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本研究以我国北方典型岸基半开放刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为对象,利用高通量测序技术构建冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析封冰期、融冰期和化冰期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征,并查明影响菌群结构的主导环境因子。结果显示,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群丰度和多样性表现为整体下调趋势,在融冰初期呈现显著性波动(P<0.05)。冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构呈现显著性差异,封冰期、融冰期和化冰期差异菌群分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和软壁菌门(Tenericutes)。尽管不同阶段微生物相对丰度比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria),相对丰度高于49.04%;次优势菌门则呈现出显著性变化,其中,封冰期为拟杆菌门(Bacteroidetes),融冰期为绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria),化冰期为浮霉菌门(Planctomycetes)。环境因子与菌群相关性分析表明,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构与环境因子具有显著相关性(P<0.05),温度、盐度、总氮和总有机碳是沉积物菌群的主导环境因子。本研究将为刺参养殖池塘精细化管理提供理论依据。 相似文献
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为探究健康斑点叉尾(鱼回)肠道及其与养殖池塘水体中菌群结构的关系,采用16S rDNA高通量测序方法和生物信息学分析手段考察其肠道和养殖水体中微生物群落组成和多样性。多样性指数分析结果表明,斑点叉尾(鱼回)肠道菌群丰度和菌群多样性均较养殖水体低。斑点叉尾(鱼回)肠道中有69.57%的运算分类单元与水体中一致,水体中优势菌群主要为变形菌门、放线菌门和蓝藻门,而肠道中的优势菌群为拟杆菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,说明肠道和养殖水体中的优势微生物种群的组成和丰度无明显的相关性,肠道中菌群组成有一定的独立性,其优势菌群结构几乎不受养殖环境菌群的影响。PICRUSt预测细菌表型发现,斑点叉尾(鱼回)肠道中以厌氧菌和革兰氏阳性菌为主;从生物膜形成和致病潜力表型可知,肠道和水环境中均存在大量条件致病菌。试验结果表明,池塘养殖健康斑点叉尾(鱼回)肠道微生物中的优势益生菌主要为鲸杆菌属和拟杆菌属,平均相对丰度高达36.60%和15.82%。本试验将为斑点叉尾(鱼回)的健康养殖和益生菌的筛选提供理论依据。 相似文献
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池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析 总被引：4，自引：3，他引：4
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。 相似文献
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为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。 相似文献
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该研究基于MiSeq高通量测序技术对大连、烟台、霞浦和莆田地区养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,大连、烟台、霞浦和莆田地区养殖仿刺参肠道测得的分类操作单元(OTUs)分别为455、542、440和242。四个样品菌群的物种丰度和优势菌种存在较大差别,其中莆田池塘养殖的仿刺参的肠道菌群比霞浦海上吊笼养殖高2倍多。烟台的仿刺参的丰富度最高,Simpson/Shannon指数达到4.78。四个产地仿刺参肠道中共检测到317个细菌种属。大连养殖仿刺参肠道的主要优势菌群为Lutibacter(10.13%),属拟杆菌门的黄杆菌科,是一种兼性厌氧菌。烟台养殖仿刺参肠道的主要优势菌群为Haliea(21.34%)和Halioglobus(12.58%)。莆田养殖仿刺参肠道中乳球菌属(Lactococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)所占比例较高。在霞浦养殖仿刺参肠道中Formosa含量最高,占细菌总数的比例为87.06%,其次为乳球菌属(Lactococcus),占细菌总数比例为7.71%。文章利用Miseq高通量测序技术对仿刺参肠道菌群结构进行分析,为今后进一步研究仿刺参肠道菌群与其摄食、消化、免疫等之间的关系提供了新的资料。 相似文献
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为探究抗生素药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响，在刺参工厂化保苗期倒池时设置普通组和药浴组(普通组幼参为倒池未药浴正常培养，药浴组幼参用质量浓度0.1 g/L的氟苯尼考药浴15 min),分别于倒池后24、48、72 h,取2组仿刺参肠道样品进行16S rDNA高通量测序分析。试验结果显示，普通组幼参与倒池前的幼参肠道菌群结构基本一致，药浴组幼参肠道菌群结构变化较大，细菌多样性在24 h最高，随后逐渐降低。普通幼参优势菌门变形菌门相对丰度达98%以上，药浴后24、48、72 h,幼参肠道变形菌门相对丰度分别为90.51%、92.99%、96.63%,放线菌门、浮霉菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、疣微菌门、厚壁菌门相对丰度有所提高，并新出现达达菌门、德潘菌门和芽单胞菌门。普通组幼参肠道中优势菌属新草螺菌属占比达95%以上；药浴后24 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度降低至2.46%,叶杆菌属、Candidatus Competibacter、鞘氨醇单胞菌属等成为新的优势菌属，药浴后48、72 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度逐渐升至36.7%、69.9%,其他菌属相对丰度逐渐降低，肠道菌群结... 相似文献
