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1.
磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶基因(phosphoenolpyruvate carboxykinase 1(Soluble),PCK1)是糖异生及甘油异生的关键基因.为分析PCK1基因在家鸭(Anas platyrhynchos domesticus)驯化过程中是否出现表达差异以及是否受到驯化选择,本研究分别以绿头野鸭(Anas platyrhynchos)、绍兴鸭及北京鸭作为野生品种、蛋鸭及肉鸭品种代表,检测PCK1基因在这3个品种中的表达水平、杂合度(Hp)以及遗传距离(Fst).表达分析发现,与绿头野鸭相比,PCK1在绍兴鸭及北京鸭肝脏组织中表达量分别下降了3倍、10倍;在脂肪组织中分别下降了3倍、26倍.根据全基因组Z(Hp)及Z(Fst)分布情况,以Z(Hp)＜-3、Z(Fst)＞2作为选择信号筛选标准.按照此标准发现PCK1基因下游82.4 kb处(KB742479.1:2 220 079～2 259 967 bp)出现选择信号.与绿头野鸭相比,该区域在绍兴鸭及北京鸭中杂合度均降低,Z(Hp)值分别为-3.92及-3.63;遗传距离均最大,Z(Fst)值分别为3.91及2.54.对该区域临近基因(ENSAPLG00000002901,C20orf85,PCK1)的表达分析发现,仅PCK1基因在鸭驯化过程中出现表达差异.因此,推测该选择信号可能导致了PCK1基因在家鸭与野鸭间的表达差异.本研究首次较深入的探索了鸭的驯化遗传机制;研究发现鸭驯化过程中PCK1存在表达变化,同时其下游82.4 kb处出现选择信号,这些结果为进一步研究PCK1的功能提供了线索. 相似文献
2.
中国家鸭的分子遗传多样性及其起源探讨 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究测定了我国重点保护的8个家鸭品种及斑嘴野鸭的线粒体DNA D-loop区667bp序列,分析了这8种家鸭的遗传多态性和起源。遗传多态性分析结果显示A、G、C、T碱基平均含量分别为25.5%,15.3%,33.4%,25.8%;变异类型为转换和颠换,未发现缺失与插入。确定了20种单倍型,Hap2（A7）为家鸭的主体单倍型型,平均单倍型多样度为0.67136,平均核苷酸多样度为0.00192,攸县麻鸭单倍型多样度、核苷酸多样度最高,8个品种之间双参数遗传距离为0.00056-0.00414,其中连城白鸭和攸县麻鸭之间遗传距离最大。38种单倍型系统发生研究表明,8种家鸭都单一地起源于绿头鸭。 相似文献
3.
华东地区家鸭资源群体的遗传结构分析 总被引：4，自引：1，他引：3
本实验通过微卫星标记技术对我国华东地区9个家鸭资源群体（微山麻鸭、巢湖麻鸭、绍兴鸭、高邮鸭、大余鸭、金定鸭、连城白鸭、莆田黑鸭、山麻鸭）的遗传结构进行了评估。结果表明：9个品种的平均杂合度都较高，最低的为金定鸭，最高的为山麻鸭，杂合度范围为0.5137～0.6055，群体平均杂合度为0.5523，反映了各鸭种的杂合度都较高，遗传多样性丰富；华东区各鸭种间存在较大的遗传分化，25.65%的遗传变异来源于品种间的差异，更进一步反映了各品种具有本品种特征特性的多样性；通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远，分化时间较长；NJ聚类结果将华东区家鸭资源聚为4类，NJ的聚类结果分析与几个鸭品种的地域分布和经济用途有一定关系。研究结果充分反映了华东区家鸭资源的遗传结构，对促进资源优势向经济优势的转化具有重要科学意义。 相似文献
4.
