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为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及种间差异,本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼(Larimichthys crocea)、黄姑鱼(Nibea albiflora)、鮸状黄姑鱼(Nibea miichthyoides)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus))的肠道菌群进行了16S rDNA V3-V4区测序。各样本得到unique tags的数目在20351到43347之间,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units),分类注释结果显示,这些OUT隶属33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁的样品均以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群;在属水平上,Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。对养殖石首鱼类的肠道菌群多样性的分析表明,Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼;各种鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁;对不同鱼类间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼,而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼之间的相似度较高。综上所述,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在有自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,证明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。 相似文献
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池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 总被引：4，自引：3，他引：4
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。 相似文献
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为比较日本鲭和大黄鱼肌肉中微生物和代谢功能的变化及其与鱼肉腐败特性之间的关系,本研究检测了2种鱼在冷藏过程中的理化指标和菌落总数的变化,利用Illumina Miseq测序技术分析细菌群落变化,并利用皮尔森相关性分析检验微生物与鱼肉腐败及组胺产生相关性,结合功能预测分析细菌群落组成与代谢功能之间的关系。结果显示,冷藏期间日本鲭和大黄鱼的pH、挥发性盐基氮、组胺、菌落总数等均呈上升趋势,且日本鲭上升较快;冷藏末期2种鱼TVB-N值和组胺含量分别达到76.34、59.98和59.92、3.11 mg/100 g;日本鲭肌肉中细菌丰富度和多样性先增加后减少,大黄鱼则整体呈下降趋势;2种鱼肌肉中的优势腐败菌均为希瓦氏菌属;日本鲭体内与TVB-N产生相关的菌共12种,其中10种与组胺产生具有显著相关性;大黄鱼体内与TVB-N产生相关的菌共7种,但未检测出与组胺产生具有相关性的细菌;冷藏过程中氨基酸代谢和碳水化合物代谢为最主要的代谢通路,日本鲭样品组氨酸、精氨酸、脯氨酸等氨基酸代谢相关基因和丁酸丁酯代谢、丙酸酯代谢及丙酮酸代谢丰度均显著高于同一时期的大黄鱼,本实验从微生物代谢水平解释了日本鲭比大黄鱼更易腐败的原因,为不同水产品腐败特性的研究提供新思路。 相似文献
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探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。 相似文献
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为了解白洋淀水域细菌多样性,于夏季采集水样进行水质和微生物群落结构分析。水质分析显示,白洋淀平均酸碱值(pH)为7.95,溶解氧(DO)为16.67 mg/L,属于偏碱性湖泊且含氧量丰富。通过Illumina NovaSeq6000高通量测序分析微生物群落结构表明:白洋淀不同采样点Chao1指数、Ace指数均较高,Shannon指数为7.151~8.443,Simpson指数为0.986~0.992,反映出白洋淀各采样点微生物群落多样性丰富、稳定性好,且细菌丰富度和多样性均以光淀(GD)最高。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是湖水的优势菌门,丰度之和能达到90%,且以变形菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,丰度为44.15%~60.18%;在属水平上烧车淀(SCD)和枣林庄(ZLZ)以多核杆属(Polynucleobacter)为第一优势菌属,其余采样点优势菌属为unidentified_Cyanobacteria。CCA(canonial correspondence analysis)分析表明,pH和DO是影响白洋淀细菌群落结构的主要环境因子。 相似文献
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为了解在不同投喂方式下大黄鱼的肠道微生态结构,研究采用高通量测序的方法对投喂冰鲜饲料和投喂颗粒饲料的大黄鱼的肠道菌群进行高通量测序,分析了肠道菌群结构差异。研究表明:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)是大黄鱼肠道的主要菌群,其中变形菌门的丰度超过了30%;不同投喂组的大黄鱼肠道菌群结构存在一定差异,投喂冰鲜料组大黄鱼肠道内菌群OTUs和菌群的α多样性略低于投喂颗粒料的。 相似文献
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在前期研究发现星座短腹海鞘(Aplidium constellatum)脂溶性提取物具有降血脂功效的基础上,为深入了解该海鞘的生物学背景,开展了其共附生微生物的多样性研究,为进一步从该海鞘及相关共附生微生物中发现可能存在的降血脂活性次生代谢产物奠定基础。通过Illumina Mi Seq高通量测序技术,分析了星座短腹海鞘样品中共附生微生物的物种多样性和物种丰度信息。测序共获得37 911条序列,310个OTU;稀释曲线表明测序深度足够;多样性指数Simpson值为0.373,Shannon值为2.494。样品共附生细菌分属于24个门,优势门有变形菌门(Proteobacteria,78.86%)、放线菌门(Actinobacteria,6.01%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,4.67%)、蓝藻门(Cyanobacteria,2.62%)、厚壁菌门(Firmicutes,1.79%)、柔膜菌门(Tenericutes,1.76%)、螺旋菌门(Spirochaetae,1.33%);分属于197个属,优势属有Ruegeria(60.83%)、SAR116_clade科下未知属(3.27%)、Rhodococcus(2.40%)、Cyanobacteria纲下未知属(2.26%)、Candidatus_Hepatoplasma(1.76%)、Pe M15目下未知属(1.61%)、Spirochaetaceae科下未分类属(1.33%)等10个。通过纯培养技术共分离获得15株可培养共附生菌,分属于8个属,分别为弧菌属Vibrio(7株)、希瓦氏菌属Shewanella(2株),以及Pseudomonas、Pseudovibrio、Thalassobius、Exiguobacterium、Flavobacterium、Thalassospira属各一株。本研究首次为星座短腹海鞘提供了准确的共附生微生物背景数据,为进一步开展活性次生代谢产物研究提供了丰富的微生物菌株材料;同时研究还提示该海鞘有水产病原菌感染,在开发利用过程中应格外关注水产病原菌的安全风险防控。 相似文献
