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1.
椰子是一种重要的热带油料作物,椰子果成熟后,椰子果肉脂肪酸的主要成分为C12的月桂酸.应用椰子转录组测序的结果,从中挖掘了11个脂酰-ACP硫脂酶基因,分别是2个FatA基因、4个Fat B1基因、3个FatB2以及2个FatB3基因.应用荧光定量PCR检测了Unigene9211、Unigene19303、Unigene45926、Unigene27250以及Unigene22278在果肉形成的3个阶段的表达变化,结果显示,这些基因在果肉形成的3个阶段持续表达.同时,对3个时期的果肉的脂肪酸成分也进行了测定,结果显示,在椰果发育7个月时,中低碳链的脂肪酸含量较低,但随着椰果的发育,中低碳链的脂肪酸逐步增加. 相似文献
2.
[目的]对油棕乙酰CoA羧化酶(ACC)基因进行鉴定与表达分析。[方法]采用生物信息学方法鉴定油棕的ACC基因,并应用拟南芥的ACC基因蛋白质序列比对油棕的蛋白质库,应用已有油棕转录组信息,研究ACC基因在不同组织中的表达情况。[结果]在油棕中鉴定了2个ACC基因,命名为EgACC1和EgACC2。EgACC1不含内含子,而EgACC2含有32个内含子;EgACC1在不同组织中都没有表达,而EgACC2在所有组织中都有表达,其中在组培苗中有较高的表达量,同时,在油棕果发育21 d时有高的表达水平,RPKM值为70.6,为所有组织中最高。[结论]该研究阐述了油棕ACC基因的表达模式,为油棕ACC基因的功能分析奠定了基础。 相似文献
3.
为发掘越橘中WBC型(White brown complex)ABC转运蛋白(ATP-binding cassette transporters)基因,研究其与次生代谢物质(Secondary metabolite)运输关系,从越橘果实转录组测序文库中筛选出21个编码WBC型转运蛋白基因。其中10个基因上调表达,11个基因下调表达,10个上调表达基因中有7个基因显著上调表达。以越橘‘北陆’(Northland)根、茎、叶芽、叶、花芽、花、绿果、粉果、蓝果、蓝果种子、蓝果果皮和蓝果果肉为试验材料,对7个显著上调表达基因进行实时荧光定量PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,q RT-PCR)分析,研究在越橘各个器官和果实发育不同阶段中表达模式。结果表明,越橘中7个WBC转运蛋白基因中有5个基因在果皮和果肉中的表达情况与转录组分析结果一致。越橘所有组织器官中均能检测到WBC型转运蛋白表达,但表达量不同。Unigene5067_All和Unigene27766_All在根中表达量最高,Unigene14517_All、Unigene27928_All和Unigene29820_All分别在茎、花和蓝果中表达量最高,Unigene34381_All和Unigene34438_All表达量从绿果、粉果到蓝果呈递增表达模式,与越橘中花色素苷累积呈现一致性,推测这两个WBC转运蛋白基因可能参与越橘次生代谢物运输。有助于阐明越橘中WBC转运蛋白生理生化功能。 相似文献
4.
[目的]利用高通量测序技术解析红脚艾(Artemisia rubripes Nakai)的转录组信息特征.[方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对红脚艾进行转录组测序,通过Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到红脚艾的转录组信息.[结果]测序数据经过质控后共获得24126043条高质量的reads,通过de novo组装获得173093个转录本,对组装的转录本去冗余后共获得85991个Unigene,平均长度为616.87 bp,N50为925 bp.共有47216个Unigene在NR、KEGG、COG、KOG、GO数据库获得功能注释,40802个Unigene在NR数据库注释,显示红脚艾与向日葵(Helianthus annuus)的单基因匹配率最高,16846个Unigene被KEGG数据库注释到130条代谢途径中,26171个Unigene被注释到25个KOG功能分类中,23203个Unigene被GO注释到生物过程、细胞组成和分子功能三大类51个功能分类,12810个Unigene被注释到25个COG功能分类中.[结论]利用高通量测序技术获得了红脚艾转录组信息特征,这些数据将为后期开展功能基因鉴定、解析化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础. 相似文献
5.
