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1.
采用改进的SDS法提取接骨草叶片中的基因组DNA,通过单因素试验对接骨草ISSR反应体系中的模板DNA用量、引物用量、dNTP用量、牛血清白蛋白浓度、Taq DNA聚合酶用量、Mg2+浓度等进行筛选和优化,得到适合接骨草ISSR扩增的条件,10 μL PCR反应体系:1×Taq酶配套缓冲液,4ng模板DNA,1.5μmol/L引物,0.2mmol/L dNTP,2 mg/mL BSA,0.75 U Taq DNA聚合酶,2 mmol/L Mg2+.利用优化后的反应体系从100个ISSR引物中筛选出12个重复性好、稳定性高的引物对24个接骨草个体的DNA进行扩增,共得到111个位点,其中103个为多态位点,多态位点百分率为92.79％,Nei指数为0.402 6,Shannon信息指数为0.5790,表明接骨草的遗传多样性水平很高. 相似文献
2.
采用改进的SDS法提取山鸡椒基因组DNA,利用单因素试验对ISSR反应体系中的Mg<'2+>浓度、dNTP浓度、模板DNA用量、Taq DNA 聚合酶用量、BSA浓度、引物用量进行筛选和优化,得出了适用于山鸡椒ISSR分析的扩增条件:10μl PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(200 mmol/L Tris·HCl,pH值8.8,100 mmol/L KCl,1%Triton X-100,100 mmol/L(NH<,4>)<,2>SO<,4>,15 mmol/L MgCl<,2>),0.8 U Taq DNA聚合酶,16 ng模板DNA,6 pmol引物,0.3 mmol/L dNTP,1.75 mmol/L Mg<'2+>.利用优化反应体系从100个ISSR引物中筛选出12个重复性好、稳定性高的引物对21个山鸡椒个体的DNA进行扩增,共得到107个位点,其中,91个为多态位点,多态位点百分率为85.05%,Nei指数为0.361 3,Shannon信息指数为0.522 1,表明山鸡椒的遗传多样性处于较高水平. 相似文献
3.
乌药ISSR扩增条件的优化 总被引：3，自引：0，他引：3
为了确保ISSR分析的可靠性和重复性,有必要进行ISSR-PCR反应体系的优化.以浙江省天台山乌药(Lindera aggregata)自然种群随机个体的基因组DNA为研究对象,通过对反应体系中的Mg2 浓度、dNTP浓度、模板DNA用量、Taq DNA聚合酶用量、BSA浓度、引物用量进行筛选和优化,得出了适用于乌药ISSR分析的扩增条件:10μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(200 mmol·L-1 Tris·HCl,PH 8.8,100 mmol·L-1 KCl,1%Triton X-100,100 mmol·L-1(NH4)42S04,20 mmol.L-1MgCl2),0.5U Taq DNA聚合酶,10 ng模板DNA,10 pmol引物,0.4mmol.L-1dNTP.利用优化反应体系从100个ISSR引物中筛选出12个重复性好、稳定性高的引物对20个乌药个体的DNA进行扩增,共得到142个位点,其中,102个为多态位点,多态位点百分率为71.83%,Nei指数为0.284 3,Shannon信息指数为0.415 3,乌药的遗传多样性处于较高水平. 相似文献
4.
采用改进的SDS法提取薏苡种子胚基因组DNA,测试薏苡ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,测试Mg2 、dNTP、BSA、引物浓度及模板DNA、TaqDNA聚合酶用量等6个因素对ISSR-PCR扩增结果的影响。结果显示,10μl PCR反应体积中包括:1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl pH值9.0,50 mmol/LKCl,0.1%Triton X-100),1.75 mmol/L Mg2 ,0.6 mmol/L dNTP,1 mg/ml BSA,10 ng模板DNA,20 pmol引物,0.45 UTaq酶。 相似文献
5.
以野芝麻(Lamium barbatum)DNA为模板,利用单因子试验分别对影响野芝麻ISSR-PCR反应的Mg(2+)浓度、BSA(小牛血清蛋白)、DNA、Taq DNA聚合酶、4 ×dNTP和引物的浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定试验的退火温度,最终确定野芝麻最佳的反应体系及PCR扩增程序为:10μL体系,其中包括1×Buffer、Mg(2+),2.5 mmol/L、BSA10 mg/mL、模板DNA15 ng、Taq DNA聚合酶1.5U、4×dNTP0.4mmol/L、引物15pmol;扩增程序:94℃变性5 min;94℃变性30 s,55.2℃退火45 s,72℃延伸1.5 min,共35个循环;72℃再延伸5 min反应终止.利用优化后的反应条件筛选出10个ISSR引物,并对野芝麻居群进行了遗传多样性分析,多态位点百分率为82.08%,Nei指数为0.1717,Shannon信息指数为0.2381,说明野芝麻遗传多样性水平较高.该体系建立了标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力强、重复性好的扩增条件. 相似文献
6.
