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1.
[目的]评估不同养殖阶段罗非鱼肠道及养殖环境中喹诺酮类耐药菌产生的风险,筛选出水产养殖耐药性监测指示菌,为建立科学的水产品耐药防控技术提供参考依据.[方法]选取萘啶酸(第一代)和恩诺沙星(第三代)2种喹诺酮类药物,通过平板计数法统计不同养殖阶段(苗种阶段、中间阶段及上市阶段)罗非鱼肠道及养殖环境(池塘水和底泥)中喹诺酮类耐药菌的数量及耐药率,然后采用高通量测序分析不同养殖阶段喹诺酮类耐药菌群的结构特征及组成变化.[结果]在不同养殖阶段罗非鱼肠道及其养殖环境中的细菌总数相对稳定,罗非鱼肠道的细菌总数维持在4.6×105~1.6×106 CFU/g,池塘水的细菌总数维持在5.2×103~2.1×104 CFU/g,池塘底泥的细菌总数维持在4.8×103~3.2×104 CFU/g.苗种阶段罗非鱼肠道菌群对萘啶酸和恩诺沙星的耐药率均高于中间阶段和上市阶段,分别为34.7%和19.0%.各养殖阶段的罗非鱼肠道及养殖环境优势菌群均以气单胞菌属、埃希菌—志贺氏菌属、鲸杆菌属、邻单胞菌属、芽孢杆菌属和肠杆菌属细菌为主.随着养殖阶段的推移,罗非鱼肠道中的气单胞菌属相对丰度呈下降趋势,而鲸杆菌属呈上升趋势;而养殖环境中的菌群结构无明显规律性变化.在罗非鱼肠道及养殖环境喹诺酮类耐药菌群中,埃希菌—志贺氏菌属和气单胞菌属的相对丰度较高,且随着养殖阶段的推移呈不同程度上升趋势.[结论]罗非鱼养殖的耐药风险主要集中在养殖前期阶段,埃希菌属和气单胞菌属是喹诺酮类耐药的主要菌群,应加强不同养殖阶段的饲养管理,减少病害发生以减轻抗菌药物使用带来的风险.此外,可选用埃希菌属和气单胞菌属作为水产养殖细菌耐药性监测的指示菌,实时监控喹诺酮类药物耐药性的产生与传播. 相似文献
2.
[目的]分析无乳链球菌对罗非鱼肠道菌群的影响,为揭示无乳链球菌与肠道菌群的相互作用机制提供参考依据.[方法]以无乳链球菌HN016强毒株的菌悬液经口灌胃吉富罗非鱼,采用实时荧光定量PCR及16S rRNA高通量测序技术分析无乳链球菌在罗非鱼肠道中的定植情况及对罗非鱼肠道菌群结构和多样性的影响.[结果]口服无乳链球菌HN016菌悬液的罗非鱼在24 h后出现链球菌病的典型症状,至口服后第3 d试验组罗非鱼全部死亡;口服12 h后罗非鱼肠道内的无乳链球菌HN016强毒株数量达峰值,但口服24 h后其数量显著下降(P<0.05).口服无乳链球菌HN016菌悬液后罗非鱼肠道样品OTUs的数量和种类发生明显变化,表现为口服12 h后引起罗非鱼肠道菌群多样性明显降低,但口服24 h后出现反弹并高于初始水平,且肠道菌群多样性与无乳链球菌HN016强毒株在肠道中的含量呈明显负相关.口服无乳链球菌HN016菌悬液引起罗非鱼肠道菌群构成比例发生明显变化,门水平上排名前10位的变形菌门、拟杆菌门、广古菌门、互养菌门和软壁菌门细菌所占比例上升,厚壁菌门、梭菌门、放线菌门、奇古菌门和螺旋体门所占比例则呈下降趋势;在属水平上表现为罗非鱼肠道菌群排名前10位的优势菌属除了拟杆菌属和不动杆菌属呈上升趋势外,其他菌属如鲸杆菌属、乳球菌属和丙酸菌属等均呈下降趋势,即罗非鱼大部分肠道优势菌群已受到无乳链球菌HN016强毒株的抑制.[结论]无乳链球菌感染罗非鱼后肠道菌群构成及其多样性明显改变,可引起致病菌爱德华氏菌属和假单胞菌属细菌比例的增加,同时引起鲸杆菌属、丙酸菌属和乳球菌属等肠道有益细菌比例的减少,故推测迟缓爱德华氏菌和荧光假单胞菌继发感染在罗非鱼链球菌病的发生发展过程中起重要作用. 相似文献
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为研究多鳞白甲鱼肠道微生物菌群组成及其多样性,采用16S rRNA高通量测序对野生多鳞白甲鱼以及养殖成年健康多鳞白甲鱼肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明:不同环境多鳞白甲鱼肠道内容物样品间OTU个数具有一定差别。多鳞白甲鱼肠道菌群主要包括:变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。野生样品中优势菌群主要是鲸杆菌属(Cetobacterium),养殖样品中优势菌群主要是乳杆菌属(Lactobacillus)。主成分分析则发现,野生多鳞白甲鱼的肠道微生物群落与人工养殖多鳞白甲鱼具有差异。以上结果说明:不同环境间多鳞白甲鱼肠道微生物群落组成及多样性存在差异。 相似文献
4.
