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1.
旨在研究马MC1R基因多态位点与马毛色的关联性,为马的毛色育种提供重要的理论参考依据。本研究采集了10种不同毛色共132匹马的颈静脉血,提取基因组并应用PCR技术克隆MC1R基因编码序列,通过限制性长度多态性(RFLP)分析和测序分析,对马MC1R基因多态性与毛色进行关联分析,并预测了SNPs对其编码蛋白结构的影响。构建和分析了MC1R基因的系统发育树。结果发现,马MC1R基因存在3个多态位点,其中c.G102A为同义突变,c.C248T和c.G250A为错义突变。c.C248T造成MC1R蛋白的第83个氨基酸由极性亲水丝氨酸变为非极性疏水苯丙氨酸,预测突变后该位点氨基酸与第三跨膜区的第127个氨基酸(丝氨酸)之间的氢键消失而改变了MC1R的蛋白构象,该突变导致MC1R基因出现EE、Ee和ee 3种基因型。错义突变c.G250A导致其翻译的氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰胺,该位点突变后与邻近氨基酸及跨膜域作用力复杂,推测比只出现c.C248T突变对MC1R蛋白功能的影响要小,该位点突变导致出现基因型ee~a。综合NCBI中的马MC1R基因型数据(共571匹)与其毛色性状进行相关性分析发现,在骝毛马和黑毛马群体中存在EE和Ee两种基因型,青毛马群体中存在EE、Ee、ee和ee~a基因型,栗毛中存在ee和ee~a两种基因型。黑毛和骝毛马的基因型分布差异极显著(P0.01),呈现Hardy-Weinberg不平衡,等位基因E为优势等位基因;在栗色马中未检测到E等位基因,e为优势等位基因。MC1R基因系统发育树分析显示,EE基因型个体与家马、普氏野马相似性最高。本研究结果显示,马MC1R多态位点产生的不同基因型与马的骝毛、黑毛、栗毛及以这3种毛色为基础毛色的花马毛色存在相关性,骝毛马与黑毛马中不存在基因型ee,栗毛马中则不存在等位基因E。为应用基因型对马的毛色进行定向选择育种奠定了基础。 相似文献
2.
为研究黑皮质素受体1（MC1R）基因对吐鲁番黑山羊毛色的影响,试验采用PCR扩增和测序技术,对吐鲁番黑羊MC1R基因编码区核苷酸序列及其与毛色的相关性进行了研究。结果表明：MC1R基因编码区核苷酸序列954 bp,编码317个氨基酸,编码区存在2个错义突变（c.218 T〉A,p.73 Met〉Lys;c.361 G〉A,p.121 Asp〉Asn）和3个同义突变（c.429 C〉T,p.143 Tyr〉Tyr;c.600 T〉G,p.200 Leu〉Leu;c.735 C〉T,p.245 Ile〉Ile）。SNPs分析表明,单倍型AATGT数量占62%。初步认为MC1R基因可以作为吐鲁番黑羊黑色被毛调控的候选基因。 相似文献
3.
探究黑素皮质素受体1(melanocortin 1-receptor,MC1R)基因型与羊驼毛色形成之间的关系,研究采用PCR-SSCP结合DNA测序方法,对60头羊驼个体(51头白色被毛,9头有色被毛)的MC1R基因的多态性进行检测,并分析了MC1R基因位点突变与羊驼不同毛色之间的相关性.结果表明,羊驼MC1R基因存在SSCP多态性,初步判定为AB和AA两种基因型,其中A基因的基因频率为55.0%,B基因的基因频率为45.0%,AB型的基因型频率为90.0%,AA型的基因型频率为10.0%,6个AA基因型均在有色被毛羊驼个体中检出;测序检测显示,AA型羊驼MC1R基因的第801号碱基发生突变,该碱基突变导致编码的氨基酸由异亮氨酸(I)突变为缬氨酸(V). 相似文献
4.