[目的]分析芒果不同花芽分化时期的转录组,了解成花过程相关基因的表达情况,为芒果开花时间的分子调控机制研究提供理论参考.[方法]以芒果品种南逗迈4号为材料,采用Illumina高通量测序技术,分别对其新梢停长期(I期)和基部膨大期(II期)2个不同花芽分化时期顶芽进行转录组测序,并利用基因功能注释、差异表达基因筛选等生物信息学方法对测序获得的高质量序列进行分析.通过实时荧光定量PCR(qPCR)检测差异表达基因的表达情况以验证转录组测序结果的可信度.[结果]共获得85691条Unigenes,平均长度为870 bp,N50为1077 bp,与UniProt数据库比对,发现48589条Unigenes有同源信息,注释比例为56.7%,广泛涉及细胞组分、生物过程和分子功能三大类,共55个小类,其中参与生物过程的Unigene数量最多(有21个小类),以参与分子功能的Unigene数量最少(有14个小类).以Fold-Change≥2为条件,筛选出花芽分化Ⅰ和Ⅱ期转录组间的2031个差异表达基因,其中1073个基因表达上调,958个基因表达下调,涉及247条代谢通路,富集的KEGG通路为内质网蛋白加工、次生物质的生物合成和积累、糖代谢和光合作用等,其中注释为内质网蛋白加工的基因数量最多.从2个不同时期顶芽的转录组数据中获得了春化、光周期、赤霉素(GA)、成花抑制、自主和年龄等途径的开花相关基因.将MiSOC1、MiVIN3、MiDof和MiMADS1的qPCR检测结果与其转录组测序结果进行比对,发现这4个基因虽然在II期的表达量比Ⅰ期上调差异倍数上存在一定差异,但表达量变化趋势一致,说明转录组测序结果的可信度较高.[结论]芒果花芽分化过程与内质网蛋白加工、次生代谢生物合成、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等途径密切相关,可为芒果花期人工调控和产期调节提供参考. 相似文献
6.
[目的]研究传染性皮下及造血组织坏死病毒（Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHH-NV）感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考.[方法]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene（单一基因序列）,通过计算各unigene的转录本数目（RPKM）确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达.[结果]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条tmigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因.经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠.[结论]IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因. 相似文献
7.
[目的]从转录水平分析牛心朴子在低温胁迫下的差异表达基因,筛选响应低温胁迫的转录因子家族,鉴定出牛心朴子低温胁迫响应的关键调控基因,为全面解析逆境胁迫响应分子调控网络及有效挖掘关键调控基因提供理论参考.[方法]通过高通量测序技术对低温胁迫(CT组)和常温处理(对照,CK组)的牛心朴子cDNA文库进行转录组测序分析,对差异表达基因进行功能注释和富集,鉴定出响应低温胁迫的转录因子家族,并选取4个差异表达的转录因子基因进行实时荧光定量PCR检测,以验证转录组测序结果的可信度.[结果]从CK组和CT组共获得30.50 Gb的原始数据,Cycle Q20平均值在96%以上,经数据过滤及去冗余后,拼接组装获得100006条Unigenes,但其功能注释率较低,有47082条至少在一个数据库中被功能注释,占Unigenes总数的47.07%;而在NR、NT、KO、SwissProt、PFAM、GO和KOG数据库中均被注释的Unigene有7070条,仅占Unigenes总数的7.06%.GO功能富集分析筛选到5545个差异表达基因,其中,上调表达基因2039个,下调表达基因3506个,分别富集到生物过程、细胞组分和分子功能三大类别中.从牛心朴子Unigene中共鉴定到83个转录因子家族的1826个转录因子,其中,以MYB转录因子家族成员数目最多,为136个(占7.45%).从差异表达基因中筛选到与低温胁迫有关的66个转录因子家族的550个转录因子,其中MYB、C3H、bHLH、AP2-EREBP、C2H2、NAC、bZIP、CCAAT和WRKY等转录因子家族均有大量转录因子能被低温胁迫诱导表达.基于实时荧光定量PCR的牛心朴子低温胁迫下转录因子基因表达水平检测结果与转录组测序分析结果基本一致.[结论]MYB、C3H、bHLH、AP2-EREBP、C2H2、NAC、bZIP、CCAAT和WRKY等转录因子家族成员在牛心朴子响应低温胁迫时发挥主导作用,同时各家族转录因子间存在共表达性或协同作用,通过复杂的转录调控网络发挥重要调节作用,进而提高牛心朴子对低温胁迫的耐受性. 相似文献
8.