甘肃境内6个牦牛群体微卫星标记遗传多样性及遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究甘肃境内牦牛(Bos grunniens)群体的遗传多样性和遗传结构,促进甘肃境内牦牛群体遗传资源的合理利用和保护,研究采用微卫星标记技术检测了甘肃境内6个牦牛群体(240头个体)15个微卫星座位的等位基因。结果共检测到了146个等位基因,其中在玛曲牦牛群体检测到的等位基因数最多(106个),天祝白牦牛群体最少(74个)。期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)的分析结果表明,6个牦牛群体中来自于合作市的3个牦牛群体的遗传多样性较丰富,而天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传多样性相对较低。DA遗传距离和Nei氏标准遗传距离(DS)的分析结果以及DA和DS遗传距离构建的NJ系统树的分析结构均表明,玛曲牦牛、碌曲牦牛和夏河牦牛群体具有较近的亲缘关系,说明这3个群体可能具有相同的原始祖先。天祝白牦牛、肃南牦牛和天祝牦牛群体的遗传距离较近,另为一类,可能来源于相同的原始祖先。主成分分析和遗传结构推导分析的结果与系统树的分类结果一致,研究将甘肃境内的6个牦牛群体分为两个类群,分类结果与其地理分布具有一致性。 相似文献
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EST-SSR标记对我国斑点叉尾(鲴)种质资源的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体(P1984)、福建与辽宁的1997年群体(P1997)、湖南的2004年群体(P2004)和福建的1984年与1997年群体杂交的F.代群体(P8497)等4个斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)养殖群体的遗传多样性进行了研究.结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数(A)为3.00～3.40,平均有效等位基因数(Ae)为1.95～2.30,平均观察杂合度(Ho)为0.4768～0.5982,平均期望杂合度(He)为0.4913～0.5695,平均多态信息含量(PIC)为0.4113～0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平.根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远.4个群体有18.75%的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好.F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态.群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间. 相似文献
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秦巴山区黄牛群体的微卫星DNA遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为分析秦巴山区西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛4个黄牛(Bos taurus)品种的遗传多样性,本研究以蜀宣花牛和郏县红牛作对照,利用12对微卫星引物对6个黄牛品种的289头黄牛个体进行了遗传多样性检测,统计了各品种的等位基因及频率、有效等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量及各群体间遗传距离,并对其进行聚类分析.结果表明,6个黄牛品种在12个微卫星位点共发现110个等位基因,等位基因频率为0.001 6～0.517 3,总群体各位点平均有效等位基因数为2.787 7～7.132 6;各位点多态信息含量为0.5192～0.895 3;平均杂合度为0.667 2～0.724 1.群体间发现特有等位基因11个,基因频率为0.008 1～0.381 6;优势等位基因(P＞0.4) 19个,基因频率为0.403 2～0.820 0;共有等位基因41个,占全部等位基因的37.27％,仅有13个共有等位基因为优势等位基因(P＞0.4),占37.71％.群体间Nei's遗传一致度为0.596 5～0.840 8,标准遗传距离(Ds)为0.173 5～0.524 7.聚类分析结果显示,6个黄牛品种聚为3类,陨巴牛与宣汉牛首先聚在一起,然后同西镇牛聚在一类;赤崖牛与郏县红牛聚为一类;蜀宣花牛自成一类.研究结果表明,12对微卫星标记可用于秦巴山区黄牛遗传多样性的分析,秦巴山区各黄牛品种遗传多样性丰富,选育程度不同,4个黄牛品种虽然地理分布格局相近,自然环境相似,但亲缘关系并非相近,应为来源不同的品种.因此,西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛不宜合并为1个品种.本研究所揭示的秦巴山区黄牛品种的遗传分化特点及亲缘关系,为研究品种的遗传共适应特点,预测杂交优势,制定育种战略等提供了科学依据. 相似文献
7.