运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。 相似文献
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凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症病虾与健康虾肠道优势菌群比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究急性肝胰腺坏死综合征(Acute hepatopancreatic necrosis syndrome,AHPNS)病原对凡纳滨对虾肠道菌群的影响,获取更多的AHPNS防治基础资料,采用PCR-RFLP方法比较了江苏地区患AHPNS病虾和健康对虾肠道微生物群落。结果发现,不同生长阶段病虾肠道中均只有弧菌属细菌;对照的健康对虾中,幼虾肠道优势菌为假单胞菌属、食酸菌属和固氮螺菌属细菌;养殖中期对虾肠道优势菌为发光杆菌属、弧菌属和希瓦氏菌属细菌;养殖后期对虾肠道优势菌为弧菌属、红杆菌属、莱茵海默氏菌属细菌。研究结果表明,凡纳滨对虾患AHPNS后肠道微生物群落明显不同于健康对虾,肠道菌群多样性遭到破坏,弧菌为肠道内绝对优势细菌,不同生长阶段健康对虾的肠道优势菌存在差异。本研究探究了AHPNS病原对于凡纳滨对虾肠道菌群的影响,并为认识和防控AHPNS提供试验基础。 相似文献
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人工养殖对虾肠道内可培养细菌数量及组成分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表明这些优势菌分别属于乳球菌属(Lactococcus sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、发光杆菌属(Photobacterium sp.)、希瓦氏菌属(Shewanella sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微小杆菌属(Microbacterium sp.)。凡纳滨对虾和中国明对虾均有样品检测为WSSV阳性,6批次WSSV阳性对虾样品中均检测到弧菌属细菌,占可培养细菌比例为33%~93.58%。2批次WSSV阳性对虾样品中检测到希瓦氏菌属细菌,占可培养细菌比例为21.67%~34.21%。4批次WSSV阳性对虾样品中检测到发光杆菌属细菌,占可培养细菌比例为21.03%~66.83%。 相似文献
7.
[目的]揭示群体感应淬灭作用与宿主肠道菌群结构间的作用关系,为具有群体感应淬灭作用益生菌及其淬灭酶在水产养殖上的推广应用提供理论依据.[方法]选取30尾规格为25±1 g/尾的草鱼随机分为对照组和试验组,试验组每尾草鱼腹腔注射100μL溶解稀释后的YtnP(25μg/mL),对照组每尾草鱼腹腔注射等量的300 mmol/L分子筛缓冲液,分别在注射后24和48 h采集草鱼前肠、中肠和后肠的肠道组织及内容物,提取各肠段总DNA及PCR扩增16S rRNA序列V3~V4可变区,然后基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析外源添加YtnP对草鱼肠道菌群多样性与丰度的影响.[结果]12份草鱼肠道样品测序共获得原始序列(Raw reads)660205条,有效序列(Valid reads)416614条;对照组和试验组样品的OTU数目分别为142±102和143±67个.在门分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道优势菌群均为放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);相对于对照组,试验组草鱼肠道中浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度显著增加(P<0.05,下同),放线菌门、梭杆菌门和变形菌门的相对丰度也呈升高趋势,但差异不显著(P>0.05,下同),厚壁菌门、TM7和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度则呈下降趋势.在属分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道均以鲸杆菌属(Cetobacterium)和诺卡氏菌属(Nocardia)为优势菌群;相对于对照组,试验组草鱼肠道中鲸杆菌属相对丰度呈升高趋势、诺卡氏菌属相对丰度呈下降趋势,但变化差异均不显著,未特指微杆菌属(Unspecified_Microbacteriaceae)相对丰度则显著增加.草鱼肠道菌群结构Alpha多样性分析发现,试验组样品的Chao1和ACE指数低于对照组样品,Shannon和Simpson指数略高于对照组样品,但差异均不显著;Beta多样性分析结果显示,对照组与试验组间的菌群特点存在差异,且组间区分效果明显.[结论]外源添加YtnP不会导致草鱼肠道优势菌群种类发生明显变化,但能在一定程度影响肠道菌群的相对丰度. 相似文献
