总状毛霉丝氨酸蛋白酶基因结构和功能的生物信息学分析     

柯野  曾松荣  郑秋桦 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2012,(4):370-376

利用PCR和RACE(cDNA末端快速扩增)技术从总状毛霉中克隆获得1个丝氨酸蛋白酶新基因,利用生物信息学方法对该基因序列、编码的酶序列以及酶性质和结构进行预测。结果表明:该基因编码区序列长1 421bp,由3个外显子和2个内含子组成,编码由429个氨基酸残基组成的多肽;对该多肽的组成和进化分析表明,其成熟肽属于蛋白酶K家族的胞外蛋白酶;通过同源建模结构分析表明,该酶没有二硫键,有152个氢键和29个盐键,酶的Glu190、Ala192和Asp215残基与一个Ca2+相结合,酶活性位点残基Asp44和Ser241溶剂可及表面积较大,分别达到0.211 42和3.309 32;该酶的底物结合区域中,S1和S4口袋结构明显,S2次之,S3最不明显,部分组成S1和S4口袋的氨基酸残基不保守,这可能使该酶具有独特的水解性。上述结果可为该蛋白酶基因的异源表达和结构与功能关系等方面的研究提供参考。  相似文献   

微型番茄中番茄红素β-环化酶基因克隆与鉴定     

《仲恺农业工程学院学报》2016,(3)

根据Gen Bank DNA数据库序列信息设计引物,通过PCR扩增了Micro-Tom番茄(Lycopersicon esculentum)中编码番茄红素β-环化酶的Lcy B1、Lcy B2和Cyc B等3个基因序列,并对其进行了BLAST及多重排比分析.结果表明:Lcy B1和Lcy B2基因编码的叶绿体特异定位番茄红素β-环化酶分别位于第4和第10染色体,Cyc B基因编码的有色体特异定位番茄红素β-环化酶位于第6染色体.Lcy B2与Lcy B1基因核苷酸序列的同源性达84.4%,Cyc B与Lcy B1、Lcy B2核苷酸序列的同源性分别为59.3%和58.5%;Lcy B2与Lcy B1蛋白氨基酸序列的同源性达87.2%,Cyc B与Lcy B1、Lcy B2氨基酸序列的同源性分别为51.6%和51.8%.Lcy B1与Lcy B2在系统进化上亲缘关系更近.Lcy B1和Lcy B2蛋白均有一个由其N端81个氨基酸残基组成的叶绿体定位转运肽,Cyc B蛋白有一个由其N端83个氨基酸残基组成的有色体定位转运肽.  相似文献   

鸡传染性支气管炎病毒变异株DB4的分离鉴定   总被引：3，自引：0，他引：3  

崔德凤  阮文科  张永红  李焕荣  甄晶晶  袁雪琴  杨桂梅 《北京农学院学报》2007,22(3):32-34

从东北养鸡场分离到DB4鸡传染性支气管炎病毒毒株,对其进行了动物回归、生物学特性、电镜观察与S1基因的序列分析等研究。结果表明：DB4能够凝集鸡的红细胞,形态为典型的冠状病毒粒子,鸡胚半数感染量为10^-6.7 EID50,动物回归感染死亡鸡肾脏病变明显,表现肾脏肿大、花斑肾,DB4毒株S1基因由1620个核苷酸组成,推导的多肽由540个氨基酸残基组成,氨基酸切割识别位点序列为HRRRR,序列分析发现：DB4与国内疫苗株YM_W93和标准株M41氨基酸同源性分别为77．2％和77．3％,确定该分离毒株为致肾脏病变的变异型IBV。  相似文献   

小麦-黑麦1BL/1RS易位系99/2439中蛋白激酶基因的克隆     

王祖华  牛吉山 《安徽农业科学》2008,36(14):5823-5825

[目的]克隆和分析小麦受体蛋白激酶基因片段。[方法]对经白粉菌诱导24 h的小麦-黑麦1BL/1RS易位系99/2439叶片中cDNA进行5′-RACE,获得小麦受体蛋白激酶基因的部分片段,并分析其蛋白质序列同源性。[结果]通过RACE获得了长度为1 708bp的小麦受体蛋白激酶基因片段。该片段的氨基酸序列(S1125)与基因Lrk19在641个氨基酸跨度内有86%相同,91%相似。S1125与小麦抗锈病基因Lrk10在636个氨基酸跨度内有84%相同,88%相似。S1125可能为丝氨酸-苏氨酸激酶。[结论]所克隆的小麦蛋白激酶基因片段与Lrk19基因和小麦抗锈病基因Lrk10具有较高的同源性。  相似文献   

猪T细胞受体β链基因的克隆及生物信息学分析     

李玩生  刘磊  冯海燕  房永祥  景志忠 《甘肃农业大学学报》2010,45(3)