[目的]为了探明乙烯响应因子FaERF003在草莓果实成熟中的作用.[方法]转录组测序和实时荧光定量PCR检测FaERF003基因在草莓果实不同发育时期的表达水平,利用生物信息学方法分析FaERF003 DNA结合域的氨基酸序列与蛋白质结构,烟草叶片瞬时转化分析FaERF003亚细胞定位.[结果]FaERF003基因CDS区全长894 bp,编码297个氨基酸,预测FaERF003蛋白的分子量为32.9 kD,等电点为8.55,属于AP2/ERF蛋白超家族.FaERF003在草莓果实成熟过程中表达迅速升高且与乙烯前体ACC含量变化趋势相似,推测该基因与乙烯信号转导相关.FaERF003蛋白定位于细胞核和胞质.[结论]FaERF003可能作为乙烯响应因子与乙烯调控草莓果实成熟密切相关. 相似文献
9.
[目的]黄芪作为药食两用的一味中药,其主要活性成包含皂苷,黄酮,多糖等。本文主要探究黄芪的近缘物种,同时挖掘黄芪活性成分皂苷类和黄酮类合成的关键基因并探究这些关键基因在不同年限的表达变化情况。[方法]本研究通过高通量转录组学技术对黄芪进行研究。首先利用Trinity对黄芪样本的转录组数据进行拼接以及unigenes鉴定,然后与物种库进行比对并构建系统发育进化树,明确黄芪的近缘物种。通过RSEM对unigenes进行表达定量,并利用KEGG和GSEA分析对基因表达谱进行基因功能注释找到黄芪中与皂苷类和黄酮类化合物合成的关键基因,最后通过RT-qPCR对相关的关键基因进行验证,进而明确皂苷类和黄酮类化合物合成关键基因在黄芪不同生长年限的表达情况。[结果]黄芪的近缘物种是鹰嘴豆。GSEA分析得到黄芪中皂苷类合成的关键基因为Unigene0003373和Unigene0040532,黄酮类合成的关键基因为Unigene0076081和Unigene0027187,且这4个基因的表达量在四年生黄芪里显著高于1年生黄芪。[结论]Unigene0003373、Unigene0040532、Unige... 相似文献
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[目的]分析荔枝泛素结合酶(E2)基因(LcUBC12)的生物学信息,并检测其组织表达特异性及烯效唑处理下花穗不同发育阶段中的表达情况,为研究E2响应烯效唑的作用机制及泛素化修饰在调控荔枝花穗发育中的功能提供理论依据.[方法]以从妃子笑荔枝花穗转录组(RNA-seq)数据中筛选出的LcUBC12基因为参考序列,利用本地BLAST从荔枝基因组中查找出该基因cDNA全长(Litchi_GLEAN_10004716),并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测LcUBC12基因在妃子笑荔枝不同组织及烯效唑处理下花穗不同发育阶段的表达情况.[结果]LcUBC12基因cDNA全长519 bp,编码172个氨基酸,其编码的蛋白分子量19.68 kD,等电点6.52,不稳定指数35.70,亲水性的平均值-0.734,为亲水稳定蛋白,定位于细胞核,不存在信号肽和跨膜结构,包含典型的UBC12保守结构域,属于Class I家族E2蛋白,二级结构以无规则卷曲为主.LcUBC12蛋白与向日葵(XP_022009656.1)、柑橘(XP_006466720.1)、草莓(XP_004300599.1)和萝卜(XP_018466680.1)等UBC12蛋白的氨基酸序列同源性较高,分别为70.11%、68.16%、67.76%和67.03%.LcUBC12蛋白与芸香科的柑橘UBC12亲缘关系最近,其次是与同属菊科的向日葵和莴苣UBC12蛋白亲缘关系较近.LcUBC12基因在不同组织中表达量排序为雌花>雄花>种子>果皮>叶>茎>根>果肉.烯效唑处理0~21 d LcUBC12基因在花穗中的表达量与对照无明显差异,烯效唑处理28 d其表达量明显低于对照,但烯效唑处理35 d其表达量上调,且较对照高.[结论]LcUBC12基因具有组织表达特异性,在妃子笑荔枝雌花、雄花和种子中高效表达,推测其主要在花穗发育和生殖生长过程中发挥重要调控作用,但烯效唑处理后LcUBC12基因对花穗发育发挥负调控作用. 相似文献
