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1.
传染性法氏囊病病毒VP2基因高变区序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
根据传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）ＶＰ２基因ＣＤＮＡ序列,在ＶＰ２基因高变区设计一对引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增ＩＢＤＶ分离株ＪＳ３和ＪＳ４。将扩增片段克隆后以双脱氧链末端终止法测定核苷酸旬。ＪＳ３和ＪＳ４的同源性最高达９８％。与已发表的ｖｖＩＢＤＶ,ＩＢＤＶ变异要ＢＤＶ经典株为ＩＢＤＶ弱毒株核苷酸序列的同尖拨天９２￣９８％之间,根据ＩＢＤＶ的大ＯＲＦ推导出该片段蛋白的氨基酸序更,ＪＳ３和ＪＳ４的 相似文献
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本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究,同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区的ＳＹ毒株确实为一株传染性支气管炎病毒。气管环组织培养交叉中和试验结果表明,分离株ＳＹ株不同于参考毒株澳大利亚Ｔ、Ｈ５２、Ｍ４１,且不同于国内其它流行株ＨＤ、ＨＢ、ＸＢ、ＤＢ等,是一个新的变异株。 利用ＩＢＶ Ｓ１基因特异性寡聚核苷酸引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＳＹ毒株的Ｓ１基因,得到预期的约１．７Ｋｂ片段;并将扩增所得ｃＤＮＡ插入克隆质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ／ＢａｍＨⅠ位点,在大肠杆菌ＤＨ５ａ中实现目的基因的克隆。经限制性核酸内切酶分析及ＰＣＲ鉴定,证实为阳性重组质粒,利用末端双脱氧链终止法对其测序,得到Ｓ１基因全长１６４０ｂｐ,包括整个开放阅读框。通过序列分析软件ＤＮＡＳＩＳ、ＰＲＯＳＩＳ、ＭＥＧＡ等软件对Ｓ１基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明：分离株ＳＹ与７株参考株和国内流行株ＨＤ株相比,无论是核苷酸序列同源百分率还是氨基酸序列同源百分离都较低,均未达到８０％,这就提示我们ＳＹ毒 相似文献
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不同传染性法氏囊病病毒分离株VP2基因部分核酸序列及其编码蛋白的比较 总被引：3，自引：1，他引：2
根据已报告的传染性法氏囊病病毒（ Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ） ｃ Ｄ Ｎ Ａ 序列,在病毒 Ｖ Ｐ２ 区域,设计 １ 对引物,并在 ２ 引物上分别加 Ｐｓｔ Ⅰ和 Ｅｃｏ Ｒ Ｉ酶切位点。对 ２ 个 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 分离株 Ｊ Ｓ３ 和 Ｊ Ｓ４,用异硫氰酸胍酚氯仿抽提一步法提取病毒 Ｒ Ｎ Ａ,然后进行逆转录和 Ｐ Ｃ Ｒ 扩增,将扩增片段经酶切纯化后克隆于 ｐ Ｕ Ｃ１８ 质粒载体中,以双脱氧链末端终止法测定 ｃ Ｄ Ｎ Ａ 序列。将测定的分离株与标准对照株（ Ｓ１） Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ Ｖ Ｐ２ 基因片段的核苷酸序列进行计算机分析比较, Ｊ Ｓ３ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ４ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ３ 与 Ｊ Ｓ４ 的同源性为 ９９％ 。推导编码蛋白氨基酸序列, Ｊ Ｓ３ 和 Ｓ１ 的同源性为 ９７％ , Ｊ Ｓ４ 与 Ｓ１ 的同源性为 ９６％ , Ｊ Ｓ３ 和 Ｊ Ｓ４ 的同源性为 ９８％ 。这表明在我国流行的 Ｉ Ｂ Ｄ Ｖ 毒株与标准毒株相比不仅在免疫学反应上有差异,而且在病毒核酸序列上有变异,这种变异是造成疫苗免疫失败或免疫逃避的分子基础。 相似文献
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传染性法氏囊病病毒变异株主要免疫原基因cDNA的克隆及鉴定 总被引：3，自引：2，他引：1
采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ），从１株传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）本地分离株ＧＺ９０２中扩增到编码ＩＢＤＶ主要免疫蛋白ＶＰ２的ｃＤＮＡ片断，大小约为１３５０ｂｐ。将该ｃＤＮＡ片断插入ｐＢｓＫ质粒中，用重组质粒转化大肠杆菌ＸＬ１－Ｂｌｕｅ，成功获得重组质粒转化菌。对重组质粒ＤＮＡ进行酶切鉴定，证明插入的ＤＮＡ片断与ＰＣＲ扩增的ＤＮＡ片段大小相符。对ＧＺ９０２高可变区进行了序列分析。其核苷酸序列与３株ＩＢ－ＤＶ变异株Ａ、ＧＬＳ、Ｅ的同源性分别达到９８．９％，９６．２％和９５．５％。而与其他Ⅰ型毒株的同源性较低。比较从ＤＮＡ序列推导出的氨基酸序列，发现ＧＺ９０２高可变区的两个亲水区均发生了一个氨基酸的变化，而在２４９和２５４位上的氨基酸分别为Ｋ和Ｓ，与以上３个变异株相同，但与所有标准Ⅰ型毒株不同。这两个氨基酸可以作为ＩＢＤＶ变异株的标志。 相似文献