以GenBank上登载的猪的T细胞受体β(pTCR-β)基因为参考序列,用RT-PCR法从猪的外周血淋巴细胞中克隆了TCR-β链基因,并进行生物信息学分析.结果表明:pTCR-β基因含有一个完整的开放阅读框架(ORF),大小为849bp,编码283个氨基酸,且含有一段27个氨基酸的信号肽序列,与参考序列相比,在核苷酸序列上的同源性为80.4%,在氨基酸序列上的同源性为70.3%;生物信息学结构预测发现2个结构域,一个为IG结构域,由第32-138位共107个氨基酸残基组成;另一个为IG-LIKE结构域,由第164-211位共48个氨基酸残基组成.  相似文献   

鲮胰岛素样生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)cDNA的分子克隆和序列分析     

张殿昌  江世贵  苏天凤  蔡云川  许新萍 《上海海洋大学学报》2002,(2):97-101

采用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）方法，从鲮肝脏总RNA中扩增出胰岛素样生长因子-I（IGF-I）基因，克隆至质粒PUGm-T。测定该基因序列，推导其编码的蛋白质序列。克隆的鲮IGF-IcDNA编码序列包括信号肽、B、C、A、D和E6个区域，共161个氨基酸残基。与鲤IGF-I比较，信号肽由44个氨基酸残基组成比鲤少17个，成熟肽核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为95.2%和100%,E区域分析结果表明，克隆的鲮IGF-I序列属于IGF-I Ea-2亚型。  相似文献   

禽大肠杆菌O2、O78菌株外膜蛋白A基因扩增及序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

曹素芳黄青云  温纳相陈红英 《华南农业大学学报》2004,25(1):99-102

根据Genbank中大肠杆菌K-12外膜蛋白A基因的核苷酸序列设计引物,从禽大肠杆菌O为O2、O78及它们的融合株O2．78(Chl^rNor^r)中分别扩增得到外膜蛋白A基因(ompA),进行序列测定及分析发现3个菌株的ompA均由2276nt组成,核苷酸序列完全相同,只有一个大的开放性阅读框(ORF),长1041bp,编码由346个氨基酸组成的前外膜蛋白A(pro-OmpA),前21个氨基酸残基组成信号肽,成熟的OmpA由325个氨基酸残基组成,相对分子质量为37000．其氨基酸序列也完全相同．从基因水平上证明了禽大肠杆菌O2和O78菌株存在相同的外膜蛋白A抗原。  相似文献   

鲮胰岛素样生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)cDNA的分子克隆和序列分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

张殿昌  江世贵  苏天凤  蔡云川  许新萍 《上海水产大学学报》2002,11(2):97-101

采用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）方法，从鲮肝脏总RNA中扩增出胰岛素样生长因子-I（IGF-I）基因，克隆至质粒PUGm-T。测定该基因序列，推导其编码的蛋白质序列。克隆的鲮IGF-IcDNA编码序列包括信号肽、B、C、A、D和E6个区域，共161个氨基酸残基。与鲤IGF-I比较，信号肽由44个氨基酸残基组成比鲤少17个，成熟肽核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为95.2%和100%,E区域分析结果表明，克隆的鲮IGF-I序列属于IGF-I Ea-2亚型。  相似文献   

家蚕精氨酸激酶基因的克隆、基因结构与表达分析   总被引：6，自引：0，他引：6  

王华兵  徐豫松 《中国农业科学》2006,39(11):2354-2361

【目的】克隆家蚕精氨酸激酶基因，分析其基因结构与表达特性,为揭示无脊椎动物体内能量代谢调节规律提供重要基础。【方法】通过分析家蚕EST、利用RACE法和基因组文库筛选法克隆了家蚕精氨酸激酶（BmAK, Bombyx mori arginine kinase）基因,并对其基因结构和表达特性进行了分析。【结果】克隆了BmAK基因, cDNA全长为1 268bp,编码355个氨基酸，具有精氨酸激酶典型的酶活性部位氨基酸序列，酶活性中心位点氨基酸和能形成离子偶结构氨基酸；该基因由2个外显子和1个内含子组成；5′调控序列存在BRCZ、E74A、FTZ等多个潜在转录因子结合位点，但没有TATA盒启动子序列；该基因的表达在不同组织和不同发育时期存在明显差异。【结论】BmAK具有精氨酸激酶的典型特征，BmAK基因表达随发育时期不同而发生变化，基因的表达可能受蜕皮激素调控。  相似文献   