为了解斑鳠(Mystus guttatus)不同地理种群之间的遗传分化程度,基于RAPD技术,分析了珠江水系西江段野生斑鳠的遗传多样性。利用20个随机引物对30个斑鳠个体的基因组DNA进行了PCR扩增,共扩增出3210条DNA片段,平均每个个体扩增出107条带。在检测到的107个位点中,多态位点数为48个,占44.9%,仅有一个引物S30没有扩增出多态带。个体间最大的遗传距离0.2804,最小的遗传距离0.0467,平均遗传距离0.1526±0.037,种群内个体间平均的相似率为84.7±3.7%。 相似文献
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利用微卫星标记分析边鸡遗传多样性及保种效果 总被引：2，自引：0，他引：2
利用21个微卫星标记对2个世代(0世代和1世代)的边鸡(Gallus gallus)群体的遗传结构进行检测,同时通过分析世代间遗传差异检测保种效果.结果表明,21个微卫星标记在2个世代的边鸡群体中共检测到122个等位基因,其中102个为两个世代所共有,19个为0世代所特有.0世代和1世代的边鸡群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5473和0.5437;平均期望杂合度分别(He)为0.5967和0.6009;近交系数(Fis)分别为0.233和0.134.反映边鸡群体的遗传多样性较丰富,经过一个世代的选育,PIC和He两个指标维持在原有水平,而群体的近交系数有所下降,说明采用的保种方法很好地保存了边鸡的遗传多样性,同时避免了近交程度过高而导致群体出现近交衰退. 相似文献
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89份大麦遗传多样性分析及其网斑病抗性位点相关SSR标记筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
大麦网斑病是大麦(Hordeum vulgare)主要病害之一,由网斑病菌(Pyrenophora teres)引起.近年来网斑病在我国大麦产区发生并流行,网斑病之所以在我国各大麦产区发生并流行,主要是由于生产中缺乏抗网斑病品种.为分析大麦种质材料遗传多样性,筛选与大麦抗网斑病性状相关联的SSR标记,本研究利用70对品种间表现多态性的SSR标记对89个大麦品种(系)进行分析.结果显示,70个SSR标记共检测出302个等位变异,平均4.31个,变幅为2～8个;等位基因频率为0.141 2～0.916 7;基因多样性和遗传相似系数的变化范围分别是0.103 9～0.894 4和0.520～0.873;多态性信息含量(polymorphic informationcontent,PIC)为0.098 5～0.884 6,平均为0.537.群体遗传结构分析表明,供试大麦亲本材料可分为2个亚群,群体遗传相似系数变幅为0.635～0.895.品种美41/I和美43/I的遗传相似系数最高,为0.895.根据一般线性模型(general linear model,GLM)分析,发现5个与大麦抗网斑病相关的标记,解释率在7.2％～22.4％之间,标记Bmac29和Bmag0613关联达到极显著水平(P＜0.01),对表型变异的解释率为分别为10.7％和22.4％.本研究为大麦网斑病抗病育种提供了一定理论依据. 相似文献
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为深入了解番茄种质资源的遗传多样性,运用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)技术,利用前期筛选出的60对多态性较高的单核苷酸多态性标记(SNP),对收集的504份番茄种质资源进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,60个SNP分子标记共检测到181个等位基因,基因多样性平均值为0.450,期望杂合率(He)平均值为0.069,多态性信息值(PIC)变化范围为0.171~0.583,平均值为0.381。在遗传距离为0.36时,504份番茄材料被划分为7个类群,各材料间的平均遗传距离为0.62;根据主成分分析结果将群体分为3个类群;基于SNP标记对参试材料进行群体结构分析,在K=3时,504份番茄种质资源被划分为3类。本研究筛选出的60对SNP标记的多态性为中度偏高,番茄种质资源遗传多样性较丰富,可为后续宁夏地区番茄的核心种质构建及种质资源的有效利用提供理论依据。 相似文献