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采集养殖池水样,选取Zobell 2216E琼脂培养基、溶菌肉汤琼脂培养基、硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基、脑心浸液琼脂培养基、胰蛋白胨大豆琼脂培养基、营养琼脂培养基6种常见固体培养基进行细菌分离培养,以平板菌落计数法和菌落外观形态特征辨别及16SrRNA基因测序方法进行异养菌计数和种类组成分析。结果显示:(1)养殖池水体异养菌可分为4大类,分别属于变形菌门(包括α-、γ-变形菌纲)、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门,其中以γ-变形菌纲为优势菌群。按属分类大多为假交替单胞菌属和弧菌属。(2)不同培养基分离菌落数量2216E培养基溶菌肉汤琼脂培养基胰蛋白胨大豆琼脂培养基脑心浸液琼脂培养基营养琼脂培养基硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基,且2216E培养基菌落数极显著高于其余5种培养基(P0.01);2216E培养基所分离细菌的种类最多,分属于12个属,假交替单胞菌属为优势类群,占比50%,弧菌属仅占3.13%;脑心浸液琼脂培养基、溶菌肉汤琼脂培养基、胰蛋白胨大豆琼脂培养基所分离细菌均以弧菌属为优势菌群,分别占33.33%、60%、25%;硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基所分离细菌仅分属于1个属,即弧菌属;营养琼脂培养基无弧菌,但有假单胞菌分离出。 相似文献
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为了研究近海贝类开放养殖水域中细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系,本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本,分析不同水质因子(水温、盐度、pH、DO、叶绿素、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化,并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样和栉孔扇贝组织样本中微生物群落结构和多样性的差异,探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示,水样本中细菌群落结构共检测到42个门,94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成,其中变形菌门为优势菌门,主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份,细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月;弧菌OTU水平多样性分析结果显示,弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化,与水温的变化趋势一致,8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明,叶绿素含量(μg/L)和亚硝酸盐的浓度(mg/L)对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量(mg/L)和DO (mg/L)对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落... 相似文献
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不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异 总被引：2，自引：1，他引：1
为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性,采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示,养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主,且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道中丰度最高的前20种优势细菌种类的排名次序,其中变形菌门中的弧菌属的相对丰度显著增加,且随着弧菌属丰度的增加,斑石鲷的黑身病症状也逐渐加重。饵料中添加氟苯尼考投喂斑石鲷能使患病鱼肠道弧菌属的丰度从60.33%下降到1.29%,较大程度改变了肠道的菌群结构,并证实氟苯尼考有效防治黑身病。其次,养殖水体和颗粒饵料对斑石鲷肠道菌群也有一定影响,且养殖水体的影响高于颗粒饵料。本研究首次报道了斑石鲷肠道菌群结构,其研究结果为今后斑石鲷的健康养殖、疾病防控及其微生态学研究提供了参考依据和技术支撑。 相似文献
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为探究江鳕(Lota lota)肠道菌群结构特征,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对3龄、4龄、5龄野生江鳕的雌、雄样本进行了微生物测序和分析。结果显示,3个年龄组江鳕的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05),同一年龄雌、雄江鳕间的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05)。江鳕肠道内容物的优势菌门为变形菌门和厚壁菌门,与鱼类肠道中最普遍和共存的细菌类群相同。Mycoplasma(支原体属)存在于所有样品中,且为优势菌群,其功能有待进一步研究。 相似文献
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为系统解析凡纳滨对虾白便综合征 (white feces syndrome,WFS)的发生与环境因子、微生物因子、宿主免疫力和水体微生物群落组成的关系。实验利用水体理化因子、可培养细菌、对虾机体免疫酶活性以及高通量测序等检测技术对健康与患WFS的池塘养殖凡纳滨对虾进行比较分析。结果显示,与健康组相比,患病池塘的水温、溶解氧 (DO)、pH、盐度等水质理化因子波动趋势相似,波动范围分别为26.1~29.0 °C、4.26~6.08 mg/L、8.39~8.73和40~49,患病组DO和盐度比健康组高;健康组对虾肝胰腺内可培养细菌和弧菌含量为1.19×105~7.70×105和8.8×103~1.96×104 CFU/g,弧菌占比为2%~16%,患病组对虾肝胰腺内可培养细菌和弧菌含量在3.80×105~2.51×106和2.02×105~1.49×106 CFU/g范围内,比健康组高15~113倍,弧菌占比在55%~70%。碱性磷酸酶 (AKP)、酸性磷酸酶 (ACP)、溶菌酶 (LZM)、超氧化物歧化酶 (SOD)和酚氧化酶 (PO)活性在健康组内为1.21~5.64、9.17~15.25、3.56~7.43、4.83~6.70及3.10~4.55 U/mg,在患病组内为2.12~5.39、19.22~26.96、19.73~26.85、3.00~4.14及7.76~9.21 U/mg。比较分析表明,WFS的发生与可培养细菌含量、弧菌占比、ACP、LZM、PO的相关性较强。高通量测序分析表明,患病组水体菌群结构的Ace和Chao指数呈一定程度下降趋势,PCoA指数偏离度较高,放线菌门、变形菌门相对丰度降低,拟杆菌门、蓝藻门相对丰度显著升高;RDA关联分析表明,盐度、溶解氧、虾体细菌、虾体弧菌、水体细菌是影响患病对虾水体菌群结构组成的重要因子。相关研究结果为解析养殖生产中对虾WFS发生机制提供数据支撑,并为WFS的临床防控奠定理论基础。 相似文献
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Hanchen Xu Luo Wang Xueyu Bao Ningjin Jiang Xiaopei Yang Zhenlin Hao Yaqing Chang Jun Ding 《Aquaculture Research》2019,50(4):1257-1268
This study investigated microbial community composition as well as their correlation with environmental factors of Apostichopus japonicus culture ponds in northern China by 16S rRNA gene amplicon sequencing. The results showed that microbiota richness varied consistently with diversity in the pond ecosystem. Microbiota richness and diversity were highest in sediment, followed by gut of A. japonicus and water. The dominant bacterial phylum in the pond ecosystem is Proteobacteria. Gammaproteobacteriaeria and Flavobacteria are two dominant bacterial classes in the ecosystem. There is significant difference (p < 0.05) between dominant bacterial communities at the levels of order, family and genus. There is also remarkable