大刺鳅促黄体生成素基因克隆及其组织表达分析          下载免费PDF全文

黄小琪  钟东明  何佩莹  张明清  周惠强  舒琥 《南方农业学报》2020,51(7):1706-1713

[目的]克隆大刺鳅(Mastacembelus armatus)促黄体生成素(LH)基因及明确其表达规律,为进一步阐明LH基因在大刺鳅性腺发育过程中的生理功能及揭示大刺鳅的生殖调控机理提供参考依据.[方法]采用RACE克隆大刺鳅LH基因cDNA全长序列,从GenBank中选择硬骨鱼类、两栖动物、鸟类和哺乳动物等物种的LH氨基酸序列,通过ClustalX 2.1进行氨基酸序列比对,以MEGA 6.0中的邻接法(NJ)构建系统发育进化树,并应用实时荧光定量PCR检测分析大刺鳅LH基因在不同组织及不同性腺发育期的表达情况.[结果]大刺鳅LH基因cDNA序列全长799 bp,包括224 bp的5'非编码区(5'-UTR)、131 bp的3'非编码区(3'-UTR)和444 bp的开放阅读框(ORF),共编码147个氨基酸残基,第1~22位氨基酸残基组成其信号肽区域.大刺鳅LH氨基酸序列C-末端区域高度保守,但N-末端区域与其他硬骨鱼类、两栖动物、鸟类和哺乳动物存在明显差异.大刺鳅LH氨基酸序列与其他鱼类的LH氨基酸序列同源性较高,其中与黄鳝(Monopterus albus)的亲缘关系最近.大刺鳅LH基因在其脑组织中的相对表达量最高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05);在卵巢、心脏、肝脏和精巢中的相对表达量次之;大刺鳅LH基因在不同发育期卵巢和精巢中的表达变化趋势一致,从II期开始其相对表达量随之增加,至V期时达峰值.[结论]大刺鳅LH氨基酸序列具有高度保守区域,其基因在各组织中广泛表达,尤其在脑组织和性腺中具有较高表达量,提示LH的靶基因可能在脑—垂体—性腺轴上,参与大刺鳅的性腺发育调控,主要促进卵母细胞和精子成熟并刺激排卵或排精.  相似文献   

2010—2013年我国鸡传染性支气管炎病毒分离株S1基因分子特性分析     

尤永君  张国中  刘月焕  梁武  王腾  刘兴彩  沈元  王友 《中国农业大学学报》2015,20(2):137-148

为掌握近年来我国传染性支气管炎病毒的流行动态和变化规律,利用检测转化至克隆载体鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列,应用MEGA5分析软件进行聚类分析,并对瑞普生物疫病诊断研究服务中心2010—2013年间从我国野外分离并测定的30株传染性支气管炎的S1基因序列与常用疫苗毒株和GenBank中代表性IBV毒株的对应基因序列进行比较,结果发现:1)30株野外分离株可分为2个基因型:LX4型和TW型,分别占总数的93.3%和6.7%;2)LX4型分离株S1基因和氨基酸序列与常见疫苗毒株序列差别很大,同源性仅分别为77.6%~86.3%和75.8%~85.7%;3)分析S基因裂解位点时发现同一基因型毒株的裂解位点氨基酸序列高度趋同,且型间差异性较大。可见,近年来我国主要IBV分离株属于LX4型,并且彼此间亲缘关系较近,与我国现用传染性支气管炎主要弱毒疫苗和国外参考株属于不同的基因型,这可能是导致疫苗免疫失败,传染性支气管炎(IB)在鸡群中爆发的主要原因。该研究结果为筛选针对我国目前流行IBV毒株的疫苗株提供参考。  相似文献   

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

谢志勤  谢芝勋  吕华刚 《西南农业学报》2008,21(6)

利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。  相似文献   

鸡传染性支气管炎病毒ck/CH/LHB/121042毒株的分离鉴定及分子特征研究     

马得莹  姜磊  许丽文  刘亮亮  韩宗玺 《东北农业大学学报》2018,(2):55-63

鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV),严重威胁养禽业健康发展。近年来,我国不断出现新型IBV毒株及变异株,给传染性支气管炎(infectious bronchitis,IB)防控造成困难。监测研究报告显示,IBV感染与多种类型毒株有关,主要以LX4型为主。我国部分地区近期出现LX4型与TW型重组毒株,但鲜有TWⅡ毒株报道,其分子特征和抗原特性目前尚不清楚。通过分离河北省某鸡场疑似IB病鸡肾脏,获得传染性支气管炎病毒ck/CH/LHB/121042,基因组全长27 675 bp,共10个开放阅读框,基因组特征为5'UTR-1a-1b-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-3'UTR,Spike protein裂解酶识别位点为"Arg-Arg-Phe-Arg-Arg"。病毒基因型鉴定为TWⅡ型,基因组遗传进化分析表明,该毒株与2010年河北分离株ck/CH/LHB/100801亲缘关系最近,推测具有相同进化来源。研究结果对于阐明病毒起源、预测未来产生新型毒株和重组毒株等具有重要意义。  相似文献   

Studies on Molecular Variant Mechanism of Infectious Bronchitis Viruses of Beijing Area     

Li Hua　Yang Hanchun 《中国农业科学》2000,(1):143-148