特种獭兔毛色相关基因多态性的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
目的:研究影响特种獭兔毛色的相关基因,讨论其与毛色的相关性。方法:本次研究通过比对NCBI数据库中不同兔种的MC1R,以突变位点为基础设计引物,采用PCR技术对MC1R基因的不同片段进行扩增,然后将扩增产物进行测序,再对MC1R片段进行序列比对从而找出其突变位点,并分析其毛色性状的相关性。结论:通过扩增产物序列之间的对比和产物序列与NCBI数据库碱基序列的对比,得到以下结论:MC1R扩增片段序列的第40位点存在T→C的突变,为獭兔特有突变位点;第50位点存在A→G碱基突变,发生突变序列所对应的毛色性状为白色、海狸色和褐色;第45位点后缺失一段长度为23bp的碱基序列,该缺失可能与兔种有关;第507位点存在T→C的碱基突变,发生突变的序列对应的毛色性状为海狸色。 相似文献
5.
羊驼MC1R基因克隆及其在不同毛色个体中表达水平研究 总被引：4，自引：1，他引：3
为了获取羊驼MC1R基因序列,探索MC1R基因表达水平与羊驼毛色之间的相关性,根据GenBank已发表序列(EU1358800)设计1对引物,以羊驼皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增并成功获得了中华白色羊驼MC1R基因cDNA序列,长度为1 081 bp,编码317个氨基酸,与已发表序列进行对比,同源性为99%,发现7处突变.根据所克隆序列设计引物,采用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR),分析MC1R基因在白色和棕色羊驼皮肤中的基因表达量,并对结果进行统计分析.结果表明:经过内参基因校正后,棕色羊驼皮肤中MC1R基因的相对表达量是白色羊驼相对表达量的4.32倍(P<0.01).MC1R基因表达量的差异与羊驼毛色表型之间可能存在一定的相关性. 相似文献
6.
为了探讨蒙古马的毛色与黑素细胞激素受体1(MC1R)基因的相关性,试验采用PCR-RFLP技术对蒙古马5个类群及三河马和纯血马的MC1R基因进行了多态性检测,并对多态位点与毛色性状之间的相关性进行分析.结果表明:蒙古马MC1R基因在901 bp处发生碱基错义突变(C→T),该突变导致出现EE、Ee及ee 3种基因型.群... 相似文献
7.
为了检测陆川猪种群的纯度,本研究以4个华南地方猪种（莆田黑猪、粤东黑猪、大花白猪、巴马香猪）和3个外来猪种（杜洛克猪、大白猪、长白猪）作为对照,利用PCR测序法对陆川猪群体56个样本的MC1R和KIT基因进行基因型鉴定。测序结果表明,大白猪和长白猪KIT基因内含子17的第1个碱基发生G>A剪接突变,而陆川猪和4个华南地方猪种,以及杜洛克猪中KIT基因型一样,均为野生型的GG基因型;MC1R基因编码区分析表明,以海南野猪MC1R基因型作为参考序列,陆川猪和4个华南地方猪种在MC1R基因编码区存在95Val > Met和102Leu > Pro两个错义突变;MC1R基因非编码区分析表明,与大白猪、长白猪和杜洛克猪相比,陆川猪和4个华南地方猪种MC1R基因的5'UTR分别存在5~6个SNPs,3'UTR存在1个A碱基的缺失。另外,试验对一窝毛色异常的陆川猪仔猪及其亲本的KIT和MC1R基因进行测序分析,结果表明,仔猪及其亲本的KIT基因型均为GG野生型,仔猪和母本的MC1R基因均存在ED1和Ep两种不同的基因型,父本的MC1R基因型为ED1,因Ep对应于皮特兰猪的斑块表型,所以初步判定母本渗入了外来猪种的血统。本研究通过检测陆川猪等8个猪种的毛色相关基因KIT和MC1R基因的基因型,证实了中外猪种间在毛色遗传上的分子差异,为今后深入研究猪毛色遗传的分子调控机理提供参考。 相似文献
8.