利用加拿大哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物,以2个荷花品种的DNA为模板进行PCR扩增。采用单因素试验方法对荷花ISSR-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、引物、dNTP、模板DNA、Taq酶)进行浓度优化,确定了荷花ISSR反应的25μL最佳扩增体系为:10×Taq Buffer 2.5μL,Mg2+3.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物1.0μmol/L,Taq酶1.00 U,模板DNA 40 ng。筛选出8条扩增条带较好的ISSR引物,并对其引物进行梯度PCR试验,筛选出各引物对应的最佳退火温度,扩增共计获得61条ISSR条带。 相似文献
7.
木荷ISSR反应体系的建立与优化 总被引：4，自引：0，他引：4
在利用ISSR技术对木荷的遗传多样性进行研究的试验过程中,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如模板DNA用量、引物用量、牛血清白蛋白浓度T、aq DNA聚合酶用量、4×dNTP浓度、Mg2+浓度以及退火温度等指标进行筛选和优化,确立了可用于木荷ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:10lμPCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,pH值9.0,50 mmol/L KCl,0.1%TritonX-100),0.75 U Taq DNA聚合酶,1.5 mmol/L MgCl2,0.2 mol/L 4×dNTP,6 pmol引物,2 mg/ml牛血清白蛋白,10 ng模板DNA;适宜木荷ISSR扩增的退火温度为56.3℃。 相似文献
8.
以改进的CTAB-溶菌酶-蛋白酶K裂解法抽提水稻土总微生物DNA,直接进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析。采用单因素试验分别测试了Mg2 浓度、4×dNTP浓度、模板DNA用量、引物用量、TaqDNA聚合酶用量及牛血清白蛋白(BSA)浓度对水稻土总微生物RAPD扩增的影响,确定了最适的RAPD反应体系为:10μlPCR反应体积,含1×Taq酶缓冲液(10 mmol Tris-HC l pH值9.0,50 mmol KC l,0.1%Triton X-100),0.8mmol/L 4×dNTP,5.0 mmol/L MgC l2,0.75 UTaqDNA聚合酶,3 mg/m l BSA,5 ng模板DNA,5 pmol引物。 相似文献
9.
以盾叶薯蓣的叶片制备ISSR-PCR DNA 模板.通过单因子试验分别研究了模板DNA质量和浓度、Mg2 浓度、Taq酶用量、dNTPs浓度以及退火温度对盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增的影响,建立了适宜于盾叶薯蓣的ISSR反应体系和扩增参数,即15μL反应体系中包括:20 ng/L模板DNA,1×Taq酶缓冲液,1.0 U Taq聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.2 μmol/L引物和0.3 mmol/L dNTPs.并从46个ISSR引物中筛选出10个带纹清晰、多态性丰富的引物,并确定了这些引物的适宜退火温度. 相似文献
10.
大血藤ISSR-PCR反应体系的建立 总被引：7，自引：0，他引：7
采用改进的SDS法抽提大血藤基因组DNA,分析了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、Taq DNA聚合酶量和BSA浓度对大血藤ISSR-PCR扩增结果的影响,建立了稳定的、可重复的大血藤ISSR最佳反应体系:10μL PCR反应体积中,4×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HC l,pH9.0,50 mmol/L KC l,1 g/LTriton X-100),0.5U Taq DNA聚合酶,2 mmol/L MgC l2,0.1 mmol/L dNTP,12 pmol引物,10 ng模板DNA,2 mg/mL牛血清白蛋白。大血藤的最适退火温度为52.4℃。 相似文献
11.
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毛白杨ISSR反应体系的建立及优化 总被引：10，自引：0，他引：10
为应用ISSR技术开展毛白杨遗传变异分析、辅助育种、品种鉴定、系统进化等研究,以(GTG)6为引物,通过单因子实验分别研究了退火温度、引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量对毛白杨ISSR-PCR反应的影响,建立并优化了适宜于毛白杨ISSR分析的扩增体系: 20 μL PCR反应体系,1×Taq DNA酶缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl, 50 mmol/L KCl, 0.1% Trion X100, pH 9.0),1.5 mmol/L MgCl2,1.0 U Taq酶,10 ng模板DNA,0.2 μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTP. 引物(GTG)6的最适退火温度为61℃. 相似文献
13.
青钱柳ISSR-PCR反应体系的优化 总被引：2，自引：0，他引：2
采用改进的SDS法提取青钱柳基因组DNA,测试青钱柳ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,测试了模板DNA、Mg2+、dNTP、BSA、引物\Taq酶6个因素对青钱柳ISSR扩增的影响。结果表明:合适的退火温度为56.3℃;适宜的扩增体系为:10μlPCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液浓度为(10 mmol/LTris.HCl,pH值9.0,浓度为50 mmol/LKCl,0.1%Triton X-100),12 ng模板DNA,浓度为1.5 mmol/LMgCl2,浓度为1.0 mmol/L4×dNTP,1mg/ml BSA,15 pmol引物,0.75 UTaq酶。 相似文献
14.
