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1.
以云南和四川分布的3个种群(云南丽江种群、云南东川种群、四川种群)共36头三尾凤蝶为研究对象,选取线粒体COI和ND1基因作为分子标记,对三尾凤蝶的遗传多样性进行了研究.结果表明,PCR扩增测得COI和ND1基因联合序列长度为1913 bp,A+T含量为74.3%,表现出明显的A/T碱基偏向性;共检测到4个变异位点,定义了5个单倍型,其中,Ha1出现的频率较高,为共享单倍型.核苷酸和单倍型多样性指数分别为0.0002和0.2180;遗传分化系数(Gst)、固定系数(Fst)、基因流(Nm)和遗传距离分别为0.05998、0.05995、3.92000和0.分析显示,三尾凤蝶遗传多样性低,各地理种群基因交流频繁,没有形成明显分化. 相似文献
2.
《江苏农业科学》2016,(1)
为探讨山东海域口虾蛄种群的遗传多样性,本研究对山东东营、烟台、长山岛、青岛、日照5个样地72个样本,通过线粒体COⅠ基因进行遗传多样性评价,共获得了72条580 bp的DNA序列,定义了30个单元型,31个变异位点,分析得出单元型多样性为0.870 0,核苷酸多样性为0.004 024;种群间遗传距离在0.000 9~0.003 8之间。种群内单元型间遗传距离分别为烟台(0.004 1)、青岛(0.004 2)、东营(0.002 7)和日照(0.002 9)。同时揭示烟台、青岛的遗传多样性较高,而东营、日照遗传多样性则相对较低。系统发生树体现了山东海域种群单元型交错分布特性。歧点分布和中性检验值揭示口虾蛄在历史上存在快速扩张的事实。 相似文献
3.
《安徽农业科学》2020,(12)
[目的]分析我国8个沿海潮间带红条毛肤石鳖地理种群的COI基因的遗传多样性。[方法]利用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增8个地区80个红条毛肤石鳖样品的COI基因。使用DNASP5.10.01、MEGA7.0等软件对所得序列进行分析,得到片段碱基含量、遗传距离以及遗传多样性参数等数据,并通过构建系统发育树的方式,结合遗传多样性数据分析结果。[结果]获得的COI基因片段长度为659 bp,COI基因位于线粒体编码区中,平均A、T、C、G的碱基含量分别20.4%、41.7%、14.9%和23.0%,存在明显的AT偏向,结合Acanthochitona crinita为外群系统发育树的结果来看,中国沿海地区红条毛肤石鳖种群分成2个明显的聚群,将它们定义为北方群体和南方群体,遗传距离为0.000 66～0.087 85。单倍型遗传多样性数据显示,多样性数值较高,但核苷酸多样性较低。[结论]红条毛肤石鳖北方群体的遗传多样性与南方群体存在差异,2个群体应该分别采取相应措施来保护遗传多样性。 相似文献
4.
为了解西南山地板栗的主要害虫二斑栗实象各地理种群的遗传变异及基因交流情况,对采自于云南省9个地理种群的二斑栗实象线粒体COI基因序列进行测序,并根据其结果进行种群间分子变异、单倍型、遗传多样性、遗传分化程度和基因流分析。结果表明:获得的79条COI基因序列大小为693 bp,检测到多态性位点32个,形成单倍型34种,其中一种为所有地理种群所共享;总群体单倍型多样性Hd为0.901 01,固定系数Fst为0.132 82,遗传分化系数Gst为0.052 55,基因流Nm为9.01。总种群间及各种群Tajima's D检验结果均不显著,说明二斑栗实象种群数量较为稳定未出现种群扩张。二斑栗实象的遗传分化主要来自种群内部,地理种群间的遗传距离与地理距离之间有一定的相关性;各地理种群未形成明显的地理结构,说明种群基因交流频繁。 相似文献
5.