MC1R基因与朝鲜鹌鹑羽色关系的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
黑素皮质素受体1(MC1R)又称促黑素细胞激素受体(MSH-R),由毛色扩展位点编码而成,对动物体色的形成起重要作用,本研究分析了MC1R基因突变与朝鲜鹌鹑羽色之间的关系。通过混合样品DNA测序方法寻找MC1R基因的突变位点,采用PCR-SSCP的方法对突变位点在4种羽色鹌鹑(栗羽、黄羽、白羽、黑羽)群体中的分布情况进行了研究,以揭示MC1R基因与鹌鹑羽色性状之间的关系。结果表明,在鹌鹑MC1R基因上存在一个A/G突变位点,导致编码蛋白发生Ile58Val突变,通过PCR-SSCP分析发现,该突变位点在4种羽色鹌鹑群体间没有显著差异(P>0.05)。本研究没有发现与日本鹌鹑报道相同的Glu92Lys突变位点,表明朝鲜鹌鹑的黑羽突变与报道的日本鹌鹑黑羽突变的机制不同,而且朝鲜鹌鹑的黑羽突变可能还与其它基因突变有关。 相似文献
9.
鸡Lpin1基因c.1727C>T位点遗传变异及其与脂肪沉积性状的关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用生物信息学分析方法对鸡Lpin1基因编码区进行扫描,选取该基因3个引起错义突变的变异位点进行分析,其中c.391GA位点引起编码氨基酸Asp131→Asn131突变,c.1727CT位点引起编码氨基酸Ala576→Val576突变,c.2287AC位点引起编码氨基酸Met763→Leu763突变。应用引入限制性酶切位点PCR(Amplifi-cation-Created Restriction Site PCR,ACRS-PCR)的方法进行引物设计扩增3个突变位点,并通过限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)检测PCR产物,以藏鸡、隐性白羽鸡、藏隐(藏鸡♂×隐性白羽♀)和藏藏隐[藏鸡♂×(藏鸡♂×隐性白羽♀)♀]群体为材料对3个变异位点进行基因型检测,并与胴体性状进行关联分析;同时在5个中国地方鸡种(固始鸡、萧山鸡、北京油鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡)中进行变异位点的遗传多样性分析。结果表明:(1)鸡Lpin1基因c.1727CT在不同品种中具丰富的多态性;而另2个位点在所检测的群体中无多态性存在,c.391GA位点以GG基因型为主,c.2287AC位点全部为AA基因型;(2)对c.1727CT位点的遗传多样性分析表明该位点C等位基因占优势地位,且固始鸡和北京油鸡群体基因型分布显著偏离哈代-温伯格平衡定律(P0.01),在萧山鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡三品种中基因型分布均符合哈代-温伯格平衡定律。(3)性状关联分析显示c.1727CT位点与皮下脂肪厚呈显著关联(P0.05),与腹脂质量呈极显著关联(P0.01);其中CC基因型个体的皮下脂肪厚显著高于TT基因型个体(P0.05),极显著高于TC基因型个体(P0.01)。TT基因型个体的腹脂质量显著高于其他两种基因型个体(P0.05)。 相似文献
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半番鸭MC1R基因SNP位点的发现和PCR-RFLP多态性分析 总被引：2，自引：1，他引：1
为了检测半番鸭MC1R基因的多态性,并分析其多态性与半番鸭羽色性状的相关性,以羽色表型极端的黑白羽半番鸭为研究对象,首先采用克隆测序的方法寻找MC1R基因编码区的SNP突变位点,结果发现MC1R.基因编码区存在7个SNP,其中同义突变A399G位点为限制性内酶切Hin61的识别位点.其次针对酶切位点,利用PCR-RFLP方法鉴定A399G位点的基因多态性,结果显示,白羽半番鸭存在AG和GG两种基因型,而黑羽半番鸭只表现出1种基因型AG.最后经卡方独立性检验分析,表明A399G位点的基因型与半番鸭羽色无显著相关(P＞0.05),这可能与该突变位点未引起蛋白质相应部位的氨基酸发生改变有关.基因型GG是否为白羽半番鸭特有,尚需加大样本进一步分析验证. 相似文献
11.