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牛传染性鼻气管炎病毒TK基因缺失株与野毒株PCR鉴别诊断方法的研究 总被引：5，自引：0，他引：5
根据已发表的牛传染性敢管炎病毒（ＩＢＲＶ）ＴＫ基因和ｇＢ基因序列，应用Ｏｌｉｇｏ４．１程序设计两对引物ＰＴＫ１和ＰＴＫ２及ＰＢ１和ＰＢ２，分别对已构建的ＴＫ基因缺失（ＴＫ）ＩＢＲＶ以及ＩＢＲＶＬＡ株、洛精、美精、ＢａｒｔｈａＮｕ／６７株、Ｂ７株、云南－１和云南－２分离株进行了ＰＣＲ扩增，结果显示７株ＩＢＲＶＤＮＡ用引物ＰＴＫ１和ＰＴＫ２扩增产生４５７ｂｐ的特异性片段，而ＴＫＩＢＲＶ只出现１１０ｂｐ 相似文献
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以人工合成的针对血清Ｉ号马立克氏病病毒（ＭＤＶ１）Ａ抗原基因（ｇＡ）部分序列的两端寡聚核苷酸为聚合酶链反应（ＰＣＲ）的引物，分别对马立克氏病病毒血清Ｉ型（京－１株，ＭＤ１１／７５Ｃ株）；２型（ＳＢ－１株）；３型（火鸡疱疹病毒的ＦＣ１２６株）毒株和ＧＡ株ＢａｍＨＩ Ｂ片段的ＰＡＣＹ１８４克隆重组质粒ＤＮＡ进行基因扩增反应及其敏感性试验。结果表明，该引物不仅对ＭＤＶ１具有较强的特异性，而且由此引物引导 相似文献
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传染性支气管炎病毒S1基因DNA免疫质粒的构建及其免疫原性 总被引：7，自引：0，他引：7
为探讨ＤＮＡ免疫防制传染性支气管炎（ＩＢ）的可能性，以克隆的Ｍａｓｓｃｈｕｓｅｔｅ型类Ｍ４１地方分离ＱＤ株Ｓ１基因为免疫原基因，引入终止密码后插入ＳＶ４０启动子、增强子下游和ＳＶ４０ｐｏｌｙＡ信号上游，构建了Ｓ１基因ＤＮＡ免疫表达质粒ｐＳＶＱＤＳ１。将大量扩增并经聚乙二醇纯化的ｐＳＶＱＤＳ１溶于ＰＢＳ，以３００μｇ／只的剂量肌肉注射免疫小鼠，于４周后采集分离免疫小鼠血清进行鸡胚病毒中和试验。结果表明，ｐＳＶＱＤＳ１能够诱导产生针对传染性支气管炎病毒（ＩＢＶ）Ｍ４１株的中和抗体，具有良好的免疫原性。 相似文献
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根据已发表的５２／７０株传染性腔上囊病病毒（ＩＢＤＶ）基因组序列,设计并合成了一对物异扩增ＩＢＤＶ ＶＰ２基因的引物。以超强毒ＩＢＤＶ（ｖｖＩＢＤＶ）致弱株ＧＺ２０基因组为模板利用技术扩增出了１．５ｋｂ的ｃＤＮＡ产物,将ＶＰ２基因克隆于ｐＵＣ１１９质粒上,得到重组ｐＵＣ１１９质粒。并对ＶＰ２基因全序列测定,序列分析和聚类分析表明,该致弱株与无毒疫苗株ＰＢＧ９８和弱毒株ＣＵ－１非常相似,而与经典强毒 相似文献
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Since genetic recombination is a major factor in the evolution of the cytopathogenic (cp) bovine viral diarrhoea virus (BVDV) biotypes, in this study the cytopathogenicity markers were investigated in the genomes of two cp BVDV strains recently isolated from mucosal disease (MD) cases in Hungary. In the genome of strain H4956, a Jiv-like insertion was found similar to those described in reference strain NADL and in other BVDV 1, BVDV 2 and border disease virus (BDV) strains. The 133 amino acid Jiv-like sequence is inserted at nucleotide position 4984 (amino acid position 1533), 9 nucleotides upstream of that of strain NADL. The insertion showed 96% amino acid sequence identity with the cellular Jiv protein. In the genome of cp BVDV strain H115/PCR, an ubiquitin-containing duplication was