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【目的】为明确S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC)在非呼吸跃变型草莓果实成熟中的作用。【方法】以‘北农香’草莓果实为试验材料,首先通过RT-PCR克隆FaSAMDC基因,其次通过SqRT-PCR分析发育果实(小绿、大绿、褪绿、白果、片红、全红)中的FaSAMDC基因的表达量。【结果】结果表明,FaSAMDC基因含有1 116bp开放阅读框,编码371个氨基酸,含有典型的脱羧酶保守功能结构域。随着草莓的果实发育,FaSAMDC表达量呈明显下降趋势并且在白果时期达到最低值,此后随着果实着色,表达量迅速上升并且成熟期达到最高。【结论】以上研究结果证实,S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶可能参与草莓果实的成熟调控。 相似文献
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细胞色素P450酶(cytochrome P450)广泛参与植物次生代谢,是当前的研究热点。基于苦蘵转录组数据,分析并鉴定了部分苦蘵P450家族基因。共鉴定得到795个可能为P450家族基因的序列片段,并将它们聚类到25个不同的聚类(cluster)中,其中,有12个聚类具有组织特异性表达。最终拼接得到30个苦蘵P450家族基因的全长序列,它们与其他物种P450基因高度同源。进化分析表明,这30个苦蘵P450基因可归为9个P450亚家族。通过定量PCR技术,分析了多个P450基因在果实不同成熟阶段的表达变化。结果表明,9个P450基因随着果实成熟表达量上升,另外9个P450基因表达量则逐渐降低。以果实为材料,分析了P450家族基因在乙烯(ACC)与乙烯抑制剂(1-甲基环丙烯,1-MCP)处理下的表达变化。研究表明,部分P450家族基因在ACC和1-MCP处理下表现出相反的表达模式,这说明P450可能参与乙烯介导的果实成熟过程。克隆了3个果实特异表达的P450家族基因(comp164210、comp131532、comp152181),它们主要定位于细胞质和细胞膜中。本研究为苦蘵药用性状遗传改良提供了有价值的遗传信息。 相似文献
14.
[目的]分析蓝果忍冬果实花青素含量及其合成相关调控基因表达情况,为蓝果忍冬种质的挖掘、利用及花青素的合成调控研究提供参考依据.[方法]利用高效液相色谱检测技术定性定量分析不同蓝果忍冬品种(蓓蕾、HSY-4和日本-5)果实花青素成分及含量,并以实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对3个品种不同成熟期花青素合成相关基因及转录因子的表达量进行分析.[结果]在525 nm波长下,从成熟蓝果忍冬果实中检测出8种花青素,含量最高的花青素是矢车菊3-葡萄糖,占总花青素含量的76.61%~86.67%,其中蓓蕾的花青素含量最高,达500.14 mg/100 gFW,日本-5最低,为162.79 mg/100 gFW.半转色期花青素合成相关基因表达量最高,与花青素积累情况相符;PAL、ANS和bHLH基因的表达量随花青素合成积累量增加呈先升高后降低的变化趋势.[结论]蓝果忍冬果实含8种花青素,以矢车菊为苷元的花青素种类最多,其合成相关基因中PAL、ANS和bHLH基因在花青素合成过程中起调控作用.蓓蕾、HSY-4和日本-5的花青素合成相关基因表达情况相似,但品种间存在差异. 相似文献