《畜牧兽医学报》2015,(9)
旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269GT、g.295CT、g.325TG、g.518GA、g.608CA和g.846GA),它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体(25只)在6个位点全部为纯合子基因型,依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型,而北极狐属的所有个体(33只)在这6个位点则均为另一种纯合子基因型,依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型:单倍型Ⅰ(H1:GCTGCG)和单倍型Ⅱ(H2:TTGAAA),分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型Ⅰ(H1)分布于狐属3个狐种的所有受试个体中,单倍型Ⅱ(H2)分布于北极狐属两个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与狐狸毛色的明显关联性,但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。 相似文献
12.
为进一步分析黑色素皮质激素受体-1(melanocortin-1 receptor,MC1R)基因的分子特性,利用生物信息学方法对GenBank中已报道的赤狐MC1R基因完整编码区序列的碱基组成特点及其编码蛋白的结构特征进行了预测及分析,构建了12个物种MC1R蛋白的系统进化树。结果表明,赤狐MC1R基因编码区序列长度为954 bp,共编码317个氨基酸,为单一外显子,G+C含量高于A+T,编码的蛋白质是一种分子质量为34.8694 ku,等电点为9.13的亲水性稳定碱性蛋白;存在7个强跨膜区、7个广泛磷酸化位点和1个潜在的蛋白激酶C磷酸化位点(第157位的苏氨酸),α-螺旋为其主要二级结构元件;属于G蛋白偶联受体家族一员,包括多个潜在重要功能基序;同源性分析与分子进化树结果均表明,赤狐与北极狐、狗和貉的亲缘关系最近。 相似文献
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本试验旨在研究影响动物被毛颜色变化的功能基因ASIP在野猪群体里的变异及其与被毛表型之间的相关性。通过直接测序法搜寻ASIP基因编码区、5′ UTR、3′ UTR和部分内含子区域突变位点。结果表明：在ASIP基因的3′ UTR区域识别了一个T→C突变位点（ASIP.c 695 T→C），而在其它区域没用发现。通过群体内多态性检测，7个毛色类型的野猪在此突变位点都是CC或CT基因型，而长白猪群全部是TT基因型。从这个结果得出具有不同毛色的野猪群体可能是由突变位点C等位基因引起，不能排除还有其它毛色功能基因参与野猪被毛的形成。研究为进一步了解野猪ASIP毛色功能基因在其群体内的遗传变异奠定了理论基础。 相似文献
14.
在欧洲马品种中,黑色素皮质激素受体1(melanocortin receptor 1,MC1R)基因第248位碱基有C/T多态性,纯合的T248位点决定欧洲马的栗毛色。针对MC1R基因的248位点设计了2对特异性引物,采用等位基因特异性PCR技术,研究3个中国马品种MC1R基因型与栗色毛之间的关系。经扩增获得两种DNA片段,克隆测序后证明,扩增片段确为MC1R基因,两种DNA片段序列在基因的248位点的确呈现C/T多态性,但检测126份贵州矮马、西南马和新疆伊犁马血液样本,全部为杂合基因型(Ee),其中包括栗毛、黑毛、骝毛3种单毛色及3种复毛色。这些研究结果提示,MC1R基因中248位点的多态性与国内3个马品种的栗色毛之间没有直接的相关性。 相似文献
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金鑫燕 《青海畜牧兽医杂志》2020,50(4)