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采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。 相似文献
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为了保证连城白鸭养殖生产流程的质量安全,本文运用畜禽疫病防控体系规范白鸭养殖生产流程,采用Bs模式结构体系,构建覆盖从白鸭育种、育雏、养殖、检疫、供料供药、屠宰、加工、冷库、运输流通、销售等各个环节的质量安全可追溯系统。系统对连城白鸭质量安全控制的关键环节信息进行追溯,为白鸭质量安全监控提供良好的操作平台。 相似文献
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对已构建的鸭瘟病毒（DPV）DNA基因文库重组质粒序列测序后,结合ORF Finder和BLAST工具分析得到了DPVUL28基因的开放阅读框。PCR扩增后将其连接至pMD18-T克隆载体,获得完整基因。经测序、PCR和双酶切鉴定,进一步用核酸探针斑点杂交确认完整片段（ORF2412）属于DPVDNA（GenBank登录号EF643557）。运用生物信息学分析软件NNPPversion2.2、Translate tool、DNAStar等分析序列特性,并用EMBOSS软件包的CHIPS和CUSP程序分析密码子使用情况。结果显示,其具有疱疹病毒_UL28类似家族成员的典型特征,包含1个保守结构域：疱疹病毒加工和组装蛋白（PRTP）,并含有多个与功能相关的磷酸化和N-糖基化位点,编码多肽疏水区大于亲水区,是一种膜外蛋白。DPVUL28基因与禽类疱疹病毒（α-疱疹病毒）的亲缘关系最近。UL28基因在密码子选择使用上显示出较强的偏爱性。 相似文献
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根据GenBank发表的鸭IL-18 cDNA基因序列，设计、合成一对引物，直接从成年麻鸭脾淋巴细胞提取总RNA，经反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增麻鸭IL-18成熟蛋白基因，扩增产物进行了T-A克隆、测序，获得了麻鸭IL-18成熟蛋白基因全序列，其大小为513 bp，编码一条由170个氨基酸残基组成的多肽。将该基因片段亚克隆到原核表达载体pQE30，构建重组表达质粒pQE30-mDuIL18，转化大肠杆菌M15，并用IPTG 诱导。重组菌菌体裂解物经SDS-PAGE可检测到相对分子质量为19.76 Ku的重组蛋白，Western blotting证实该重组蛋白可与兔抗鸡IL-18血清发生特异性反应。表达产物以包涵体形式存在，包涵体经变性、复性处理后进行鸭T淋巴细胞转化试验表明，重组蛋白具有明显促进鸭T细胞转化的生物学活性。用mDuIL-18（150 ng or 200 ng /鸭）和AIV 疫苗免疫鸭2周后，HI抗体平均滴度达到7.5–7.7 log 2 ，而只用AIV 疫苗免疫和用mDuIL-18（100 ng /鸭）和AIV 疫苗免疫的HI抗体平均滴度仅达到6.3–6.6 log 2，表明mDuIL-18提高AIV灭活油乳苗诱导的免疫应答。这为研究鸭IL-18结构和生物学应用，以及研制新型免疫佐剂和免疫调节剂奠定基础。 相似文献
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福鼎大白茶和云南大叶茶是茶树育种中的骨干亲本,利用这两个亲本选育了许多优良的品种（系）。本研究利用ISSR标记技术分析了40个福云（半）同胞系茶树品种（系）的遗传变异水平和亲缘关系。14个ISSR引物在供试品种（系）间共扩增出251条谱带,多态性条带的比率为96.4％。引物的PIC值平均为0.94,Rp值平均为29.35,表明引物扩增位点的高多态性和对品种的强辨别能力。40份供试品种（系）的基因多样性指数（H）为0.35,Shannon信息指数（I）为0.52。