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【目的】研究反季节四季蜜龙眼果实生长发育动态,为制定高产、优质四季蜜龙眼栽培管理措施提供参考依据。【方法】跟踪测定反季节四季蜜龙眼发育期果实的纵径、大横径、小横径、单果重、果皮重、果肉重、种子重及可溶性固形物含量等指标,分别采用多项回归和求导方法建立四季蜜龙眼果实的生长发育数学模型和物质累积速度模型。【结果】反季节四季蜜龙眼果实生长发育需108 d,成熟阶段历时21 d。果径生长曲线前期上升较慢,中期上升较快;果肉重、果皮重、种子重和单果重在花后52 d开始快速增加;可溶性固形物含量在花后66~94 d快速增长,最高峰达25.1%。根据果实各指标数据建立的四季蜜龙眼果实生长发育数学模型,拟合出多项回归方程式,其中纵径、大横径、小横径、单果重及果肉重的拟合方程为二次方程,果皮重、种子重及可溶性固形物含量的拟合方程为三次方程,动态模型回归方程经F检验均达显著差异水平(P<0.05),决定系数R2均大于0.9800,达极显著差异水平(P<0.01);物质累积速度模型显示,果实纵径、大横径和小横径及单果重和果肉重5个指标的累积速度模型为一次直线方程,果皮重、种子重和可溶性固形物含量的累积速度模型为二次方程。【结论】四季蜜龙眼的生长发育动态及其数学模型可作为制定四季蜜龙眼高产、优质栽培管理措施的参考依据。 相似文献
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为丰富小鼠睾丸组织转录组研究领域的基础数据,对中年期(180日龄)和老年期(360日龄)小鼠睾丸组织进行转录组测序分析,在中、老年期分别获得25 187 980个和28 840 576个可用Reads,比对到参考基因组上的Reads分别有18 861 721和22 355 657个,占总读数的74.88%和77.51%,并检测到中、老年期小鼠睾丸组织中分别有17 770和18 073个基因表达。以中年期为对照,老年期睾丸组织中下调基因122个,上调基因185个,其中可清楚注释的基因共285个。GO分析发现285个差异表达被归纳到生物过程、细胞组分与分子功能3个大类的25个小类,主要涉及膜、氧化还原过程、转运蛋白活性、生殖发育及衰老等。KEGG分析发现差异表达基因涉及139个信号通路,主要代谢通路为信号转导、脂代谢、碳水化合物代谢、内分泌系统和神经系统等生物学机制。差异表达基因中RPKM1的有57个,其所涉及信号通路主要为脂代谢、固醇类激素生成、TNF信号通路、补体系统、胰岛素和溶酶体等。 相似文献
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[目的]采用不同的方法,对可食花、可食果、可观花3类不同用途的8种树叶片进行了研究。[方法]测定了抗逆性、糖类、营养物质3个方面9个指标。[结果]可食果树叶片黄酮含量高,可食花树叶片VC含量高。可食花、果树叶片中糖类含量在叶脉和叶中部多,SOD和营养物质在叶肉中多。可观花树叶片黄酮、蛋白质含量在新叶中高,SOD、VC、叶绿素在叶肉中高,可溶性糖含量在叶脉中高,还原糖和总糖及可溶性固形物含量在老叶中高。[结论]参试的8种叶片中龙眼树叶片基部SOD最高,芒果树新叶中黄酮和叶中部还原糖含量最高,黄槐树叶肉中VC含量最高,紫荆花树叶脉中蛋白质和叶中部叶绿素含量最高,桂花树叶脉中可溶性糖和总糖含量均最高,水石榕老叶中可溶性固形物含量最高。 相似文献
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[目的]探讨椰子萌芽过程中吸器内含物的变化规律,为提高椰子种果发芽率及促进椰子产业可持续发展提供参考依据.[方法]统计新鲜成熟的本地高种和红矮椰子吸器发育过程中椰果的果实重量、纵横径、水含量、椰肉厚度及吸器重量和纵横径,使用紫外分光光度计测定,并分析本地高种椰子吸器萌发过程中的超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)活性及可溶性蛋白和多酚含量等各组变化情况.[结果]椰果内的液态胚乳随着椰子吸器发育过程中体积与重量的增大逐渐减少直至完全被吸收,白色硬质状椰肉逐渐被吸收软化且变褐色;多酚和可溶性蛋白含量逐渐减少, SOD和POD活性呈先上升后下降的变化趋势;内含物间具有密切的相关性,其中,多酚含量与SOD活性呈显著负相关(P<0.05,下同),与可溶性蛋白含量呈极显著正相关(P<0.01);POD活性与可溶性蛋白含量呈显著负相关,与SOD活性呈显著正相关.[结论]新鲜成熟椰果的吸器在发育过程中具有较高的SOD、POD活性及多酚和可溶性蛋白含量,用作繁殖材料可获得较佳的育苗效果. 相似文献