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为确定赤眼鳟肠道菌群结构和潜在功能，本实验采用16S rRNA测序技术分析健康的赤眼鳟肠道微生物群落结构和潜在功能。结果表明，赤眼鳟肠道菌群在门、属、种水平上的优势菌分别是放线菌门（Actinobacteri）、厚壁菌门（Firmicutes）等，绿丝菌属（Chloronema）、醋酸杆菌属（Cetobacterium）等和索氏鲸杆菌（Somerae）、邻单胞菌（Shigelloides）等；KEGG通路L1、L2、L3水平最富集的分别是新陈代谢（73.09%）、碳水化合物代谢（11.26%）和萜类和类固醇的生物合成（1.99%）。赤眼鳟肠道菌群与其他鱼类有共性也有个性，为赤眼鳟的健康养殖提供参考。 相似文献
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兽用抗生素的广泛使用引起肠道细菌严重的抗药性和菌群生态紊乱,并可能导致抗药性人畜共患病原菌的传播,给公共卫生带来严峻挑战,因此通过粪菌移植从动物源头降低肠道菌群的抗药性势在必行。本试验首先通过16S rDNA高通量测序技术比较粪菌移植供体SPF蛋鸡及普通商品肉鸡的粪便菌群,然后经泄殖腔滴注方式接种1日龄SPF雏鸡,于7日龄和35日龄测定移植后受体粪便菌群的微生物组,用琼脂稀释法测定移植前后肠道指示菌株大肠杆菌的抗药性水平。结果表明,商品肉鸡粪便菌群拥有更高的多样性,而SPF蛋鸡粪便菌群组成更为均一。除了共同拥有较多的厚壁菌门细菌,商品肉鸡还含有较多的拟杆菌门细菌而SPF蛋鸡则含有较多的变形菌门细菌。在属水平上,商品肉鸡的优势菌属是粪栖杆菌属、拟杆菌属和别样杆菌属,而SPF蛋鸡的优势菌属为肠球菌属、埃希-志贺菌属以及克雷伯氏杆菌属。药敏试验结果表明,SPF蛋鸡拥有对抗生素极为敏感的菌群,商品肉鸡拥有较高的抗生素抗药性菌群。将两组粪便菌群移植给新生雏鸡后,抗药性水平得到传递。该结果说明通过SPF鸡粪菌移植雏鸡,能安全地从源头降低肠道菌群抗药性,抵抗家禽养殖环境中高抗药性病原菌的侵害,为遏制动物源细菌抗药性提供一种新的解决方法。 相似文献
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禽－鱼立体混合养殖是全球罗非鱼养殖的一种重要模式．由于该模式可能存在着致病菌由禽向鱼类沿养殖链和食物链传递的风险,被认为会对罗非鱼的健康养殖造成危害,但目前缺乏相应的理论依据．通过连续采集某鹅－鱼养殖场中罗非鱼鳃、鹅粪便、池塘水体及底泥样品,采用高通量测序技术检测了其中的菌群结构及多样性,结果发现,在５次采集的鱼鳃、鹅粪便、池塘水及底泥样品中,平均分别鉴定到细菌２２门和１６９属、２７门和１７６属、３８门和２０６属、６０门和２０５属,菌群丰富度最高的为底泥样品（Ｓｈａｎｎｏｎ指数６.６４）．在门水平,鱼鳃、底泥、池塘水的菌群组成较稳定,其优势菌群依次为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和蓝藻门．鹅粪便则在随时间变化差异较大．在属水平,鹅粪便和鱼鳃上没有发现共同的致病菌．但值得注意的是,鹅粪便中含有众多病原菌如不动杆菌属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、梭杆菌属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、梭菌属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）和空肠弯曲菌属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）．鱼鳃上则发现有丰富的乳酸杆菌属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、土芽孢杆菌属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ）和芽孢杆菌属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）等有益菌,同时也有假单胞菌属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）和链球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）等病原菌．底泥中发现的大部分细菌为厌氧菌,如脱氯单胞菌属（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、厌氧粘细菌属（Ａｎａｅｒｏｍｙｘｏｂａｃｔｅｒ）和地杆菌属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ）．β-多样性分析表明,不同来源样品的细菌组成相似性很小．结果表明立体养殖池塘中各类样品的菌群组成在属水平差别较大;没有直接证据表明,病原菌会由鹅水平转移至罗非鱼． 相似文献
11.