槭属树种ISSR-PCR反应体系的确立 总被引：1，自引：0，他引：1
采用改良CTAB法提取槭属树种总DNA,分析了Taq聚合酶、样本浓度、Mg2 浓度、dNTP浓度以及引物浓度对ISSR-PCR扩增结果的影响,用四因素三水平正交法确定了Taq酶浓度、引物浓度、Mg2 浓度、dNTP浓度的最佳组合,并优化模板浓度,建立了稳定、可重复的槭属树种ISSR-PCR最佳反应体系及PCR扩增参数.ISSR-PCR的最佳反应体系为:在10 μL的反应体系内,Taq聚合酶宜加入0.25 U,dNTP最适浓度为0.3mmol/L,模板最适浓度为4 ng/μL,引物最适浓度均为0.5 μmol/L,不同的引物有其各自合适的Mg2 浓度.槭属树种ISSR-PCR引物筛选及反应体系的建立,为利用ISSR标记技术开展槭属树种的系统进化和亲缘关系研究提供一个强有力的工具. 相似文献
15.
扁玉螺ISSR-PCR反应体系的建立及其优化 总被引：1，自引：0，他引：1
以扁玉螺基因组DNA为材料,分析了Mg2 ,dNTP、Taq DNA聚合酶、引物以及模板DNA浓度对ISSR-PCR扩增效果的影响,建立了一套适合扁玉螺的ISSR-PCR反应体系.该反应体系包括:2.0mmol·L-1的Mg2 ,0.25 mmol·L-1的dNTP,0.8 U的Taq DNA聚合酶,0.2 μmol·L-1的ISSR引物和40 ng模板DNA.利用优化后的反应体系,从30条ISSR引物中筛选出13条扩增效果较好的引物,为进一步利用ISSR标记研究扁玉螺的遗传多样性奠定了基础. 相似文献
16.
利用ISSR技术对田野菟丝子的遗传多样性进行了研究,通过筛选引物并对影响PCR扩增效果的一些因素如Mg2 浓度、牛血清白蛋白浓度、4×dNTP浓度、模板DNA用量、引物用量、TaqDNA聚合酶用量以及退火温度等指标进行优化,建立了可用于田野菟丝子ISSR分析最适宜的反应体系:10μl PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris.HCl,pH值9.0,50 mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),2.5 mmol/L MgCl2,2.0mg/ml牛血清白蛋白,0.2 mmol/L4×dNTP,10 ng模板DNA,6 pmol引物,0.3 UTaqDNA聚合酶。引物UBC811的最适退火温度为50.7℃。 相似文献
17.
台湾杉ISSR反应体系的建立及检测 总被引：1，自引：0，他引：1
在保持1U Taq酶和0.2 mmol/L dNTP两个条件不变的情况下,通过对模板DNA的浓度、引物浓度与Mg2+浓度的筛选,建立了台湾杉的优化ISSR反应体系,即在25 μ1的反应体系中,含有40 ng模板DNA、1 UTaq酶、0.2 mmol/L dNTP、0.4μmol/L引物、1.8 mmol/L Mg2+、2.5 μL 10×buffer.扩增程序为:94℃,4 min; 94℃,45s,51～56℃,45s,72℃,2 min,40个循环;72℃,7 min.利用这种优化的反应体系,筛选出了10条稳定性强、清晰度高并表现出一定多态性的ISSR引物,并进一步筛选出了这10条引物的最佳退火温度.应用这些引物对分布于湖北利川市星斗山保护区的台湾杉野生居群的20个样品进行了扩增,结果表明,利川星斗山台湾杉居群的多态位点百分率为61.97％,Nei's基因多样性和Shannon's信息指数分别为0.136 9和0.216 0. 相似文献
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20.
为了利用ISSR分子标记进行东南石栎(Lithocarpus harlandii)种群遗传多样性分析,获得重复性和可靠性较高的ISSR带谱,有必要对其影响因素进行优化.以东南石栎基因组DNA为研究对象,测试东南石栎ISSR扩增的最适退火温度,并采用单因素试验,对影响PCR扩增效果的一些因素,如Mg2 浓度、4×dNTP浓度、模板DNA用量、引物用量、BSA浓度、Taq DNA聚合酶用量等6个因素进行筛选和优化,最终确立了可用于东南石栎ISSR-PCR分析的最适宜的PCR反应条件:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(200 mmol·L-1Tris-HCl,pH值8.8,100mmol·L-1 KCl,1%Triton X-100),0.5U Taq DNA聚合酶,2.25 mmol·L-1MgCl2,0.5 mmol·L-1 4×dNTP,6pmol引物,2 mg·mL-1BSA,10 ng模板DNA.在此最适条件下,比较了降落PCR的扩增结果与最适退火温度条件下的PCR扩增结果的差异,确定了最适的ISSR扩增程序:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,57℃退火1 min(每个循环降低0.5℃),72℃延伸1.5 min,共10个循环;94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1.5 min,共25个循环;72℃延伸5 min.以此条件采用12个引物对千岛湖的东南石栎居群进行扩增,共扩增出174个DNA片段,多态位点百分率为81.61%,种群内遗传多样性处于较高水平. 相似文献