【目的】揭示入侵我国中南三省(区)的草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda种群间可能存在的遗传变异,探讨其入侵来源、入侵路线和扩散方式,为制定有效控制和阻击草地贪夜蛾的方案提供理论依据和遗传信息。【方法】利用分子标记技术从线粒体DNA和核DNA角度研究草地贪夜蛾种群的遗传多样性和种群结构。对采集自我国广东、广西和湖南3个省(区)的草地贪夜蛾,利用COI和Tpi基因片段进行了单倍体型分析,利用9个微卫星标记分析种群间的遗传结构和遗传多样性。【结果】供试样品中,除了湖南张家界群体有2个样品为COI玉米型单倍体型、1个样品为杂合型,其他群体的个体均为COI水稻型单倍体型。基于SSR标记的群体遗传分析结果表明,被检测的群体遗传多样性较巴西等国家的美洲群体低,各群体遗传分化不明显。广东东莞群体与湖南张家界群体的遗传距离最近,与广西南宁群体的遗传距离较远。【结论】遗传距离与实际距离之间不一定呈正相关,通过遗传结构的分析有助于推测草地贪夜蛾扩散过程中,天气背景场、地理隔离和人为传播各自所起的作用。入侵湖南省张家界的草地贪夜蛾出现了低频率COI玉米型和高频率的CO I水稻型单倍体型,说明虫源的非单一性;草地贪夜蛾在入侵地定殖时间较短,目前未形成明显的遗传分化。 相似文献
6.
【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0.578,种群内单倍型多样性为0.000~0.700。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变,说明河西走廊苹果蠹蛾在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。Fst值表明,河西走廊苹果蠹蛾种群间具有一定程度的遗传分化,而各地理种群的遗传距离与地理距离无显著的相关性。【结论】河西走廊苹果蠹蛾遗传多样性较低,且地理种群间有一定程度的遗传分化。 相似文献
7.
沈阳世界园艺博览会发现的烟粉虱种群的生物型鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
利用mtDNA COI基因片段作标记,对采自2006年辽宁省沈阳世界园艺博览会园区的烟粉虱[Bemisia tabaci(Genna-dius)]的生物型进行了系统鉴定.结果表明:该烟粉虱种群所有个体的mtDNA COI基因片段与苏丹、摩洛哥Q型烟粉虱的相应碱基序列具有极高的同源性,表明该种群均为Q型烟粉虱.2007年,对发现Q型烟粉虱的该地区进行了调查,没有发现烟粉虱种群.但鉴于Q型烟粉虱的危害性及其入侵性,有必要对该地区烟粉虱继续进行系统调查,防止Q型烟粉虱在该地区的定殖、扩散以及危害. 相似文献
8.
基于线粒体Cytb和COI基因联合,对白洋淀流域沙河和拒马河宽鳍鱲种群遗传多样性及种群历史动态分析。结果表明：141个样本中检测出45个单倍型,种群间共享单倍型有2个。拒马河种群的单倍型多样性与核苷酸多样性(h=0.7120,π=0.01182)均高于沙河种群(h=0.4514,π=0.00313)。AMOVA分子方差分析、种群间遗传分化指数(FST)及系统发育树均表明2个种群间未出现明显分化,种群内变异(96.43%)大于种群间变异,种群之间存在较大的基因流(6.745)。中性检验、错配分析显示沙河种群和拒马河种群未经历过种群扩张,贝叶斯天际线点图显示沙河种群保持稳定,拒马河种群在0.004Ma前经历了种群扩张。白洋淀流域宽鳍鱲有效种群在0.175~0.125Ma前经历种群扩张,后维持稳定。结合单倍型网格图及系统发育树分析,沙河种群经历过奠基者效应。参考鲤科鱼类Cytb基因0.84%~1%/Ma的进化速率,2个地理种群的分歧时间为0.089~0.067Ma前。 相似文献
9.
卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在C0I基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR.以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp.对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型.将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的COI核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,(师)亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)的分类系统.通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001 ～0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2％,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的. 相似文献
10.
采用COI基因序列和ISSR分子标记对分布于我国大连（DL）、乳山（RS）、盘锦（PJ）、青岛（QD）、盐城（YC）、晋江（JJ）和朝鲜西海岸（CX） 7个地理种群双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）的遗传多样性和遗传结构进行了研究。10个ISSR引物在7个种群中共扩增出116条条带,其中多态性条带109条,总多态位点比率为93.97%,Neis基因多样性指数为0.365 2,Shannons信息指数为0.518 6,群体间遗传分化系数Gst值为0246 0。数据表明24.60%的遗传分化发生在不同地理种群间,76.40%的遗传分化发生在整个种群内,群体内分化大于群体间分化。对7个群体70个个体COI基因序列进行分析,对比长度包括469 个位点,其中变异位点68个,简约信息位点47个。在68个变异位点中,62个位点发生转换,6个位点发生颠换,简约信息位点率达9.611%,系统树分析表明供试群体内具有较高的遗传多样性,与ISSR分析结果相一致。该结果为科学有效的利用和保护沙蚕种质资源提供了理论依据。 相似文献
11.