found. The duplicated sequence started at nucleotide position 7978 (amino acid 2531) in the NS4B gene. The duplication contained a complete ubiquitin monomer of 76 amino acids and the complete NS3 gene starting at nucleotide position 5153 (amino acid 1589), which corresponds to the first N-terminal amino acid of NS3. The duplication was located further downstream of the known ubiquitin-containing genomic regions of cp BVDV strains, and it consisted of the shortest inserted nucleotide sequence. The insertions and duplication of strains H4956 and H115/PCR further confirmed that recombinations occurring at positions A and B are the most common mechanisms leading to the development of BVDV cytopathogenicity. 相似文献
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猪瘟病毒云南毒株E2基因片段序列测定及分析 总被引：9，自引：0，他引：9
用RT－nPCR方法，选择猪瘟病毒2000年云南部分地方流行毒株E2基因主要保护性抗原决定簇编码区片段进行扩增和cDNA序列分析，并与中国标准强毒石门株进行比较。结果显示，云南地方毒株之间核苷酸及氨基酸序列同源性均大于90％；但与中国标准强毒石门株差异较大，其核苷酸及氨基酸同源性均小于80％。 相似文献
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从典型猪肺炎支原体病变肺组织传代分离到一株支原体,经培养特性、血清学鉴定、生化鉴定、PCR检测及测序分析证明其为猪肺炎支原体,纯化后命名为S株。将S株P46基因和P97基因R1区的氨基酸序列与其他菌种的相应序列进行同源性分析,该菌株P46基因氨基酸序列与其他菌种同源高达99%以上,P97基因R1区的氨基酸重复数为11个,不同于其他菌株;免疫原性试验结果表明该菌株具有良好的免疫原性。 相似文献
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三株广西狂犬病病毒NS基因和M基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究设计了一对特异性引物NSM1/NSM2,对三株广西狂犬病病毒NS和M基因同时进行了RT_PCR扩增、克隆和测序。同源性分析表明,三株广西野毒NS基因核苷酸同源性为87.2%~98.4%,M基因核苷酸同源性为90.1%~99.7%;与固定毒和狂犬病相关病毒比较,NS基因分别为79.9%~82.8%和69.7%~71.0%;M基因的分别为82.8%~87.8%和75.0%~77.8%。三株野毒NS基因氨基酸同源性为93.3%~98.7%,M基因氨基酸同源性分别为97.5%~100%。表明广西各地毒株之间亲缘关系不同,但最为相近;与狂犬病固定毒株亲缘关系较远;与狂犬病相关病毒亲缘关系最远。 相似文献
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根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。 相似文献
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猪流行性腹泻病毒CH/S株N蛋白基因的遗传变异及其原核表达 总被引：4，自引：0，他引：4
应用RT-PCR和nested-PCR方法扩增得到含猪流行性腹泻病毒CH/S株N蛋白基因的目的片段,并将其进行了克隆、序列测定及分析。CH/S株N蛋白基因含有一个长1326bp的ORF,编码由441个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的插入和缺失。CH/S与CV777、Chinju99、JS-2004-2和LJB/03N蛋白基因ORF的序列同源性分别为97.1%、96.8%、96.7%和96.5%;推导的氨基酸序列的同源性分别为97.7%、97.1%、97.1%和96.8%。以阳性质粒为模板,用分别含有BamHⅠ和XhoⅠ酶切位点的上、下游引物扩增得到ORF,其PCR产物经BamHⅠ和XhoⅠ双酶切后定向克隆到pET-30a载体,构建的重组质粒命名为pET-30a-PN;将pET-30a-PN转化到大肠杆菌BL21(DE3)中,在IPTG诱导下进行表达;SDS-PAGE结果表明表达出与预期大小相符的约54.4Ku的重组蛋白,重组蛋白以包涵体形式存在;薄层扫描结果表明表达产物占菌体总蛋白的30.5%;Western blot分析表明表达的重组蛋白能与抗PEDV高免血清反应,说明该重组蛋白具有免疫学活性。 相似文献
