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1.
[目的]发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础.[方法]从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析.[结果]对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点.从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%.通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性.[结论]NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性. 相似文献
2.
日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测 总被引：1，自引：0，他引：1
利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP(Reliable SNPs)位点705个,较可信SNPs(High confidence SNPs)905个,潜在SNPs(Potential SNPs)1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。 相似文献
3.
利用生物信息学手段,从NCBI中db EST数据库获取大量的石斛属(Dendrobium Sw.)EST序列,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性进行了分析。采用DNASTAR软件中的SeqMan程序对获取的16 183条石斛EST序列构建叠连群,得出2 267个叠连群,长度计628 444 bp,发现342个叠连群共含有1 083个候选SNP位点。经统计分析SNP位点平均出现频率为0.17%,平均580.28个bp含有1个SNP位点,每个叠连群含有3.25个SNP位点。不同叠连群SNP位点个数差异较大,其中含SNP位点最多的叠连群共有22个SNP位点。突变中转换和颠换类型差异较大,数量分别为655和408,插入缺失为20个,分别占SNP位点总数的60.5%、37.7%、1.8%。通过对SNP位点所在核酸序列的同源比对分析发现共有1 021个SNP位点所在的核酸序列与同属植物铁皮石斛(D.candidum)的302个基因同源,且同源性基本都在89%以上。 相似文献
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《江苏农业科学》2016,(7)
从NCBI中的EST数据库下载已公布的甘蔗EST序列28 512条,利用DNAStar软件中的Seqman程序进行叠连群构建,EST序列共构建3 449个叠连群,从中筛选出93个叠连群,长度共计105 385 bp,发现候选SNP位点1 449个,SNP平均出现频率为1.37%,共有74个contigs含有SNP位点,平均每个contig含有19.58个SNP位点,含有SNP位点数最多的1个叠连群有229个SNP候选位点,不同的叠连群含有的SNP位点数量差异较大,但转换类型与颠换类型所占比例很接近。本研究所用的叠连群的总长度是105 385 bp,平均72.93 bp含有1个SNP位点。 相似文献
5.
为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。 相似文献
6.
为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条,利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp.结果表明:仅在1195个contig中存在候选SNP位点,共5032个,其中包括1800个颠换类型,2896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4畅2SNP爛contig-1.利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高. 相似文献
7.
《贵州农业科学》2016,(4)
陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析。下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析。结果表明:陆地棉EST序列307 414条及GSS序列242 015条,EST序列构建3 737个叠连群,序列累计10 477 241bp。由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3 761 800bp,发现候选SNP位点1 007 258个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32%。GSS序列共构建1 517个叠连群,序列累计1 625 700bp,发现SNP位点574 296个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18%。陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3 254对。 相似文献
8.
为发掘鮸鱼的EST-cSNP位点,以测序获得的鮸鱼脾脏4609条高质量表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列为源序列,利用Vector NTI 11.0软件拼接出707条重叠群(contig)序列,检测到209个可信度高的编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP)位点;SNP位点数在包含SNP序列中的发生概率为0.743%,在209个SNP位点中包含114个碱基转换位点、74个碱基颠换位点和21个插入缺失位点,转换与颠换比为1.54;对所鉴定的SNP位点的相关序列进行基因注释表明,这些序列包括一批与免疫抗逆相关的基因,例如主要组织相容性复合体、免疫球蛋白、T细胞受体以及各类蛋白酶等.说明所发掘的SNP将有助于促进鮸鱼的分子遗传学及分子辅助育种研究. 相似文献
9.
陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析.下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析.结果表明:陆地棉EST序列307414条及GSS序列242015条,EST序列构建3737个叠连群,序列累计10477241 bp.由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3761800 bp,发现候选SNP位点1007258个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32％.GSS序列共构建1517个叠连群,序列累计1625700 bp,发现SNP位点574296个,叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18％.陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3254对. 相似文献
10.