《江苏农业学报》2014,(4)
为探讨瓦氏雅罗鱼(DL,SHJ)、贝加尔雅罗鱼(BJ)、高体雅罗鱼(GT)、滩头雅罗鱼(TT)和珠星雅罗鱼(ZX)5个物种的亲缘关系,对6个雅罗鱼种群共计39个样本进行PCR扩增得到mtDNA的COI、Cytb和D-loop核苷酸序列,然后利用Clustalx1.8、Bioedit7.0等软件对序列进行比对、整合,最后选取长度分别为635 bp(COI)和1 095 bp(Cytb-D-loop)的序列利用MEGA5.1、DNAsp5.0、Arlequin3.1等软件进行遗传多样性和遗传结构分析。序列分析结果显示,6个雅罗鱼种群在COI、Cytb和D-loop区段的腺嘌呤(A)+胸腺嘧啶(T)含量均高于鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)含量;遗传多样性分析显示,高体雅罗鱼和珠星雅罗鱼COI基因的遗传多样性相对较低;6个种群在Cytb-D-loop区域的遗传多样性普遍较高,其中珠星雅罗鱼变异最大。遗传距离和邻接法(NJ)系统进化树分析显示,同属于瓦氏雅罗鱼的DL和SHJ群体亲缘关系最近(遗传距离为0.002和0.005),来自新疆的高体雅罗鱼和贝加尔雅罗鱼的亲缘关系最近(遗传距离为0.072和0.052),滩头雅罗鱼和珠星雅罗鱼的亲缘关系最近(遗传距离为0.045和0.170);不同种群间遗传分化指数显示,除DL和SHJ 2个瓦氏雅罗鱼地理群体未出现明显的遗传分化外,其他4个种群之间及其与瓦氏雅罗鱼2个地理群体间都存在不同程度的遗传分化;种群特异位点分析未找到能够区分瓦氏雅罗鱼DL和SHJ 2个群体的特异位点,但找到了多个能够区分5个雅罗鱼种的特异位点。 相似文献
12.
广西钦州湾牡蛎线粒体COI基因片段变异分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR方法扩增66个广西钦州湾牡蛎个体的线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(COI)片段,纯化后经测序分析,得到535 bp的碱基序列,其中A、T、G、C、A T和C G含量分别为23.8%、37.5%、20.5%、18.2%、60.5%和39.5%。比较它们与香港牡蛎和有明巨牡蛎COI序列的差异,钦州湾白肉牡蛎与香港牡蛎COI序列完全相同,而红肉牡蛎与有明巨牡蛎序列相同。DNAStar软件对比分析发现30个突变位点,其中16个位点为转换,14个位点为颠换。MEGA4软件构建NJ系统进化树显示白肉牡蛎和红肉牡蛎分为不同的2支。据此初步认为广西钦州湾牡蛎可能为2个不同的种群,COI基因片段可作为分析牡蛎种群遗传和系统发育的分子标记。 相似文献
13.
对中国飞蝗各亚种线粒体DNA的COI基因片段进行了扩增并测序。结果表明,扩增产物为单一带,大小约为1.3kb。对此扩增产物序列分析证明所扩增的COI基因序列是一个含混不清的序列,说明在中国飞蝗不同亚种的基因组DNA中存在线粒体的假基因序列,因此以飞蝗基因组DNA为模板PCR扩出的mtDNA COI基因片段不适宜用作分析飞蝗种群遗传和系统发育的分子标记。 相似文献
14.
胡雅辉 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2011,37(3):283-285
2009-2010年,对长沙市烟粉虱的种群动态进行了调查,发现长沙市烟粉虱的种群发生呈现出2个高峰,分别在5-6月和9月.通过线粒体细胞色素氧化酶I(COI)区段基因的测序,对长沙烟粉虱的生物型进行鉴定,确定长沙烟粉虱的生物型为Q型. 相似文献
15.
16.