按母本来源和育种机构对供试品种（系）进行分组分析,结果表明不同品种（系）组间的遗传多样性水平比较接近,遗传变异主要存在于组内品种（系）的个体之间,不同组间基因交流明显。供试品种（系）间的相似系数介于0.52-0.75,根据相似系数矩阵按UPGMA法对40个供试品种（系）进行聚类分析,构建了不同品种（系）间的亲缘关系树状图。福鼎大白茶在树状图中形成单独的分支,在树状图的根基处,其它品种（系）根据遗传距离聚类成不同的类群。来源于同一育种单位的部分茶树品种（系）聚类在同一类群中,但未发现按母本来源区分的独立类群。总之,通过ISSR标记分析,可在基因组水平上进一步了解福云（半）同胞系茶树品种（系）间的遗传变异水平,并进一步明确其亲缘关系,为今后福云（半）同胞系在茶树育种上的有效利用提供依据。 相似文献
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鸭呼肠孤病毒基因Ⅰ型与Ⅱ型鉴别诊断RT-PCR方法的建立与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
临床发病鸭(Anas platyrhynchos domestica)群中存在两种基因型鸭呼肠孤病毒(Duck reovirus,DRV)的感染.为建立一种能鉴别诊断DRV Ⅰ型(classical DRV,C-DRV)与Ⅱ型(novel DRV,N-DRV)的一步法RT-PCR检测方法,本研究通过对GenBank已公布的现有C-DRV和N-DRV S1和S4基因片段序列进行比对分析,设计合成两对特异性引物,并对引物浓度、退火温度和循环次数等扩增条件进行优化,建立一种能鉴别诊断C-DRV和N-DRV的一步法RT-PCR检测方法.结果表明,一步法RT-PCR最佳的反应体系为:PrimeScript 1 Step Enzyme Mix 1μL,2×1 Step Buffer 12.5μL,RNA模板1.5μμL,上下游引物(20μmol/L)各1μL,RNase Free dH2O补足25 μL;最佳反应条件:50℃反转录30 min;94℃预变性2 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸30 s,共30个循环.该方法可从C-DRV和N-DRV基因组中扩增出大小分别为249和505 bp单一特异性片段,从两种病毒基因组混合物中可同时扩增出两条特异性片段,而对鸭源常见病毒及正常细胞基因组在同等条件下检测均为阴性;该方法具有较高的敏感性,其最低病毒检出量分别为0.47和0.62个半数组织培养感染剂量(50％ tissue culture infective dose,TCID50);对不同代次、不同时间提取的病毒RNA样品重复检验3次,结果均一致.对浙江省2011～2015年采集的239份疑似临床病料进行检测,C-DRV与N-DRV的阳性率分别为2.5％(6/239)和31.4％(75/239);通过对阳性病料P10和P18扩增序列的测序也证实检测结果的准确性.本研究建立的双重一步法RT-PCR可以有效区分两种基因型DRV,且临床样品检测表明N-DRV是浙江省流行的优势基因型.本研究为鉴别诊断C-DRV与N-DRV提供了一个快速、灵敏性高及低成本的实验室诊断方法,该方法的建立可为DRV的分子流行病毒学调查提供有效的技术支持. 相似文献
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应用RT-PCR技术,直接从麻鸭(Tadorna ferruginea)脾淋巴细胞总RNA中扩增出麻鸭IL-18成熟蛋白(mDuIL-18)基因,克隆到pGEM-T Easy载体。测序结果表明获得了mDuIL-18基因,其大小为513bp,并将该基因亚克隆到原核表达载体pQE30。SDS-PAGE可检测到分子质量为19.76kD的重组蛋白,Western blot证实该重组蛋白可与兔抗鸡IL-18血清发生特异性反应。表达产物以包涵体形式存在,经变性和复性处理后明显促进鸭T细胞转化。用mDuIL-18(150或200ng/鸭)和禽流感病毒(AIV)疫苗免疫鸭2周后,血凝抑制(HI)抗体平均滴度达到7.5～7.7log2,而只用AIV疫苗免疫和用mDuIL-18(100ng/鸭)和AIV疫苗免疫的HI抗体平均滴度仅达到6.3～6.6log2,表明mDuIL-18提高AIV灭活油乳苗诱导的免疫应答。 相似文献