从NCBI公共数据库下载获得27 904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6 198 092 bp的11 224 条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58 bp,平均距离为6.31 kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%). 相似文献
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牡丹EST资源的SSR信息分析 总被引：1，自引：0，他引：1
首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004bp出现1个SSR.在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复.A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%.牡丹EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31bp. 相似文献
12.
葡萄EST-SSR标记的开发及其应用 总被引：4，自引：0，他引：4
从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressed sequence tag,EST)8 925条,利用Phrap软件对这些序列进行拼接后形成5 642条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为6.50%。二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79(21.53%)、83(22.62%)、29(7.9%)、60(16.35%)和116(31.61%)。利用Primer 3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的PCR扩增产物多态性。50对引物中有36对引物能在20个葡萄品种中扩增出理想的PCR产物,占总引物的72%。其中,26对引物扩增条带具有多态性。利用16对经过验证的EST-SSR引物对20个葡萄品种亲缘关系的分析获得了理想的研究结果。 相似文献
13.
尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】探讨尖镰孢（Fusarium oxysporum）表达序列标签（expressed sequence tag,EST）序列中简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）位点的分布特点,开发尖镰孢EST-SSR引物,为镰孢菌遗传多样性分析提供技术支持。【方法】从NCBI公共数据库下载尖镰孢EST 9 304条,利用SSRIT软件查找SSR位点,Primer Premier 5.0软件设计EST-SSR引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳分离SSR-PCR扩增产物,并选用能够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的引物,对23株尖镰孢菌株进行SSR遗传多样性分析。【结果】在尖镰孢EST序列中,共搜索到92个SSR位点,分布于90条EST序列中,出现频率为1.0%。其中二核苷酸重复类型是最主要的SSR类型,占总SSR的比例为59.78%。其次为三核苷酸与五核苷酸重复类型,占总SSR的比例分别为17.39%、11.96%。出现频率最高的基序是（AC/GT）（0.51%）。设计合成的30对引物中有20对（66.7%）能够有效扩增,其中14对引物（46.7%）能够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的产物。尖镰孢的遗传多样性分析结果表明,利用筛选出的14对引物扩增出62条条带,其中多态性条带59条,多态性位点比例为95.2%,平均每对引物可扩增4.2条。供试菌株间的遗传相似系数为0.487-0.933,平均为0.686。供试菌株间存在明显的遗传分化。聚类分析结果表明,当遗传相似系数为0.781时,除14号菌株外,所有菌株均根据寄主来源划分为不同的SSR类群。【结论】基于尖镰孢EST序列开发SSR标记是一种简便有效的方法,研究开发的14对引物可用于尖镰孢的遗传多样性分析。 相似文献
14.
草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签（expressed sequence tag,EST）55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 相似文献
15.
为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。 相似文献
16.
【目的】探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法。【方法】以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性。【结果】电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群（Contigs）,经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框（ORF）,其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条;从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列（EST contig110和EST contig133）进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段（ORF）与实际扩增片段（ORF）基本一致,核苷酸相似性在98.0%以上,氨基酸相似性在93.0%以上。而对EST contig133的ORF序列（猪的60S核糖体蛋白L18a亚基）进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点。【结论】从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考。 相似文献
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梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价 总被引：9，自引：2，他引：7
【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1 293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0 Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1 293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 相似文献
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苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异。从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性。结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38%、14.85%和15.47%。电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段。ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合。 相似文献
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大口黑鲈两个亚种EST数据库分析 总被引：1，自引：0，他引：1
应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5 bp 和304.4 bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6 bp和588.2 bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology（GO）信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。 相似文献
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通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1556684条序列,平均读长446 bp,共计695．34 Mb数据,其中1492289条高质量序列经拼接后得到22762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP／InDel分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9836个SNP和1550个InDel位点。在SNP位点中,转换占62．55％、颠换占37．45％,A／G的变异最为丰富,C／G的变异最少。在InDel位点中,有34．71％的位点为单核苷酸插入、缺失突变。 相似文献