regional difference (p < 0.05) between microbial community composition in the pond ecosystems. Specifically, microbial community composition in Changhai and Yingkou show a high similarity, so do those of Laoting and Rushan. According to the redundancy analysis of the microbial community composition and pond environmental factors, chemical oxygen demand is the dominant environmental factor determining microbial community composition in pond water; sulphide has the greatest influence on the microbial community composition in pond sediment; the rest of environmental factors have varied influence on microbial community composition in pond ecosystems. 相似文献
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为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化,本实验采用Illumina MiSeq测序平台,基于16S rRNA基因的测序结果,对46和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水样、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示,86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d,水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道;有35个门、70个纲、152个目、274个科以及420个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到,其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间增加发生变化,46与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6,相对丰度随时间增加而增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群,在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲,除此以外,虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲;从目、科、属的分类水平上看,水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异,鲜有明显重叠的优势菌类,在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位,水样中优势属为hgcI_clade,底泥和虾肠道中优势属为Ambiguous_taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。 相似文献
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为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构,并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示,武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似,其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门;底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,10.85%)、气单胞菌属(Aeromonas,9.88%)和[Anaerorhabdus]＿furcosa＿group (8.43%)等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门;优势菌属为ZOR0006 (9.78%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.41%)和[Anaerorhabdus]＿fur... 相似文献
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Microbial community of Pacific abalone (Haliotis discus hannai) juveniles during a disease outbreak in South China 
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下载免费PDF全文 A mass mortality of farmed juvenile abalones (Haliotis discus hannai) occurred in South China in December of 2012. Combined traditional culturing with terminal restriction fragment length polymorphism (T‐RFLP) methods, microbial communities associated with juvenile abalones were investigated under different survival conditions, including healthy (HA) and moribund (HM) abalones in the healthy pond with low mortalities, and healthy (DA) and moribund (DM) abalones in the diseased pond with a high mortality rate. The results indicated that both HA and DM exhibited greater microbial diversity and evenness. Moreover, the number of bacterial colony forming units (CFUs) from HA and DM were higher than other samples from the same pond. HA and DA samples harboured absolutely dominant T‐RFs with 504 bp (76.2% of total T‐RFs) and 436 bp (63.2%) respectively. Nesterenkonia sandarakina, Staphylococcus haemolyticus and Agarivorans albus were the dominate isolates in HA samples, but no Vibrio genus was isolated even on vibrio‐specific medium. Reversely, in the DM samples, up to 94% of the total bacterial CFUs were composed of the family Vibrionaceae, represented by Photobacterium swingsii (44%) and Vibrio shilonii (45%). Also, Vibrio was the only cultivated genus from the HM group. Of these Vibrio species, V. atlanticus were detected in HM, DA and DM samples and could generate the T‐RF 504 bp. The microbial composition and diversity of juvenile abalones in different surviving states provided insights into the stability and dynamics of microbial communities during disease outbreak which could be helpful to predict and to control disease in the future. 相似文献