为研究饲料中添加壳寡糖对刺参Apostichopus japonicus肠壁菌群的影响,在刺参基础饲料中分别添加0.25%(G1)、0.50%(G2)、0.75%(G3)和1.00%(G4)的壳寡糖,另设对照组(G0),养殖50 d后采集各组刺参幼参(5.03 g±0.03 g)肠壁样品,并采用高通量测序技术分析刺参肠壁菌群结构特征。结果表明:壳寡糖添加组刺参肠壁的细菌多样性和丰度均高于对照组;各组样品肠壁优势菌门均为变形菌门和厚壁菌门;壳寡糖对刺参肠壁菌群组成产生了明显影响,对照组优势菌属为希瓦氏菌属Shewanella,而壳寡糖添加组希瓦氏菌属的相对比例均下降,对照组芽孢杆菌属Bacillus的相对比例较低,而壳寡糖添加组芽孢杆菌属的相对比例均较高或成为优势菌属;1.00%壳寡糖组各类菌属相对比例均较低,高浓度壳寡糖出现抑制现象。研究表明,饲料中添加壳寡糖可提高刺参肠壁细菌多样性和丰度,明显改善刺参肠壁菌群结构。 相似文献
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【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚球藻属等细菌。【结论】南美白对虾养殖底泥中细菌多样性丰富。 相似文献
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大弹涂鱼肠道细菌学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对大弹涂鱼肠道菌群数量和种类组成进行了分析.从其肠道中分离出102株细菌,它们分别属于哈夫尼亚菌属(Hafnia)、发光杆菌属(Photobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、致病杆菌属(Xenorbabdus)、柠檬酸菌属(Citrobater)、假单胞杆菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、弧菌属(Vibrio)、葡萄球菌属(Staphyolcoccus)和链球菌属(Strooptococus);其中哈夫尼亚菌属、发光杆菌属、气单胞菌属和芽孢杆菌属为优势菌群. 相似文献
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为探究不同生活环境下锦鲤肠道微生物的差异,本研究采用16S rRNA高通量测序技术对野生和养殖锦鲤肠道微生物组成进行分析。结果表明,锦鲤肠道微生物中的优势门为变形菌门（Proteobacteria,29.81%）、蓝细菌门（Cyanobacteria,25.57%）、绿弯菌门（Chloroflexi,18.16%）;不同环境下锦鲤肠道菌群在数量和群落结构上都有明显差异,在属水平上,养殖环境下优势菌属有红细菌属（Rhodobacter）、藤黄色杆菌属（Luteolibacter）、泉发菌属（Crenothrix）,野生环境下优势菌属有绿丝菌属（Chloronema）、纤发鞘丝蓝细菌属（Leptolyngbya）、暖绳菌属（Caldilinea）;在种水平上,养殖环境下优势菌有Methylobacteriumadhaesivum、琥珀黄杆菌（Flavobacterium succinicans）、胭脂甲杆菌（Methylobacterium komagatae）、湖泊玫瑰单胞菌（Roseomonas lacus）;野生环境下优势菌有空腔污水球菌（Defluviicoccus vanus）、... 相似文献
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选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。 相似文献
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[目的]探究室内培育卤虫的成虫肠道菌群组成及结构特征,为开展人工健康养殖卤虫提供参考依据.[方法]选取俄罗斯鄂木斯克地区及我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫卵进行孵化,人工养殖至成虫期后采用16S rDNA高通量测序技术分析不同产地卤虫肠道内的菌群组成及结构特征.[结果]Illumina MiSeq测序共得到481096条有效序列,平均每个样品有53455条有效序列.变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为不同产地卤虫肠道内的优势菌群,其在肠道菌群内的相对丰度均在97.0%以上.不同产地卤虫肠道菌群的共有OTU为291个,共有OTU对应序列数占不同产地卤虫总序列数的95.04%.其中,假单胞杆菌属(Pseudomonas)有29个OTUs,其对应序列数占总序列数的31.25%;盐单胞杆菌属(Halomonas)有15个OTUs,其对应序列数占总序列数的16.44%;交替赤杆菌属(Altererythrobacter)有9个OTUs,其对应序列数占总序列数的12.00%.不同产地的卤虫肠道菌群也存在一定差异,交替赤杆菌属和列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)在俄罗斯鄂木斯克卤虫肠道内的相对丰度显著高于我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫(P<0.05,下同),微小杆菌属(Exiguobacterium)在我国巴里坤卤虫肠道内的相对丰度显著高于俄罗斯鄂木斯克地区和我国渤海湾产地的卤虫,而Idiomarina属仅在我国渤海湾卤虫肠道菌群中出现.[结论]卤虫肠道菌群构成与其生存的水体环境和摄食的饵料相关,因此可通过调整养殖水体环境和投喂饵料的一致性以提高肠道共有菌群的比例.卤虫肠道中参与食物消化吸收的有益菌群可作为今后研究卤虫生长机制的靶菌群. 相似文献