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不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异 总被引：1，自引：1，他引：1
为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性,采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示,养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主,且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道中丰度最高的前20种优势细菌种类的排名次序,其中变形菌门中的弧菌属的相对丰度显著增加,且随着弧菌属丰度的增加,斑石鲷的黑身病症状也逐渐加重。饵料中添加氟苯尼考投喂斑石鲷能使患病鱼肠道弧菌属的丰度从60.33%下降到1.29%,较大程度改变了肠道的菌群结构,并证实氟苯尼考有效防治黑身病。其次,养殖水体和颗粒饵料对斑石鲷肠道菌群也有一定影响,且养殖水体的影响高于颗粒饵料。本研究首次报道了斑石鲷肠道菌群结构,其研究结果为今后斑石鲷的健康养殖、疾病防控及其微生态学研究提供了参考依据和技术支撑。 相似文献
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鱼类肠道菌群的结构和功能对其生长发育起重要作用。丁■是我国新疆地区特有的经济养殖鱼类，为评估野生丁■和养殖丁■肠道微生物菌群的结构和差异，以野生丁■和养殖丁■作为研究对象，采用Illumina Miseq高通量测序方法对其肠道16S rRNA基因的V3～V4区进行测序，比较两种环境条件下丁■肠道微生物菌群结构的丰度变化和差异。试验结果显示，丁■肠道微生物的优势菌群主要为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门。但在两种环境下，其肠道菌群结构存在明显差异：在门水平下，梭菌门和酸菌门在养殖丁■中的丰度显著低于野生丁■(P<0.05);在属水平下，乳酸杆菌属和不动杆菌属在养殖丁■中的丰度高于野生丁■,而支原体和黄杆菌属则显著低于野生丁■(P<0.01);在种水平下，洛菲不动杆菌在养殖丁■中的含量显著高于野生丁■(P<0.01),而未分类的黄杆菌则显著低于野生丁■(P<0.05)。试验结果表明，由于饲养环境的改变，野生丁■和养殖丁■肠道菌群的组成及丰度出现显著变化。该结果可为后续丁■肠道微生物的研究和养殖管理提供基础数据和参考。 相似文献
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应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构 总被引：2，自引：1，他引：1
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。 相似文献
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为揭示不同生理状态下中华鲟(Acipenser sinensis)体表黏液与生境微生物组成差异,本研究比较了健康和亚健康中华鲟体表黏液菌群的群落结构差异,探讨细菌群落结构与中华鲟生理状态的相关性。本研究采集健康与亚健康中华鲟的体表黏液和养殖水体,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果表明,亚健康组微生物多样性与丰富度显著高于健康组(P<0.05)。序列的统计分析表明,相较于水体,黏液样本存在大量的独有操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU),且与水体的共有OTU数目因中华鲟生理状况而发生变化。根据组间的相似性与差异分析,不同组之间的主成分与主坐标分析显示出较强的分离趋势,且组内样本相对距离较小。在门和属水平下,中华鲟体表黏液和水体群落组成和优势种有显著差异。水体中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)(31.84%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.37%);健康组优势菌门为变形菌门(55.23%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(21.00%);亚健康组的变形菌门(40.23%)占比相较于健康组有所下降,但酸杆菌... 相似文献
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采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。 相似文献
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福建东吾洋海域是我国刺参(Apostichopus japonicus)吊笼养殖的核心产区,但目前该地区的水域环境现状和环境菌群结构相关研究匮乏。本研究以东吾洋海域东安、马坑、雷江和沙湾4个主要养殖区域为对象,完成了海参养殖高峰期1月的水质环境因子调查和评价分析,采用高通量测序方法完成了水体和沉积物菌群多样性和差异特征菌群分析,解析了环境因子与菌群结构相关性。结果表明,马坑海域的富营养化指数为21.60,属于严重富营养化;东安和雷江海域属于重度富营养,只有沙湾海域处于中度富营养的水平。东安和沙湾海域水质属于轻度有机污染,而马坑和雷江海域属于中度有机污染。高通量测序共获得1 520个操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs),归属于28门、57纲、163目、322科、581属。菌群结构多样性分析表明,各区域沉积物的菌群多样性水平均显著高于相应海域水体菌群多样性,且具有较强的空间异质性。沙湾海域环境菌群多样性与丰度最高。PCo A分析表明,沉积物和水体中细菌群落结构差异极显著,水体交换和海域位置对其水体和沉积物菌群结构的影响较大。具有潜在致病性的弧菌... 相似文献
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Characterization of the bacterial community in different parts of the gut of sea cucumber (Apostichopus Japonicus) and its variation during gut regeneration 