生长激素受体基因是泌乳性状重要候选基因,研究牦牛GHR基因SNP多态性是开展牦牛乳用性能分子标记辅助选育的重要基础。本试验对牦牛GHR基因exon 10-2片段SNP多态性检测结果表明:相对于普通牛GHR exon 10 (Genebank登录号AM161140.1),本试验青海泽库高原型牦牛GHR基因exon 10-2含SNP多态位点5个,AM161140.1-10第702位T(C/C型),该碱基编码的氨基酸为半胱氨酸(C),本群体所有样本该SNP位点编码氨基酸均为精氨酸(R)。第730位A(A/G型),导致编码的氨基酸由丝氨酸(S)变成甘氨酸(G),第755位C(T/T型),该位点碱基突变并未造成氨基酸的变化,为同义突变。第810位T(C/T型),导致编码的氨基酸由脯氨酸(P)变成丝氨酸(S)。第989位T(C/C型),碱基T编码的氨基酸为酪氨酸(Y),本群体所有样本该SNP位点编码氨基酸均为组氨酸(H);相对于本试验群体,共含SNP多态位点2个(第730位A,第810位T),且2个SNP多态位点共形成3种基因型,AA/CT共1头,基因型频率为4.35%,AG/TT共7头,基因型频率为30.43%,AA/TT共15头,基因型频率为65.22%,AA/TT为该群体优势基因型. 相似文献
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为了将毛色遗传标记作为湘西黄牛杂交组合选择、纯种鉴别、保种选育的科学理论依据,应用PCR-RFLP技术,研究了湘西黄牛黑素皮质素受体1(Melanocortin 1 Receptor,MC1R)基因对其黑毛色和红毛色表型的影响机制.结果表明:湘西黄牛中MC1R基因有三个等位基因 (ED 、E+、e );隐性的e基因在310处缺失一个碱基G 造成移码突变,在468处提前终止翻译,翻译出一个缩短了的失去功能的MC1R蛋白,表现或强或弱的红毛色;E+所对应的是野生型毛色,如黄色、灰色等;湘西黄牛中黄色个体优势等位基因为E,而红色个体优势等位基因为e,e相对E是隐性基因,只有在e等位基因纯合状态下,才表现为红色毛色; E+/e也表现为红色,可能湘西黄牛红色和黄色表型除了有MC1R基因控制外,还有其它基因参与作用. 相似文献
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为研究延边黄牛细胞因子信号转导相关(ASB12)基因多态性与延边黄牛体尺性状的相关性,以203头同等饲养条件下延边黄牛阉牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术检测ASB12基因的SNPs位点,并将其与延边黄牛体尺性状进行关联分析。结果:ASB12基因存在2个突变位点,分别为T709C突变,导致氨基酸Leu→Pro的错义突变;C1039T突变,导致氨基酸Pro→Leu的错义突变。χ~2检验显示,2个突变位点在所检测延边黄牛群体中处于Hard-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析显示,延边黄牛ASB12基因2个突变位点的不同基因型与体高、体斜长差异显著(P0.05)。将2个突变位点合并基因型分析结果表明,组合AACG基因型个体在体高和体斜长显著高于组合BBGG型个体(P0.05)。初步认为ASB12基因对延边黄牛生长性状的有显著影响,其中组合AACG可能是影响延边黄牛生长性状的最佳基因型组合。 相似文献
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《中国牛业科学》2015,(4)
[目的]为促进贵州白水牛资源保护与开发的科学性,同时为品种选育提供更加充分的科学依据。[方法]本实验以贵州水牛(灰色)为对照组,以贵州白水牛为实验组分别构建DNA池,对不同毛色贵州水牛的MC1R基因和TYR基因进行PCR扩增并确定SNP位点,并利用生物信息学软件分析突变位点对RNA的二级结构,蛋白质的二、三级结构的影响。[结果]在贵州水牛(灰色)和贵州白水牛扩增的MC1R基因中共同筛选到错义突变exon1-T843C,导致缬氨酸(Val)变成丙氨酸(Ala),还在贵州水牛(灰色)中筛选到exon1-C1228T(同义)、exon1-G1330A两个突变位点。在两种水牛扩增的TYR基因共同筛选到2个错义突变exon1-G826A、exon5-T70C,分别导精氨酸(Arg)突变为组氨酸(His)、亮氨酸(Leu)突变为异亮氨酸(Ile);1个同义突变exon3-A83G。 相似文献