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为研究饲料中添加新型蛋白源鸡肠粉对鲤(Cyprinus carpio)肠道菌群的影响，选取初始体重为(57.30±0.10)g的鲤150尾，随机分为5组，每组10尾鱼，分别投喂鸡肠粉添加量为0%(D1组)、5%(D2组)、10%(D3组)、15%(D4组)、100%(D5组)的试验饲料，进行56 d养殖试验。饲养结束后，采集肠道样品，基于Illumina Miseq PE300平台进行高通量测序。结果表明，饲料中添加10%和15%的鸡肠粉降低了鲤肠道菌群的多样性，但具有改善肠道菌群结构的效果。D3、D4组α多样性显著低于D1组(P<0.05)。D3组降低了变形菌门(Proteobacteria)和邻单孢菌属(Plesiomonas)相对丰度，D3、D4组鲸杆菌属(Cetobacterium)和气单孢属(Aeromonas)相对丰度升高。表明在鸡肠粉添加量为10%时，鲤肠道致病菌相对丰度最低，有益菌相对丰度最高，对鲤肠道菌群结构有最好的改善作用。 相似文献
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稻蟹共作与蟹单作模式下中华绒螯蟹肠道及养殖环境细菌群落组成比较 总被引：3，自引：1，他引：2
为分析稻蟹共作和蟹单作模式下中华绒螯蟹肠道及养殖环境细菌群落组成的差异,利用Miseq平台对微生物16S rRNA基因V4区高通量测序,比较分析两种模式下的细菌群落变化。结果显示:两种模式下具有显著差异(P0.05)菌门,肠道中为酸杆菌门(Acidobacteria)和互养菌门(Synergistetes);水体中为拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和Armatimonadetes菌门;底泥中为浮霉菌门(Planctomycetes)。两种模式下具有显著差异(P0.05)菌属,肠道中有14个,水体中有18个,底泥中有13个。稻蟹共作与蟹单作肠道、水体、底泥的Chao、ACE丰富度指数,以及Shannon和Simpson多样性指数差异不显著。通过对两种模式下水体、土壤及肠道中具有显著差异(P0.05)的分支杆菌属(Mycobacterium)、红杆菌属(Rhodobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、硝化螺旋菌属(Nitrospira),蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、柔膜菌门(Tenericutes)和厚壁菌门(Firmicutes)比较分析后发现:一些厌氧、高亚硝酸盐环境下的常见优势菌属在蟹单作水体、土壤中的丰度显著高于稻蟹共作,稻蟹共作条件下养殖河蟹的肠道微生物构成上更接近野生河蟹,其肠道细菌群落特点也反映出共作养殖环境优于单作模式,且有利于河蟹生长。 相似文献
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运用Miseq高通量测序技术，分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中，高密度组的丰富度和多样性均最高，丰富度随放养密度的增大而增加，而在生物絮团菌群中，高密度组的丰富度最低；在门水平上，肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主，但丰度差异较大；在属水平上，优势菌属的组成和所占比例明显不同，梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在，Coccinimonas仅在絮团样本中存在；肠道样本中，中密度组弧菌属的相对丰度最小，为5.23%，高密度组弧菌属的相对丰度最大，为23.39%，絮团样本中，低密度组弧菌属的相对丰度最大，为16.15%，中、高密度弧菌属的相对丰度均较小，分别为5.51%和4.20%；随养殖密度增大，肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小，分别为1.36%、0.41%、0.02%，而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见，生物絮团养殖模式下，养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。 相似文献