七叶树属种和种群的遗传多样性及遗传分化研究 总被引：5，自引：0，他引：5
利用RAPD标记对七叶树属7个种14个种群的遗传多样性和遗传分化进行了研究。结果显示：七叶树DNA提取以刚萌发的幼叶为佳,随着叶的生长,多糖干扰增加,成熟叶不适合基因组DNA提取。七叶树属种和种群之间基因多样性差异很大。在国产七叶树中,以陕西勉县中华七叶树种群和湖南新宁天师栗种群的基因多样性最高,达0．2613;甘肃康县中华七叶树种群和四川苍旺天师栗种群的基因多样性最低,分别为0．1892和0．1960。研究发现,除红花七叶树外,北美产的其它七叶树的基因多样性远低于国产七叶树,其中以欧洲七叶树的基因多样性最小,仅为0．1241。由于种群偏小,加之长期地理隔离,七叶树属种和种群间遗传分化巨大,种和种群间的遗传变异高达42．21％。聚类结果可将天师栗分为中南部种群和北部种群两组,其北部种群与中华七叶树和浙江七叶树遗传距离较近。北美七叶树中红花七叶树与天师栗的中南部种群亲缘关系较近,而欧洲七叶树、黄花七叶树和光叶七叶树相互之间以及与3种国产七叶树间的亲缘地理较远。 相似文献
17.
以采自江苏南通(NT)和连云港(LYG)的四角蛤蜊(Mactra veneriformis)为研究对象,对线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列片段进行扩增和序列测定,探讨COI作为四角蛤蜊DNA条形码的可行性,并分析四角蛤蜊江苏群体的遗传多样性.结果表明:四角蛤蜊两群体49个序列中共检测到32个单倍型和50个变异位点;两群体单倍型多样性分别为0.978(NT)和0.897(LYG),平均核苷酸差异数分别为4.846(NT)和2.849(LYG),表明两群体均具较丰富的遗传多样性,且NT群体比LYG群体更丰富.两群体间遗传距离为0.007,与中国蛤蜊间遗传距离为 0.16,与形态学分类一致,COI基因作为四角蛤蜊DNA条形码是可行的. 相似文献
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南京地区西花蓟马发生调查及其分子检测 总被引：5，自引：0，他引：5
以西花蓟马和烟蓟马的线粒体DNA的COI基因设计特异性引物,建立了西花蓟马PCR快速检测方法,该方法可以检测1/120单头成虫,对各种虫态均可进行特异性检测.对南京54种植物花器中蓟马种类进行了调查,通过形态特征和线粒体DNA的COI基因分子检测,均证明西花蓟马已在其中25种植物上发生,西花蓟马种群数量达蓟马总量20%的有11种植物,超过30%的有5种. 相似文献
19.
采用PCR产物直接测序法对来自福建东山、广东湛江和广西北海的3个群体方斑东风螺(Babylonia areolata)的COI基因进行比较分析。结果表明:COI基因片段长度为680 bp,碱基组成显示A+T比例较高,约为62.42%;种群间多态位点数为32,单倍型多样性指数为0.707±0.092,核苷酸多态性指数为0.001 85±0.000 39,平均核苷酸差异数为1.252。以泥东风螺(Babylonia lutosa)和织纹螺(Nassarius)为外群,构建了NJ系统发育树,其拓扑结构显示,3个群体的方斑东风螺首先聚类到一起,然后与泥东风螺聚为一支,与织纹螺形成不同的分支。 相似文献
20.
河南省非露地烟粉虱越冬生物型的鉴定及系统进化 总被引：2，自引：1，他引：1
利用mtDNA COI基因作为标记,对河南省5个代表性地理区域的烟粉虱越冬生物型进行鉴定并分析其系统进化.结果表明,郑州地区烟粉虱越冬生物型有2种,寄主马蹄莲上的生物型为B型,番茄上的为Q型;安阳、三门峡、新乡和信阳地理种群上的烟粉虱mtDNA COI基因片段序列完全一致,生物型均为Q型.系统进化分析表明,郑州B型烟粉虱序列和其他地区的B型烟粉虱在序列进化上变异不大.安阳、三门峡、新乡、信阳Q型与美国福罗里达Q2型(FJ188524)烟粉虱mtDNA COI序列在系统进化上聚为一支,郑州Q型烟粉虱序列在系统进化上单独为一支,位于美国福罗里达Q1型(FJ188559)和Q3型(FJ188570)之间.以上结果说明,郑州和河南省内其他地理种群的Q型烟粉虱入侵来源地不一致. 相似文献