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根据已发表的PRRSVORF5基因序列设计引物,经RT-PCR对辽宁省PRRSVLN／0901株0RF5基因片段进行扩增、克隆及测序,结果得到长度为739bp的0RF5基因完整序列,与已知代表毒株进行核苷酸及其编码氨基酸同源性比对和系统进化树分析,LN／09010RF5基因序列与VR-2332株同源性达到88．6％,而与LV株,则相差甚远,仅为61．7％,表明PRRSVLN／0901病毒株为美洲型,与CBB-1-F3T、GD2007、JXA1、BJ0708等毒株同源性高达98．7％～99．5％,表明该病毒与2006年以来国内的多数流行变异株遗传关系相近。通过对PRRSVI,N／0901ORF5进行氨基酸疏水性及其编码蛋白跨膜区预测分析,表明该毒株ORF5具有多个抗原优势位点,与国内其他毒株既有共同位点又有区别位点,可以做为辽宁地区开发研制PRRS基因工程疫苗的重要蛋白基因。 相似文献
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PRV LA株gD基因的序列测定及其重复高变区的发现 总被引：4，自引：2，他引：2
对猪伪狂犬病病毒鲁A株(PRVLA株)gD基因进行了克隆和序列测定，结果表明：在测序的l453bp的DNA序列中包括着1个l203bp的ORF(即gD基因)，它编码400个氨基酸组成的多肽；在整个gD基因的ORF内PRVLA株与PRV Ea株、Hulbei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因比较，核苷酸的同源性分别为98．3％、98．3％、98．0％、98．1％、98．6％，氨基酸的同源性分别为97．8％、97．8％、97．5％、98．1％、98．6％；发现PRVLA株gD基因与Ea株、Hubei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因均在802～837nt处有1个C(A)GGCCC的重复高变区，其对应的是gD267～279位氨基酸残基Arg—Pro的重复高变区。正是该重复高变区的碱基缺失或插入使得PRVgD的ORF在l194～l215nt间变化，gD前体的氨基酸残基为398～404个。 相似文献
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本研究利用RT—PCR技术，对流行于国内部分地区的9株猪瘟病毒（CSFV）E2基因进行扩增，与C-株等4株参考毒株做了同源性比较，绘制了遗传进化关系发生树，结果表明，所测序列共由442个氮基酸残基组成。可将13株CSFV分为两个组群，其E2基因间的核苷酸序列同源性为81．9％～99．7％，所推导氨基酸序列同源性为88．2％～99．5％，其中9株CSFVE2基因的长度均为1324bp，编码的氨基酸序列均包括完整信号肽序列和跨膜区序列，9株流行毒株与C-株之间核苷酸序列同源性为81．9％～95．3％。所推导氨基酸序列同源性为88．2％～95．5％。说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性，并且多数毒株已向远离疫菌株方向变异。 相似文献
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为了解安卡拉病毒贵州流行株penton基因分子特征,本试验参考GenBank上FAdV基因序列设计合成特异性引物,对penton基因CDS区进行扩增,运用生物信息学软件对penton基因的核苷酸序列、蛋白质理化性质、信号肽、二级结构、三级结构和B细胞表位进行分析。结果显示,3株FAdV（GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS）penton基因片段大小均为1 578 bp。系统进化树分析显示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均属于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%~100%之间,推导氨基酸序列同源性在99.8%~100%之间;与国内其他分离株、国外分离株差异不大。蛋白理化性质分析显示,该蛋白属于不稳定的、不具有跨膜结构的亲水蛋白,其二级结构主要以无规则卷曲为主（54.29%）;结构域预测结果显示,penton蛋白只含有一个低复杂度区域;B细胞表位预测发现,penton基因编码的氨基酸可能存在3个优势抗原表位区,分别为5-171、207-236和420-462位氨基酸处。本试验结果表明,安卡拉病毒penton基因相对保守,存在多个优势抗原表位,可作为安卡拉病毒防控研究靶蛋白,为该病毒防控与致病机理研究奠定基础。 相似文献