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下载免费PDF全文 Luo Wang Xiaowei Zhao Hanchen Xu Xueyu Bao Xianjie Liu Yaqing Chang Jun Ding 《Aquaculture Research》2018,49(5):1987-1996
Bacterial community plays an important role in keeping the health status of the host. A study on the characteristics of gut bacterial community of sea cucumber (Apostichopus japonicus) not only helps improve the current aquaculture model, but promotes healthy and rapid development of the aquaculture industry as well. Therefore, taking pond‐cultured sea cucumber (A. japonicus) as the studying object, the metagenomic and 16S rRNA sequencing technology were used in this study to explore the characteristics of bacterial community in different parts of the gut of sea cucumber, as well as during gut regeneration after evisceration. The results showed that the compositions of bacterial community are different in varying parts of the gut of sea cucumber (A. japonicus). Specifically, bacterial community in the midgut and hindgut are highly similar, showing significantly diversified bacterial species compared to the foregut. GO annotation indicated that the foregut is associated with richer catalytic activity and binding than the midgut and the hindgut. According to the KEGG annotation, metabolism‐related genes are mainly concentrated in the foregut, while genes related to signal transduction and the immune system are mostly annotated in the midgut and hindgut. During the gut regeneration stage, the structure of bacterial community varied greatly in different stage of the regeneration stage, with significant differences between the earlier and later stage. The dominant bacteria in the earlier stage is Rubritalea, and that in the later stage is Arcobacter. Besides, there were Loktanella, Thalassobacter and Phaeobacter in the gut throughout the entire regeneration stage. Cupriavidus, Hellea, HTCC2207, Methylophaga, Methylotenera, Stenotrophomonas and Tenacibaculum were only present in the earlier stage, and gradually disappeared in the later stage due to improving gut functions. The abundance and diversity of bacteria in the gut were higher in the earlier regeneration stage than that in the later stage, with a peak between the 15th and 25th day of the regeneration stage. At 45th day, the abundance and diversity became stable. 相似文献
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利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了网箱养殖花鲈（）肠道细菌组成,同时分析了配合饲料和网箱中海水的细菌组成,以确定鱼类肠道细菌与环境之间的关系。花鲈投喂冰鲜鱼,日本黄姑鱼投喂配合饲料。从花鲈和日本黄姑鱼前肠、中肠、后肠、配合饲料和网箱内海水中共鉴定出886个细菌OTU（operational taxonomic unit）,分别隶属8个门、40个属,其中从花鲈和日本黄姑鱼肠道中鉴定出的550个细菌OTUs分别隶属5个门、15个属。在门的水平上,厚壁菌门（Firmicutes）在两种鱼类肠道中均占优势;在属的水平上,梭菌属（）在日本黄姑鱼肠道中占优势。花鲈与日本黄姑鱼之间肠道细菌的相似性高于日本黄姑鱼肠道细菌与配合饲料中细菌的相似性,也高于花鲈或日本黄姑鱼肠道细菌与其养殖网箱内海水中细菌的相似性。日本黄姑鱼肠道与配合饲料中共有的细菌OTU数多于日本黄姑鱼肠道与网箱内海水中共有的细菌OTU数。综上所述得出结论：（1）花鲈和日本黄姑鱼肠道细菌群落分别独立于其养殖网箱内海水细菌群落,日本黄姑鱼肠道细菌群落独立于其配合饲料中的细菌群落;（2）日本黄姑鱼肠道细菌受配合饲料中细菌的影响大于受网箱内海水中细菌的影响。 相似文献