in related canid species and is an important source for geneticists studying inherited diseases common to both dog and humans. Interested researchers can access the library following the instructions at http://www.dogmap.ch . 相似文献